包含变体多肽的组合物及其用途制造技术

本发明专利技术涉及变体多肽、制备这些变体多肽的方法、用于表征这些变体多肽的方法、包含这些变体多肽的组合物和细胞以及使用这些变体多肽的方法。本发明专利技术进一步涉及包含这些变体多肽的复合物、产生这些复合物的方法、用于表征这些复合物的方法、包含这些复合物的细胞以及使用这些复合物的方法。用这些复合物的方法。用这些复合物的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】包含变体多肽的组合物及其用途
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求于2021年3月9日提交的美国临时申请63/158,738和2021年4月16日提交的美国临时申请63/176,021的优先权，将这些临时申请中的每一个的全部内容特此通过援引并入。
[0003]序列表
[0004]本申请含有已以ASCII格式以电子方式提交且特此通过援引以其全文并入的序列表。创建于2022年3月7日的所述ASCII副本被命名为A2186
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7045WO_SL.txt，并且大小是291,503字节。

技术介绍

[0005]成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)和CRISPR相关(Cas)基因(统称为CRISPR
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Cas或CRISPR/Cas系统)是古细菌和细菌中针对外来遗传元件而防御特定物种的适应性免疫系统。

技术实现思路

[0006]正是在上述背景下，本专利技术提供了优于现有技术的某些优点和进步。
[0007]尽管本文披露的本专利技术不限于特定的优点或功能，但在一些方面，本专利技术提供了变体多肽，该变体多肽包含与SEQ ID NO:14
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58中的任一个中所示的序列具有至少95％同一性的序列。
[0008]在一些实施例中，变体多肽是SEQ ID NO:3的亲本多肽的变体。在一些实施例中，变体多肽包含表2的取代。
[0009]在一些实施例中，变体多肽包含以下取代中的一个或多个：E38R、T60R、D89R、S223R、E319R、P353G、L354G、Q355G、D356G、N357G、N358G、Q359G、L360G、K368G、Q421R、T480K、D482K、N501K、L523R、L523K、Q556R、Q556K、V557R、E566K、E566R、E571R、E571K、N579K、E586G、E589K、N620R、Q683K、S722K、和D730R。
[0010]在一些方面，本披露提供了变体多肽，该变体多肽包含与SEQ ID NO:3具有至少95％同一性的氨基酸序列并且相对于SEQ ID NO:3，包含在以下位置中的一个或多个处的取代：E38、T60、D89、S223、E319、P353、L354、Q355、D356、N357、N358、Q359、L360、K368、Q421、T480、D482、N501、L523、Q556、V557、E566、E571、N579、E586、E589、N620、Q683、S722、和D730。
[0011]在一些方面，本披露提供了变体多肽，该变体多肽包含与SEQ ID NO:3具有至少95％同一性的氨基酸序列并且包含以下取代中的一个或多个：E38R、T60R、D89R、S223R、E319R、P353G、L354G、Q355G、D356G、N357G、N358G、Q359G、L360G、K368G、Q421R、T480K、D482K、N501K、L523R、L523K、Q556R、Q556K、V557R、E566K、E566R、E571R、E571K、N579K、E586G、E589K、N620R、Q683K、S722K、和D730R。
[0012]在一些实施例中，变体多肽包含SEQ ID NO:14
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58中的任一个中所示的序列。在一些实施例中，变体多肽包含SEQ ID NO:39中所示的序列。在一些实施例中，变体多
肽包含SEQ ID NO:51中所示的序列。在一些实施例中，相对于亲本多肽，该变体多肽表现出增加的与RNA指导物的二元复合物形成。在一些实施例中，相对于亲本二元复合物，包含该变体多肽的二元复合物表现出增加的稳定性。在一些实施例中，相对于亲本多肽，该变体多肽表现出增加的核酸酶活性。
[0013]在一些方面，本披露提供了包含如本文所述的变体多肽的组合物，其中组合物进一步包含RNA指导物或编码RNA指导物的核酸，其中RNA指导物包含同向重复序列和间隔子序列。
[0014]在一些实施例中，同向重复序列与SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有至少90％同一性或者包含与SEQ ID NO:6或SEQ ID NO:7具有至少90％同一性的序列。在一些实施例中，同向重复序列与SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有至少95％同一性或者包含与SEQ ID NO:6或SEQ ID NO:7具有至少95％同一性的序列。在一些实施例中，同向重复序列是SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5或者包含SEQ ID NO:6或SEQ ID NO:7的序列。
[0015]在一些实施例中，间隔子序列的长度为约15个核苷酸至约35个核苷酸。在一些实施例中，该间隔子序列与靶核酸的靶链序列结合，并且其中该靶核酸序列的非靶链序列与原型间隔子相邻基序(PAM)序列相邻。在一些实施例中，PAM序列是5
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NNR
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、5
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、5
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、或5
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，其中N是任何核苷酸并且R是A或G。在一些实施例中，PAM序列是5
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、5
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、5
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TTTA
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、或5
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。
[0016]在一些实施例中，变体多肽进一步包含核定位信号(NLS)。在一些实施例中，变体多肽进一步包含肽标签、荧光蛋白、碱基编辑结构域、DNA甲基化结构域、组蛋白残基修饰结构域、定位因子、转录修饰因子、光门控因子、化学诱导型因子或染色质可视化因子。
[0017]在一些方面，本披露提供了包含核酸的组合物，该核酸编码如本文所述的变体多肽和/或RNA指导物。
[0018]在一些实施例中，核酸经密码子优化以用于在细胞中表达。在一些实施例中，核酸可操作地连接至启动子。在一些实施例中，核酸位于载体中。在一些实施例中，该载体包括逆转录病毒载体、慢病毒载体、噬菌体载体、腺病毒载体、腺相关载体或单纯疱疹载体。在一些实施例中，变体多肽存在于包含纳米颗粒(例如，脂质纳米颗粒)、脂质体、外泌体、微泡、或基因枪的递送系统中。
[0019]在一些方面，本披露提供了细胞，其包含如本文所述的变体多肽或组合物。
[0020]在一些实施例中，细胞是真核细胞。在一些实施例中，细胞是哺乳动物细胞或植物细胞。在一些实施例中，细胞是人细胞。
[0021]在一些方面，本披露提供了组合物，其包含变体多肽或含有本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种变体多肽，其包含与SEQ ID NO:14
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58中的任一个中所示的序列具有至少95％同一性的序列。2.如权利要求1所述的变体多肽，其中该变体多肽是SEQ ID NO:3的亲本多肽的变体。3.如权利要求1或2所述的变体多肽，其中该变体多肽包含表2的取代。4.如权利要求1至3中任一项所述的变体多肽，其中该变体多肽包含以下取代中的一个或多个：E38R、T60R、D89R、S223R、E319R、P353G、L354G、Q355G、D356G、N357G、N358G、Q359G、L360G、K368G、Q421R、T480K、D482K、N501K、L523R、L523K、Q556R、Q556K、V557R、E566K、E566R、E571R、E571K、N579K、E586G、E589K、N620R、Q683K、S722K、和D730R。5.一种变体多肽，其包含与SEQ ID NO:3具有至少95％同一性的氨基酸序列并且相对于SEQ ID NO:3包含在以下位置中的一个或多个处的取代：E38、T60、D89、S223、E319、P353、L354、Q355、D356、N357、N358、Q359、L360、K368、Q421、T480、D482、N501、L523、Q556、V557、E566、E571、N579、E586、E589、N620、Q683、S722、和D730。6.一种变体多肽，其包含与SEQ ID NO:3具有至少95％同一性的氨基酸序列并且包含以下取代中的一个或多个：E38R、T60R、D89R、S223R、E319R、P353G、L354G、Q355G、D356G、N357G、N358G、Q359G、L360G、K368G、Q421R、T480K、D482K、N501K、L523R、L523K、Q556R、Q556K、V557R、E566K、E566R、E571R、E571K、N579K、E586G、E589K、N620R、Q683K、S722K、和D730R。7.如权利要求1至6中任一项所述的变体多肽，其包含SEQ ID NO:14
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58中的任一个中所示的序列。8.如权利要求1至7中任一项所述的变体多肽，其包含SEQ ID NO:39中所示的序列。9.如权利要求1至7中任一项所述的变体多肽，其包含SEQ ID NO:51中所示的序列。10.如权利要求1至9中任一项所述的变体多肽，其中相对于亲本多肽，该变体多肽表现出增加的与RNA指导物的二元复合物形成。11.如权利要求1至10中任一项所述的变体多肽，其中相对于亲本二元复合物，包含该变体多肽的二元复合物表现出增加的稳定性。12.如权利要求1至11中任一项所述的变体多肽，其中相对于亲本多肽，该变体多肽表现出增加的核酸酶活性。13.一种组合物，其包含如权利要求1至12中任一项所述的变体多肽，其中该组合物进一步包含RNA指导物或编码该RNA指导物的核酸，其中该RNA指导物包含同向重复序列和间隔子序列。14.如权利要求13所述的组合物，其中该同向重复序列与SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有至少90％同一性或者包含与SEQ ID NO:6或SEQ ID NO:7具有至少90％同一性的序列。15.如权利要求13所述的组合物，其中该同向重复序列与SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5具有至少95％同一性或者包含与SEQ ID NO:6或SEQ ID NO:7具有至少95％同一性的序列。16.如权利要求13所述的组合物，其中该同向重复序列是SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:5或者包含SEQ ID NO:6或SEQ ID NO:7的序列。17.如权利要求13至16中任一项所述的组合物，其中该间隔子序列的长度为约15个核苷酸至约35个核苷酸。18.如权利要求13至17中任一项所述的组合物，其中该间隔子序列与靶核酸的靶链序
列结合，并且其中该靶核酸序列的非靶链序列与原型间隔子相邻基序(PAM)序列相邻。19.如权利要求18所述的组合物，其中该PAM序列是5
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NNR
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、5
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、5
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，其中N是任何核苷酸并且R是A或G。20.如权利要求19所述的组合物，其中该PAM序列是5
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。21.如任一前述权利要求所述的变体多肽或组合物，其中该变体多肽进一步包含核定位信号(NLS)。22.如任一前述权利要求所述的变体多肽或组合物，其中该变体多肽进一步包含肽标签、荧光蛋白、碱基编辑结构域、DNA甲基化结构域、组蛋白残基修饰结构域、定位因子、转录修饰因子、光门控因子、化学诱导型因子或染色质可视化因子。23.一种包含核酸的组合物，该核酸编码如任一前述权利要求所述的变体多肽和/或RNA指导物。24.如权利要求23所述的组合物，其中该核酸经密码子优化以用于在细胞中表达。25.如权利要求23或24所述的组合物，其中该核酸可操作地连接至启动子。26.如权利要求23至25中任一项所述的组合物，其中该核酸位于载体中。27.如权利要求26所述的组合物，其中该载体包括逆转录病毒载体、慢病毒载体、噬菌体载体、腺病毒载体、腺相关载体或单纯疱疹载体。28.如任一前述权利要求所述的变体多肽或组合物，其中该变体多肽存在于包含纳米颗粒(例如，脂质纳米颗粒)、脂质体、外泌体、微泡、或基因枪的递送系统中。29.一种细胞，其包含如任一前述权利要求所述的变体多肽或组合物。30.如权利要求29所述的细胞，其中该细胞是真核细胞。31.如权利要求29或30所述的细胞，其中该细胞是哺乳动物细胞或植物细胞。32.如权利要求29至31中任一项所述的细胞，其中该细胞是人细胞。33.一种组合物，其包含变体多肽或含有该变体多肽的复合物，其中该变体多肽包含与SEQ ID NO:14
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58中的任一个中所示的序列具有至少95％同一性的序列，并且其中相对于亲本多肽或包含该亲本多肽的复合物，该变体多肽或该复合物表现出增强的酶活性、增强的结合活性、增强的结合特异性、和/或增强的稳定性。34.如权利要求33所述的组合物，其中该变体多肽包含表2的取代。35.如权利要求33或34所述的组合物，其中该变体多肽包含以下取代中的一个或多个：E38R、T60R、D89R、S223R、E319R、P353G、L354G、Q355G、D356G、N357G、N358G、Q359G、L360G、K368G、Q421R、T480K、D482K、N501K、L523R、L523K、Q556R、Q556K、V557R、E566K、E566R、E571R、E571K、N579K、E586G、E589K、N620R、Q683K、S722K、和D73...

【专利技术属性】
技术研发人员：S，
申请(专利权)人：阿伯生物技术公司，
类型：发明
国别省市：