【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于基因芯片，涉及一种基于靶向捕获测序的姜曲海猪50k snp液相芯片及其应用。
技术介绍
1、姜曲海猪是由大花脸猪和淮猪经过多种形式的杂交和长期选育而逐渐形成的，兼有两者的特征。早在1818年，金榜撰写的《海曲拾遗》一书中就有“(本地猪)非若淮北苦脸猪”的记载，说明那时已形成了一个与淮猪不同的新类型，即现代姜曲海猪。姜曲海猪具有性情温驯、适应性强、性成熟早、繁殖力较高、肉质细嫩、肉味鲜美等特点。但也有生长速度慢、瘦肉率低的弱点。2021年第三次全国畜禽遗传资源普查显示江苏省仅有1521头姜曲海猪，其中种公猪15头，基础母猪343头。姜曲海猪的濒危等级为濒临灭绝，保种群体较小易造成近交系数升高从而导致性能衰退，因此品种鉴定和亲缘关系鉴定对姜曲海猪的保护具有重要意义。
2、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,snp)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的dna序列多态性。snp数量多，分布广泛，适于快速、规模化筛查，易于基因分型，已成为畜禽品种鉴定和亲缘关系鉴定的重要工具。目前主流的商用猪snp芯片为基于illumina平台的固相芯片，如纽勤50k和中芯一号等，且芯片位点多来源于杜洛克猪参考基因组，无法准确对地方猪进行品种鉴定和亲缘关系鉴定。基于靶向捕获测序技术(genotype by target sequencing，gbts)的液相芯片不仅对测序平台有很好的普适性，还具有标记增减灵活和样本检测灵活等优势，逐渐成为snp芯片的革命性技术。
>技术实现思路
1、本专利技术的目的是提供一种基于靶向捕获测序的姜曲海猪snp分子标记组合及50ksnp液相芯片和应用，以实现姜曲海猪的品种鉴定和亲缘关系鉴定。
2、为实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：
3、一种基于靶向捕获测序的姜曲海猪snp分子标记组合，所述姜曲海猪snp分子标记组合由50014个snp分子标记组成，所述snp分子标记在猪参考基因组(sus_scrofa.sscrofa11.1)上的位置如说明书表1中no.00001至no.50014所示。
4、表1 50014个snp分子标记位置
5、
6、
7、
8、
9、
10、
11、
12、
13、
14、
15、
16、
17、
18、
19、
20、
21、
22、
23、
24、
25、
26、
27、
28、
29、
30、
31、
32、
33、
34、
35、
36、
37、
38、
39、
40、
41、
42、
43、
44、
45、
46、
47、
48、
49、
50、
51、
52、
53、
54、
55、
56、
57、
58、
59、
60、
61、
62、
63、
64、
65、
66、
67、
68、
69、
70、
71、
72、
73、
74、
75、
76、
77、
78、
79、
80、
81、
82、
83、
84、
85、
86、
87、
88、
89、
90、
91、
92、
93、
94、
95、
96、
97、
98、
99、
100、
101、
102、
103、
104、
105、
106、
107、
108、
109、
110、
111、
112、
113、
114、
115、
116、
117、
118、
119、
120、
121、
122、
123、
124、
125、
126、
127、所述snp分子标记包含两类：一类是11169个品种鉴定位点；第二类以基因组均匀分布为筛选原则，筛选的38845个snp位点，即背景位点。
128、所述品种鉴定位点是由姜曲海猪和其他猪品种个体的全基因组重测序数据，通过数据分析获得。
129、所述背景位点通过以下方法获得：
130、以全基因组每20k划分为一个窗口，将11169个品种鉴定位点作为vip位点，以17,403,501个位点集作为候选位点集进行芯片选点；每个窗口选点的原则为：若窗口内有vip位点则只保留vip位点，若窗口内无vip位点则选择该窗口内maf最高的位点并按照maf<0.05、哈迪-温伯格平衡(hardy-weinberg equilibrium,hwe)<10e-6的标准进行质量控制，以此类推；将候选位点提交北京康普森农业科技有限公司探针设计系统进行打分，最终共获得38845个snp位点。
131、一种姜曲海猪50k snp芯片，由所述的姜曲海猪snp分子标记组合制得。
132、所述芯片为基于靶向捕获测序技术的液相芯片。
133、所述的姜曲海猪50k snp芯片在猪dna样品检测中的应用。
134、所述应用包括姜曲海猪的品种鉴定和亲缘关系鉴定。
135、有益效果：相比于现有技术，本专利技术具有以下优势：
136、(1)该芯片包含的snp位点来源于姜曲海猪全基因组重测序数据，因此更适合于姜曲海猪的品种鉴定和亲缘关系鉴定；
137、(2)该芯片为液相芯片，相较于固相芯片，该液相芯片标记增减灵活，样本检测灵活，测序平台普适性好。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种基于靶向捕获测序的姜曲海猪SNP分子标记组合，其特征在于：所述姜曲海猪SNP分子标记组合由50014个SNP分子标记组成，所述SNP分子标记在猪参考基因组（Sus_scrofa.Sscrofa11.1）上的位置如说明书表1中NO.00001至NO.50014所示。
2.根据权利要求1所述的基于靶向捕获测序的姜曲海猪SNP分子标记组合，其特征在于：所述SNP分子标记包含两类：一类是11169个品种鉴定位点；第二类以基因组均匀分布为筛选原则，筛选的38845个背景位点。
3.根据权利要求2所述的基于靶向捕获测序的姜曲海猪SNP分子标记组合，其特征在于：所述品种鉴定位点是由姜曲海猪和其他猪品种个体的全基因组重测序数据，通过数据分析获得。
4.根据权利要求2所述的基于靶向捕获测序的姜曲海猪SNP分子标记组合，其特征在于：所述背景位点通过以下方法获得：
5.一种姜曲海猪50KSNP芯片，其特征在于：所述姜曲海猪50K SNP芯片由权利要求1至4任一所述的姜曲海猪SNP分子标记组合制得。
6.根据权利要求5所述的姜曲海猪50
7.权利要求5或6所述的姜曲海猪50K SNP芯片在猪DNA样品检测中的应用。
8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于：所述应用包括姜曲海猪的品种鉴定和亲缘关系鉴定。
...【技术特征摘要】
1.一种基于靶向捕获测序的姜曲海猪snp分子标记组合，其特征在于：所述姜曲海猪snp分子标记组合由50014个snp分子标记组成，所述snp分子标记在猪参考基因组（sus_scrofa.sscrofa11.1）上的位置如说明书表1中no.00001至no.50014所示。
2.根据权利要求1所述的基于靶向捕获测序的姜曲海猪snp分子标记组合，其特征在于：所述snp分子标记包含两类：一类是11169个品种鉴定位点；第二类以基因组均匀分布为筛选原则，筛选的38845个背景位点。
3.根据权利要求2所述的基于靶向捕获测序的姜曲海猪snp分子标记组合，其特征在于：所述品种鉴定位点是由姜曲海猪和其他猪品种个体...
【专利技术属性】
技术研发人员：徐盼，张伟，倪黎纲，周春宝，赵旭庭，张君胜，蒋秀珠，范林涛，高正杰，宫佳琦，何元昊，凌心蕊，徐雨馨，
申请(专利权)人：江苏农牧科技职业学院，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。