免疫抑制性成纤维细胞群体的生物标志物ANTXR1及其在预测对免疫疗法的反应中的用途制造技术

本发明专利技术提供了一种用于检测来自患癌对象的癌样本中的免疫抑制性成纤维细胞、特别是癌相关成纤维细胞(CAF)的体外方法，其中所述方法包括检测来自所述患者的癌样本中的ANTXR1

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】免疫抑制性成纤维细胞群体的生物标志物ANTXR1及其在预测对免疫疗法的反应中的用途


[0001]本专利技术涉及医学领域、特别是肿瘤学领域。它提供了免疫抑制性细胞群体的新标志物及其用途。

技术介绍

[0002]随着2018年造成960万人死亡，癌症成为全球第二大死因。癌症的患病率也极高，每年新诊断的病例超过1500万，预计未来20年新病例的数量将上升约70％。
[0003]如今对癌症有许多治疗选择，包括例如手术、化疗、放疗、激素疗法、靶向疗法和姑息护理。对患者最适合的治疗的选择取决于癌症的类型、位置和分级以及患者的健康和偏好。
[0004]在过去的几十年间，免疫疗法已经成为癌症治疗策略的重要部分。癌症免疫疗法依赖于利用免疫系统来治疗癌症。在一直以来开发的各种免疫疗法治疗当中，免疫检查点抑制剂疗法特别有希望。然而，尽管结果令人鼓舞，但许多晚期癌症患者对免疫检查点抑制剂没有反应，并且对原发性抵抗的机制知之甚少。特别是，一些癌症发展出免疫抑制性微环境，导致了对免疫疗法的抵抗的产生。
[0005]因此，需要鉴定可以在开始治疗之前可靠地区分有反应和无反应患者的生物标志物，以选择很可能从免疫肿瘤药物中受益的患者。
[0006]癌相关成纤维细胞(CAF)是癌症中丰富的组分，发挥着重要的促肿瘤发生功能。现在认识到CAF是异质性的，可以基于特异性标志物的表达来定义不同的CAF子集。目前，已在人类乳腺癌和卵巢癌中鉴定出4个CAF子集，称为CAF
‑
S1至CAF
‑
S4(Costa A等，Cancer Cell 2018；33(3):463
‑
79 e10)。虽然CAF
‑
S2和CAF
‑
S3成纤维细胞在健康组织中也能检测到并且可以使人想起正常的成纤维细胞，但CAF
‑
S1和CAF
‑
S4肌成纤维细胞局限于癌症和转移淋巴结中。CAF
‑
S1和CAF
‑
S4均通过互补机制促进转移。相比之下，虽然CAF
‑
S1促进人类癌症中的免疫抑制，但CAF
‑
S4却没有。CAF亚群仍然是异质性的，因此需要鉴定在癌症患者中对免疫疗法的原发性抵抗具有特定作用的CAF，特别是鉴定用于检测癌症中的免疫抑制性CAF的新标志物。
[0007]还一直需要开发新的策略来克服免疫抑制性环境，从而使免疫疗法、特别是免疫检查点抑制剂治疗更有效并且所有患者都可用。
[0008]本专利技术寻求满足这些需求和其它需求。

技术实现思路

[0009]癌症是一种全身性疾病，包括肿瘤细胞本身和宿主间质细胞二者的多种组分。现在清楚的是，肿瘤微环境中的间质细胞在癌症发展中起重要作用。癌间质包括成纤维细胞特别是癌相关成纤维细胞(CAF)、血管内皮细胞、免疫细胞和细胞外基质。CAF是肿瘤间质中最丰富的组分，它们构成癌间质的主体并影响肿瘤微环境，使它们促进癌症启动、血管生
成、侵袭和转移。
[0010]本专利技术人发现了新的CAF亚群，它们在肿瘤部位建立免疫抑制性微环境中发挥关键作用。本专利技术人使用scRNA
‑
seq来解决CAF
‑
S1免疫抑制性亚群的异质性，并鉴定了8个不同的CAF
‑
S1簇。其中，3个CAF
‑
S1簇(1、2、5)属于炎性(“iCAF”)亚组，5个CAF
‑
S1簇(0、3、4、6、7)属于肌成纤维细胞(“myCAF”)亚组，iCAF和myCAF亚组以前在胰腺癌中描述过(Ohlund D等，J Exp Med 2017；214(3):579
‑
96)。
[0011]本专利技术人鉴定的8个CAF
‑
S1簇的特征在于下列编码基因的高表达：细胞外基质(ECM)蛋白(簇0)、解毒途径(簇1)、白介素信号传导(簇2)、转化生长因子β(TGFβ)信号传导途径(簇3)、伤口愈合(簇4)、干扰素γ(簇5)、干扰素αβ(簇6)和肌动球蛋白途径(簇7)。因此，本专利技术人对它们作了如下注释：ecm
‑
myCAF(簇0)，解毒
‑
iCAF(簇1)，IL
‑
iCAF(簇2)，TGFβ
‑
myCAF(簇3)，创伤
‑
myCAF(簇4)，IFNγ
‑
iCAF(簇5)，IFNαβ
‑
myCAF(簇6)和acto
‑
myCAF(簇7)。
[0012]通过分析公开可用的scRNA
‑
seq数据，在头颈鳞状细胞癌(HNSCC)和非小细胞肺癌(NSCLC)中证实了这些CAF
‑
S1簇的存在，证明了这些CAF
‑
S1簇跨不同癌症类型的关联性。
[0013]此外，本专利技术人发现，myCAF亚组的两个CAF
‑
S1簇——即ecm
‑
myCAF(簇0)和TGFβ
‑
myCAF(簇3)的丰度与免疫抑制性环境显著相关，而解毒
‑
iCAF和IL
‑
iCAF的含量则不相关。
[0014]实际上，具有高水平的PD
‑1+
、CTLA
‑4+
和TIGIT
+
CD4
+
T淋巴细胞(它们自身富含Treg)和小分率的CD8
+
T淋巴细胞的肿瘤中富含ecm
‑
myCAF(簇0)和TGFβ
‑
myCAF(簇3)簇。有趣的是，ecm
‑
myCAF(簇0)特异性签名(signature)含有LRRC15基因，该基因最近已被鉴定为对胰腺癌的免疫疗法有反应的患者的决定因素(Dominguez等，Cancer Discov 2020；10(2):232
‑
53)。
[0015]与ecm
‑
myCAF(簇0)和TGFβ
‑
myCAF(簇3)相反，创伤
‑
myCAF(簇4)与免疫抑制性环境无关，但与T淋巴细胞的高度全面浸润有关。因此，由于在对免疫疗法无反应的患者的肿瘤中富含创伤
‑
myCAF簇(簇4)，创伤
‑
myCAF簇可能在通常对免疫疗法敏感的高浸润性肿瘤中充当原发性抵抗这种类型的治疗的新的替代标志物。因而，在诊断时评估肿瘤内特定CAF
‑
S1簇的含量为预测对免疫检查点抑制剂的原发性抵抗提供了附加价值。
[0016]本专利技术人特别表明，在诊断时，这些特定的CAF
‑
S1簇与黑色素瘤患者和NSCLC患者两者对免疫疗法的原发性抵抗有关。特别是，ecm
‑
myCAF(簇0)增加了FOXP3
...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于检测来自患癌对象的癌样本中的免疫抑制性成纤维细胞的体外方法，其中所述方法包括检测来自所述患者的癌样本中的炭疽毒素受体1(ANTXR1)阳性成纤维细胞，ANTXR1
+
成纤维细胞的存在是免疫抑制性CAF的指示。2.一种用于预测患癌对象对免疫疗法治疗的反应的体外方法，其中所述方法包括检测来自所述患者的癌样本中的ANTXR1
+
成纤维细胞，其中所述癌样本中的ANTXR1
+
成纤维细胞预测所述患者对免疫治疗剂的反应性。3.一种用于治疗患者的癌症的免疫治疗剂，其中所述患者提供的癌样本具有(a)低数量或低百分比的ANTXR1
+
成纤维细胞；或(b)没有ANTXR1
+
成纤维细胞。4.根据权利要求2所述的用于预测对象的反应的方法或根据权利要求3所述的用途的免疫治疗剂，其中包括确定ANTXR1
+
成纤维细胞的百分比，并且所述ANTXR1
+
成纤维细胞的百分比是ANTXR1
+
成纤维细胞的数量相对于所述癌样本中的成纤维细胞总数或相对于所述癌样本中的细胞总数。5.根据权利要求2或4所述的方法或根据权利要求3或4所述的用途的免疫治疗剂，其中所述ANTXR1
+
成纤维细胞是FAP
+
ANTXR1
+
成纤维细胞。6.根据权利要求2和4
‑
5中任一项所述的方法或根据权利要求3和4
‑
5中任一项所述的用途的免疫治疗剂，其中所述ANTXR1
+
成纤维细胞是ANTXR1
+
CAF，优选FAP
+
ANTXR1
+
CAF。7.根据权利要求2和4
‑
6中任一项所述的方法或根据权利要求3和4
‑
6中任一项所述的用途的免疫治疗剂，其中所述ANTXR1
+
成纤维细胞选自：FAP
+
ANTXR1
+
LAMP5
‑
SDC1
+
成纤维细胞、优选CAF；FAP
+
ANTXR1
+
LAMP5
+
SDC1
+/
‑
成纤维细胞、优选CAF；和ANTXR1
+
SDC1
‑
LAMP5
‑
CD9
+
成纤维细胞、优选CAF。8.ANTXR1作为生物标志物在鉴定免疫抑制性成纤维细胞、优选免疫抑制性CAF中的用途。9.成纤维细胞群体中、优选CAF群体中的ANTXR1作为患癌对象的肿瘤中的生物标志物在预测所述对象对免疫治疗剂的反应中的用途。10.一种用于治疗患者癌症的靶向ANTXR1
+
成纤维细胞的药剂，其中所述患者在来自所述患者的肿瘤样本中具有ANTXR1
+
FAP
+
成纤维细胞、优选CAF并且所述药剂抑制或降低ANTXR1
+
成纤维细胞的免疫抑制性作用，优选所述药剂选自：(i)任选与细胞毒性药物缀合的抗ANTXR1抗体、包含抗ANTXR1部分的多特异性分子、抗ANTXR1T细胞受体(TCR)和抗ANTXR1嵌合抗原受体(CAR)，以及(ii)表达抗ANTXR1 TCR或抗ANTXR1 CAR的免疫细胞、优选T细胞或自然杀伤细胞；或其任何组合。11.根据权利要求10所述的用途的靶向ANTXR1
+
成纤维细胞的药剂，用于与免疫治疗剂联合使用。12.一种用于治疗患者癌症的FAP抑制剂，其中所述患者在来自所述患者的肿瘤样本中具有ANTXR1
+
FAP
+
成纤维细胞、优选CAF。13.根据权利要求12所述的用途的FAP抑制剂，用于与免疫治疗剂联合使用。14.根据权利要求12或13所述的用途的FAP抑制剂，其中所述FAP抑制剂选自：他拉布司他，PT
‑
100，利拉利汀(Tradjenta)...

【专利技术属性】
技术研发人员：法蒂玛，
申请(专利权)人：法国国家卫生及研究医学协会，
类型：发明
国别省市：