【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及属于分子标记辅助选择，具体为一种与桃仁风味(苦味或甜味)紧密连锁的ltr-te分子标记及其应用。
技术介绍
1、
2、
3、桃仁风味分为苦味和甜味，这是加工桃仁产品的重要特征，werner et al(1997)通过杂交后代群体分离分析表明桃仁风味性状由单个隐性基因位点控制，命名为sk。并将sk定位到桃基因组5号连锁群上，发现与调控油桃性状基因位点的遗传距离为12cm，而且发现种子的风味性状由母本基因型决定，与胚的基因型无关。最近基于snp对桃仁风味性状进行gwas，发现最显著的信号峰位于基因组5号染色体上ppa015634m基因的启动子，该基因编码一个bhlh14转录因子，该snp能解释78.1％的表型变异(cao et al.,2016)，但ppa015634m功能和关联snp对候选基因的影响没有进一步探索。
4、然而，到目前为止，pp05染色体上的sk基因仍未被鉴定，与桃仁风味(苦味或甜味)紧密连锁的分子标记仍未被开发，难以实现早期对桃仁风味(苦味或甜味)进行分子鉴定。
技术实现思路
1、本专利技术克服了上述现有技术的不足，提供一种与桃仁风味(苦味或甜味)紧密连锁的ltr-te分子标记及其应用。利用桃仁风味(苦味或甜味)分离后代作为材料，确定了与桃仁风味(苦味或甜味)紧密连锁的ltr-te分子标记，利用该分子标记可以替代传统的品尝判断桃仁风味(苦味或甜味)的方法，在早期即可实现对桃仁风味(苦味或甜味)性状的鉴定。
3、进一步的，上述ltr-te分子标记的侧翼序列的核苷酸序列如seq id no.2所示。
4、进一步的，上述ltr-te分子标记位于桃基因组v2.0
5、(https://www.rosaceae.org/species/prunus_persica/genome_v2.0.a1)pp05染色体的12,598,670bp处。
6、进一步的，检测上述ltr-te分子标记的引物对，其核苷酸如seq id no.3和seq idno.4所示。
7、上述与桃仁风味(苦味或甜味)紧密连锁的ltr-te分子标记或上述引物对在选育具有桃仁风味(苦味或甜味)性状的种质资源中的应用。
8、上述应用的应用方法，包括如下步骤：
9、1)提取待测桃树基因组的dna；
10、2)以待测桃树的基因组dna为模板，利用上述引物对进行pcr扩增反应；
11、3)对扩增产物进行sanger测序，检测上述ltr-te分子标记存在情况，当基因型为ltr-te/ltr-te对应桃仁风味(甜味)，基因型为a/a或者a/ltr-te对应桃仁风味(苦味)。
12、进一步的，上述应用方法中所述的步骤2)中所述的pcr扩增反应体系为：10ng/μldna模板1μl，10μlm引物各1μl，2×phanta max master mix 12.5μl，余量为双蒸水，补齐至25μl。
13、进一步的，上述应用方法中所述的步骤2)中所述的pcr扩增的反应条件：95℃预变性30min；95℃变性15s；退火15s；72℃延伸(15-30s/kb)，循环32-34次，72℃终延伸5min。
14、有益效果：
15、(1)本专利技术采用基于重测序技术，对桃仁风味(苦味或甜味)的基因进行了精细定位，在精细定位区域内，开发出稳定的、共显性和多态性的ltr-te分子标记，获得了与桃仁风味(苦味或甜味)基因紧密连锁的ltr-te分子标记，命名为sk-ltr-te-12.60。由于研究的对象具有桃仁风味(苦味或甜味)的种质，已依据获得的紧密连锁标记克隆出了目标性状的基因，应用于分子辅助选育优良桃品种。
16、(2)本专利技术不仅为桃仁风味(苦味或甜味)基因的精细定位和分子克隆奠定了基础，同时也为利用分子标记辅助选育具有不同桃仁风味基因的桃树新品种提供了高效途径。
17、(3)本专利技术基于开发的分子标记引物对提供用于辅助筛选具有特定桃仁风味(苦味或甜味)的桃树新品种的方法。
18、(4)通过本专利技术提供的分子标记，可以实现早期对桃仁风味(苦味或甜味)性状进行分子鉴定和筛选，具有高效、限制少、准确的优点。
19、(5)本专利技术方法简便、快捷，有很好的应用推广前景。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种与桃仁风味紧密连锁的LTR-TE分子标记，其特征在于，核苷酸序列如SEQ IDNO.1所示。
2.如权利要求1所述的LTR-TE分子标记，其特征在于，其侧翼序列的核苷酸序列如SEQID NO.2所示。
3.如权利要求1所述的LTR-TE分子标记，其特征在于，所述LTR-TE分子标记位于桃基因组V2.0的Pp05染色体的12,598,670bp处。
4.检测如权利要求1所述的LTR-TE分子标记的引物对，其特征在于，其核苷酸如SEQ IDNO.3和SEQ ID NO.4所示。
5.如权利要求1所述的与桃仁风味紧密连锁的LTR-TE分子标记或如权利要求4所述的引物对在选育具有桃仁风味性状的种质资源中的应用。
6.如权利要求5所述的应用的应用方法，其特征在于，包括如下步骤：
7.如权利要求6所述的应用方法，其特征在于，步骤2)中所述的PCR扩增的反应体系为：10ng/μl DNA模板1μl，10μlM引物各1μl，2×Phanta Max Master Mix 12.5μl，余量为双蒸水，补齐至25μl。<...
【技术特征摘要】
1.一种与桃仁风味紧密连锁的ltr-te分子标记，其特征在于，核苷酸序列如seq idno.1所示。
2.如权利要求1所述的ltr-te分子标记，其特征在于，其侧翼序列的核苷酸序列如seqid no.2所示。
3.如权利要求1所述的ltr-te分子标记，其特征在于，所述ltr-te分子标记位于桃基因组v2.0的pp05染色体的12,598,670bp处。
4.检测如权利要求1所述的ltr-te分子标记的引物对，其特征在于，其核苷酸如seq idno.3和seq id no.4所示。
5.如权利要求1所述的与桃仁风味紧密连锁的ltr-te分子标记或如权利要...
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