【技术实现步骤摘要】
本专利技术提供一种基于SLAF-seq技术的大规模样品基因分型方法,其核心技术是利用SLAF-seq技术降低基因组复杂度并进行高通量测序,进行标记开发、遗传图谱绘制及全基因组关联分析。
技术介绍
随着具有高通量、低成本、测序错误率低、测序读长短特点的新一代测序技术和生物信息学的发展,使得该测序技术进行高通量标记开发成为可能。SLAF-seq (SpecificLength Amplified Fragments sequencing)是一种简化基因组深度测序技术,在高通量测序技术的基础上,利用生物信息学方法对目标物种的参考基因组或已知BAC序列进行系统分析,根据基因组的GC含量、重复序列情况和基因组特点等信息,设计标记开发方案,以保证SLAF标签密度、均匀性、效率和分析的准确性。根据基因组特性,利用SLAF-seq技术对大规模样品进行研究,通过数学算法解决传统方法通量低和准确性不高的问题,提高生物学分析的准确性,降低成本,提高效率。目前还未见利用SLAF-seq技术对大规模样品进行基因分型的报道。
技术实现思路
本专利技术的目的是利用SLAF-seq技术降低基因组复杂度并进行高通量测序的方法,对大规模样品进行研究,通过数学算法解决传统方法通量低和准确性不高的问题,提高生物学分析的准确性,降低成本,提高效率。为了实现本专利技术目的,本专利技术提供基于测序和SLAFseq技术的大规模样品基因分型方法,其基于SLAFseq技术降低基因组复杂度并进行高通量测序,对大规模样品进行标记开发、遗传图谱图谱、单体型图谱绘制及性状关联分析,包括如下步骤:I)对经性状鉴定的各样 ...
【技术保护点】
基于SLAFseq的大规模样品基因分型方法,其基于SLAFseq技术降低基因组复杂度并进行高通量测序,对大规模样品进行标记开发及遗传图谱绘制、全基因组关联分析,包括如下步骤:1)对经性状鉴定的各样品的DNA进行检测;2)对样品基因组的复杂性进行降低处理,获得复杂性降低的DNA样品;3)利用二级引物库中的引物对复杂性降低后的样品DNA进行PCR扩增,使特异性长度片段扩增前后丰度一致;4)将扩增后的特异性长度片段连接标准测序接头,利用高通量测序方式进行测序;5)比较测序结果,获得SLAF标记,进行遗传图谱绘制或全基因组关联分析。
【技术特征摘要】
1.于SLAFseq的大规模样品基因分型方法,其基于SLAFseq技术降低基因组复杂度并进行高通量测序,对大规模样品进行标记开发及遗传图谱绘制、全基因组关联分析,包括如下步骤: 1)对经性状鉴定的各样品的DNA进行检测; 2)对样品基因组的复杂性进行降低处理,获得复杂性降低的DNA样品; 3)利用二级引物库中的引物对复杂性降低后的样品DNA进行PCR扩增,使特异性长度片段扩增前后丰度一致; 4)将扩增后的特异性长度片段连接标准测序接头,利用高通量测序方式进行测序; 5)比较测序结果,获得SLAF标记,进行遗传图谱绘制或全基因组关联分析。2.权利要求1所述的方法,其特征在于,大规模样品来自动物、植物或微生物。3.权利要求1所述的方法,其特征在于,所述样品为自然群体或遗传分离群体;所述遗传分离群体为经鉴定的性状分离群体,包括F2、BCl、DH等目标性状分离的群体。4.权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤2)中DNA复杂性降低方法是任何有选择性的减少基因组复杂度的方法,包括限制性内切酶酶切产物PCR扩增或酶切产物选择性吸附。5.权利要...
【专利技术属性】
技术研发人员:郑洪坤,
申请(专利权)人:北京百迈客生物科技有限公司,
类型:发明
国别省市:
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