烟草钾相关的长链非编码RNA、引物以及试剂盒制造技术

本发明专利技术以烤烟幼苗为材料，采用低浓度和足量钾处理进行水培试验。通过生理分析，RNA

【技术实现步骤摘要】
烟草钾相关的长链非编码RNA、引物以及试剂盒


[0001]本专利技术属于植物分子生物学
，具体是涉及一种烟草钾相关的长链非编码RNA(lncRNA)以及检测该长链非编码RNA表达水平的引物及试剂盒。

技术介绍

[0002]钾参与植物光合作用、酶活性、渗透调节、电中和、pH和离子动态平衡、阴阳离子平衡、膜电位、蛋白质和淀粉合成、糖和养分运输以及气孔运动(Clarkson等，1980；AchE等，2000)。缺钾的植株会出现叶脉、褐色灼伤和叶尖卷曲(Hafsi等人，2014年)。植物根和地上部会因缺钾而出现发育延迟(Hafsi等人，2014年)。在作物中，缺钾会导致减产，降低对生物和非生物胁迫的耐受性，从而造成进一步的损失。钾(K)是植物生长所必需的元素。它是决定烟草产量、品质，特别是烟叶发育的关键因素之一。在植物细胞中，K
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主要由液泡储存。细胞质中的K
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浓度一般可保持动态平衡，这是因为当细胞质中出现K
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缺乏时，液泡钾就会释放出来。CBL2/3和CIPK9介导K<br/>+
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种烟草钾相关的lncRNA，其特征在于，所述IncRNA的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。2.一组引物，其特征在于：所述引物用于检测权利要求1中所述lncRNA表达水平，所述引物正向引物的序列如SEQ ID NO.2所示，即：5
’‑
TGACAATGGCAGACTACC
‑3’
；所述引物反向引物的序列如SEQ ID NO.3所示，即5
’‑
AGAAGACGAATGACAGGAA
‑3’
。3.一种检测烟草中钾是否缺乏的试剂盒，其特征在于：该试剂盒包含权利要求2所述的引物。4.一种分析烟草中调节钾利用率的lncRNA的方法，其特征在于：包括以下步骤：S1：以烤烟幼苗为材料，采用低浓度和足量钾处理进行水培试验。S2:进行生理指标检测分析，对比不同浓度钾处理后的烤烟幼苗中的生理指标的差异。S3:提取不同浓度钾处理后的烤烟幼苗的RNA，进行转录组测序，并对RNA
‑
seq数据进行处理。S4:进行LncRNA的计算预测和差异基因表达分析；S5：利用共表达网络分析发现中枢调控基因；S6:对K
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应答模块中的编码基因进行GO(Gene Ontology)富集分析，以推测低K
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应答lncRNA的潜在生物学功能。S7：利用qRT
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PCR检测所预测的lncRNA在不同浓度钾处理后的烤烟幼苗中的表达量情况，验证预测准确性。5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述步骤S2中的生理指标为丙二醛含量、超氧阴离子浓度、过氧化氢浓度和抗氧化酶活性。6.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述步骤S3中RNA
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seq数据处理为：所有RNA
‑
seq数据集首先使用Fastp v0.20.0对测序接头、低质量碱基和太短(&lt;50bp)的读取进行修剪；然后，使用STAR v2.7.9a以两遍模式将清洗后的数据与参考基因组进行比对；然后，通过基于参考注释的转录本(RABT)组装算法组装映射的阅读片段，并使用StringTie v2.1.5生成具有已知转录本注释的组合GTF格式的文件；最后，使用FeatureureCounts v2.0...

【专利技术属性】
技术研发人员：宋文静，董建新，孟霖，许娜，
申请(专利权)人：中国农业科学院烟草研究所中国烟草总公司青州烟草研究所，
类型：发明
国别省市：