本发明专利技术涉及一种检测白介素28B三个SNP位点基因型的试剂盒及其检测方法，所述试剂盒包括PCR扩增反应试剂以及用于扩增样本DNA中IL28-B三个SNP位点的PCR引物。检测方法包括样品采集、PCR扩增以及测序。本发明专利技术通过特异的PCR扩增、并对PCR产物进行正反向测序，可以精确的检测到3个SNP位点的基因型；可对不同基因型的患者采取区别对待及治疗，对丙型肝炎标准方案的疗效进行预测，提高丙型肝炎的诊疗水平。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于试剂盒领域，特别涉及一种检测白介素28B三个SNP位点基因型的试剂 盒及其检测方法。
技术介绍
丙型肝炎病毒(hepatitisCvirus，HCV)的感染已经成为一个世界性的卫生难 题。据流行病学调查，全球HCV的感染人口接近3%，并且以每年300-400万的病例递增，是目 前国际上慢性终末期肝病和肝癌的主要病因之一。由于缺乏有效的疫苗，因此及早发现并 给予有效的抗HCV病毒治疗，是丙型肝炎患者治疗的关键。目前丙型肝炎的抗病毒治疗的标 准模式为长效干扰素_a(Pegylatedinterferon-α，PEG_IFN_a)和利巴韦林（ribavirin， RBV)的联合治疗。由于1型丙型肝炎患者的持续病毒应答率低，长期服用相关药物所带来的 严重不良反应，使得丙型肝炎的抗病毒治疗成为一大难题。 2009-08/2010-01，世界上有4个独立的研究小组，各自在不同种族的丙型肝炎患 者中进行全基因关联(Genome-WideAssociationStudy，GWAS)研究，证实IL-28B区域附近 存在与长效干扰素与利巴韦林标准方案疗效相关的单核苷酸多态位点(SNP)。 美国杜克大学Ge等报道，19号染色体上IL-28B基因上游3kb的一个单核苷酸多态 位点rsl2979860,与1型丙型肝炎治疗的持续病毒反应率、标准方案SVR预测的特异性及敏 感性密切相关，可作为预测1型HCV患者标准方案疗效的重要独立指标。研究表明，具有CC基 因型的患者，标准方案治疗所带来的持续病毒反应率比TT型人群要高2倍左右。有研究证 实，rsl2979860位点CC型对标准方案SVR预测的特异性及敏感性分别达到了 78%和65%，其 作为对1型丙型肝炎患者标准治疗方案的持续病毒反应率(SVR)所具有独特的预测作用，CC 型对非CC型的优势比达到了 5.79。有研究则进一步证实了该位点的多态性对非1型慢性丙 型肝炎患者，特别是对具有早期病毒学反应(rapidvirologicalresponse,RVR)的这部分 患者标准方案的疗效具有同样的预测作用。 澳大利亚悉尼大学的Suppiah等、日本名古屋城市大学Tanaka等以及瑞士伯尔尼 大学Rauch等人通过在不同种族的丙型肝炎中所进行全基因关联研究中，一致证实了另1个 与持续病毒反应率密切相关的单核苷酸多态位点的存在--即位于IL-28B基因上游8kb的 位点rs8099917。研究表明，相对于其他与1型HCV患者抗病毒方案疗效相关的因素，如年龄、 病毒载量等，rs8099917基因型对持续病毒反应及无病毒反应(NVR)的预测最为重要。常见 的rs8099917位点TT型基因与SVR密切相关，可达到50%，NVR仅为12%，GG型患者中，SVR接 近于0%，NVR则可高达80%，GT型的SVR及NVR则介于TT型与GG型之间，这充分说明 rs8099917基因型可以作为预测1型HCV患者标准方案抗病毒治疗的另一个指标，特别是针 对NVR的预测。有研究进一步证实，rs8099917对其他非1型HCV患者联合治疗方案疗效同样 具有预测作用。其中rs8099917位点TT型患者的SVR要高于非TT型患者（SVR为76%vs 51%)，特别是对于其中的2&型!1(^患者，经单变量分析可知^8099917位点1'1'型可以作为一 个预测持续病毒反应的独立指标。 Tanaka等研究中同时还证实了在日本人中还存在第三个与持续病毒反应率密切 相关的单核苷酸多态位点的存在--即位于IL-28B基因下游3kb的位点rsl2980275。在其 报告中，该位点AA型和AG型患者的持续病毒反应率与位点rs8099917十分相似，分别为 63.6%和17.5%。同时，国内学者研究中也显示^12980275的基因型在3￥1?、附始且中的相关 性分析r均大于0,呈正相关。rsl2980275基因型AA型与AG型，在SVR和NVR患者中差异均有统 计学意义(P<〇.05)。^12980275多态性可有效地预测干扰素抗病毒治疗应答效果，具有独 立预测抗病毒治疗的特征。 除上述对治疗效果的预测作用外，IL28B基因还与HCV感染流行特点、HCV的自发清 除率、标准治疗相关的不良反应也存在着一定的关联。有研究发现，HCV慢性感染患者中，非 1型HCV患者，rsl2979860位点CC型的概率明显高于1型患者(66.7%vs39.1%)，CC型的非1 型HCV感染率显著高于其他基因型的患者。还有研究表明，无论是欧洲还是非洲人群中， ^12979860位点0：别的患者发生的病毒自发清除率，要远远高于非0(：患者(欧洲人80.3% vs66 · 7 % ;非洲人56 · 2 %vs37 · 0 % )。此外，研究还发现，rs12979860位点TT型患者食欲不 振、乏力等常见不良反应的发生率明显低于非TT型患者，其严重不良反应发生率仅为 3.1 %，而在CT型、CC型患者中则分别达到了 10.1 %、8.9 %。因此，IL-28B基因型不仅与SVR 存在着很大的相关性，而且在一定程度上也与HCV感染的流行病学分布、自发清除及治疗中 所带来的各种不良反应相关。 目前已有多个全基因关联研究证实，IL-28B基因区域附近的SNP位点rs8099917， rsl2979860和rsl2980275基因型与当前标准方案抗病毒疗效密切相关。通过该位点基因型 的检测，可以达到对丙型肝炎标准方案疗效的预测，从而对不同基因型的患者采取区别对 待及治疗的原则，从而改变当前丙型肝炎治疗策略，提高整个丙型肝炎诊疗水平。因此， 2011 年美国肝脏病研究协会（AmericanAssociationfortheStudyofLiver Diseases，AASLD)和欧洲肝脏病学会（EuropeanAssociationForTheStudyOfThe Liver，EASL)在更新的HCV感染防治指南已将IL-28B基因多态性列为预测慢性HCV感染疗效 的重要的因素。 目前关于SNP的检测包括根据DNA列阵的微测序法、动态等位基因特异的杂交、寡 聚核苷酸特异的连接、DNA芯片以及TaqMan系统等，但在所有SNP的检测方法中，对待检测片 段进行直接扩增、测序是最为准确的方法，也是SNP分析的金标准。而IL-28Brsl2979860， rs8099917和rsl2980275多态性的研究多采用芯片的方法，但该方法准确度不高，并且成本 较高。本实验室采用采用的基于PCR扩增后进行直接测序分析的检测方法，具有准确度高， 特异性和重复性好等特点，可直接对IL-28Brsl2979860，rs8099917和rsl2980275进行序 列比对分析，能准确对SNP位点的基因型进行直观的判断，是IL-28Brsl2979860、 rs8099917 和rsl2980275SNP分析的金标准。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是提供一种检测白介素28B三个SNP位点基因型的试 剂盒及其检测方法，该试剂盒可用于检测白介素28B三个SNP位点的基因型，特异性好，灵敏 度高。本专利技术的一种检测白介素28B三个SNP本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种检测白介素28B三个SNP位点基因型的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包括PCR扩增反应试剂以及用于扩增样本DNA中IL28‑B三个SNP位点的PCR引物；其中，SNP位点为：rs12979860、rs8099917和rs12980275；相应的PCR引物如下：IL28B‑860F：GGGCGGAAGGAGCAGTT；IL28B‑860R：TCAGGGTCAATCACAGAAGG；IL28B‑917F：GGAACAAATCGTCCCAATA；IL28B‑917R：GATGAGGCCCCTCACC；IL28B‑275F：AGCAAGAGGAGGGAAGG；IL28B‑275R：GCCGGGATTACAGGTC。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：乐亚玲，邓小净，卢守建，马腾飞，梁超，王绪华，方国伟，陈忠，黄士昂，
申请(专利权)人：上海新培晶医学检验所有限公司，
类型：发明
国别省市：上海;31
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