抗呼吸道病毒的泛基因型药剂及其使用方法技术

提供了抑制样本中呼吸道病毒(即与呼吸系统疾病相关的病毒，例如甲型流感、乙型流感、RSV等)的方法。所述方法的方面包括使包含具有靶基序的病毒RNA(vRNA)样本与有效量的药剂接触，所述有效量的药剂特异性结合靶基序以抑制所述呼吸道病毒。还提供了治疗或预防受试者的呼吸道病毒感染的方法。还提供了在所述方法中找到用途的包含与靶vRNA区域互补的寡核苷酸序列的化合物和药物组合物。序列的化合物和药物组合物。序列的化合物和药物组合物。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】抗呼吸道病毒的泛基因型药剂及其使用方法
[0001]交叉引用
[0002]本申请是2020年2月14日提交的美国专利申请第16/792,103号的部分延续案；美国专利申请第16/792,103号是2018年8月31日提交的美国专利申请第16/081,818号的部分延续案，美国专利申请第16/081,818号是2017年3月1日提交的PCT/US2017/20241的371国家阶段申请，并要求2016年3月2日提交的美国临时专利申请第62/302,548号的权益，所有这些申请均以全文引用的方式并入本文。
[0003]本申请还要求于2020年3月20日提交的美国临时专利申请第62/992,659号的权益，该申请以全文引用的方式并入本文。
[0004]介绍
[0005]甲型流感病毒(IAV)是一种分段RNA病毒，可在全球范围内引起严重的发病率和死亡率。目前批准的所有IAV抗病毒药物都针对病毒蛋白，亚型有限，并且面临着对所有药物类别成员的抗病毒耐药性上升的挑战。
[0006]IAV基因组由八个单链负译病毒RNA(vRNA)节段组成，这些节段编码至少14种已知病毒蛋白。vRNA与核蛋白(NP)和由PB2、PB1和PA蛋白组成的异源三聚体聚合酶复合物一起形成完整的病毒核糖核蛋白(vRNP)。为了具有完全的传染性，IAV病毒粒子必须包含每个节段中的至少一个vRNP。每个vRNP与至少一个其他伴侣相互作用以形成超分子复合物，该复合物可能由推测用于指导包装过程的节段间RNA
‑
RNA和/或蛋白质
‑r/>RNA相互作用维持。
[0007]个体可以单独感染甲型流感病毒和/或感染其他呼吸道病毒，包括但不限于乙型流感病毒(IBV)、冠状病毒(Cov)、呼吸道合胞病毒(RSV)等。IBV是一种分段RNA病毒，其基因组由八个线性负译单链RNA节段组成
[0008]呼吸道合胞病毒(RSV)，也称为人呼吸道合胞病毒(hRSV)，是一种负译单链RNA病毒。感染RSV的患者发生呼吸衰竭的风险更高。它是一种非常常见的人类呼吸道病毒病原体。
[0009]冠状病毒(CoV)是包膜RNA病毒，通常会导致人类自限性呼吸道感染。然而，在过去20年中，出现了由新型冠状病毒引起的危及生命的疾病，例如2003年爆发的严重急性呼吸综合征(SARS)、2012年的中东呼吸综合征(MERS)以及最近爆发的2019新型冠状病毒(SARS
‑
CoV
‑
2)。迫切需要新疗法来遏制当前和未来的疫情。
[0010]摘要
[0011]本公开的方面提供了设计用于破坏呼吸系统疾病相关病毒(例如IAV、IBV、RSV、冠状病毒等)的RNA结构元件的泛基因型组合物。本公开的方面提供了泛基因型组合物，其设计用于破坏基因组节段PB2的5
′
包装信号区内的IAV的RNA结构元件，称为包装茎环2(PSL2)。PSL2结构的破坏会显著抑制IAV。PSL2在所有测试的甲型流感亚型中都是保守的。
[0012]提供了抑制样本中甲型流感病毒的方法。所述方法的方面包括使包含具有PSL2基序的病毒RNA(vRNA)样本与有效量的药剂接触，所述有效量的药剂特异性结合PSL2基序以抑制所述甲型流感病毒。在某些情况下，vRNA从病毒粒子或细胞中分离出来。在某些情况下，vRNA存在于病毒粒子中。在某些情况下，vRNA存在于受感染的细胞中。还提供了治疗或
预防受试者的甲型流感病毒感染的方法。还提供了用于筛选具有抑制细胞中甲型流感病毒能力的候选药剂的方法，所述方法包括：将样本与候选药剂接触；以及确定候选药剂是否特异性结合vRNA的PSL2基序。还提供了在所述方法中找到用途的包含与PB2 vRNA(或其互补链)区域互补的寡核苷酸序列的化合物和药物组合物。
[0013]提供了抑制样本中乙型流感病毒的方法。所述方法的方面包括使包含具有基序的病毒RNA(vRNA)样本与有效量的药剂接触，所述有效量的药剂特异性结合RNA基序以抑制所述乙型流感病毒。在某些情况下，vRNA从病毒粒子或细胞中分离出来。在某些情况下，vRNA存在于病毒粒子中。在某些情况下，vRNA存在于受感染的细胞中。还提供了治疗或预防受试者的乙型流感病毒感染的方法。还提供了用于筛选具有抑制细胞中乙型流感病毒能力的候选药剂的方法，所述方法包括：将样本与候选药剂接触；以及确定候选药剂是否特异性结合vRNA的RNA基序。还提供了在所述方法中找到用途的包含与IBV vRNA区域互补的寡核苷酸序列的化合物和药物组合物。
[0014]简要附图说明
[0015]本领域技术人员将理解，以下描述的附图仅用于说明目的。附图无意以任何方式限制本教导的范围。
[0016]图1A
‑
图IF描述了野生型PB2的RNA二级结构(SEQ ID NO：1)和包装突变vRNAs，PB2m757(SEQ ID NO：2)、m745(SEQ ID NO：3)、1918疫情(H1N1)(SEQ ID NO：4)、高致病性禽流感(H5M＝N1)(SEQ ID NO：5)和2009猪流感(H1N1)(SEQ ID NO：6)。图1G说明了跨B型冠状病毒中保守的预测RNA二级结构。
[0017]图2，panel A和B，描述了全长PB2 vRNA的反应性。
[0018]图3A
‑
图3E通过包装缺陷突变PB2m744b(SEQ ID NO：8)、PB2m745(SEQ ID NO：9)、PB2m55c(SEQ ID NO：10)和PB2m757(SEQ ID NO：11)。
[0019]图4描述了包含PSL2结构的核苷酸序列的保守性。
[0020]图5A
‑
图5D描述了PSL2 RNA二级结构的二维突变和映射分析(图5C，SEQ ID NO：12)。
[0021]图6，panel A
‑
B，描述了前文描述的PR8 PB2突变体的补偿性突变设计(panel A，SEQ ID NO：13)。
[0022]图7，panel A
‑
D，描述了PR8 PB2 vRNA的单一高度保守密码子的同义突变(panel A，SEQ ID NOs：14
‑
15；panel B，SEQ ID NOs：16
‑
23起始端到终止端)。
[0023]图8描述了显示PB2包装突变体命名和相应突变位点的表格。
[0024]图9A
‑
图9C描述了同义突变对PSL2结构PB2m731(SEQ ID NO：24)、PB2m751(SEQ ID NO：25)和PB2m748(SEQ ID NO：26)的影响。
[0025]图10，panel A
‑
I，描述了PR8 PB2包装缺陷突变体中的补偿性突变对病毒包装和滴度的影响。
[0026]图11 panel A
‑
D本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种寡核苷酸化合物或其盐，其包含寡核苷酸序列，所述寡核苷酸序列包含与PB2病毒RNA(vRNA)或其突变体的包装茎环2(PSL2)基序的区域互补的至少8个核苷亚基，其中所述寡核苷酸化合物可抑制病毒产率。2.根据权利要求1所述的化合物，其中所述寡核苷酸包含选自以下键的核苷间键：硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、氨基磷酸酯和硫代氨基磷酸酯键。3.根据权利要求2所述的化合物，其中所述寡核苷酸包含一个或多个手性核苷间键。4.根据权利要求1所述的化合物，其中所述寡核苷酸包含桥接核酸(BNA)核苷酸。5.根据权利要求4所述的化合物，其中所述BNA核苷酸选自由锁核酸(LNA)核苷酸、亚乙基桥接核酸(ENA)核苷酸和约束乙基(cEt)核苷酸组成的组。6.根据权利要求1所述的化合物，其中所述寡核苷酸包含一个或多个2
′‑
修饰的核苷酸。7.根据权利要求1所述的化合物，其中所述寡核苷酸包含选自以下的序列：5
’
ACCAAAAGAAT 3
’
(SEQ ID NO：45)；5
’
TGGCCATCAAT 3
’
(SEQ ID NO：46)；5
’
TAGCATACTTA 3
’
(SEQ ID NO：47)；5
’
CCAAAAGA 3
’
(SEQ ID NO：48)；5
’
CATACTTA 3
’
(SEQ ID NO：49)；5
’
CAGACACGACCAAAA 3
’
(SEQ ID NO：50)；5
’
TACTTACTGACAGCC 3
’
(SEQ ID NO：51)；5
’
AGACACGACCAAAAG 3
’
(SEQ ID NO：52)；5
’
ACCAAAAGAAT 3
’
(SEQ ID NO：53)；5
’
TGGCCATCAAT 3
’
(SEQ ID NO：54)；5
’
TAGCATACTTA 3
’
(SEQ ID NO：55)；5
’
CGACCAAAAGAATTC 3
’
(SEQ ID NO：56)；5
’
CGACCAAAAGAATTC 3
’
(SEQ ID NO：57)；5
’
GATGGCCATCAATTA 3
’
(SEQ ID NO：58)；5
’
GATGGCCATCAATTA 3
’
(SEQ ID NO：59)；5
’
TCTAGCATACTTACT 3
’
(SEQ ID NO：60)；5
’
TCTAGCATACTTACT 3
’
(SEQ ID N0：61)；5
’
GAATTCGGATGGCCA 3
’
(SEQ ID NO：62)；5
’
GGCCATCAATTAGTG 3
’
(SEQ ID NO：63)；5
’
TTCGGATGGCCATCA 3
’
(SEQ ID NO：64)；5
’
AGCCAGACAGCGA 3
’
(SEQ ID NO：65)；5
’
GACAGCCAGACAGCA 3
’
(SEQ ID NO：66)；5
’
CGACCAAAAGAATT 3
’
(SEQ ID NO：98)；5
’
GACCAAAAGAATTCGG 3
’
(SEQ ID NO：99)；5
’
AGCATACTTACTGACA 3
’
(SEQ ID NO：100)；5
’
CATACTTACTGACA 3
’
(SEQ ID NO：101)；5
’
ATACTTACTGACAG 3
’
(SEQ ID NO：102)；
5
’
CATACTTACTGACAGC 3
’
(SEQ ID NO：103)；5
’
AGACAGCGACCAAAAG 3
’
(SEQ ID NO：104)；5
’
ACAGCGACCAAAAG(SEQ ID NO：105)；5
’
CAGCCAGACAGCGAC 3
’
(SEQ ID NO：106)；5
’
CAGCCAGACAGCGA 3
’
(SEQ ID NO：107)；5
’
ACAGCCAGACAGCGA 3
’
(SEQ ID NO：108)；5
’
GACAGCCAGACAGCG 3
’
(SEQ ID NO：109)；5
’
CATCAATTAGTGTCG 3
’
(SEQ ID NO：110)；5
’
CCATCAATTAGTGTCG 3
’
(SEQ ID NO：111)；5
’
GCCATCAATTAGTGTG 3
’
(SEQ ID NO：112)；5
’
AAGAATTCGGATGGC 3
’
(SEQ ID NO：113)；5
’
CAGACAGCGACCAA 3
’
(SEQ ID NO：114)；和5
’
TGACAGCCAGACAGC 3
’
(SEQ ID NO：115)，其中所述寡核苷酸包含一种或多种修饰核酸(例如，BNA、LNA、ENA、cEt或2
′
_修饰)。8.根据权利要求1所述的化合物，其中所述寡核苷酸包含选自以下的序列：5
’
GAATTCGGATGGCCA 3
’
(SEQ ID NO：62)；5
’
AGCCAGACAGCGA 3
’
(SEQ ID NO：65)；5
’
CGACCAAAAGAATT 3
’
(SEQ ID NO：98)；5
’
GACCAAAAGAATTCGG 3
’
(SEQ ID NO：99)；5
’
AGCATACTTACTGACA 3
’
(SEQ ID NO：100)；5
’
CATACTTACTGACA 3
’
(SEQ ID NO：101)；5
’
ATACTTACTGACAG 3
’
(SEQ ID NO：102)；5
’
CATACTTACTGACAGC 3
’
(SEQ ID NO：103)；5
’
AGACAGCGACCAAAAG 3
’
(SEQ ID NO：104)；5
’
ACAGC...

【专利技术属性】
技术研发人员：J，
申请(专利权)人：小利兰，
类型：发明
国别省市：