手足口病混合感染中柯萨奇A组16型病毒的检测方法技术

本发明专利技术公开了一种手足口病混合感染中柯萨奇A组16型病毒的检测方法，该方法通过提取病毒RNA，用肠道病毒A组通用引物EntAF和 EntARo进行RT‑PCR扩增，然后用引物EntAF和EntARi进行半巢式PCR扩增，再根据肠道病毒A组通用引物和CV‑A16序列设计特异CV‑A16上游引物CA16AFO和下游引物CA16ARi，以RT‑PCR产物为模板进行巢式PCR扩增，取扩增产物进行1%琼脂糖凝胶电泳，即可鉴定。本发明专利技术所述方法具有操作简便、检测速度快、准确率高、成本低等优点，特别适用于大规模流行病调查。

Detection of coxsackievirus A group 16 virus in mixed infection of hand foot and mouth disease

The invention discloses a method for detecting a HFMD mixed infection of Coxsackie A virus type 16, the extraction of virus RNA, with enterovirus universal primers EntAF and A group EntARo RT PCR amplification, then semi nested PCR amplification with primers EntAF and EntARi, according to the intestinal virus A sets of primers and CV A16 sequence specific CV A16 CA16AFO upstream primer and downstream primer CA16ARi, RT PCR products as template was amplified by nested PCR, the 1% agarose gel electrophoresis of PCR products, can be identified. The method of the invention has the advantages of simple operation, fast detection speed, high accuracy, low cost, and the like, and is especially suitable for large-scale epidemiological investigation.

【技术实现步骤摘要】
手足口病混合感染中柯萨奇A组16型病毒的检测方法
本专利技术属于生物
，具体涉及一种手足口病临床样品中柯萨奇A组16型肠道病毒的检测方法。
技术介绍
柯萨奇A组16型（coxsackievirusA16，CV-A16）是引起手足口病(Hand-foot-mouthdisease,HFMD)主要病原体之一。HFMD是严重危害儿童的一种常见传染病,多数患者以发热和手、足、口腔等部位的皮疹或疱疹为主要特征，预后良好,少数患者可并发呼吸道感染、肺水肿、心肌炎和无菌性脑膜炎等,甚至死亡。HFMD的流行会成为重大公共卫生问题之一。目前已经明确引起手足口病的病原体有二十多种,主要为小RNA病毒科肠道病毒属的柯萨奇病毒A组16、4、5、7、9、10型,B组2、5、13型、埃可病毒(ECHOviruses)以及人肠道病毒71型（enterovirus71，EV-A71）,其中以EV-A71和柯萨奇A组16型（CoxsackievirusA16，CV-A16）最为常见。研究发现，HFMD流行期间，多种肠道病毒的共感染和/或混合感染普遍存在，多种肠道病毒的共感染和/或混合感染可加重疾病和/或延长病程本文档来自技高网...

【技术保护点】
手足口病混合感染中柯萨奇A组16型病毒的检测方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：（1）提取病毒RNA，根据肠道病毒VP1的特点设计肠道病毒A组通用引物进行巢式或半巢式PCR；首先用引物EntAF(5’TNCARGCWGCNGARACNGG 3’)和EntARo（5’ANGGRTTNGTNGMWGTYTGCCA 3’）进行第一步的RT‑PCR扩增，然后再用引物EntAF和EntARi （5’GGNGGNACRWACATRTAYTG 3’）进行第二步半巢式PCR扩增，测序并进行NCBI BLAST比对，如果该核苷酸序列与GenBank数据库中肠道病毒参考株核苷酸序列同源性大于75%，即认为是同...

【技术特征摘要】
1.手足口病混合感染中柯萨奇A组16型病毒的检测方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：（1）提取病毒RNA，根据肠道病毒VP1的特点设计肠道病毒A组通用引物进行巢式或半巢式PCR；首先用引物EntAF(5’TNCARGCWGCNGARACNGG3’)和EntARo（5’ANGGRTTNGTNGMWGTYTGCCA3’）进行第一步的RT-PCR扩增，然后再用引物EntAF和EntARi（5’GGNGGNACRWACATRTAYTG3’）进行第二步半巢式PCR扩增，测序并进行NCBIBLAST比对，如果该核苷...

【专利技术属性】
技术研发人员：马绍辉，杨昭庆，赵义林，黄小琴，孙浩，刘洪波，张海浩，
申请(专利权)人：中国医学科学院医学生物学研究所，
类型：发明
国别省市：云南,53