【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】抗TCR抗体分子及其用途
相关申请
[0001]本申请要求2019年2月21日提交的美国临时申请第62/808,784号和2020年1月3日提交的美国临时申请第62/956,871号的优先权,其各自的全部内容通过引用并入本文。序列表
[0002]本申请包含以ASCII格式电子提交的序列表,并通过引用将其全部内容并入本文。所述ASCII副本创建于2020年2月17日,被命名为E2070
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7023WO_SL.txt,大小为1,080,059字节。
技术介绍
[0003]T细胞介导的抗原识别取决于T细胞受体(TCR)与抗原
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主要组织相容性复合体(MHC)的相互作用。异源二聚体TCR由通过大部分T细胞表达的α和β链的组合(αβTCR)或者仅存在于约1
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5%的T细胞中的γδ链(γδTCR)组成。高度多样性的TCR组库是有效的免疫系统的基本性质。然而,现在人们了解到免疫组库可随着感染性疾病的发生和进展而发生很大的变化。因此,本领域需要通过利用免疫组库的差异来治疗感染性疾病的改进策略。
技术实现思路
[0004]本文特别公开了使用针对TCRβ亚单位(TCRβV)可变链的抗体治疗感染性疾病的方法,所述抗体结合并且例如激活T细胞(例如,T细胞亚群)。一般地,本专利技术的特征在于扩增包含TCRβV分子(例如,如本文所述)的T细胞群的方法,例如增加其数量的方法,所述方法包括:使T细胞群与抗体分子例如人源化抗体分子接触,所述抗体分子结合(例如,特异性结合)T细胞受体β
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种扩增包含TCRβV分子(例如,如本文所述)的T细胞群的方法,例如增加其数量的方法,所述方法包括:使所述T细胞群与抗体分子例如,人源化抗体分子接触,所述抗体分子结合例如,特异性结合T细胞受体β可变链(TCRβV)区,从而扩增所述T细胞群,其中所述T细胞群获自患有感染性疾病的受试者或包含在患有感染性疾病的受试者中。2.一种治疗患有感染性疾病的受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的抗TCRβV抗体分子(例如,TCRβV激动剂),从而治疗所述感染性疾病。3.一种评估,例如,鉴定患有感染性疾病的受试者中的TCRβV分子的水平或活性的方法,所述方法包括获取所述受试者中的所述TCRβV分子的状态;其中所述TCRβV分子的水平或活性相对于健康受试者(例如,未患有所述感染性疾病的受试者)中的所述TCRβV分子的水平或活性更高(例如,高至少约1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、5000、10,000或100,000倍)。4.一种治疗患有感染性疾病的受试者的方法,所述方法包括:(i)获取所述受试者中的所述TCRβV分子的状态;和(ii)向所述受试者施用有效量的抗TCRβV抗体分子(例如,TCRβV激动剂),从而治疗所述感染性疾病;其中所述TCRβV分子的水平或活性相对于健康受试者(例如,未患有所述感染性疾病的受试者)中的所述TCRβV分子的水平或活性更高(例如,高至少约1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、5000、10,000或100,000倍)。5.一种评估受试者是否存在感染性疾病的方法,所述方法包括:(i)获取来自所述受试者的生物学样品和来自健康受试者(例如,未患有感染性疾病的受试者)的生物学样品中的一种或多种TCRβV分子的状态;和(ii)确定一种或多种所述TCRβV分子在所述受试者中是否表现出相对于所述健康受试者升高的水平或活性;其中所述受试者相对于所述健康受试者的升高的水平或活性表明所述感染性疾病的存在。6.一种治疗患有感染性疾病的受试者的方法,所述方法包括:(i)获取来自所述受试者的生物学样品和来自健康受试者(例如,未患有感染性疾病的受试者)的生物学样品中的一种或多种TCRβV分子的状态;(ii)确定一种或多种所述TCRβV分子在所述受试者中是否表现出相对于所述健康受试者升高的水平或活性;和(iii)如果确定所述受试者相对于所述健康受试者的水平或活性升高,则向所述受试者施用有效量的抗TCRβV抗体分子(例如,TCRβV激动剂)。7.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述状态表示所述受试者患有所述感染性疾病或其症状。8.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述状态表示对疗法例如TCRβV分子的反应性。9.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述状态通过本文所述的测定确定,
例如测量。10.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述获取包括:从所述受试者分离生物学样品,使所述生物学样品与抗TCRβV抗体分子(例如,相同的抗TCRβV抗体分子或不同的抗TCRβV抗体分子)接触,并确定所述生物学样品中的T细胞扩增的水平,例如,相对于从健康受试者(例如,未患有所述感染性疾病的受试者)获得的生物学样品中的T细胞扩增水平。11.根据权利要求10所述的方法,还包括将来自所述生物学样品的扩增的T细胞施用于所述受试者。12.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述获取包括:从所述受试者分离生物学样品,使所述生物学样品与抗TCRβV抗体分子(例如,相同的抗TCRβV抗体分子或不同的抗TCRβV抗体分子)接触,并确定所述生物学样品中的T细胞功能(例如,细胞毒活性)的水平,例如,相对于从健康受试者(例如,未患有所述感染性疾病的受试者)获得的生物学样品中的T细胞扩增水平。13.一种鉴定与疾病相关的一种或多种TCRβV分子的方法,所述方法包括:(i)获得来自患有所述疾病的第一受试者的生物学样品和来自未患有所述疾病的第二受试者的生物学样品中多个TCRβV分子的状态;和(ii)确定一种或多种所述TCRβV分子在所述第一受试者中是否表现出相对于所述第二受试者升高的水平或活性;从而鉴定出与所述疾病相关的一种或多种TCRβV分子。14.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述感染性疾病选自爱泼斯坦
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巴尔病毒(EBV)、流感、人免疫缺陷病毒(HIV)、猿猴免疫缺陷病毒(SIV)、结核病、疟疾或人巨细胞病毒(HCMV)。15.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述TCRβV选自TCRβV V5
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6、TCRβV V6
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5、TCRβV V7、TCRβV V9、TCRβV V10、TCRβV V12(例如TCRβV V12
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4)、TCRβV V13、TCRβV V14、TCRβV V19、TCRβV V23
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1或其亚家族成员(例如,如表1或表2中所列)。16.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子诱导包含TCRβV分子(例如,由所述抗TCRβV抗体分子结合的TCRβV)的T细胞群的扩增,例如增加其数量。17.根据权利要求16所述的方法,其中所述T细胞群包括CD4 T细胞、CD8 T细胞或CD3 T细胞。18.根据权利要求16所述的方法,其中所述T细胞群源自外周血。19.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子包含:(1)SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4和/或SEQ ID NO:5的重链互补决定区(HC CDR1)、HC CDR2和/或HC CDR3;和/或(2)SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7和/或SEQ ID NO:8的轻链互补决定区1(LC CDR1)、LC CDR2和/或LC CDR3。20.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子包含:(1)SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46和/或SEQ ID NO:47的重链互补决定区(HC CDR1)、HC CDR2和/或HC CDR3;和/或(2)SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52和/或SEQ ID NO:53的轻链互补决定区1(LC CDR1)、LC CDR2和/或LC CDR3。
NO:26具有至少85%(例如,至少85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)序列同一性的VL。43.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子包含与SEQ ID NO:27具有至少85%(例如,至少85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)序列同一性的VL。44.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子包含与SEQ ID NO:28具有至少85%(例如,至少85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)序列同一性的VL。45.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子包含与SEQ ID NO:29具有至少85%(例如,至少85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)序列同一性的VL。46.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子包含与SEQ ID NO:30具有至少85%(例如,至少85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)序列同一性的VL。47.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子包含如表3或表4中所列的VH氨基酸序列,和/或如表3或表4中所列的VL氨基酸序列。48.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子选择性地或优先地扩增αβT细胞而不是γδT细胞。49.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子不诱导细胞因子释放综合征(CRS)。50.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子与所述TCRβV区的结合导致一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个或更多个(例如,全部)以下各项:(i)IL
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1β的水平,例如表达水平和/或活性降低;(ii)IL
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6的水平,例如表达水平和/或活性降低;(iii)TNFa的水平,例如表达水平和/或活性降低;(iv)IL
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2的水平,例如表达水平和/或活性增加;(v)IL
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2的水平,例如表达水平和/或活性的增加的延迟,例如至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多小时的延迟;(vi)IFNg的水平,例如表达水平和/或活性的增加的延迟,例如至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10小时的延迟;(vii)降低的T细胞增殖动力学;或者(viii)降低的细胞因子风暴,例如细胞因子释放综合征(CRS),例如,如通过实施例3的测定所测量的;(ix)细胞杀伤,例如靶细胞杀伤,(x)IL
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15的水平,例如表达水平和/或活性增加;或者(xi)自然杀伤(NK)细胞增殖,例如扩增增加,与结合以下的抗体相比:CD3分子,例如CD3ε(CD3e)分子;或TCR阿尔法(TCRα)分子,其中所述抗TCRβV抗体分子:
(1)不与TCRβV12、TCRβV5
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5*01或TCRβV5
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1*01结合;(2)以小于(例如,小于约10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或约2、5或10倍)鼠mAb抗体B的亲和力和/或结合特异性的亲和力和/或结合特异性结合TCRβV12;和/或(3)结合TCRβV5
‑
5*01TCRβV5
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1*01或具有小于(例如,小于约10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或约2、5或10倍)鼠抗体C的亲和力和/或结合特异性的亲和力和/或结合特异性。51.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子与所述TCRβV区的结合导致记忆T细胞群,例如T效应记忆(T
EM
)细胞,例如表达CD45RA的T
EM
细胞(T
EMRA
)细胞的群的扩增,例如至少约1.1
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10倍扩增(例如,至少约1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9或10倍扩增),其中所述抗TCRβV抗体分子:(1)不与TCRβV12、TCRβV5
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5*01或TCRβV5
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1*01结合;(2)以小于(例如,小于约10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或约2、5或10倍)鼠mAb抗体B的亲和力和/或结合特异性的亲和力和/或结合特异性结合TCRβV12;和/或(3)结合TCRβV5
‑
5*01TCRβV5
‑
1*01或具有小于(例如,小于约10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或约2、5或10倍)鼠抗体C的亲和力和/或结合特异性的亲和力和/或结合特异性。52.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子与TCRβV区的结合导致IL
‑
1β的表达水平和或活性降低至少2、5、10、20、50、100或200倍,或至少2
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200倍(例如,5
‑
150、10
‑
100、20
‑
50倍),如通过实施例3的测定所测量的。53.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子与TCRβV区的结合导致IL
‑
6的表达水平和或活性降低至少2、5、10、20、50、100、200、300、400、500、600、700、800、900或1000倍,或至少2
‑
1000倍(例如,5
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900、10
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800、20
‑
700、50
‑
600、100
‑
500或200
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400倍),如通过实施例3的测定所测量的。54.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子与TCRβV区的结合导致TNFα的表达水平和或活性降低至少2、5、10、20、50、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000或2000倍,或至少2
‑
2000倍(例如,5
‑
1000、10
‑
900、20
‑
800、50
‑
700、100
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600、200
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500或300
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400倍),如通过实施例3的测定所测量的。55.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子与TCRβV区的结合导致IL
‑
2的表达水平和或活性增加至少2、5、10、20、50、100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000或2000倍,或至少2
‑
2000倍(例如,5
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1000、10
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900、20
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800、50
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700、100
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600、200
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500或300
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400倍),如通过实施例3的测定所测量的。56.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子结合以下TCRβV亚家族中的一个或多个(例如,全部):(i)TCRβV6亚家族包括例如TCRβV6
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4*01、TCRβV6
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4*02、TCRβV6
‑
9*01、TCRβV6
‑
8*01、TCRβV6
‑
5*01、TCRβV6
‑
6*02、TCRβV6
‑
6*01、TCRβV6
‑
2*01、TCRβV6
‑
3*01或TCRβV6
‑
1*01;(ii)TCRβV10亚家族,包括例如TCRβV10
‑
1*01、TCRβV10
‑
1*02、TCRβV10
‑
3*01或TCRβV10
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2*01;
(iii)TCRβV12亚家族,包括例如TCRβV12
‑
4*01、TCRβV12
‑
3*01或TCRβV12
‑
5*01;(iv)TCRβV5亚家族,包括例如TCRβV5
‑
5*01、TCRβV5
‑
6*01、TCRβV5
‑
4*01、TCRβV5
‑
8*01或TCRβV5
‑
1*01;(v)TCRβV7亚家族,包括例如TCRβV7
‑
7*01、TCRβV7
‑
6*01、TCRβV7
‑
8*02、TCRβV7
‑
4*01、TCRβV7
‑
2*02、TCRβV7
‑
2*03、TCRβV7
‑
2*01、TCRβV7
‑
3*01、TCRβV7
‑
9*03或TCRβV7
‑
9*01;(vi)TCRβV11亚家族,包括例如TCRβV11
‑
1*01、TCRβV11
‑
2*01或TCRβV11
‑
3*01;(vii)TCRβV14亚家族,包括例如TCRβV14*01;(viii)TCRβV16亚家族,包括例如TCRβV16*01;(ix)TCRβV18亚家族,包括例如TCRβV18*01;(x)TCRβV9亚家族,包括例如TCRβV9*01或TCRβV9*02;(xi)TCRβV13亚家族,包括例如TCRβV13*01;(xii)TCRβV4亚家族,包括例如TCRβV4
‑
2*01、TCRβV4
‑
3*01或TCRβV4
‑
1*01;(xiii)TCRβV3亚家族,包括例如TCRβV3
‑
1*01;(xiv)TCRβV2亚家族,包括例如TCRβV2*01;(xv)TCRβV15亚家族,包括例如TCRβV15*01;(xvi)TCRβV30亚家族,包括例如TCRβV30*01或TCRβV30*02;(xvii)TCRβV19亚家族,包括例如TCRβV19*01或TCRβV19*02;(xviii)TCRβV27亚家族,包括例如TCRβV27*01;(xix)TCRβV28亚家族,包括例如TCRβV28*01;(xx)TCRβV24亚家族,包括例如TCRβV24
‑
1*01;(xxi)TCRβV20亚家族,包括例如TCRβV20
‑
1*01或TCRβV20
‑
1*02;(xxii)TCRβV25亚家族,包括例如TCRβV25
‑
1*01;(xxiii)TCRβV29亚家族,包括例如TCRβV29
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1*01;或者(xxiv)TCRβV23亚家族,包括例如TCRβV23
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1。57.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子结合以下TCRβV亚家族中的一个或多个(例如,全部):(i)TCRβV6亚家族,包括例如TCRβV6
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5*01;(ii)TCRβV10亚家族,包括例如TCRβV10
‑
1*01、TCRβV10
‑
1*02、TCRβV10
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3*01或TCRβV10
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2*01;(iii)TCRβV12亚家族,包括例如TCRβV12
‑
4*01、TCRβV12
‑
3*01或TCRβV12
‑
5*01;(iv)TCRβV5亚家族,包括例如TCRβV5
‑
6*01;(v)TCRβV7亚家族,包括例如TCRβV7
‑
7*01、TCRβV7
‑
6*01、TCRβV7
‑
8*02、TCRβV7
‑
4*01、TCRβV7
‑
2*02、TCRβV7
‑
2*03、TCRβV7
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2*01、TCRβV7
‑
3*01、TCRβV7
‑
9*03或TCRβV7
‑
9*01;(vi)TCRβV14亚家族,包括例如TCRβV14*01;(vii)TCRβV9亚家族,包括例如TCRβV9*01或TCRβV9*02;(viii)TCRβV13亚家族,包括例如TCRβV13*01;(ix)TCRβV19亚家族,包括例如TCRβV19*01或TCRβV19*02;或者(x)TCRβV23亚家族,包括例如TCRβV23
‑
1。58.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述感染性疾病是SIV并且所述抗
TCRβV抗体分子结合所述TCRβV6亚家族,例如包含TCRβV6
‑
5*01的所述TCRβV6亚家族。59.根据权利要求58所述的方法,其中所述受试者具有更高的,例如增加的TCRβV6亚家族例如,包含TCRβV6
‑
5*01的水平或活性。60.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述感染性疾病是HCMV并且所述抗TCRβV抗体分子结合所述TCRβV6亚家族,例如包含TCRβV6
‑
5*01的所述TCRβV6亚家族。61.根据权利要求60所述的方法,其中所述受试者具有更高的,例如增加的TCRβV6亚家族例如,包含TCRβV6
‑
5*01的水平或活性。62.根据权利要求58
‑
61中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子包含:(1)SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4和/或SEQ ID NO:5的重链互补决定区(HC CDR1)、HC CDR2和/或HC CDR3;和/或(2)SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7和/或SEQ ID NO:8的轻链互补决定区1(LC CDR1)、LC CDR2和/或LC CDR3。63.根据权利要求58
‑
61中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子包含:(1)SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46和/或SEQ ID NO:47的重链互补决定区(HC CDR1)、HC CDR2和/或HC CDR3;和/或(2)SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52和/或SEQ ID NO:53的轻链互补决定区(LC CDR1)、LC CDR2和/或LC CDR3。64.根据权利要求58
‑
61中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子包含:(1)SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49和/或SEQ ID NO:50的重链互补决定区(HC CDR1)、HC CDR2和/或HC CDR3;和/或(2)SEQ ID NO:54、SEQ ID NO:55和/或SEQ ID NO:56的轻链互补决定区1(LC CDR1)、LC CDR2和/或LC CDR3。65.根据权利要求58
‑
64中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子包含与SEQ ID NO:9具有至少85%(例如,至少85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)序列同一性的VH。66.根据权利要求58
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65中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子包含与SEQ ID NO:10具有至少85%(例如,至少85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)序列同一性的VL。67.根据权利要求58
‑
64中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子包含与SEQ ID NO:9具有至少85%(例如,至少85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)序列同一性的VH和与SEQ ID NO:10具有至少X%序列同一性的VL。68.根据权利要求58
‑
67中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子包含与SEQ ID No:69具有至少85%(例如,至少85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)序列同一性的重链和与SEQ ID NO:72具有至少85%(例如,至少85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%)序列同一性的轻链。69.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述感染性疾病是EBV并且所述抗TCRβV抗体分子结合所述TCRβV10亚家族,例如包含TCRβV10
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1*01、TCRβV10
‑
1*02、TCRβV10
‑
3*01或TCRβV10
‑
2*01的所述TCRβV10亚家族。70.根据权利要求69所述的方法,其中所述抗原是BZLF1(52
‑
64)。
71.根据权利要求69或70所述的方法,其中所述MHC限制是HLA
‑
B*3508。72.根据权利要求69
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71中任一项所述的方法,其中所述受试者具有更高的,例如增加的TCRβV10亚家族,例如包括TCRβV10
‑
1*01、TCRβV10
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1*02、TCRβV10
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3*01或TCRβV10
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2*01的水平或活性。73.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述感染性疾病是疟疾并且所述抗TCRβV抗体分子结合所述TCRβV12亚家族,例如包含TCRβV12
‑
4*01、TCRβV12
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3*01或TCRβV12
‑
5*01的所述TCRβV12亚家族。74.根据权利要求73所述的方法,其中所述受试者具有更高的,例如增加的TCRβV12亚家族,例如包含TCRβV12
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4*01、TCRβV12
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3*01或TCRβV12
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5*01的水平或活性。75.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述感染性疾病是结核病并且所述抗TCRβV抗体分子结合所述TCRβV12亚家族,例如包含TCRβV12
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4*01、TCRβV12
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3*01或TCRβV12
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5*01的所述TCRβV12亚家族。76.根据权利要求75所述的方法,其中所述受试者具有更高的,例如增加的TCRβV12亚家族,例如包含TCRβV12
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4*01、TCRβV12
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3*01或TCRβV12
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5*01的TCRβV12亚家族的水平或活性。77.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述感染性疾病是HCMV并且所述抗TCRβV抗体分子结合所述TCRβV12亚家族,例如包含TCRβV12
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4*01的所述TCRβV12亚家族。78.根据权利要求77所述的方法,其中所述受试者具有更高的,例如增加的,TCRβV12亚家族,例如,包含TCRβV12
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4*01的TCRβV12亚家族的水平或活性。79.根据权利要求73
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78中任一项所述的方法,其中所述抗TCRβV抗体分子包含:(1)SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18和/或SEQ ID NO:19的重链互补决定区(HC CDR1)、HC CDR2和/或HC CDR3;和/或(2)SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:...
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