ＧＰＩＩＩａ和ＣＯＸ－１基因ＳＮＰ检测液相芯片以及特异性引物制造技术

本发明专利技术公开了一种ＧＰＩＩＩａ基因ＳＮＰ检测液相芯片和特异性引物，其主要包括有：针对ＧＰＩＩＩａ基因的ＳＮＰ位点，分别设计的野生型和突变型的ＡＳＰＥ引物对，每种ＡＳＰＥ引物由５’端的ｔａｇ序列和３’端针对目的基因ＳＮＰ位点的特异性引物组成；分别包被有特异的ａｎｔｉ－ｔａｇ序列的、具有不同颜色编码的微球，所述ａｎｔｉ－ｔａｇ序列选自ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．１７～ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２４中的序列，且所述ａｎｔｉ－ｔａｇ序列能相应地与每种ＡＳＰＥ引物中所选的ｔａｇ序列互补配对；用于扩增出含有Ｔ１９６Ｃ　ＳＮＰ位点的ＧＰＩＩＩａ基因目标序列的扩增引物。本发明专利技术还提供了一种ＣＯＸ－１和ＧＰＩＩＩａ基因ＳＮＰ检测液相芯片和特异性引物，该液相芯片除了具有ＧＰＩＩＩａ基因的对应的组成外，还具有针对ＣＯＸ－１基因ＳＮＰ位点的ＡＳＰＥ引物对、包被有特异的ａｎｔｉ－ｔａｇ序列的微球以及扩增引物。所述检测液相芯片具有非常好的信号－噪声比，能够避免交叉反应，且可以实现多个ＳＮＰ位点的并行检测。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种COX-1和GPIIIa基因SNP检测液相芯片以及特异性引物。
技术介绍
血小板膜糖蛋白(Glycoprotein IIIa，GPIIIa)是主要的血小板整合素和激活剂，它是一种跨膜的糖蛋白复合物。其作用是作为受体，介导纤维蛋白原结合于血小板表面及随后的血小板聚集。GPIIIa包含人类血小板抗原1(human platelet antigen，HPA)或PIA，此基因存在与纤维蛋白原结合的多态性位点，美国一项病例对照研究观察到GPIIIa基因的白氨酸-33被脯氨酸取代，即HPA-1的T196C突变(Leu33Pro，rs5918，即PLA1/A2异型抗原系统)与急诊血栓形成之间有关联，其预告意义在高血压、吸烟、高胆固醇血症或糖尿病等已知冠心病危险因子之上。环氧合酶(Cyclooxygenase，COX)是花生四烯酸转化成类花生酸类物质途径中重要的限速酶，如：前列腺素的合成(Prostaglandins，PGs)。环氧合酶存在两种同工酶，即为COX-1和COX-2，COX-1(Cyclooxygenase 1)属于管家酶，又名前列腺素内过氧化物G/H合成酶(prostaglandin endoperoxide G/H synthase，PTGS1)，在机体的各组织中均有表达，它产生的前列腺素参与机体正常的生理过程和保护功能，在大多数正常细胞中都呈稳定表达。一般情况下活性稳定，在应激状态下或受某些激素、生长因子刺激时，其活性可轻度增加2倍～4倍。COX-1蛋白由576个氨基酸组成，其编码基因位于染色体9，大小约22kb，含有11个外显子。有研究表明，携带不平衡完全连锁的C50T和A842G单核苷酸突变的患者，阿司匹林在前列腺素H2合成过程中比正常的基因型起着更大的抑制作用。此外，COX-1的G123A位点多态性与阿司匹林抵抗(Aspirin Resistance，AR)相关。其中，C50T(rs3842787)位于COX-1的exon2上，A842G(rs10306114)发生在COX-1的启动子区域，G123A(rs3842788)发生在COX-1的exon3上。目前对COX-1和GPIIIa多态性检测的产品一般基于PCR技术的荧光定量PCR法、RFLP法和DNA测序法等，存在灵敏度低，样品易污染、假阳性率高的缺点，同时由于检测通量的局限性，不能满足实际应用的需要。
技术实现思路
本专利技术的目的之一是提供一种GPIIIa基因SNP检测液相芯片，该液相芯片可用于检测GPIIIa基因常见基因型T196C的野生型和突变型。实现上述目的的技术方案如下：一种GPIIIa基因SNP检测液相芯片，主要包括有：(A)针对GPIIIa基因的SNP位点，分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对：每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因SNP位点的特异性引物组成，所述特异性引物是：针对GPIIIa基因T196C SNP位点的SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16；-->所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.8；(B)分别包被有特异的anti-tag序列的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.17～SEQ ID NO.24中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对，且所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；(C)用于扩增出具有T196C SNP位点的GPIIIa基因目标序列的扩增引物。优选地，所述扩增引物为针对GPIIIa基因T196C SNP位点的SEQ ID NO.31～SEQ IDNO.32。更优选地，所述ASPE引物对为：针对GPIIIa基因T196C SNP位点的由SEQ ID NO.7和SEQID NO.15组成的序列以及由SEQ ID NO.8和SEQ ID NO.16组成的序列。本专利技术还提供了GPIIIa基因SNP检测的特异性引物，包括有：针对T196C SNP位点的野生型和突变型的SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16。本专利技术的另一目的，是提供一种COX-1和GPIIIa基因SNP检测液相芯片，该液相芯片可以对COX-1和GPIIIa基因进行同步检测。具体技术方案如下：一种GPIIIa和COX-1基因SNP检测液相芯片，主要包括有：(A)针对COX-1基因和GPIIIa基因的SNP位点，分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对：每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物组成，所述特异性引物是：针对COX-1基因C50T SNP位点的SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10、针对COX-1基因A842G SNP位点的SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12、和/或针对COX-1基因G123A SNP位点的SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.14；以及针对GPIIIa基因T196C SNP位点的SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.8；(B)分别包被有特异的anti-tag序列的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.17～SEQ ID NO.24中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对，且所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；(C)用于扩增具有C50T、A842G和/或G123A SNP位点的COX-1基因目标序列的扩增引物；以及用于扩增具有T196C SNP位点的GPIIIa基因目标序列的扩增引物。优选地，所述扩增引物为针对COX-1基因C50T SNP位点的SEQ ID NO.25～SEQ ID NO.26，针对COX-1基因A842G SNP位点的SEQ ID NO.27～SEQ ID NO.28，和/或针对COX-1基因G123A SNP位点的SEQ ID NO.29～SEQ ID NO.30；以及针对GPIIIa基因T196C SNP位点的SEQID NO.31～SEQ ID NO.32。进一步地，所述ASPE引物对为：针对COX-1基因C50T SNP位点的由SEQ IDNO.1和SEQ ID NO.9组成的序列以及由SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.10组成的序列、针对COX-1基因A842G SNP位点的由SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.11组成的序列以及由SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.12组成的序列、和/或针对COX-1基因G123A SNP位点的由SEQ ID NO.5和SEQID NO.13组成的序列以及由SEQ ID NO.6和SEQ ID NO.14组成的序列；以及针对GPIIIa基因T196C SNP位点的由SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.15组成的序列以及由SEQ ID NO.8和SEQ ID NO.16组成的序列。-->优选地，所述anti-tag序列与微球连接中间的间隔臂序本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种ＧＰⅢａ基因ＳＮＰ检测液相芯片，其特征是，主要包括有：（Ａ）针对ＧＰⅢａ基因的ＳＮＰ位点，分别设计的野生型和突变型的ＡＳＰＥ引物对：每种ＡＳＰＥ引物由５’端的ｔａｇ序列和３’端针对目的基因ＳＮＰ位点的特异性引物组成，所述特异性引物是：针对ＧＰⅢａ基因Ｔ１９６Ｃ　ＳＮＰ位点的ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．１５和ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．１６；所述ｔａｇ序列选自ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．１～ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．８；（Ｂ）分别包被有特异的ａｎｔｉ－ｔａｇ序列的、具有不同颜色编码的微球，所述ａｎｔｉ－ｔａｇ序列选自ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．１７～ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ．２４中的序列，且所述ａｎｔｉ－ｔａｇ序列能相应地与（Ａ）中所选的ｔａｇ序列互补配对，且所述ａｎｔｉ－ｔａｇ序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；（Ｃ）用于扩增出具有Ｔ１９６Ｃ　ＳＮＰ位点的ＧＰⅢａ基因目标序列的扩增引物。

【技术特征摘要】
1.一种GPIIIa基因SNP检测液相芯片，其特征是，主要包括有：(A)针对GPIIIa基因的SNP位点，分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对：每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因SNP位点的特异性引物组成，所述特异性引物是：针对GPIIIa基因T196C SNP位点的SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.8；(B)分别包被有特异的anti-tag序列的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.17～SEQ ID NO.24中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对，且所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；(C)用于扩增出具有T196C SNP位点的GPIIIa基因目标序列的扩增引物。2.根据权利要求1所述的GPIIIa基因SNP检测液相芯片，其特征是，所述扩增引物为针对GPIIIa基因T196C SNP位点的SEQ ID NO.31～SEQ ID NO.32。3.根据权利要求1所述的GPIIIa基因SNP检测液相芯片，其特征是，所述ASPE引物对为：针对GPIIIa基因T196C SNP位点的由SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.15组成的序列以及由SEQ ID NO.8和SEQ ID NO.16组成的序列。4.根据权利要求1-3所述的GPIIIa基因SNP检测液相芯片，其特征是，所述间隔臂序列为5-10个T。5.用于GPIIIa基因SNP检测的特异性引物，其特征是，包括有：针对T196C SNP位点的野生型和突变型的SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.16。6.一种GPIIIa和COX-1基因SNP检测液相芯片，其特征是，主要包括有：(A)针对COX-1基因和GPIIIa基因的SNP位点，分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对：每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物组成，所述特异性引物是：针对COX-1基因C50T SNP位点的SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10、针对COX-1基因A842G SNP位点的SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12、和/或针对COX-1基因G123A SNP位点的SEQ ID NO.13和SEQ ...

【专利技术属性】
技术研发人员：许嘉森，秦会娟，余刚，曾涛，
申请(专利权)人：广州益善生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：81