猪胴体和肉质性状SNP遗传标记及应用制造技术

本发明专利技术属于家畜遗传标记制备技术领域，具体涉及一种猪胴体和肉质性状的SNP遗传标记的制备与应用，从猪OLR1基因中克隆获得一种作为遗传标记应用的猪胴体和肉质性状的基因片段，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1和图4所示，在图4所示序列的408bp处有一个C/T的碱基替换，该突变导致Pst Ⅰ-RFLP多态性。本发明专利技术还公开了制备猪胴体和肉质性状遗传标记的方法以及制备的遗传标记在猪胴体和肉质性状多态性检测中的应用，为猪的标记辅助选择提供了一个新的标记。

【技术实现步骤摘要】
猪胴体和肉质性状SNP遗传标记及应用
本专利技术属于猪的遗传标记制备
，具体涉及一种猪OLR1基因片段作为胴体和肉质性状的遗传标记及应用，所述的遗传标记克隆自猪OLR1基因。
技术介绍
随着分子生物学技术的发展，逐步出现了以分子标记为核心的分子标记辅助选择和分子标记渗入等分子育种技术，这些技术与常规育种技术相结合大大加速了猪育种的进程。分子标记辅助选择可以从分子水平上快速准确地分析个体的遗传组成，从而实现对基因型的直接选择，进行分子育种，是基因工程在现代家畜育种中的一项重要应用，通过分子标记的方法，不仅能缩短育种时限，大大减少育种的人力物力消耗；另外，分子标记的多样性更使得分子标记在动物育种中的应用潜力大大提高(鲁绍熊,吴常信.,2000)。用于辅助选择的分子标记包括蛋白质标记，微卫星标记，单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，简称SNP)标记等。SNP标记指由基因组单核苷酸变异引起的DNA序列多态性，包括碱基转换、颠换、单碱基插入或缺失等，被公认为是最新的第三代DNA分子标记。其数量多，多态性丰富。其检测方法包括PCR-SSCP、PCR-RFLP、测序及SNP芯片等。限制性内切酶片段长度多态性(RestrictionFragmentLengthPolymorphism，RFLP)是根据不同品种(个体)基因组的限制性内切酶的酶切位点碱基发生突变，或酶切位点之间发生了碱基的插入、缺失，导致酶切片段大小发生了变化，这种变化可以通过琼脂糖电泳进行检测，从而可比较不同品种(个体)的DNA水平的差异(即多态性)(BeuzenN.D.,etal.2000)。氧化型低密度脂蛋白受体1(oxidizedlow-densitylipoproteinreceptor1,OLR1)是一类可以结合氧化低密度脂蛋白(oxLDL)的受体。Sawamura等(1997)首次在牛内皮细胞上发现了OLR1基因，并成功克隆了人内皮细胞OLR1基因，随后相继克隆了大鼠、小鼠及兔子等OLR1基因的cDNA序列(Mikietal.,1998；Kumeetal.,1998)。这几个物种中OLR1基因的编码氨基酸序列比较相似。猪OLR1基因有5个内含子和6个外显子，编码274个氨基酸，与人OLR1基因有79％的相似性，与牛的相似性最高，达到84％(Yamanakaetal.,1998；Mingetal.,2001)。OLR1基因被广泛认为与心血管疾病的形成密切相关，此外在脂肪代谢过程中发挥着重要的作用。Patricia等(2005)首次在脂肪细胞中研究OLR1的作用，证明OLR1在PPARγ和其相关抗糖尿病配体的参与下，在调控脂代谢，从而潜在地调节胰岛素抵抗方面发挥着重要作用。JuwonA等(2007)研究证明胞外信号调节激酶(ERK)和c-Jun氨基末端激酶(JNK)通路是OLR1在脂肪细胞中发挥作用的重要作用通路。孙超等(2009)研究表明OLR1基因在小鼠前体脂肪细胞分化过程中通过P38MAPK通路发挥作用，对抑制脂肪细胞增殖有一定的作用。李托(2013)在秦川牛群体中分析OLR1基因遗传多态性与肉质性状的相关性，发现在g.l0497位点存在C>A突变，CC纯合基因型与秦川牛眼肌面积和眼肌深度有显著相关性。目前，OLR1基因的研究主要集中在人、小鼠、大鼠和牛等物种，对猪OLR1基因的研究报道较少，申请人对该基因在猪中进行了多态性研究和关联分析，为猪的遗传改良提供了重要的理论依据。
技术实现思路
本专利技术的目的在于获得与猪胴体和肉质性状相关的SNP遗传标记及应用。从猪OLR1基因克隆得到一个特异的DNA片段，通过寻找SNP位点，并建立相应的SNP检测方法，分析其与猪胴体性状和肉质性状的关系，为猪的标记辅助选择提供一种新的遗传标记。本专利技术通过下列技术方案实现：申请人通过对猪OLR1基因的分离克隆，发现了一种与猪胴体和肉质性状相关的SNP分子标记，其核苷酸序列如下所示：CGGTGGAAGAGCATTTGTTCGAGATGCAGAGTAGGTACCTGTTTTTTAGTCTGGCCTGGCCACTGATTACATGCATGTCCTTGGATGGACAGGGTATGGTGGGTCTCTAGGCTCCAGCAGGCATGTCTATAAAACCATCCAGAAGATGGCAAAGATCCCTTTGGTTCTGTGGCTTCATGAATCTAATCTAAGATGTTCACATCAACTCTTTGATCAATTCAGAAATGTTCCTCCCTACAGGAATTCATCCAGCAAACCATCGCCCATTCCAGTTTCCCATTCTGGATGGGGTTATCTCTGAGGAAACCCAACAACTCATGGCTCTGGGAGGACGGTACTCCTTTGATGCCCCACTTGTAAGTTTCCTATTCTTTTCCTAATCTGCTGGTGAAGTTACTGCCGCATTCGCAGAGTGTCCTCTTCCTGCTGGAAAGAACCCTGGGAAATTTCTGAATCTCTCTCCTCAGCCCTCTCATGCAGAGGCTTGCCCCTTGACTCATTCAGACCTTCTCTTGAGTTTTCCTTCTTACATTTATTACTGATTTGAAGCTTTAAGACAAGGCCAAGTGCCTGACCCAAGGT上述序列中的第408bp处的R是C或T，该突变导致PstI-RFLP多态性。申请人设计了扩增上述猪OLR1基因片段的引物对(该引物对也是检测本专利技术的遗传标记的引物对)，其DNA序列如下所示：正向引物：5’CGGTGGAAGAGCATTTGT3’，反向引物：5’ACCTTGGGTCAGGCACTT3’。本专利技术建立了一种筛选与猪胴体和肉质性状相关的分子标记的方法，其步骤包括：提取猪基因组DNA，根据NCBI中公布的猪OLR1基因序列信息，设计PCR扩增引物对(其核苷酸序列如序列表SEQIDNO：4和SEQIDNO：5所示)，用该引物对进行PCR扩增，得到长为583bp的扩增片段，其核苷酸序列如序列表SEQIDNO：1(其第408bp处的R是C或T，或参见图4，其中：该序列中的R显示碱基突变位置，即408bp处的R是C或T)、SEQIDNO：2(梅山猪：其第408bp处突变的碱基是T)和SEQIDNO：3(大白猪：其第408bp处的突变的碱基是C)所示，该突变导致PstI-RFLP多态性，进而对所获得的PCR产物酶切分型，进行基因型与猪胴体性状和肉质性状之间的关联分析，为猪的标记辅助选择提供一个新的遗传标记。本专利技术的遗传标记可以应用于猪胴体和肉质性状检测中。本专利技术设计的引物对也可应用于猪胴体和肉质性状检测中。更详细的技术方案如《具体实施方式》所述。附图说明序列表SEQIDNO：1是本专利技术制备的遗传标记的核苷酸序列，序列长度为583bp，其中在该序列的第408bp处(即显示R处)存在一个等位基因突变(T/C替换)。序列表SEQIDNO：2是克隆的中国地方猪品种“梅山猪”的核苷酸序列。序列长度为583bp，其中在该序列的第408bp处存在一个T/C替换(已经显示的突变的碱基是T)。序列表SEQIDN本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种猪胴体和肉质性状SNP遗传标记，其核苷酸序列如下所示：CGGTGGAAGAGCATTTGTTCGAGATGCAGAGTAGGTACCTGTTTTTTAGTCTGGCCTGGCCACTGATTACATGCATGTCCTTGGATGGACAGGGTATGGTGGGTCTCTAGGCTCCAGCAGGCATGTCTATAAAACCATCCAGAAGATGGCAAAGATCCCTTTGGTTCTGTGGCTTCATGAATCTAATCTAAGATGTTCACATCAACTCTTTGATCAATTCAGAAATGTTCCTCCCTACAGGAATTCATCCAGCAAACCATCGCCCATTCCAGTTTCCCATTCTGGATGGGGTTATCTCTGAGGAAACCCAACAACTCATGGCTCTGGGAGGACGGTACTCCTTTGATGCCCCACTTGTAAGTTTCCTATTCTTTTCCTAATCTGCTGGTGAAGTTACTGCCGCATTCr(C/T)GCAGAGTGTCCTCTTCCTGCTGGAAAGAACCCTGGGAAATTTCTGAATCTCTCTCCTCAGCCCTCTCATGCAGAGGCTTGCCCCTTGACTCATTCAGACCTTCTCTTGAGTTTTCCTTCTTACATTTATTACTGATTTGAAGCTTTAAGACAAGGCCAAGTGCCTGACCCAAGGT上述序列中的第408bp处的R是C或T，导致Pst I‑RFLP多态性。...

【技术特征摘要】
1.一种猪胴体和肉质性状SNP遗传标记，其核苷酸序列如下所示：CGGTGGAAGAGCATTTGTTCGAGATGCAGAGTAGGTACCTGTTTTTTAGTCTGGCCTGGCCACTGATTACATGCATGTCCTTGGATGGACAGGGTATGGTGGGTCTCTAGGCTCCAGCAGGCATGTCTATAAAACCATCCAGAAGATGGCAAAGATCCCTTTGGTTCTGTGGCTTCATGAATCTAATCTAAGATGTTCACATCAACTCTTTGATCAATTCAGAAATGTTCCTCCCTACAGGAATTCATCCAGCAAACCATCGCCCATTCCAGTTTCCCATTCTGGATGGGGTTATCTCTGAGGAAACCCAACAACTCATGGCTCTGGGAGGACGGTACTCCTTTGATGCCCCACTTGTAAGTTTCCTATTCTTTTCCTAATCTGCTGGTGAAGTTACTGCCGC...

【专利技术属性】
技术研发人员：彭先文，乔木，武华玉，吴俊静，梅书棋，郭咪咪，宋忠旭，刘贵生，孙华，李良华，张华盖，
申请(专利权)人：湖北省农业科学院畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：湖北;42