【技术实现步骤摘要】
本申请涉及分子诊断，特别是涉及一种dna复制晚期区域作为泛癌种诊断标志物的应用。
技术介绍
1、由于癌症患者的早期发现是可以提前干预，并能显著得降低患者的死亡率、提高其生命质量以及延长其生存时间。随着液体活检技术的发展和成熟，癌症早筛市场有望从早期探索阶段进入到高速成长阶段。以grail和燃石为代表的国内外头部企业纷纷在泛癌种早筛领域布局，虽然各个公司的检测技术和筛选的位点区域各不相同，但都是基于肿瘤信号的强度和丰度的综合考量。其中泛癌早筛领军企业grail的研究团队在第一个子研究中发现，全基因甲基化测序(wgbs)优于靶向测序检测突变和全基因组测序(wgs)的方法，所以研究团队使用靶向甲基化测序分析方法对肿瘤患者进行早期检测。泛癌种早筛产品的开发，存在技术壁垒高、资金投入大、开发周期长的特点，尤其在前期生物标志物筛选的好坏，更是影响到后期项目效果的优略，所以早筛企业在生物标志物的筛选阶段都是做了大量的研究工作。
2、循环肿瘤dna(ctdna)是来源于释放到血浆中的肿瘤细胞的dna，它在游离dna(cfdna)的含量很低，早期肿瘤患者更是不到1％，这导致肿瘤信号极其微弱，很难被检测到，所以如何选择ctdna的分子遗传特征以及其特征在基因组上的区间显得至关重要。对于ctdna突变特征，通过高深度测序的检测方法能够达到的检测极限在0.1-0.5％之间，这不能达到癌种早期的检测要求，尤其是那些释放ctdna到血液极少的癌种，比如肺癌。ctdna的甲基化特征作为早筛聚焦的另一个方向，备受各个企业的青睐。
3、传
4、有鉴于此，提出本申请。
技术实现思路
1、为解决上述问题，本申请通过对9个癌种(肺癌、结肠癌、胃癌、乳腺癌、肝癌、食管癌、胰腺癌、卵巢癌、淋巴癌)的肿瘤组织和癌旁样本的wgbs测序发现，肿瘤组织的dna复制晚期的区间富集dna低甲基化，并且这个现象普遍存在于这9个癌种中。同时这些区域在突变、模式序列、片段长短比等多个特征均有富集，扩大信号强度和丰度，弥补ctdna在cfdna信号微弱的缺点。因此，基因组的dna复制晚期区域作为泛癌种候选区域，富集了基因组和表观基因组等多组学信号，包括dna低甲基化、高突变频率、片段短长比、末端模式序列(endmotif)(丰度差异)、断点模式序列(break-point motif)(丰度差异)等。以该区域作为泛癌早筛的生物标志物，可用于整合dna甲基化、片段特征以及突变等多组学肿瘤信号，对泛癌种进行早期筛查，其检测的信号强度和丰度以及产品的性能均优于现有的技术和产品。。
2、所以，本申请至少具有如下目的：
3、本申请的第一目的是寻求一种针对泛癌种诊断的全新用途；
4、本申请的第二目的是寻求一种适于泛癌种诊断的全新产品；
5、本申请的第三目的是寻求一种针对泛癌种诊断的全新方法。
6、为实现上述目的，本申请提出如下具体技术方案：
7、本申请首先提供一种dna复制晚期区域作为标志物在诊断或预测泛癌种的应用，或获取样本中dna复制晚期区域水平的检测剂或组件在制备用于诊断或预测泛癌种的产品中的应用。
8、在一些方面，所述产品包括但不限于试剂盒形式、系统装置形式、计算机可读介质或计算机系统形式。
9、在一些方面，所述dna复制晚期区域作为泛癌种诊断或预测的独立指征。
10、在一些方面，所述所述dna复制晚期区域水平包括dna复制晚期区域中的dna甲基化水平、突变频率水平、片段特征水平之一或多个；优选的，所述甲基化水平为低甲基化水平，所述突变频率水平为高突变频率水平；更优选的，所述片段特征水平包括片段短长比水平、末端模式序列丰度差异水平和断点模式序列丰度差异水平之一或多个。
11、进一步的，所述获取通过测序技术、核酸扩增技术、核酸杂交技术、电泳技术、生物质谱技术或色谱技术获取。
12、进一步的，所述获取的方法包括但不限于以下任一种方法：基因测序法、聚合酶链反应法、等温扩增反应法、基因芯片法、探针杂交法、凝胶电泳法、rna印迹法、核酸质谱法或液相色谱法。
13、在一些方面，所述产品中还包括获取其他泛癌种诊断标志物水平的检测剂或组件，用于联合检测。
14、在一些方面，所述产品中还包括样本的处理试剂等，比如核酸提取试剂等。
15、在一些方面，所述样本包括血清、血浆、全血、组织、细胞、体液、尿液、精液、脑脊液、唾液、胸水、腹水、粪便或滑液之一或多个；优选的，所述样本为血清、血浆、全血或组织。
16、在一些方面，所述应用包括如下步骤：
17、(i)获取样本中所述受试者样本中dna复制晚期区域水平；
18、(ii)与对照样本进行dna复制晚期区域水平比较，其中所述受试者样本与所述对照样本中dna复制晚期区域水平存在显著性差异是所述受试者患有泛癌种的指征；或者，与设定的阈值绝对量进行比较，其中所述受试者样本水平高于阈值绝对量是所述受试者患有泛癌种的指征。
19、在一些方面，所述诊断包括但不限于针对泛癌种的筛查、早期诊断、辅助确诊、确诊、预测/判断疾病严重程度、评估疾病活动度、监测治疗等；优选的，针对早期诊断。
20、本申请还提供一种用于诊断或预测泛癌种的产品，包括获取样本中dna复制晚期区域水平的检测剂或组件。
21、在一些方面，所述产品包括但不限于：试剂盒形式、系统装置形式、计算机可读介质或计算机系统形式的产品。
22、在一些方面，所述dna复制晚期区域可独立作为泛癌种诊断或预测的指征。
23、在一些方面，所述所述dna复制晚期区域水平包括dna复制晚期区域中的dna甲基化水平、突变频率水平、片段特征水平之一或多个；优选的，所述甲基化水平为低甲基化水平，所述突变频率水平为高突变频率水平；更优选的，所述片段特征水平包括片段短长比水平、末端模式序列丰度差异水平和断点模式序列丰度差异水平之一或多个。
24、进一步的，所述获取通过测序技术、核酸扩增技术、核酸杂交技术、电泳技术、生物质谱技术或色谱技术获取。
25、进一步的，所述获取的方法包括但不限于以下任一种方法：基因测序法、聚合酶链反应法、等温扩增反应法、基因芯片法、探针杂交法、凝胶电泳法、rna印迹法、核酸质谱法或液相色谱法。
26、在一些方面，所述产品中还包括获取其他泛癌种诊断标志物水本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.获取样本中DNA复制晚期区域水平的检测剂或组件在制备用于泛癌种诊断产品中的应用，或DNA复制晚期区域作为标志物在泛癌种诊断中的应用。
2.一种用于泛癌种诊断的产品，其特征在于，包含获取样本中DNA复制晚期区域水平的检测剂或组件。
3.根据权利要求1所述的应用或权利要求2所述的产品，其特征在于，所述DNA复制晚期区域水平包括DNA复制晚期区域中DNA的甲基化水平、突变频率水平、片段特征水平之一或多个；优选的，所述片段特征水平包括片段短长比水平、末端模式序列丰度差异水平和断点模式序列丰度差异水平之一或多个。
4.根据权利要求1所述的应用或权利要求2所述的产品，其特征在于，所述甲基化水平为低甲基化水平，所述突变频率水平为高突变频率水平。
5.根据权利要求1所述的应用或权利要求2所述的产品，其特征在于，所述获取通过测序技术、核酸扩增技术、核酸杂交技术、电泳技术、生物质谱技术或色谱技术进行获取；有选的，所述样本包括血清、血浆、全血、组织、细胞、体液、尿液、精液、脑脊液、唾液、胸水、腹水、粪便或滑液之一或多个；优选的，所述样本为血清、血浆、
6.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述应用包括如下步骤：
7.DNA复制晚期区域作为泛癌早筛标志物中的应用。
8.一种在体内或体外泛癌种诊断的方法，其特征在于，包括对受试者样本中DNA复制晚期区域水平进行获取的步骤；
9.一种用于评价或筛选泛癌种的诊断标志物的方法，其特征在于，包含将潜在生物标志物与DNA复制晚期区域水平进行相关性或者一致性分析的步骤。
10.一种体内或体外评价或筛选泛癌种治疗剂的方法，所述方法包括对经治疗剂处理后的样本进行DNA复制晚期区域水平评价的步骤。
...【技术特征摘要】
1.获取样本中dna复制晚期区域水平的检测剂或组件在制备用于泛癌种诊断产品中的应用，或dna复制晚期区域作为标志物在泛癌种诊断中的应用。
2.一种用于泛癌种诊断的产品，其特征在于，包含获取样本中dna复制晚期区域水平的检测剂或组件。
3.根据权利要求1所述的应用或权利要求2所述的产品，其特征在于，所述dna复制晚期区域水平包括dna复制晚期区域中dna的甲基化水平、突变频率水平、片段特征水平之一或多个；优选的，所述片段特征水平包括片段短长比水平、末端模式序列丰度差异水平和断点模式序列丰度差异水平之一或多个。
4.根据权利要求1所述的应用或权利要求2所述的产品，其特征在于，所述甲基化水平为低甲基化水平，所述突变频率水平为高突变频率水平。
5.根据权利要求1所述的应用或权利要求2所述的产品，其特征在于，所述获取通过测序技术、...
【专利技术属性】
技术研发人员：邓望龙，叶雷，魏强，张超，王小强，任用，李诗濛，
申请(专利权)人：江苏先声医学诊断有限公司，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。