一种绵羊CHCHD7基因插入/缺失多态性的检测方法及其应用技术

本发明专利技术涉及生物技术与家畜育种技术领域，具体是公开了一种绵羊CHCHD7基因插入/缺失多态性的检测方法及其应用，该方法包括以下步骤，以包含CHCHD7基因的待测绵羊全基因组DNA为模板，利用PCR扩增包含绵羊CHCHD7基因3’侧翼区插入/缺失多态性位点的片段，对PCR扩增产物进行电泳，根据电泳结果鉴定所述插入/缺失多态性位点的基因型。本发明专利技术检测的插入/缺失多态性位点能够作为滩羊公羊体长性状、胸深性状的分子标记，有利于快速建立体尺性状优良的滩羊种群，加快良种选育速度。

【技术实现步骤摘要】
一种绵羊CHCHD7基因插入/缺失多态性的检测方法及其应用
本专利技术涉及生物技术与家畜育种
，具体属于一种绵羊CHCHD7基因NC_040260.1:g36219994_3622000位8-bp插入/缺失多态性(indel)位点的快速、准确分型检测及其在分子标记辅助选择育种中的应用。
技术介绍
随着分子遗传学的发展，人们越来越多地关注在DNA分子水平上研究基因之间的关系，迄今为止已经发现了几十个与数量性状遗传密切相关的主基因。标记辅助选择(Markerassistanceselection，简称MAS)是利用与数量性状相关的分子标记，以标记信息为辅助信息，可以从分子水平准确快速地分析个体的遗传组成，从而实现对基因型的选择。自1990年MAS的提出到现在，已经有二十多种遗传标记用于MAS研究，包括RFLP，RAPD，SSCP，RAMP，DDRT等。MAS可以用于检测基因多态性，是分子育种中常用的方法，经常与传统育种方法结合使用从而实现对基因型的直接选择，以缩短育种周期，加速动物育种速度。并且，该方法在克服表型鉴定的困难、早期选择、进行无损害的性状评价和选择及提高回交育种效率等方面具有优越性。插入/缺失多态性(insertion/deletion，indel)是一种分子标记，是DNA或蛋白质序列水平上发生频率仅次于残基替换的改变，表现为基因组中插入或缺失了不同大小的小片段DNA。与SNP相比，indel均是源于单突变事件，其突变频率较低，相对比较稳定，在结构上属于二等位基因多态性，能够通过很小的扩增子(<50bp)进行扩增。indel大致分成以下5大类：(1)单碱基对的插入/缺失；(2)单一碱基的插入/缺失；(3)重复单元为2～15个碱基的多碱基对插入/缺失；(4)转座子插入/缺失；(5)任意DNA序列的插入/缺失多态性。随着比较基因组学的深入研究，indel为理论研究和遗传育种应用研究提供了大量的生物信息，其作为新一代的遗传学鉴定标记，兼具SNP的优点。indel多集中在人类和各种农作物(如水稻和玉米等)的基因组研究中，在畜禽上则集中在对鸡生长性状的研究，在反刍动物上研究和应用甚少。由此，对反刍家畜的功能性基因的indel标记研究亟待开拓和深入。随着人们生活水平的提高，社会对绵羊产品的需求不断加强，但近年来羊肉、羊奶、羊绒等羊产品严重短缺。在高产、优质和高效的绵羊育种目标上，通过对在DNA水平上筛查的与绵羊生长发育性状密切相关的DNA标记进行基因多态性的检测，以及基因多态性与体尺性状的关联分析，从而利用MAS加快建立优良体尺性状绵羊种群一直是关注热点。CHCHD7基因(Coiled-Coil-Helix-Coiled-Coil-HelixDomainContaining7)，也称为COX23(CytochromeCOxidaseAssemblyHomolog)或MGC2217，位于绵羊的9号染色体，具有5个外显子和4个内含子，长度7139bp，其cDNA可以编码91个氨基酸(Westermanetal.，2004；Bancietal.，2012)。CHCHD7蛋白含有保守的双胞胎Cc9C结构基序，是存在于线粒体膜间隙的细胞色素c氧化酶组装所必需的保守因子(Barrosetal.，2004；Cavallaro，2010；Bancietal.，2012)，可能与细胞色素c氧化酶生物发生过程中的铜递送，铜稳态以及与血红素转移过程中的Cox1血红素化有关(DelaCruzetal.，2016；Murthaetal.，2018)。而且，CHCHD7编码的可溶性蛋白在哺乳动物体内普遍表达，其中在成人的组织中具有最高表达水平，特别是在心脏，骨骼肌和胰腺中；但在胎儿的组织中表达水平较低(Aspetal.，2006)。全基因组分析显示，CHCHD7基因多态性与牛和羊的生长性状有关，如身高，体型和肌肉形成(Utsunomiyaetal.，2013；Randhawaetal.，2014；Jiaoetal.，2014；Zhaoetal.，2015；Tayeetal.，2018)。近年来，越来越多的研究表明CHCHD7基因对哺乳动物的生长性状产生有重要影响，如Nellore牛的出生体重(Utsunomiyaetal.，2013)；杜洛克猪的断奶重(Jiaoetal.，2014)；日本和牛的胴体重量(Nishimuraetal.，2012)；安格斯牛，泽西岛牛和荷斯坦牛的体高(Lettreetal.，2008；Tayeetal.，2018)；德国Fleckvieh牛，安格斯牛和利木赞牛的体型(Lettreetal.，2008；Zhaoetal.，2015；Tayeetal.，2018)。但是，目前尚未见到关于CHCHD7基因indel位点及其与生长发育性状存在显著相关的报道。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供了一种绵羊CHCHD7基因插入/缺失多态性的检测方法及其应用，克服了现有技术的不足，。为解决上述问题，本专利技术所采取的技术方案如下：一种绵羊CHCHD7基因插入/缺失多态性的检测方法，其特征在于：包括以下步骤：以包含CHCHD7基因的待测绵羊全基因组DNA为模板，利用PCR扩增包含绵羊CHCHD7基因3’侧翼区插入/缺失多态性位点的片段，对PCR扩增产物进行电泳，根据电泳结果鉴定所述插入/缺失多态性位点的基因型；所述PCR采用的引物对(P1)为：上游引物：5'-TGGCCTTGACAGACACATCC-3'(20nt)；下游引物：5'-CCTGCAGAGCTTCCCTTTCT-3'(20nt)。进一步，所述插入/缺失多态性位点选自绵羊CHCHD7基因NC_040260.1:g36219994_3622000位8-bp插入/缺失多态性位点。进一步，根据电泳结果，所述插入/缺失多态性位点的插入/插入基因型表现为156bp一条带纹，插入/缺失基因型表现为156bp和148bp以及异源双链条带共三条带纹，无缺失/缺失基因型。进一步，所述PCR采用的反应程序为：95℃预变性5min；94℃变性30s，68℃退火30s，72℃延伸20s，18个循环，每循环后退火温度减1℃；50℃退火30s，72℃延伸12s，30个循环；72℃延伸10min。进一步，所述电泳采用质量浓度为3.5％的琼脂糖凝胶。上述绵羊CHCHD7基因插入/缺失多态性的检测方法在绵羊分子标记辅助选择育种中的应用。进一步，所述插入/缺失多态性位点的插入/插入基因型可以作为提高滩羊公羊体长和胸深性状的DNA标记。进一步，所述绵羊选自滩羊。本专利技术与现有技术相比较，本专利技术的实施效果如下：本专利技术所述一种绵羊CHCHD7基因插入/缺失多态性的检测方法及其应用，本专利技术根据绵羊CHCHD7基因3’侧翼区插入/缺失多态性位点(参考序列NC_040260.1:g36219994_3622000delGTTACAAG)设计引物，以绵羊基因组DNA为模板，通过序列扩增本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种绵羊CHCHD7基因插入/缺失多态性的检测方法，其特征在于：包括以下步骤：/n以包含CHCHD7基因的待测绵羊全基因组DNA为模板，利用PCR扩增包含绵羊CHCHD7基因3’侧翼区插入/缺失多态性位点的片段，对PCR扩增产物进行电泳，根据电泳结果鉴定所述插入/缺失多态性位点的基因型；/n所述PCR采用的引物对(P1)为：/n上游引物：5'-TGGCCTTGACAGACACATCC-3'；/n下游引物：5'-CCTGCAGAGCTTCCCTTTCT-3'。/n

【技术特征摘要】
1.一种绵羊CHCHD7基因插入/缺失多态性的检测方法，其特征在于：包括以下步骤：
以包含CHCHD7基因的待测绵羊全基因组DNA为模板，利用PCR扩增包含绵羊CHCHD7基因3’侧翼区插入/缺失多态性位点的片段，对PCR扩增产物进行电泳，根据电泳结果鉴定所述插入/缺失多态性位点的基因型；
所述PCR采用的引物对(P1)为：
上游引物：5'-TGGCCTTGACAGACACATCC-3'；
下游引物：5'-CCTGCAGAGCTTCCCTTTCT-3'。


2.根据权利要求1所述的一种绵羊CHCHD7基因插入/缺失多态性的检测方法，其特征在于：所述插入/缺失多态性位点选自绵羊CHCHD7基因NC_040260.1:g36219994_3622000位8-bp插入/缺失多态性位点。


3.根据权利要求2所述的一种绵羊CHCHD7基因插入/缺失多态性的检测方法及其应用，其特征在于：根据电泳结果，所述插入/缺失多态性位点的插入/插入基因型表现为156bp一条带纹，插入/缺...

【专利技术属性】
技术研发人员：蔡勇，徐红伟，李海霞，蓝贤勇，阿依木古丽，杨具田，臧荣鑫，
申请(专利权)人：西北民族大学，
类型：发明
国别省市：甘肃;62