调控基因组的方法和组合物技术

技术编号:37771294 阅读:8 留言:0更新日期:2023-06-06 13:36
披露了用于调控靶基因组的方法和组合物。披露了用于调控靶基因组的方法和组合物。披露了用于调控靶基因组的方法和组合物。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】调控基因组的方法和组合物
[0001]相关申请
[0002]本申请要求2020年3月4日提交的美国序列号62/985,285,2020年6月5日提交的美国序列号63/035,627,和2020年8月19日提交的美国序列号63/067,828的优先权,将其中每个的全部内容通过引用并入本文。
[0003]背景
[0004]在没有专门的蛋白质来促进插入事件的情况下,目的核酸整合到基因组中的频率较低且位点特异性极低。一些现有的方法,如CRISPR/Cas9,更适合依赖宿主修复途径的小型编辑,并且在整合较长序列时效率较低。其他现有的方法、例如Cre/loxP需要第一步先将loxP位点插入基因组中,然后第二步将目的序列插入loxP位点中。本领域需要改善的组合物(例如,蛋白质和核酸)和方法用于在基因组中插入、改变、或缺失目的序列。

技术实现思路

[0005]本披露涉及用于体内或体外改变宿主细胞、组织或受试者中一个或多个位置处的基因组的新颖组合物、系统和方法。特别地,本专利技术的特征在于用于在宿主基因组中插入、改变或缺失目的序列的组合物、系统和方法。
[0006]所述组合物或方法的特征可包括以下列举的实施例中的一个或多个。
[0007]列举的实施例
[0008]1.一种用于修饰DNA的系统,该系统包含:
[0009](a)多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域,(ii)DNA结合结构域(DBD);和(iii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域;以及
[0010](b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA),其包含(例如,从5'到3')(i)任选地,结合靶位点(例如靶基因组中位点的第二链)的序列(例如CRISPR间隔子),(ii)任选地,结合该多肽的序列,(iii)异源对象序列,和(iv)3

靶同源结构域。
[0011]2.一种用于修饰DNA的系统,该系统包含:
[0012](a)多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域,(ii)DNA结合结构域(DBD);和(iii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域;以及
[0013](b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA),其包含(例如,从5'到3')(i)任选地,结合靶位点(例如靶基因组中位点的第二链)的序列,(ii)任选地,结合该多肽的序列,(iii)异源对象序列,和(iv)3'靶同源结构域;
[0014]其中:
[0015](i)该多肽包含与该靶位点中包含的序列特异性结合的异源靶向结构域(例如,在该DBD或该核酸内切酶结构域中);和/或
[0016](ii)该模板RNA包含与靶位点中包含的序列具有至少85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%同源性的异源同源序列。
[0017]3.一种用于修饰DNA的系统,该系统包含:
[0018](a)多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域,(ii)DNA
结合结构域(DBD);和(iii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域;以及
[0019](b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA),其包含(例如,从5'到3')(i)任选地,结合靶位点(例如靶基因组中位点的第二链)的序列,(ii)任选地,结合该多肽的序列,(iii)异源对象序列,和(iv)3'靶同源结构域,
[0020]其中该RT结构域包含表1或3的序列或表2的逆转录酶结构域的序列或与其具有至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%同一性的序列。
[0021]4.一种用于修饰DNA的系统,该系统包含:
[0022](a)多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域,(ii)DNA结合结构域(DBD);和(iii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域;以及
[0023](b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA),其包含(例如,从5'到3')(i)任选地,结合靶位点(例如靶基因组中位点的第二链)的序列,(ii)任选地,结合该多肽的序列,(iii)异源对象序列,和(iv)3'靶同源结构域,
[0024]其中该RT结构域包含表1或3的序列,或表2的逆转录酶结构域的序列,
[0025]其中该RT结构域进一步包含相对于天然序列的多个取代,例如至少1、2、3、4、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、或100个取代。
[0026]5.一种用于修饰DNA的系统,该系统包含:
[0027](a)多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域,(ii)DNA结合结构域(DBD);和(iii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域;以及
[0028](b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA),其包含(例如,从5'到3')(i)任选地,结合靶位点(例如靶基因组中位点的第二链)的序列,(ii)任选地,结合该多肽的序列,(iii)异源对象序列,和(iv)3'靶同源结构域,
[0029]其中该系统能够在该靶位点中产生至少45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95或100个核苷酸插入。
[0030]6.一种用于修饰DNA的系统,该系统包含:
[0031](a)多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域,(ii)DNA结合结构域(DBD);和(iii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域;以及
[0032](b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA),其包含(例如,从5'到3')(i)任选地,结合靶位点(例如靶基因组中位点的第二链)的序列,(ii)任选地,结合该多肽的序列,(iii)异源对象序列,和(iv)3'靶同源结构域,
[0033]其中该系统能够在该靶位点中产生至少1、2、3、4、5、10、20、30、40或44个核苷酸插入。
[0034]7.一种用于修饰DNA的系统,该系统包含:
[0035](a)多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域,(ii)DNA结合结构域(DBD);和(iii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域;以及
[0036](b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA),其包含(例如,从5'到3')(i)任选地,结合靶位点(例如靶基因组中位点的第二链)的序列,(ii)任选地,结合该多肽的序列,(iii)异源对象序列,和(iv)3'靶同源结构域,
[0037]其中该异源对象序列长度是至少74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、120、140、160、180、200、500、或1,000nt。
[0038]8.一种用于修饰DNA的系统,该系统包含:本文档来自技高网
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于修饰DNA的系统,该系统包含:(a)多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域,(ii)DNA结合结构域(DBD);和(iii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域;以及(b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA),其包含(例如,从5

到3

)(i)任选地,结合靶位点(例如靶基因组中位点的第二链)的序列,(ii)任选地,结合该多肽的序列,(iii)异源对象序列,和(iv)3

靶同源结构域,其中该RT结构域包含表1或3的序列或表2的逆转录酶结构域的序列或与其具有至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%同一性的序列。2.一种用于修饰DNA的系统,该系统包含:(a)多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域,(ii)DNA结合结构域(DBD);和(iii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域;以及(b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA),其包含(例如,从5

到3

)(i)任选地,结合靶位点(例如靶基因组中位点的第二链)的序列,(ii)任选地,结合该多肽的序列,(iii)异源对象序列,和(iv)3

靶同源结构域,其中该RT结构域包含表1或3的序列,或表2的逆转录酶结构域的序列,其中该RT结构域进一步包含相对于天然序列的多个取代,例如至少1、2、3、4、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、或100个取代。3.一种用于修饰DNA的系统,该系统包含:(a)多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域,(ii)DNA结合结构域(DBD);和(iii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域;以及(b)模板RNA(etRNA)(或编码该模板RNA的DNA),其包含(例如,从5

到3

)(i)任选地,结合靶位点(例如靶基因组中位点的第二链)的序列,(ii)任选地,结合该多肽的序列,(iii)异源对象序列,和(iv)3

靶同源结构域,其中该系统能够在该靶位点中产生至少45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95或100个核苷酸插入。4.一种用于修饰DNA的系统,该系统包含:(a)多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域,(ii)DNA结合结构域(DBD);和(iii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域;以及(b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA),其包含(例如,从5

到3

)(i)任选地,结合靶位点(例如靶基因组中位点的第二链)的序列,(ii)任选地,结合该多肽的序列,(iii)异源对象序列,和(iv)3

靶同源结构域,其中该异源对象序列长度是至少74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、120、140、160、180、200、500、或1,000nt。5.如前述权利要求中任一项所述的系统,其中以下一项或多项:该RT结构域与该DBD异源;该DBD与该核酸内切酶结构域异源;或该RT结构域与该核酸内切酶结构域异源。6.一种用于修饰DNA的系统,该系统包含:(a)多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域,(ii)DNA结合结构域(DBD);和(iii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域;以及(b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA),其包含(例如,从5

到3

)(i)任选地,结合靶位
点(例如靶基因组中位点的第二链)的序列,(ii)任选地,结合该多肽的序列,(iii)异源对象序列,和(iv)3

靶同源结构域,其中该系统能够在靶位点中产生至少81、85、90、95、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、或200个核苷酸缺失。7.一种用于修饰DNA的系统,该系统包含:(a)多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域,(ii)DNA结合结构域(DBD);和(iii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域;以及(b)模板(或编码该模板RNA的DNA),其包含(例如,从5

到3

)(i)任选地,结合靶位点(例如靶基因组中位点的第二链)的序列,(ii)任选地,结合该多肽的序列,(iii)异源对象序列,和(iv)3

靶同源结构域,其中(a)(ii)和/或(a)(iii)包含TAL结构域;锌指结构域;或选自表3的CRISPR/Cas结构域或其功能变体(例如,突变体)。8.一种用于修饰DNA的系统,该系统包含:(a)多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域,(ii)DNA结合结构域(DBD);和(iii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域;以及(b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA),其包含(例如,从5

到3

)(i)任选地,结合靶位点(例如靶基因组中位点的第二链)的序列(例如CRISPR间隔子),(ii)任选地,结合该多肽的序列,(iii)异源对象序列,和(iv)3

靶同源结构域,其中该核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域,切割该靶位点DNA的两条链,并且其中这些切割彼此分开至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或30个核苷酸。9.一种用于修饰DNA的系统,该系统包含:(a)多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域,(ii)DNA结合结构域(DBD);和(iii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域;以及(b)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA),其包含(例如,从5

到3

)(i)任选地,结合靶位点(例如靶基因组中位点的第二链)的序列,(ii)特异性结合该RT结构域的序列,(iii)异源对象序列,和(iv)3

靶同源结构域。10.如权利要求9所述的系统,其中该模板RNA进一步包含结合(a)(ii)和/或(a)(iii)的序列。11.一种用于修饰DNA的系统,该系统包含:(a)第一多肽或编码该第一多肽的核酸,其中该第一多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域和(ii)任选地,DNA结合结构域,(b)第二多肽或编码该第二多肽的核酸,其中该第二多肽包含(i)DNA结合结构域(DBD);(ii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域;以及(c)模板RNA(或编码该模板RNA的DNA),其包含(例如,从5

到3

)(i)任选地,结合该第二多肽(例如,结合(b)(i)和/或(b)(ii))的序列,(ii)任选地,结合该第一多肽(例如,特异性结合该RT结构域)的序列,(iii)异源对象序列,和(iv)3

靶同源结构域。12.一种用于修饰DNA的系统,该系统包含:(a)多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域,和(ii)DNA结合结构域(DBD);和(iii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域;
(b)第一模板RNA(或编码该RNA的DNA),其包含(例如,从5

到3

)(i)结合该多肽(例如,结合(a)(ii)和/或(a)(iii))的序列和(ii)结合靶位点(例如,靶基因组中位点的第二链)的序列,(例如,其中该第一RNA包含gRNA);(c)第二模板RNA(或编码该RNA的DNA),其包含(例如,从5

到3

)(i)任选地,结合该多肽(例如,特异性结合该RT结构域)的序列,(ii)异源对象序列,和(iii)3

靶同源结构域。13.一种模板RNA(或编码模板RNA的DNA),其包含(例如,从5

到3

)(i)结合靶位点(例如靶基因组中位点的第二链)的序列,(ii)特异性结合多肽的RT结构域的序列,(iii)异源对象序列,和(iv)3

靶同源结构域。14.如权利要求13所述的模板RNA,其进一步包含(v)结合多肽(例如,包含该RT结构域的相同多肽)的核酸内切酶和/或DNA结合结构域的序列。15.如权利要求13或14中任一项所述的模板RNA,其中该RT结构域包含选自表1或3的序列或表2的逆转录酶结构域的序列或与其具有至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%同一性的序列。16.如权利要求13或14中任一项所述的模板RNA,其中该RT结构域包含选自表1或3的序列或表2的逆转录酶结构域的序列,其中该RT结构域进一步包含相对于天然序列的多个取代,例如至少1、2、3、4、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、或100个取代。17.如权利要求13

16中任一项所述的模板RNA,其中(ii)的序列特异性结合该RT结构域。18.如权利要求13

17中任一项所述的模板RNA,其中特异性结合该RT结构域的序列是表1的序列,例如UTR序列,或来自表2的结构域的序列,或与其具有至少70%、75%、80%、85%、90%、95%或99%同一性的序列。19.一种模板RNA(或编码该模板RNA的DNA),其从5

至3

包含:(ii)结合多肽的核酸内切酶和/或DNA结合结构域的序列,(i)结合靶位点(例如靶基因组中位点的第二链)的序列,(iii)异源对象序列,和(iv)3

靶同源结构域。20.一种模板RNA(或编码该模板RNA的DNA),其从5

至3

包含:(iii)异源对象序列,(iv)3

靶同源结构域,(i)结合靶位点(例如,靶基因组中位点的第二链)的序列,和(ii)结合多肽的核酸内切酶和/或DNA结合结构域的序列。21.如任一前述权利要求所述的系统或模板RNA,其中该模板RNA、第一模板RNA或第二模板RNA包含特异性结合该RT结构域的序列。22.一种用于修饰DNA的系统,其包含:(a)第一模板RNA(或编码该第一模板RNA的DNA),其包含(i)结合多肽的核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域和/或DNA结合结构域(DBD)的序列,和(ii)结合靶位点(例如,靶基因组中位点的第二链)的序列,(例如,其中该第一RNA包含gRNA);(b)第二模板RNA(或编码该第二模板RNA的DNA),其包含(i)特异性结合多肽(例如(a)的多肽)的逆转录酶(RT)结构域的序列,(ii)异源对象序列,和(iii)3

靶同源结构域。23.如权利要求14所述的系统,其中编码该第一模板RNA的核酸和编码该第二模板RNA的核酸是两个分开的核酸。24.如权利要求14所述的系统,其中编码该第一模板RNA的核酸和编码该第二模板RNA的核酸是相同核酸分子的一部分,例如,存在于相同载体上。
25.一种多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域,(ii)DNA结合结构域(DBD);和(iii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域,其中该RT结构域具有表1或3的序列或表2的逆转录酶结构域的序列,或与其具有至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%同一性的序列。26.一种多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)逆转录酶(RT)结构域,(ii)DNA结合结构域(DBD);和(iii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域,其中该RT结构域具有表1或3的序列或表2的逆转录酶结构域的序列,其中该RT结构域进一步包含相对于天然序列的多个取代,例如至少1、2、3、4、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、或100个取代。27.一种用于修饰DNA的系统,其包含:(a)第一多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含逆转录酶(RT)结构域,其中该RT结构域具有表1或3的序列或表2的逆转录酶结构域的序列,或与其具有至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%同一性的序列;和任选地,DNA结合结构域(DBD)(例如,第一DBD);以及(b)第二多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)DBD(例如,第二DBD);和(ii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域。28.一种用于修饰DNA的系统,其包含:(a)第一多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含逆转录酶(RT)结构域,其中该RT结构域具有表1或3的序列或表2的逆转录酶结构域的序列,其中该RT结构域进一步包含相对于天然序列的多个取代,例如至少1、2、3、4、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90或100个取代;和任选地,DNA结合结构域(DBD)(例如,第一DBD);以及(b)第二多肽或编码该多肽的核酸,其中该多肽包含(i)DBD(例如,第二DBD);和(ii)核酸内切酶结构域,例如切口酶结构域。29.如权利要求27或28中任一项所述的系统,其中编码该第一多肽的核酸和编码该第二多肽的核酸是两个分开的核酸。30.如权利要求27或28中任一项所述的系统,其中编码该第一多肽的核酸和编码该第二多肽的核酸是相同核酸分子的一部分,例如,存在于相同载体上。31.一种反应混合物,该反应混合物包含:细胞和如任一前述权利要求所述的任何系统、多肽、模板RNA、或编码其的DNA。32.一种反应混合物,该反应混合物包含:包含靶位点的DNA和和如任一前述权利要求所述的任何系统、多肽、模板RNA、或编码其的DNA。33.一种试剂盒,该试剂盒包含:如任一前述权利要求所述的系统、多肽、模板RNA、或编码其的DNA;使用该系统、多肽、模板RNA或编码其的DNA的说明:以及包含靶位点的细胞或DNA中之一或两者。34.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、多肽或反应混合物,其中该DBD包含TAL结构域。35.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、多肽或反应混合物,其中该DBD包含锌指结构域。
36.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、多肽或反应混合物,其中该DBD包含CRISPR/Cas结构域。37.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、多肽或反应混合物,其中该核酸内切酶结构域是切口酶结构域。38.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、多肽或反应混合物,其中该核酸内切酶结构域包含CRISPR/Cas结构域。39.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、多肽或反应混合物,其中该CRISPR/Cas结构域包含来自表4的结构域或多肽,或其功能变体(例如,突变体)。40.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、多肽或反应混合物,其中该CRISPR/Cas结构域包含来自表4的属/种的结构域或多肽。41.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、多肽或反应混合物,其中该核酸内切酶结构域包含IIs型核酸酶(例如FokI)、霍利迪连接解离酶或包含消除其切割一条链的能力的改变(例如,将双链DNA核酸酶转化为切口酶)的双链DNA核酸酶。42.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、多肽或反应混合物,其中该RT结构域包含选自表1或3的逆转录酶或其功能片段或变体或表2的逆转录酶结构域的序列。43.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、多肽或反应混合物,其中该RT结构域包含相对于天然存在的RT结构域或选自表1或3的RT结构域或功能片段或表2的逆转录酶结构域的序列的一个或多个突变(例如,插入、缺失或取代),例如,至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90或100个突变。44.如权利要求43所述的系统、试剂盒、多肽或反应混合物,其中该一个或多个突变选自鼠白血病病毒逆转录酶的RT结构域中的D200N、L603W、T330P、D524G、E562Q、D583N、P51L、S67R、E67K、T197A、H204R、E302K、F309N、W313F、L435G、N454K、H594Q、L671P、E69K或D653N或另一个RT结构域的相应位置处的相应突变。45.如权利要求43所述的系统、试剂盒、多肽或反应混合物,其中该一个或多个突变选自WO 2018089860 A1的R2Bm逆转录转座酶的RT结构域中的突变(例如C952S、和/或C956S、和/或C952S、C956S(双突变体)、和/或C969S、和/或H970Y、和/或R979Q、和/或R976Q、和/或R1071S、和/或R328A、和/或R329A、和/或Q336A、和/或R328A、R329A、Q336A(三突变体)、和/或G426A、和/或D428A、和/或G426A、D428A(双突变体)突变,和/或其任何组合;相对于WO 2018089860 A1 SEQ ID NO:52的位置)或者在另一个RT结构域的相应位置处的相应突变,WO 2018089860 A1通过引用并入本文。46.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、多肽或反应混合物,其中该RT结构域位于该多肽中该DBD的C末端。47.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、多肽或反应混合物,其中该RT结构域位于该多肽中该切口酶结构域的C末端。48.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、多肽或反应混合物,其中该RT结构域位于该多肽中该DBD的N末端。49.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、多肽或反应混合物,其中该RT结构域位于该多肽中该切口酶结构域的N末端。50.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、多肽或反应混合物,其中该多肽包含接
头,例如,位于该RT结构域和该DBD之间或该RT结构域和该切口酶结构域之间。51.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、多肽或反应混合物,其中该接头的长度是2

50个氨基酸,例如2

30个氨基酸。52.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、多肽或反应混合物,其中该接头是柔性接头,例如,包含Gly和/或Ser残基。53.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、模板RNA或反应混合物,其中该3

靶同源结构域与待由该系统修饰的位点相邻的序列互补,或与跟待由该系统修饰的位点相邻的序列互补的序列包含不超过1、2、3、4或5个错配。54.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、模板RNA或反应混合物,其中该3

靶同源结构域的长度超过4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190或200个核苷酸,(例如,长度是4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸)。55.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、模板RNA或反应混合物,其中该3

靶同源结构域的长度不超过4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190或200个核苷酸。56.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、模板RNA或反应混合物,其中该异源对象序列与待由该系统修饰的位点互补,除了待修饰的一个或多个位置处。57.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、模板RNA或反应混合物,其中该异源对象序列与待由该系统修饰的位点互补,除了在编码待插入该位点的序列的位置处。58.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、模板RNA或反应混合物,其中该异源对象序列与待由该系统修饰的位点互补,除了该异源对象序列不包含编码待在该位点缺失的序列的核苷酸。59.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、模板RNA或反应混合物,其中该异源对象序列的长度超过3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸(例如,长度是3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸)。60.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、模板RNA或反应混合物,其中该异源对象序列的长度不超过3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸。61.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、模板RNA或反应混合物,其中该异源对象序列用至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸取代非靶位点核苷酸。62.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、模板RNA或反应混合物,其中该异源对象序列在该靶位点中插入至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95或100个核苷酸,或至少0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5或10千碱基。63.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、模板RNA或反应混合物,其中该异源对象序列缺失至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、
81、85、90、95、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190或200个核苷酸。64.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、模板RNA或反应混合物,其中该异源对象序列与结合该多肽(例如,结合核酸内切酶结构域和/或DBD结构域)的序列分开至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或30个核苷酸。65.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、模板RNA或反应混合物,其中结合该多肽(例如,结合核酸内切酶结构域和/或DBD结构域)的序列的长度是至少45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120或130个核苷酸(并且任选地长度不超过150、140、130、120、110、100、90、85或80个核苷酸)。66.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、模板RNA或反应混合物,其中结合该多肽的序列结合该核酸内切酶结构域和/或DBD结构域。67.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、模板RNA或反应混合物,其中结合该多肽(例如,结合该核酸内切酶结构域和/或DBD结构域)的序列包含gRNA。68.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、模板RNA或反应混合物,其中结合靶位点(例如,靶基因组中位点的第二链)的序列的长度是至少15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120或130个核苷酸(并且长度任选地不超过150、140、130、120、110、100、90、80、70、60、50、40、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21或20个核苷酸),例如长度是17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸。69.如任一前述权利要求所述的系统、试剂盒、模板RNA或反...

【专利技术属性】
技术研发人员:AH博特默CGS科塔拉穆西诺WE萨洛蒙JR鲁本斯RJ西托里克ZJ王K金RM科特拉A雷RC阿尔特舒勒S库马尔N罗奎特BE斯坦伯格
申请(专利权)人:旗舰先锋创新VI有限责任公司
类型:发明
国别省市:

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