使用XPD解旋酶表征多核苷酸的方法技术

本发明专利技术涉及一种新的表征目标多核苷酸的方法。所述方法利用孔和XPD解旋酶。所述解旋酶控制目标多核苷酸穿过所述孔的移动。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用XPD解旋酶表征多核苷酸的方法
本专利技术涉及一种新的表征目标多核苷酸的方法。该方法使用孔及XPD解旋酶。解旋酶控制所述目标多核苷酸穿过所述孔的移动。
技术介绍
当前需要一种适合于各种应用的快速且廉价的多核苷酸(例如DNA或RNA)测序和鉴定的技术。现有技术很慢并且昂贵，这主要是因为它们依赖于扩增技术来产生大量的多核苷酸并需要大量专门的荧光化学物质来检测信号。当跨膜孔(纳米孔)具有极大的用作聚合物及多种小分子的直接的电生物传感器的潜力。特别是，最近关注的是将纳米孔作为潜在的DNA测序技术。当跨纳米孔施加电势时，当分析物，如核苷酸，在桶内短暂停留一定时间段后，电流会发生变化。纳米孔检测核苷酸得到已知标志(signature)的电流变化和持续时间。在“链测序”(“StrandSequencing”)方法中，使单个多核苷酸链穿过孔，得到对该核苷酸的鉴定。链测序可包括，使用核苷酸调控蛋白来控制多核苷酸穿过孔的运动。
技术实现思路
本专利技术已经证明了XPD解旋酶可控制多核苷酸穿过孔的运动，尤其是当对所述孔施加电势，例如电压时。解旋酶能够以可控和逐步的方式逆着或顺着由施加电压得到的场移动目标多本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种表征目标多核苷酸的方法，包括：(a)使目标多核苷酸与跨膜孔及XPD解旋酶接触，使得目标多核苷酸移动穿过所述跨膜孔，并使XPD解旋酶控制目标多核苷酸穿过所述跨膜孔的移动；和(b)当所述目标多核苷酸相对于所述跨膜孔移动时，获取一个或多个测量值，其中所述测量值代表所述目标多核苷酸的一个或多个特征并由此表征所述目标多核苷酸。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2011.12.29 US 61/581,3401.一种表征目标多核苷酸的方法，包括：(a)使目标多核苷酸与跨膜孔及XPD解旋酶接触，使得目标多核苷酸移动穿过所述跨膜孔，并使XPD解旋酶控制目标多核苷酸穿过所述跨膜孔的移动；和(b)当所述目标多核苷酸相对于所述跨膜孔移动时，获取一个或多个电流测量值，其中所述电流测量值代表所述目标多核苷酸的一个或多个特征并由此表征所述目标多核苷酸。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述一个或多个特征选自(i)目标多核苷酸的长度，(ii)目标多核苷酸的同一性，(iii)目标多核苷酸的序列，(iv)目标多核苷酸的二级结构，和(v)目标多核苷酸是否被修饰。3.根据权利要求2所述的方法，其中对所述目标多核苷酸用一个或多个蛋白质或一个或多个标记物、标签或间隔物通过甲基化、氧化进行了修饰。4.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(b)包括当所述目标多核苷酸移动穿过所述跨膜孔时获取一个或多个测量值。5.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法还包括跨所述跨膜孔施加电压以在所述跨膜孔和所述解旋酶之间形成复合体的步骤。6.根据权利要求1所述的方法，其中至少所述目标多核苷酸的一部分是双链的。7.根据权利要求1所述的方法，其中所述跨膜孔为跨膜蛋白孔或固态孔。8.根据权利要求7所述的方法，其中所述跨膜蛋白孔选自溶血素、杀白细胞素、耻垢分枝杆菌膜孔蛋白A(MspA)、外膜蛋白F(OmpF)、外膜蛋白G(OmpG)、外膜磷脂酶A、奈瑟氏菌自转运脂蛋白(NalP)和WZA。9.根据权利要求1所述的方法，其中所述XPD解旋酶的氨基酸模序为：(a)YLWGTLSEG(SEQIDNO:11)和/或QAMGRVVRSPTDYGARILLDGR(SEQIDNO:12)；(b)SLWGTLAEG(SEQIDNO:14)和/或QAIGRVVRGPDDFGVRILADRR(SEQIDNO:15)；(c)YLWGTLSEG(SEQIDNO:11)和/或QAMGRVVRSPGDFGVRILLDAR(SEQIDNO:17)；(d)YLWGTLSEG(SEQIDNO:11)和/或QAMGRVVRSPSDYGARILLDGR(SEQIDNO:19)；(e)SLWGTLAEG(SEQIDNO:14)和/或QALGRVVRSPTDFGVRVLVDER(SEQIDNO:21)；(f)VTGGVFAEG(SEQIDNO:23)和/或QAAGRVLRTPEDRGVIALLGRR(SEQIDNO:24)；(g)LGTGAFWEG(SEQIDNO:26)和/或QGVGRLIRDERDRGVLILCDNR(SEQIDNO:27)；(h)YIWGTLSEG(SEQIDNO:29)和/或QAMGRVVRSPTDYGARILIDGR(SEQIDNO:30)；(i)YLWGTLSEG(SEQIDNO:11)和/或QAMGRIVRSPDDYGVRILLDSR(SEQIDNO:32)；(j)SLWGTLAEG(SEQIDNO:14)和/或QALGRVIRAPDDFGVRVLADKR(SEQIDNO:34)；(k)VSGGRLSEG(SEQIDNO:36)和/或QEIGRLIRSAEDTGACVILDKR(SEQIDNO:37)；(l)VMGGRNSEG(SEQIDNO:39)和/或QAAGRVHRSEEEKGAVVVLDYR(SEQIDNO:40)；(m)VMGGRNSEG(SEQIDNO:39)和/或QAAGRVHRSEEEKGSIVILDYR(SEQIDNO:42)；(n)SLWGTLAEG(SEQIDNO:14)和/或QAMGRVIRSPEDFGVRMLVDRR(SEQIDNO:45)；(o)L...

【专利技术属性】
技术研发人员：露丝·莫伊西，安德鲁·约翰·赫伦，绍博尔奇·苏罗尔斯，
申请(专利权)人：牛津纳米孔技术公司，
类型：发明
国别省市：英国;GB