用于调控基因组的改善的方法和组合物技术

披露了用于调控靶基因组的方法和组合物。披露了用于调控靶基因组的方法和组合物。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于调控基因组的改善的方法和组合物
[0001]相关申请
[0002]本申请要求2020年3月4日提交的美国序列号62/985,264以及2020年6月5日提交的美国序列号63/035,674的优先权，将其中每个的全部内容通过引用并入本文。
[0003]背景
[0004]在没有专门的蛋白质来促进插入事件的情况下，目的核酸整合到基因组中的频率较低且位点特异性极低。一些现有的方法、例如CRISPR/Cas9更适合于小型编辑，并且在整合较长序列时效率较低。其他现有的方法、例如Cre/loxP需要第一步先将loxP位点插入基因组中，然后第二步将目的序列插入loxP位点中。在本领域中需要用于将目的序列插入基因组中的改进的蛋白质。

技术实现思路

[0005]本披露涉及用于体内或体外改变宿主细胞、组织或受试者中一个或多个位置处的基因组的新颖组合物、系统和方法。特别地，本专利技术的特征在于用于将外源遗传元件引入宿主基因组中的组合物、系统和方法。本披露还提供了用于改变目的基因组DNA序列的系统，例如，通过向目的序列中插入一个或多个核苷酸、使目的序列缺失一个或多个核苷酸或取代目的序列中的一个或多个核苷酸。
[0006]所述组合物或方法的特征可包括以下列举的实施例中的一个或多个。
[0007]1.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：
[0008](a)多肽或编码多肽的核酸(例如DNA或mRNA)，其中该多肽包含(i)逆转录酶结构域(例如，如表3B、表10、表11、表Z1或表X中所列)和(ii)核酸内切酶结构域，其中(i)或(ii)中的一者或两者具有由表3B、表10、表11或表X的元件的核酸序列或与其具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的序列编码的氨基酸序列；并且
[0009](b)模板RNA(或编码所述模板RNA的DNA)，所述模板RNA包含(i)结合所述多肽的序列和(ii)异源对象序列。
[0010]2.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：
[0011](a)多肽或编码多肽的核酸(例如DNA或mRNA)，其中该多肽包含(i)逆转录酶结构域(例如，如表3B、表10、表11、表Z1或表X中所列)和(ii)核酸内切酶结构域，其中(i)或(ii)中的一者或两者具有由表3B、表10、表11或表X中的元件的核酸序列或与其具有不超过10、20、30、40、50、60、70、80、90或100个核苷酸差异的序列编码的氨基酸序列；并且
[0012](b)模板RNA(或编码所述模板RNA的DNA)，所述模板RNA包含(i)结合所述多肽的序列和(ii)异源对象序列。
[0013]3.如前述实施例中任一项所述的系统，其中该异源对象序列编码治疗性多肽或编码哺乳动物(例如人)多肽或其片段或变体。
[0014]4.如前述实施例中任一项所述的系统，其中该异源对象序列编码治疗性非编码RNA(例如，miRNA)。
[0015]5.如前述实施例中任一项所述的系统，其中该异源对象序列包含调节序列(例如，启动子、增强子、内源调节组分的结合位点，例如，miRNA结合位点)，例如，其改变内源基因或非编码RNA的表达。
[0016]6.如前述实施例中任一项所述的系统，其中该调节序列导致内源基因或非编码RNA的上调。
[0017]7.如前述实施例中任一项所述的系统，其中该调节序列导致内源基因或非编码RNA的下调。
[0018]8.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：
[0019](a)多肽或编码该多肽的核酸，其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域，(ii)DNA结合结构域(DBD)；和(iii)核酸内切酶结构域，例如切口酶结构域；并且
[0020](b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA)，其包含(例如，从5'到3')(i)任选地，结合靶位点(例如靶基因组中位点的第二链)的序列，(ii)任选地，结合该多肽的序列，(iii)异源对象序列，和(iv)3'靶同源结构域；
[0021]其中：
[0022](i)该多肽包含与该靶位点中包含的序列特异性结合的异源靶向结构域(例如，在该DBD或该核酸内切酶结构域中)；和/或
[0023](ii)该模板RNA包含与靶位点中包含的序列具有至少85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％同源性的异源同源序列。
[0024]9.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：
[0025](a)多肽或编码多肽的核酸(例如DNA或mRNA)，其中该多肽包含(i)逆转录酶结构域(例如，如表3B、表10、表11、表Z1或表X中所列)和(ii)核酸内切酶结构域，其中(i)或(ii)中的一者或两者具有表3B、表10、表11或表X的元件的氨基酸序列或与其具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的序列；并且
[0026](b)模板RNA(或编码所述模板RNA的DNA)，所述模板RNA包含(i)结合所述多肽的序列和(ii)异源对象序列。
[0027]10.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：
[0028](a)多肽或编码多肽的核酸(例如DNA或mRNA)，其中该多肽包含(i)逆转录酶结构域(例如，如表3B、表10、表11或表Z1或表X中所列)和(ii)核酸内切酶结构域，其中(i)或(ii)中的一者或两者具有表3B、表10、表11或表X的元件的或与其具有不超过10、20、30、40、50、60、70、80、90或100个核苷酸差异的序列的氨基酸序列；并且
[0029](b)模板RNA(或编码所述模板RNA的DNA)，所述模板RNA包含(i)结合所述多肽的序列和(ii)异源对象序列。
[0030]11.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：
[0031](a)多肽或编码多肽的核酸(例如DNA或mRNA)，其中该多肽包含(i)逆转录酶结构域(例如，如表3B、表10、表11、表Z1或表X中所列)和(ii)靶DNA结合结构域，其中(i)或(ii)中的一者或两者具有由表3B、表10、表11或表X的元件的核酸序列或与其具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的序列编码的氨基酸序列；并且
[0032](b)模板RNA(或编码所述模板RNA的DNA)，所述模板RNA包含(i)结合所述多肽的序
列和(ii)异源对象序列。
[0033]12.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：
[0034](a)多肽或编码多肽的核酸(例如DNA或mRNA)，其中该多肽包含(i)逆转录酶结构域(例如，如表3B、表10、表11、表Z1或表X中所列)和(ii)靶DNA结合结构域，其中(i)或(ii)中的一者或两者具有由表3B、表10、表11或表X中的元件的核酸序列或与其具有不超过10、20、30、40、50、60、70本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：(a)多肽或编码多肽的核酸(例如，DNA或mRNA)，其中该多肽包含(i)逆转录酶结构域和(ii)核酸内切酶结构域，其中(i)或(ii)中的一者或两者具有由表3B、10或11的元件的核酸序列或与其具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的序列编码的氨基酸序列；并且(b)模板RNA(或编码所述模板RNA的DNA)，所述模板RNA包含(i)结合所述多肽的序列和(ii)异源对象序列。2.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：(a)多肽或编码多肽的核酸(例如，DNA或mRNA)，其中该多肽包含(i)逆转录酶结构域和(ii)核酸内切酶结构域，其中(i)或(ii)中的一者或两者具有由表3B、10或11的元件的核酸序列或与其具有不超过10、20、30、40、50、60、70、80、90或100个核苷酸差异的序列编码的氨基酸序列；并且(b)模板RNA(或编码所述模板RNA的DNA)，所述模板RNA包含(i)结合所述多肽的序列和(ii)异源对象序列。3.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：(a)多肽或编码多肽的核酸(例如，DNA或mRNA)，其中该多肽包...

【专利技术属性】
技术研发人员：S克利弗，BE斯坦伯格，JR鲁宾斯，RJ西托里克，WE萨洛蒙，ZJ王，
申请(专利权)人：旗舰先锋创新VI有限责任公司，
类型：发明
国别省市：