核苷酸多态性检测方法技术

提供一种表征DNA分析物的方法，所述DNA分析物包含特征为核苷酸多态性位点的一种或多种多核苷酸类型，每种所述多核苷酸类型包含具有式‑X‑Y‑Z‑的靶标区，其中X和Z分别是第一和第二特征性侧翼寡核苷酸区，并且Y是组成所述位点的变体之一。所述方法的特征在于下述步骤：(a)在连接酶的存在下，使包含来源于至少一种多核苷酸类型的靶标区的单链寡核苷酸与一组未使用的探针反应，所述未使用的探针包含：(i)一种单链第一适体，所述单链第一适体在其3’端以与–X或–X‑Y的序列互补的序列终止，和(ii)一种或多种第二单链适体，所述第二单链适体在其5’端以与–Z‑Y或–Z(当情形可能如此时)的序列互补的序列终止，并且用处在不可检测状态的可检测元件标记，从而产生包含所述寡核苷酸、第一适体、和第二适体中的一种的基本上双链的使用的探针；(b)使用外切核酸酶或表现出外切核酸酶活性的聚合酶将所述使用的探针在3’至5’方向完全或部分消化成其组成的单一核苷酸，它们中的至少一种包含现在处于可检测状态的可检测元件，并且(c)然后检测与现在可检测元件相关的检测特性，由此鉴定Y变体以及因此由其产生的等位基因的性质。还公开了第二镜像方法。还提供了可以在其中实施所述方法的囊泡。所述方法适用于一定范围的诊断筛查应用，包括与遗传病症和癌症相关的突变体等位基因的检测。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】本专利技术涉及用于检测多核苷酸(如DNA)中的多态性的方法。在天然存在的DNA序列中给定位点处的核苷酸变化是分子生物学中公知的现象，其产生典型地由正常的或‘野生型’等位基因和一种或多种‘突变体’形式组成的多态形式。这种现象的常见实例(其中产生等位基因的变体是单一核苷酸)是单核苷酸多态性(SNP)位点。迄今为止，在人基因组中已经鉴定了五万多种不同的SNPs，并且在多种情形中，已经发现与其有关的突变与个体发展某些疾病的易感性强烈相关；与抗某些感染或不耐受某些药物强烈相关。这些观察结果相应导致医学诊断领域显著的发展；例如，目前可能通过检测来自受试者的活组织样品中存在或不存在一种或多种已知的相关突变体等位基因来筛查恶性癌细胞。然而，考虑到在自然中它们相对于野生型的低存在，此类突变体等位基因的检测通常不是直接的。这可能导致通常是复杂的并且有信噪比问题的检测方法。因此，仍然存在提高此类筛查方法以及作为它们的基础的检测方法的速度、准确性和可靠性的需求。目前在本领域中使用或者已经提议了多种检测遗传物质中的SNPs的方法。一种涉及对讨论的整个等位基因测序，但显然是昂贵并且非常费时的。另一种涉及使用连接酶本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于表征包含特征为核苷酸多态性位点的一种或多种多核苷酸类型的DNA分析物的方法，每种所述多核苷酸类型分别包含具有式‑X‑Y‑Z‑的靶标区，其中X和Z分别是第一和第二特征性侧翼寡核苷酸区，并且Y是组成所述位点的变体中的一种，所述方法特征在于下述步骤：(a)在连接酶的存在下，使包含来源于至少一种所述多核苷酸类型的靶标区的单链寡核苷酸与未使用的探针组反应，所述未使用的探针组包含：(i)一种单链第一适体，所述单链第一适体在其3’端以与–X或–X‑Y的序列互补的序列终止，和(ii)一种或多种第二单链适体，所述第二单链适体在其5’端以与–Z‑Y或–Z(当情形可能如此时)的序列互补的序列终止，并且用处在...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.06.02 EP 14170832.11.一种用于表征包含特征为核苷酸多态性位点的一种或多种多核苷酸类型的DNA分析物的方法，每种所述多核苷酸类型分别包含具有式-X-Y-Z-的靶标区，其中X和Z分别是第一和第二特征性侧翼寡核苷酸区，并且Y是组成所述位点的变体中的一种，所述方法特征在于下述步骤：(a)在连接酶的存在下，使包含来源于至少一种所述多核苷酸类型的靶标区的单链寡核苷酸与未使用的探针组反应，所述未使用的探针组包含：(i)一种单链第一适体，所述单链第一适体在其3’端以与–X或–X-Y的序列互补的序列终止，和(ii)一种或多种第二单链适体，所述第二单链适体在其5’端以与–Z-Y或–Z(当情形可能如此时)的序列互补的序列终止，并且用处在不可检测状态的可检测元件标记，从而产生包含所述寡核苷酸、第一适体、和第二适体中的一种的部分双链的使用的探针；(b)使用外切核酸酶或表现出双链外切核酸酶活性的聚合酶将所述使用的探针在3’至5’方向完全或部分消化成其组成的单一核苷酸，它们中的至少一种包含现在处于可检测状态的可检测元件，并且(c)然后检测与所述现在可检测元件相关的检测特性，由此鉴定Y变体的性质。2.一种用于表征包含特征为核苷酸多态性位点的一种或多种多核苷酸类型的DNA分析物的方法，每种所述多核苷酸类型分别包含具有式-X-Y-Z-的靶标区，其中X和Z分别是第一和第二特征性侧翼寡核苷酸区，并且Y是组成所述位点的变体中的一种，所述方法特征在于下述步骤：(a)在连接酶的存在下，使包含来源于至少一种所述多核苷酸类型的靶标区的单链寡核苷酸与未使用的探针组反应，所述未使用的探针组包含：(i)一种或多种单链第一适体，所述单链第一适体在其3’端以与–X或–X-Y的序列互补的序列终止，并且用处在不可检测状态的可检测元件标记，和(ii)一种第二单链适体，所述第二单链适体在其5’端以与–Z-Y或–Z(当情形可能如此时)的序列互补的序列终止，从而产生包含所述寡核苷酸、第一适体中的一种和第二适体的部分双链的使用的探针；(b)使用外切核酸酶或表现出双链外切核酸酶活性的聚合酶将所述使用的探针在5’至3’方向完全或部分消化成其组成的单一核苷酸，它们中的至少一种包含现在处于可检测状态的可检测元件，并且(c)然后检测与所述现在可检测元件相关的检测特性，由此鉴定Y变体的性质。3.如权利要求1或权利要求2所述的方法，其特征在于在进行步骤(c)之前，循环重复单独的步骤(a)或步骤(a)和(b)...

【专利技术属性】
技术研发人员：巴纳比·巴姆福思，
申请(专利权)人：贝斯四创新公司，
类型：发明
国别省市：英国;GB