一种水稻脆杆基因OsBC1.1A的KASP分子标记及其应用制造技术

本申请公开了一种水稻脆杆基因OsBC1.1A的KASP分子标记及其应用，所述KASP分子标记是水稻的OsBC1编码区的第82位后面插入了一个碱基T，编码基因序列位移导致水稻产生脆杆表型。根据本申请提供的水稻脆杆基因OsBC1.1A的KASP分子标记进行基因分型，在PCR扩增后不用酶切和电泳，可以高通量检测多个样品，极大地极大地提高了检测的效率，为育种加筛选携带脆杆基因的水稻育种材料提供了一种高通量，低成本的快速检测的方法，加快了育种进程。加快了育种进程。加快了育种进程。

Kasp molecular marker of rice fragile stem gene osbc1.1a and its application

【技术实现步骤摘要】
一种水稻脆杆基因OsBC1.1A的KASP分子标记及其应用


[0001]本申请涉及水稻育种
，尤其涉及一种水稻脆杆基因OsBC1.1A的KASP分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]水稻秸秆变脆是由于纤维素降低，半纤维素增加所致，而脆嫩的秸秆是牛羊饲料的极好来源，脆性秸秆对于反刍动物来说适口性好，易咀嚼，易消化，营养价值也相对提高。
[0003]筛选到导致水稻脆杆的基因，对于培育脆杆型水稻具有非常重要的应用价值，目前在国内尚无报道针对该水稻基因的分子标记辅助选择育种应用。另外，传统的分子标记操作繁杂，难以实现批量以及准确检测，会严重阻碍该基因在水稻分子标记辅助(MAS)育种过程中的大量应用。
[0004]开发水稻脆杆基因的功能基因标记，并建立高效、环境友好的检测体系，对促进该基因的商业化育种中的应用具有重要意义。
[0005]KASP技术不需要针对每个SNP位点都去合成特异的荧光引物，它基于自己独特的ARM PCR原理，让所有的位点检测最终都使用通用荧光引物扩增，这极大地降低了LGC KASP的试剂成本，既有高标准的准确，又降低了使用成本，比Taqman还具有更好的位点适应性，检测结果与表现型一致，检测过程无需电泳，减少了实验操作过程对环境的污染和人体的伤害。所以在医学、农学检测方面LGC KASP都有非常好的应用。因此，开发一种水稻脆杆基因标记适用于KASP方法检测SNP位点是具有重要意义。

技术实现思路

[0006]有鉴于此，本申请的目的在于提供一种水稻脆杆基因OsBC1.1A的KASP分子标记及其应用，以在一定程度上解决上述技术问题之一。
[0007]第一方面，本申请实施例公开了一种水稻脆杆基因OsBC1.1A的KASP分子标记，所述KASP分子标记是水稻的OsBC1编码区的第82位后面插入了一个碱基T。
[0008]本申请实施例中，所述KASP分子标记使得水稻的OsBC1编码区编码基因序列位移导致水稻产生脆杆表型。
[0009]第二方面，本申请实施例提供了一组用于扩增第一方面所述KASP分子标记序列的引物，其序列如SEQ ID No.1、SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示。
[0010]第三方面，本申请实施例提供了利用第一方面所述KASP分子标记、第二方面所述引物筛选脆杆型水稻的方法，包括以下步骤：
[0011]提取待测水稻样品的DNA；
[0012]以第二方面所述引物进行PCR扩增，得到PCR产物；
[0013]对扩增后的样品进行基因分型检测，筛选出具有水稻脆杆突变基因OsBC1.1A的水稻样品；
[0014]对筛选结果进行验证。
[0015]第四方面，本申请实施例提供了一种检测所述KASP分子标记的试剂盒，所述试剂盒包含第二方面所述引物以及其他用于扩增所述KASP分子标记的试剂。
[0016]与现有技术相比，本申请至少具有以下有益效果之一：
[0017]本申请中涉及一种水稻脆杆基因OsBC1.1A的KASP分子标记及其应用，所述KASP分子标记OsBC1.1A
‑
KASP，是根据OsBC1基因编码区第82位后面插入了一个碱基T的SNP位点设计的。根据本申请提供的OsBC1.1A
‑
KASP标记进行基因分型，在PCR扩增后不用酶切和电泳，可以高通量检测多个样品，极大地提高了检测的效率，为育种加筛选携带脆杆基因的水稻育种材料提供了一种高通量，低成本的快速检测的方法，加快了育种的进程。
附图说明
[0018]图1为本申请实施例提供的利用OsBC1.1A
‑
KASP分子标记对样本群体进行基因分型的结果图。
[0019]图2为本申请实施例提供的野生(WT)等位基因型测序峰图。
[0020]图3为本申请实施例提供的杂合基因型测序峰图。
[0021]图4为本申请实施例提供的OsBC1.1A纯合基因型测序峰图。
具体实施方式
[0022]为了使本申请的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合实施例对本申请进行进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本申请，并不用于限定本申请。本申请中未详细单独说明的试剂均为常规试剂，均可从商业途径获得；未详细特别说明的方法均为常规实验方法，可从现有技术中获知。
[0023]实施例1
[0024]1、水稻材料
[0025]本实施例使用的材料包括野生型水稻品种和脆杆基因表型水稻品种。供试材料来源于合肥戬谷生物科技有限公司实验室。
[0026]2、水稻叶片DNA的提取
[0027]水稻叶片在3叶期取样，取100mg叶片加入液氮充分研磨，研磨好的粉末使用北京聚合美生物有限公司生产的植物基因组DNA提取试剂盒进行DNA的提取。使用赛默飞世尔科技公司生产的Nanodrop 2000超微量分光光度计进行DNA浓度测定，调整DNA浓度到50ng/ul。
[0028]3、KASP分子标记引物设计
[0029]根据水稻脆杆突变基因与野生型比对后发现，在编码区的第83位存在SNP位点，根据SNP位点上下游的序列，设计一组引物，分别为脆杆基因的特异性引物OsBC1.1A
‑
KASP
‑
FP、野生型OsBC1基因引物WT
‑
FP及一条反向通用引物WT
‑
RP，其引物序列分别如SEQ ID No.1、SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示，其中，所述OsBC1.1A
‑
KASP
‑
FP的5
’
端为HEX荧光信号标签，其标签序列如SEQ ID No.4所示；所述WT
‑
FP的5
’
端为FAM荧光信号标签，其标签序列如SEQ ID No.5所示。
[0030]4、PCR扩增反应
[0031]将提取的DNA分别加入96孔板，配制反应体系进行PCR扩增反应,其中，PCR反应体
系如表1所示，其中KASP PCR MIX为LGC公司生产的预混液，货号为KBS
‑
1016
‑
001。
[0032]表1
[0033][0034]PCR扩增程序如表2所示。
[0035]表2
[0036][0037]5、KASP基因分型
[0038]反应结束后使用ABI7500型荧光定量PCR仪进行数据读取，25℃for5s+Plate Read。读带完成后，使用BAI7500自带的软件对数据进行聚合分析。
[0039]6、测序验证
[0040]为验证OsBC1.1A
‑
KASP标记的准确性，对33个F1样本进行PCR扩增，然后进行测序，对比测序结果，其中，在OsBC1.1A等位基因型在基因编码区的第83位处的碱基为T，野生(WT)等位基因型本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种水稻脆杆基因OsBC1.1A的KASP分子标记，其特征在于，所述KASP分子标记是水稻的OsBC1编码区的第82位后面插入了一个碱基T。2.根据权利要求1所述的KASP分子标记，其特征在于，所述分子标记使得水稻的OsBC1编码区编码基因序列位移导致水稻产生脆杆表型。3.一组用于扩增权利要求1所述KASP分子标记序列的引物，其特征在于，所述引物的序列如SEQ ID No.1、SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示。4....

【专利技术属性】
技术研发人员：纪春，吴丹丹，刘兆明，许敏敏，郑凯丽，金哲，
申请(专利权)人：合肥戬谷生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：