重组酶组合物和使用方法技术

披露了用于调控靶基因组的方法和组合物。披露了用于调控靶基因组的方法和组合物。披露了用于调控靶基因组的方法和组合物。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】重组酶组合物和使用方法
[0001]相关申请
[0002]本申请要求2019年7月19日提交的美国序列号62/876,165以及2020年6月15日提交的美国序列号63/039,328的优先权，将其中每个的全部内容通过引用并入本文。
[0003]序列表
[0004]本申请包含序列表，该序列表已经以ASCII格式以电子方式提交，并且特此通过引用以其全文并入。所述ASCII拷贝创建于2020年7月16日，命名为V2065
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7003WO_SL.txt，并且大小为2,102,102字节。

技术介绍

[0005]在没有专门的蛋白质来促进插入事件的情况下，目的核酸整合到基因组中的频率较低且位点特异性极低。一些现有的方法、例如CRISPR/Cas9更适合于小型编辑，并且在整合较长序列时效率较低。其他现有的方法、例如Cre/loxP需要第一步先将loxP位点插入基因组中，然后第二步将目的序列插入loxP位点中。本领域需要改善的组合物(例如，蛋白质和核酸)和方法用于在基因组中插入、改变、或缺失目的序列。

技术实现思路

[0006]本披露涉及用于体内或体外改变宿主细胞、组织或受试者中一个或多个位置处的基因组的新颖组合物、系统和方法。特别地，本专利技术的特征在于用于使用重组酶多肽(例如，酪氨酸重组酶，例如，如本文所述)将外源遗传元件引入宿主基因组中的组合物、系统和方法。
[0007]列举的实施例
[0008]1.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：
[0009]a)重组酶多肽，其包含表1或2的氨基酸序列，或与该表1或2的氨基酸序列具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的氨基酸序列，或编码该重组酶多肽的核酸；以及
[0010]b)双链插入DNA，其包含：
[0011](i)与(a)的重组酶多肽结合的DNA识别序列，
[0012]所述DNA识别序列具有第一副回文(parapalindromic)序列和第二副回文序列，其中每个副回文序列为约10
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30、12
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27、或10
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15个核苷酸，例如，约13个核苷酸，并且该第一和第二副回文序列一起构成如下核苷酸序列的副回文区，该核苷酸序列为表1的核苷酸序列，或与该表1的核苷酸序列具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的核苷酸序列，或相对于该表1的核苷酸序列具有不超过1、2、3、或4个序列改变(例如，取代、插入、或缺失)的核苷酸序列，并且
[0013]所述DNA识别序列进一步包含约5
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10个核苷酸例如约8个核苷酸的核心序列，其中该核心序列位于该第一和第二副回文序列之间，以及
[0014](ii)异源对象序列。
[0015]2.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：
[0016]a)重组酶多肽，其包含表1或2的氨基酸序列，或与该表1或2的氨基酸序列具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的氨基酸序列，或编码该重组酶多肽的核酸；以及
[0017]b)插入DNA，其包含：
[0018](i)与(a)的重组酶多肽结合的表1的人第一副回文序列和人第二副回文序列，以及
[0019](ii)任选地，异源对象序列。
[0020]3.如实施例1或2所述的系统，其中该重组酶多肽包含与表2的氨基酸序列具有至少70％序列同一性的氨基酸序列。
[0021]4.如实施例1或2所述的系统，其中该重组酶多肽包含与表2的氨基酸序列具有至少75％序列同一性的氨基酸序列。
[0022]5.如实施例1或2所述的系统，其中该重组酶多肽包含与表2的氨基酸序列具有至少80％序列同一性的氨基酸序列。
[0023]6.如实施例1或2所述的系统，其中该重组酶多肽包含与表2的氨基酸序列具有至少85％序列同一性的氨基酸序列。
[0024]7.如实施例1或2所述的系统，其中该重组酶多肽包含与表2的氨基酸序列具有至少90％序列同一性的氨基酸序列。
[0025]8.如实施例1或2所述的系统，其中该重组酶多肽包含与表2的氨基酸序列具有至少95％序列同一性的氨基酸序列。
[0026]9.如实施例1或2所述的系统，其中该重组酶多肽包含与表2的氨基酸序列具有至少96％序列同一性的氨基酸序列。
[0027]10.如实施例1或2所述的系统，其中该重组酶多肽包含与表2的氨基酸序列具有至少97％序列同一性的氨基酸序列。
[0028]11.如实施例1或2所述的系统，其中该重组酶多肽包含与表2的氨基酸序列具有至少98％序列同一性的氨基酸序列。
[0029]12.如实施例1或2所述的系统，其中该重组酶多肽包含与表2的氨基酸序列具有至少99％序列同一性的氨基酸序列。
[0030]13.如实施例1或2所述的系统，其中该重组酶多肽包含与表2的氨基酸序列具有100％序列同一性的氨基酸序列。
[0031]14.如实施例1
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13中任一项所述的系统，其中(a)和(b)在分开的容器中。
[0032]15.如实施例1
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13中任一项所述的系统，其中(a)和(b)是混合的。
[0033]16.一种细胞(例如，真核细胞，例如，哺乳动物细胞，例如，人细胞；或原核细胞)，其包含：重组酶多肽，其包含表1或2的氨基酸序列，或与该表1或2的氨基酸序列具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的氨基酸序列，或编码该重组酶多肽的核酸。
[0034]17.如实施例16所述的细胞，其进一步包含含有以下的插入DNA：
[0035](i)与该重组酶多肽结合的DNA识别序列，所述DNA识别序列包含第一副回文序列和第二副回文序列，
[0036]其中每个副回文序列为约10
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30、12
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27、或10
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15个核苷酸，例如，约13个核苷酸，并且该第一和第二副回文序列一起构成如下核苷酸序列的副回文区，该核苷酸序列为表1的核苷酸序列，或与该表1的核苷酸序列具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的核苷酸序列，或相对于该表1的核苷酸序列具有不超过1、2、3、或4个序列改变(例如，取代、插入、或缺失)的核苷酸序列，
[0037]其中所述DNA识别序列进一步包含约5
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10个核苷酸例如约8个核苷酸的核心序列，并且其中该核心序列位于该第一和第二副回文序列之间；以及
[0038](ii)任选地，异源对象序列。
[0039]18.一种细胞(例如，真核细胞，例如，哺乳动物细胞，例如，人细胞；或原核细胞)，其包含：
[0040](本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：a)重组酶多肽，其选自Rec27(WP_021170377.1，SEQ ID NO:1241)、Rec35(WP_134161939.1，SEQ ID NO:1249)，或包含表1或2的氨基酸序列，或与该表1或2的氨基酸序列具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的氨基酸序列，或编码该重组酶多肽的核酸；以及b)双链插入DNA，其包含：(i)与(a)的重组酶多肽结合的DNA识别序列，所述DNA识别序列具有第一副回文序列和第二副回文序列，其中每个副回文序列为约10
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30、12
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27、或10
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15个核苷酸，例如，约13个核苷酸，并且该第一和第二副回文序列一起构成如下核苷酸序列的副回文区，该核苷酸序列为表1的核苷酸序列，或与该表1的核苷酸序列具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的核苷酸序列，或相对于该表1的核苷酸序列具有不超过1、2、3、4、5、6、7、8个序列改变(例如，取代、插入、或缺失)的核苷酸序列，并且所述DNA识别序列进一步包含约5
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10个核苷酸例如约8个核苷酸的核心序列，其中该核心序列位于该第一和第二副回文序列之间，以及(ii)异源对象序列。2.一种用于修饰DNA的系统，该系统包含：a)重组酶多肽，其选自Rec27(WP_021170377.1，SEQ ID NO:1241)、Rec35(WP_134161939.1，SEQ ID NO:1249)，或包含表1或2的氨基酸序列，或与该表1或2的氨基酸序列具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的氨基酸序列，或编码该重组酶多肽的核酸；以及b)插入DNA，其包含：(i)与(a)的重组酶多肽结合的表1的人第一副回文序列和人第二副回文序列，以及(ii)任选地，异源对象序列。3.一种真核细胞(例如，哺乳动物细胞，例如，人细胞)，其包含：重组酶多肽，其选自Rec27(WP_021170377.1，SEQ ID NO:1241)、Rec35(WP_134161939.1，SEQ ID NO:1249)，或包含表1或2的氨基酸序列，或与该表1或2的氨基酸序列具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的氨基酸序列，或编码该重组酶多肽的核酸。4.一种真核细胞(例如，哺乳动物细胞，例如，人细胞)，其包含：(i)DNA识别序列，所述DNA识别序列包含第一副回文序列和第二副回文序列，其中每个副回文序列为约10
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30、12
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27、或10
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15个核苷酸，例如，约13个核苷酸，并且该第一和第二副回文序列一起构成如下核苷酸序列的副回文区，该核苷酸序列为表1的核苷酸序列，或与该表1的核苷酸序列具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的核苷酸序列，或相对于该表1的核苷酸序列具有不超过1、2、3、4、5、6、7、或8个序列改变(例如，取代、插入、或缺失)的核苷酸序列，其中所述DNA识别序列进一步包含约5
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10个核苷酸例如约8个核苷酸的核心序列，并且其中该核心序列位于该第一和第二副回文序列之间；以及(ii)异源对象序列。5.一种修饰真核细胞(例如，哺乳动物细胞，例如，人细胞)的基因组的方法，该方法包
括使该细胞与以下接触：a)重组酶多肽，其选自Rec27(WP_021170377.1，SEQ ID NO:1241)、Rec35(WP_134161939.1，SEQ ID NO:1249)，或包含表1或2的氨基酸序列，或与该表1或2的氨基酸序列具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的序列，或编码该重组酶多肽的核酸；以及b)插入DNA，其包含：(i)与(a)的重组酶多肽结合的DNA识别序列，所述DNA识别序列包含第一副回文序列和第二副回文序列，其中每个副回文序列为约10
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30、12
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27、或10
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15个核苷酸，例如，约13个核苷酸，并且该第一和第二副回文序列一起构成如下核苷酸序列的副回文区，该核苷酸序列为表1的核苷酸序列，或与该表1的核苷酸序列具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的核苷酸序列，或相对于该表1的核苷酸序列具有不超过1、2、3、或4个序列改变(例如，取代、插入、或缺失)的核苷酸序列，其中所述DNA识别序列进一步包含约5
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10个核苷酸例如约8个核苷酸的核心序列，并且其中该核心序列位于该第一和第二副回文序列之间，以及(ii)异源对象序列，从而...

【专利技术属性】
技术研发人员：J费拉，Y傅，JR鲁本斯，RJ西托里克，MT米，MK吉布森，
申请(专利权)人：旗舰先锋创新VI有限责任公司，
类型：发明
国别省市：