TREM组合物及其相关方法技术

本披露总体上涉及调节对应于包含内源ORF的核酸序列的RNA或由包含内源ORF的核酸序列编码的多肽的生产参数的方法，该内源ORF具有提前终止密码子，该方法包括施用基于tRNA的具有非天然存在的修饰的效应分子。有非天然存在的修饰的效应分子。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】TREM组合物及其相关方法
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求2020年5月29日提交的美国临时申请63/031,941的优先权，该申请的全部内容特此通过引用并入。

技术介绍

[0003]转移RNA(tRNA)是复杂的、天然存在的RNA分子，其具有多种功能，包含蛋白的起始和延伸。

技术实现思路

[0004]本披露的特征在于基于经修饰的tRNA的效应分子(TREM，例如TREM、TREM核心片段或TREM片段)以及相关组合物及其用途。可以使用TREM或其相关组合物，尤其是用于调节对应于以下的RNA或由以下编码的多肽的生产参数(例如，表达参数和/或信号传导参数)：包含具有提前终止密码子(PTC)的内源开放阅读框(ORF)的核酸序列。因此，在一个方面，本披露提供了一种调节细胞中与内源开放阅读框(ORF)对应的mRNA或由内源开放阅读框编码的多肽的生产参数的方法，该ORF包含具有第一序列的密码子，该方法包括使该细胞与包含本文披露的TREM、TREM核心片段或TREM片段的TREM组合物以足以调节该mRNA或多肽的生产参数的量和/或时间接触，从而调节该细胞中的该生产参数。在实施例中，TREM、TREM核心片段或TREM片段具有与具有第一序列的密码子配对的反密码子。
[0005]在另一个方面，本文提供了受试者中与内源开放阅读框(ORF)对应的mRNA或由内源开放阅读框编码的多肽的生产参数的方法，该ORF包含具有第一序列的密码子，该方法包括使该受试者与包含本文披露的TREM、TREM核心片段或TREM片段的TREM组合物以足以调节该mRNA或多肽的生产参数的量和/或时间接触，其中该TREM、TREM核心片段或TREM片段具有与具有该第一序列的密码子配对的反密码子，从而调节该受试者中的该生产参数。在实施例中，生产参数包括信号传导参数和/或表达参数，例如，如本文所述。
[0006]在另一个方面，本文提供了一种调节细胞中蛋白的表达的方法，其中该蛋白由包含内源开放阅读框(ORF)的核酸编码，该ORF包含具有第一序列的密码子，该方法包括使该细胞与包含本文披露的TREM、TREM核心片段或TREM片段的TREM组合物以足以调节编码的蛋白的表达的量和/或时间接触，其中该TREM、TREM核心片段或TREM片段具有与具有该第一序列的密码子配对的反密码子，从而调节该细胞中的该蛋白的表达。
[0007]在又另一个方面，本文提供了一种调节受试者中蛋白的表达的方法，其中该蛋白由包含内源开放阅读框(ORF)的核酸编码，该ORF包含具有第一序列的密码子，该方法包括使该受试者与包含本文披露的TREM、TREM核心片段或TREM片段的TREM组合物以足以调节编码的蛋白的表达的量和/或时间接触，其中该TREM、TREM核心片段或TREM片段具有与具有该第一序列的密码子配对的反密码子，从而调节该受试者中的该蛋白的表达。
[0008]在一个方面，本披露提供了一种治疗具有内源开放阅读框(ORF)的受试者的方法，该ORF包含具有第一序列的密码子，该方法包括提供包含本文披露的TREM、TREM核心片段、
或TREM片段的TREM组合物，其中该TREM包含tRNA部分，该tRNA部分具有与具有该第一序列的ORF的密码子配对的反密码子；使该受试者与包含TREM、TREM核心片段或TREM片段的组合物以足以治疗该受试者的量和/或时间接触，从而治疗该受试者。
[0009]在一个方面，本文提供了受试者中与内源开放阅读框(ORF)对应的mRNA或由内源开放阅读框编码的多肽的生产参数的方法，该ORF包含提前终止密码子(PTC)，该方法包括使该受试者与包含本文披露的TREM、TREM核心片段或TREM片段的TREM组合物以足以调节该mRNA或多肽的生产参数的量和/或时间接触，其中该TREM、TREM核心片段或TREM片段具有与具有第一序列的密码子配对的反密码子，从而调节该受试者中的该生产参数。在实施例中，生产参数包括信号传导参数和/或表达参数，例如，如本文所述。
[0010]在一个方面，本披露提供了一种治疗具有内源开放阅读框(ORF)的受试者的方法，该ORF包含提前终止密码子(PTC)，该方法包括提供包含本文披露的TREM、TREM核心片段、或TREM片段的TREM组合物，其中该TREM包含tRNA部分，该tRNA部分具有与该ORF中的PTC配对的反密码子；使该受试者与包含TREM、TREM核心片段或TREM片段的组合物以足以治疗该受试者的量和/或时间接触，从而治疗该受试者。在实施例中，PTC包含UAA、UGA或UAG。
[0011]在又另一方面，本文披露了一种调节细胞中蛋白的表达的方法，其中该蛋白由包含内源开放阅读框(ORF)的核酸编码，该ORF包含提前终止密码子(PTC)，该方法包括使该细胞与包含本文披露的TREM、TREM核心片段或TREM片段的TREM组合物以足以调节编码的蛋白的表达的量和/或时间接触，其中该TREM、TREM核心片段或TREM片段具有与该PTC配对的反密码子，从而调节该细胞中的该蛋白的表达。在实施例中，PTC包含UAA、UGA或UAG。
[0012]在一方面，本文提供了一种调节受试者中蛋白的表达的方法，其中该蛋白由包含内源开放阅读框(ORF)的核酸编码，该ORF包含提前终止密码子(PTC)，该方法包括使该受试者与包含本文披露的TREM、TREM核心片段或TREM片段的TREM组合物以足以调节编码的蛋白的表达的量和/或时间接触，其中该TREM、TREM核心片段或TREM片段具有与该PTC配对的反密码子，从而调节该受试者中的该蛋白的表达。在实施例中，PTC包含UAA、UGA或UAG。
[0013]在一个方面，本文提供了一种增加受试者中蛋白的表达的方法，其中该蛋白由包含内源开放阅读框(ORF)的核酸编码，该ORF包含提前终止密码子(PTC)，该方法包括使该受试者与TREM组合物以足以增加该蛋白的表达的量和/或时间接触，该TREM组合物(i)具有与该PTC配对的反密码子，(ii)识别对Trp、Tyr、Cys、Glu、Lys、Gln、Ser、Leu、Arg、或Gly具有特异性的氨酰基
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tRNA合成酶，(iii)包含式A的序列，或(iv)包含2
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MOE、假尿苷或5,6二氢尿苷修饰中的一个或多个。在实施例中，PTC包含UAA、UGA或UAG。在实施例中，TREM组合物包含(i)。在实施例中，TREM组合物包含(ii)。在实施例中，TREM组合物包含(iii)。在实施例中，TREM组合物包含(iv)。在实施例中，TREM组合物包含(i)
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(iv)中的两个。在实施例中，TREM组合物包含(i)
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(iv)中的三个。在实施例中，TREM组合物包含(i)
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(iv)中的每一个。
[0014]在一方面，本文提供了一种增加受试者中蛋白的表达的方法，其中该蛋白由包含内源开放阅读框(ORF)的本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种调节细胞中对应于内源开放阅读框(ORF)的mRNA或由内源开放阅读框编码的多肽的生产参数的方法，该ORF包含具有第一序列的密码子，该方法包括：使该细胞与包含本文披露的TREM、TREM核心片段或TREM片段的TREM组合物以足以调节该mRNA或多肽的该生产参数的量和/或时间接触，其中，该TREM、TREM核心片段或TREM片段具有与具有该第一序列的该密码子配对的反密码子，从而调节该细胞中的该生产参数。2.一种调节受试者中对应于内源开放阅读框(ORF)的mRNA或由内源开放阅读框编码的多肽的生产参数的方法，该ORF包含具有第一序列的密码子，该方法包括：使该受试者与包含本文披露的TREM、TREM核心片段或TREM片段的TREM组合物以足以调节该mRNA或多肽的该生产参数的量和/或时间接触，其中，该TREM、TREM核心片段或TREM片段具有与具有该第一序列的该密码子配对的反密码子，从而调节该受试者中的该生产参数。3.如权利要求1或2所述的方法，其中该生产参数包括信号传导参数，例如，如本文所述。4.如权利要求1或2所述的方法，其中该生产参数包括表达参数，例如，如本文所述。5.一种调节细胞中蛋白的表达的方法，其中该蛋白由包含内源开放阅读框(ORF)的核酸编码，该ORF包含具有第一序列的密码子，该方法包括：使该细胞与包含本文披露的TREM、TREM核心片段或TREM片段的TREM组合物以足以调节该编码的蛋白的表达的量和/或时间接触，其中，该TREM、TREM核心片段或TREM片段具有与具有该第一序列的该密码子配对的反密码子，从而调节该细胞中该蛋白的表达。6.一种调节受试者中蛋白的表达的方法，其中该蛋白由包含内源开放阅读框(ORF)的核酸编码，该ORF包含具有第一序列的密码子，该方法包括：使该受试者与包含本文披露的TREM、TREM核心片段或TREM片段的TREM组合物以足以调节该编码的蛋白的表达的量和/或时间接触，其中，该TREM、TREM核心片段或TREM片段具有与具有该第一序列的该密码子配对的反密码子，从而调节该受试者中该蛋白的表达。7.一种治疗具有内源开放阅读框(ORF)的受试者的方法，该ORF包含具有第一序列的密码子，该方法包括：提供包含本文披露的TREM、TREM核心片段、或TREM片段的TREM组合物，其中该TREM包含tRNA部分，该tRNA部分具有：与该ORF中具有该第一序列的该密码子配对的反密码子；使该受试者与包含TREM、TREM核心片段或TREM片段的组合物以足以治疗该受试者的量和/或时间接触，从而治疗该受试者。8.一种治疗具有内源开放阅读框(ORF)的受试者的方法，该ORF包含具有第一序列的密
码子，该方法包括：(i)获得，例如直接或间接获得该受试者中具有该第一序列的该密码子的状态的值，其中所述值包含来自该受试者的样品中具有该第一序列的该密码子的存在或不存在的量度；并且将该受试者鉴定为包含具有该第一序列的该密码子；以及(ii)响应于所述值，向该受试者施用包含本文披露的TREM、TREM核心片段或TREM片段的TREM组合物，其中该TREM、TREM核心片段或TREM片段包含具有反密码子的tRNA部分，该反密码子与具有该第一序列的该密码子配对，从而治疗该受试者。9.一种评价具有内源开放阅读框(ORF)的受试者的方法，该ORF包含具有第一序列的密码子，该方法包括：获得，例如直接或间接获得该受试者中具有该第一序列的该密码子的状态的值，其中所述值包含来自该受试者的样品中具有该第一序列的该密码子的存在或不存在的量度；以及将该受试者鉴定为包含具有该第一序列的密码子，从而评价该受试者。10.如权利要求9所述的方法，其中响应于所述值，该方法进一步包括向该受试者施用包含本文披露的TREM、TREM核心片段或TREM片段的TREM组合物，其中该TREM、TREM核心片段或TREM片段包含具有反密码子的tRNA部分，该反密码子与具有该第一序列的该密码子配对。11.一种调节细胞中对应于内源开放阅读框(ORF)的mRNA或由内源开放阅读框编码的多肽的生产参数的方法，该ORF包含提前终止密码子(PTC)，使该细胞与包含本文披露的TREM、TREM核心片段或TREM片段的TREM组合物以足以调节该mRNA或多肽的该生产参数的量和/或时间接触，其中，该TREM、TREM核心片段或TREM片段具有与具有该第一序列的该密码子配对的反密码子，从而调节该细胞中的该生产参数。12.一种调节受试者中对应于内源开放阅读框(ORF)的mRNA或由内源开放阅读框编码的多肽的生产参数的方法，该ORF包含提前终止密码子(PTC)，使该受试者与包含本文披露的TREM、TREM核心片段或TREM片段的TREM组合物以足以调节该mRNA或多肽的该生产参数的量和/或时间接触，其中，该TREM、TREM核心片段或TREM片段具有与具有该第一序列的该密码子配对的反密码子，从而调节该受试者中的该生产参数。13.如权利要求11或12所述的方法，其中该生产参数包括信号传导参数和/或表达参数，例如，如本文所述。14.一种用于治疗具有包含提前终止密码子(PTC)的内源开放阅读框(ORF)的受试者的组合物，其中该组合物包含TREM组合物，该TREM组合物包含本文披露的TREM、TREM核心片段或TREM片段，其中该TREM包含具有与该ORF中的该PTC配对的反密码子的tRNA部分。15.一种用于调节细胞中蛋白的表达的组合物，其中该蛋白由包含内源开放阅读框
(ORF)的核酸编码，该ORF包含提前终止密码子(PTC)，其中该组合物包含TREM组合物，该TREM组合物包含本文披露的TREM、TREM核心片段或TREM片段，并且其中该TREM、TREM核心片段或TREM片段具有与该PTC配对的反密码子。16.一种用于调节受试者中蛋白的表达的组合物，其中该蛋白由包含内源开放阅读框(ORF)的核酸编码，该ORF包含提前终止密码子(PTC)，其中该组合物包含TREM组合物，该TREM组合物包含本文披露的TREM、TREM核心片段或TREM片段，并且其中该TREM、TREM核心片段或TREM片段具有与该PTC配对的反密码子。17.如权利要求14
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16任一项所述的组合物，其中该PTC包含UAA、UGA或UAG。18.一种用于增加受试者中蛋白的表达的TREM组合物，其中该蛋白由包含内源开放阅读框(ORF)的核酸编码，该ORF包含提前终止密码子(PTC)，其中该TREM组合物(i)具有与该PTC配对的反密码子，(ii)识别对Trp、Tyr、Cys、Glu、Lys、Gln、Ser、Leu、Arg、或Gly具有特异性的氨酰基
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tRNA合成酶，(iii)包含式A的序列，并且(iv)包含2
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O
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MOE、假尿苷或5,6二氢尿苷修饰中的一个或多个。19.一种用于增加细胞或受试者中蛋白的表达的TREM组合物，其中该蛋白由包含内源开放阅读框(ORF)的核酸编码，该ORF包含提前终止密码子(PTC)，其中该TREM组合物：(i)具有与该PTC配对的反密码子，(ii)识别对Trp、Tyr、Cys、Glu、Lys、Gln、Ser、Leu、Arg、或Gly具有特异性的氨酰基
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tRNA合成酶，(iii)包含式B的序列，并且(iv)包含2
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O
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MOE、假尿苷或5,6二氢尿苷修饰中的一个或多个。20.如权利要求18或19所述的TREM组合物，其中该PTC包含UAA、UGA或UAG。21.用于如前述权利要求中任一项所述使用的方法或组合物，其中具有该第一序列的该密码子或该PTC包含UAA突变。22.用于如前述权利要求中任一项所述使用的方法或组合物，其中具有该第一序列的该密码子或该PTC包含UGA突变。23.用于如前述权利要求中任一项所述使用的方法或组合物，其中具有该第一序列的该密码子或该PTC包含UAG突变。24.用于如权利要求1
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23中任一项所述使用的方法或组合物，其中具有该第一序列的该密码子或该PTC包含UAA、UGA或UAA突变，并且该TREM、TREM核心片段或TREM片段介导氨基酸的掺入，该氨基酸保留例如维持由掺入该氨基酸的ORF编码的多肽的二级和/或三级结构。25.用于如权利要求1
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23中任一项所述使用的方法或组合物，其中具有该第一序列的该密码子或该PTC包含UAA、UGA或UAA突变，并且该TREM、TREM核心片段或TREM片段介导氨基酸的掺入，该氨基酸维持由掺入该氨基酸的ORF编码的多肽的特性，例如功能。26.用于如权利要求1
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23中任一项所述使用的方法或组合物，其中具有该第一序列的该密码子或该PTC包含UAA、UGA或UAA突变，并且该TREM、TREM核心片段或TREM片段介导氨基酸的掺入，该氨基酸不改变例如维持对应于该ORF的mRNA或由该ORF编码的多肽的生产参
数，例如表达参数和/或信号传导参数。27.用于如权利要求26所述使用的方法或组合物，其中将该生产参数与对应于在其他方面类似的ORF的mRNA或由在其他方面类似的ORF编码的多肽进行比较，该在其他方面类似的ORF具有在对应于该第一序列密码子或PTC的位置处掺入的突变前氨基酸，例如野生型氨基酸。28.用于如权利要求26或27所述使用的方法或组合物，其中该生产参数包括表达参数。29.用于如权利要求28所述使用的方法或组合物，其中该表达参数包括：(a)蛋白翻译；(b)表达水平(例如，多肽或蛋白、或mRNA的表达水平)；(c)多肽或蛋白的翻译后修饰；(d)折叠(例如，多肽或蛋白、或mRNA的折叠)，(e)结构(例如，多肽或蛋白、或mRNA的结构)，(f)转导(例如，多肽或蛋白的转导)，(g)区室化(例如，多肽或蛋白、或mRNA的区室化)，(h)将(例如，多肽或蛋白、或mRNA)掺入超分子结构中，例如，掺入膜、蛋白酶体或核糖体中，(i)掺入多聚体多肽中，例如，同二聚体或异二聚体，和/或(j)稳定性。30.用于如权利要求26或27所述使用的方法或组合物，其中该生产参数包括信号传导参数。31.用于如权利要求30所述使用的方法或组合物，其中该信号传导参数包括：(1)信号传导通路的调节，例如，在由包含该第一序列或PTC的该内源ORF编码的蛋白的下游或上游的细胞信号传导通路；(2)细胞命运调节；(3)核糖体占用调节；(4)蛋白翻译调节；(5)mRNA稳定性调节；(6)蛋白折叠和结构调节；(7)蛋白转导或区室化调节；和/或(8)蛋白稳定性调节。32.用于如权利要求26
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31中任一项所述使用的方法或组合物，其中该生产参数(例如，表达参数和/或信号传导参数)可以例如与参考序列相比被调节(例如，增加)，例如，至少5％(例如，至少10％、15％、20％、25％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％或更多)。33.用于如前述权利要求中任一项所述使用的方法或组合物，其中该TREM、TREM核心片段或TREM片段介导表8中列出的二十种氨基酸中的任何一种的掺入。34.用于如前述权利要求中任一项所述使用的方法或组合物，其中该TREM、TREM核心片段或TREM片段介导与具有该第一序列的密...

【专利技术属性】
技术研发人员：T阿纳斯塔西亚迪斯，DCD巴特勒，N库比卡，Q李，
申请(专利权)人：旗舰先锋创新VI有限责任公司，
类型：发明
国别省市：