调控基因组的方法和组合物技术

披露了用于调控靶基因组的方法和组合物。披露了用于调控靶基因组的方法和组合物。披露了用于调控靶基因组的方法和组合物。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】调控基因组的方法和组合物
[0001]相关申请
[0002]本申请要求2020年3月4日提交的美国序列号62/985,291和2020年6月5日提交的美国序列号63/035638的优先权，将其中每个的全部内容通过引用并入本文。
[0003]背景
[0004]在没有专门的蛋白质来促进插入事件的情况下，目的核酸整合到基因组中的频率较低且位点特异性极低。一些现有的方法、例如CRISPR/Cas9更适合于小型编辑，并且在整合较长序列时效率较低。其他现有的方法、例如Cre/loxP需要第一步先将loxP位点插入基因组中，然后第二步将目的序列插入loxP位点中。在本领域中需要用于将目的序列插入基因组中的改进的蛋白质。

技术实现思路

[0005]本披露涉及用于体内或体外改变宿主细胞、组织或受试者中一个或多个位置处的基因组的新颖组合物、系统和方法。特别地，本专利技术的特征在于用于将外源遗传元件引入宿主基因组中的组合物、系统和方法。
[0006]所述组合物或方法的特征可包括以下列举的实施例中的一个或多个。
[0007]1.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：
[0008](a)多肽或编码多肽的核酸，其中该多肽包含(i)逆转录酶结构域和(ii)核酸内切酶结构域；以及
[0009](b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA)，其包含(i)结合该多肽的序列和(ii)异源对象序列，
[0010]其中该多肽包含使核仁定位信号失活和/或缺失的突变。
[0011]2.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：
[0012](a)多肽或编码多肽的核酸，其中该多肽包含(i)第一靶DNA结合结构域，例如，包含第一Zn指结构域，(ii)逆转录酶结构域，(iii)核酸内切酶结构域，和(iv)第二靶DNA结合结构域，例如，包含与该第一靶DNA结合结构域异源的第二Zn指结构域；以及
[0013]任选地(b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA)，其包含(i)结合该多肽的序列和(ii)异源对象序列，
[0014]其中(a)在靶细胞中与跟仅包含该第一靶DNA结合结构域的类似多肽相比更少数量的靶DNA序列结合，例如，其中该第二靶DNA结合结构域在具有该第一DNA结合结构域的多肽中的存在相对于仅包含该第一靶DNA结合结构域的多肽的多肽靶序列特异性改进了该多肽的靶序列特异性。
[0015]3.如实施例2所述的系统，其中(iii)包含(iv)。
[0016]4.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：
[0017](a)多肽或编码多肽的核酸，其中该多肽包含(i)逆转录酶结构域和(ii)核酸内切酶结构域；以及
[0018]任选地(b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA)，其包含(i)结合该多肽的序列和
(ii)异源对象序列，
[0019]其中该系统能够切割该靶DNA的第一链至少两次(例如两次)，并且
[0020]任选地，其中这些切割彼此距离至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、40、50、60、70、80、90、100、或200个核苷酸(并且任选地彼此距离不超过500、400、300、200、或100个核苷酸)。
[0021]5.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：
[0022](a)多肽或编码多肽的核酸，其中该多肽包含(i)逆转录酶结构域和(ii)核酸内切酶结构域；以及
[0023]任选地(b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA)，其包含(i)结合该多肽的序列和(ii)异源对象序列，
[0024]其中该系统能够切割该靶DNA的第一链和第二链，并且
[0025]其中这些切割之间的距离与由该核酸内切酶结构域(例如天然存在的逆转录转座酶的核酸内切酶结构域)产生的切割之间的距离相同。
[0026]6.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：
[0027](a)多肽或编码多肽的核酸，其中该多肽包含(i)逆转录酶结构域和(ii)核酸内切酶结构域；以及
[0028](b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA)，其包含(i)结合该多肽的序列和(ii)异源对象序列，
[0029]其中(a)、(b)或(a)和(b)进一步包含可操作地连接到编码该多肽、该异源对象序列(例如，包含在该异源对象序列中的编码序列)或两者的序列的5
’
UTR和/或3
’
UTR。
[0030]7.如实施例6所述的系统，其中相对于包含与该异源对象序列相关联的一个或多个内源UTR或最小5
’
UTR和最小3
’
UTR的在其他方面相似的核酸而言，该5
’
UTR和/或3
’
UTR使可操作地连接的一个或多个序列的表达增加至少10％、20％、30％、40％、50％、70％、70％、80％、90％、或100％。
[0031]8.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：
[0032](a)多肽或编码该多肽的核酸，其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域，(ii)DNA结合结构域(DBD)；和(iii)核酸内切酶结构域，例如切口酶结构域；以及
[0033](b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA)，其包含(例如，从5'到3')(i)任选地，结合靶位点(例如靶基因组中位点的第二链)的序列，(ii)任选地，结合该多肽的序列，(iii)异源对象序列，和(iv)3'靶同源结构域；
[0034]其中：
[0035](i)该多肽包含与该靶位点中包含的序列特异性结合的异源靶向结构域(例如，在该DBD或该核酸内切酶结构域中)；和/或
[0036](ii)该模板RNA包含与靶位点中包含的序列具有至少85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％同源性的异源同源序列。
[0037]9.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：
[0038](a)多肽或编码多肽的核酸，其中该多肽包含(i)逆转录酶结构域和(ii)核酸内切酶结构域；以及
[0039](b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA)，其包含(i)结合该多肽的序列，(ii)异源对
象序列，和(iii)与(a)(i)、(a)(ii)、(b)(i)或其组合异源的核酶。
[0040]10.如实施例9所述的系统，其中该核酶与(b)(i)异源。
[0041]11.如实施例9或10所述的系统，其中该模板RNA包含(iv)第二核酶，例如，其对于(a)(i)、(a)(ii)、(b)(i)或其组合而言是内源的，例如，其中该第二核酶对于(b)(i)是内源的。
[0042]12.如实施例9或10所述的系统，其中该异源核酶替代了对于(a)(i)、(a)(ii)、(b)(i)或其组合而言是内源的核酶，例如，其中该第二核酶对于(b)(i)是内源的。
[0043]13.一种用于修饰DNA本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：(a)多肽或编码多肽的核酸，其中该多肽包含(i)逆转录酶结构域和(ii)核酸内切酶结构域；以及(b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA)，其包含(i)结合该多肽的序列和(ii)异源对象序列，其中该多肽包含使核仁定位信号失活和/或缺失的突变。2.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：(a)多肽或编码多肽的核酸，其中该多肽包含(i)第一靶DNA结合结构域，例如，包含第一Zn指结构域，(ii)逆转录酶结构域，(iii)核酸内切酶结构域，和(iv)第二靶DNA结合结构域，例如，包含与该第一靶DNA结合结构域异源的第二Zn指结构域；以及任选地(b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA)，其包含(i)结合该多肽的序列和(ii)异源对象序列，其中(a)在靶细胞中与跟仅包含该第一靶DNA结合结构域的类似多肽相比更少数量的靶DNA序列结合，例如，其中该第二靶DNA结合结构域在具有该第一DNA结合结构域的多肽中的存在相对于仅包含该第一靶DNA结合结构域的多肽的多肽靶序列特异性改进了该多肽的靶序列特异性。3.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：(a)多肽或编码多肽的核酸，其中该多肽包含(i)逆转录酶结构域和(ii)核...

【专利技术属性】
技术研发人员：BE斯坦伯格，AH博特默，WE萨洛蒙，I什彻巴科娃，CGS科塔拉穆西诺，JR鲁宾斯，RJ西托里克，ZJ王，
申请(专利权)人：旗舰先锋创新VI有限责任公司，
类型：发明
国别省市：