应用于斑马鱼胚胎的易接近转座酶核染色质高通量测序实验的方法技术

本发明专利技术涉及一种应用于斑马鱼胚胎的易接近转座酶核染色质高通量测序实验(ATAC-seq)的方法，首先进行斑马鱼胚胎样本前处理，然后在胚胎中加入裂解缓冲液，用广口枪头在冰浴中裂解胚胎，立即进行转座反应并纯化DNA，然后通过实时荧光定量的方法确定建库用的循环数，直接通过一步PCR的方法进行建库测序。ATAC-seq和DNase-seq两种方法都能够对基因组染色质上调控序列进行定位和解读，但ATAC-seq步骤更为简单，需要的细胞也更少，在无法获得大量细胞的情况下，ATAC-seq更有帮助，且根据实验结果ATAC-seq获得的数据富集程度更高。本发明专利技术还将其应用到斑马鱼胚胎细胞中，对于研究生物体早期发育过程中的染色质结构的变化及相应的基因表达调控研究提供一种有效且简单的方法。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于分子生物学实验
，尤其适用于斑马鱼早期胚胎发育过程中染色质结构的变化及基因表达调控机制研究。
技术介绍
越来越多的证据显示，许多遗传学差异并非影响基因，而是改变控制基因开/关的调控序列。活化的调控序列上结合有转录因子，转录因子是识别特定DNA序列的蛋白。一旦转录因子结合，就会招募其他蛋白，使附近的基因开始转录。在指定细胞中鉴定所有活跃的调控序列，对于理解基因组的作用机制非常重要。易接近转座酶核染色质高通量测序实验(Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing，ATAC-seq)，通过Tn5转座酶，优先标记和测序核小体之间的DNA，获取全基因组上转录因子和核小体定位信息，其提供的信息与DNase-seq法差不多，但步骤更为简单，需要的细胞也更少。在无法获得大量细胞的情况下，ATAC-seq更有帮助。例如，在胚胎发育早期细胞量少，收集大量细胞难度大，成本高，用ATAC-seq检测早期胚胎发育过程中染色质的开放变化及转录因子结合序列，为研究基因表达调控提供依据。也可以在癌症组织或ips生本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种应用于斑马鱼胚胎的易接近转座酶核染色质高通量测序实验(ATAC‑seq)的方法，其特征在于，该方法包括以下步骤：(1)斑马鱼胚胎样本的准备：取斑马鱼胚胎于离心管中，加预冷的PBS洗涤剂洗涤3次；(2)斑马鱼胚胎细胞核获取：加入预冷的裂解缓冲液200ul，用200ul广口的移液器枪头冰上反复吹打，直至胚胎完全裂解，离心收集细胞核；(3)转座反应和纯化：立即加Tn5转座酶及TD转座缓冲液进行转座反应，轻轻涡旋后短暂离心，37度水浴反应30min；转座结束后用Qiagen MinElute Kit进行纯化，10ul洗脱液洗脱，纯化后的DNA可于‑20度保存；(4)PCR扩增：步骤(3)所得纯化D...

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：刘桂芬，张勇，王璐莹，霍霄，赵程辰，王文，
申请(专利权)人：同济大学，
类型：发明
国别省市：上海;31