一种与黄瓜成株期耐热相关的SNP标记、引物组、试剂盒及应用制造技术

本发明专利技术提供了一种与黄瓜成株期耐热相关的SNP标记、引物组、试剂盒及应用，属于分子生物学辅助育种技术领域。与黄瓜成株期耐热相关的SNP标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述SEQ ID NO:1的第190位存在T/C多态性；当所述SNP标记的190位碱基为T时，黄瓜材料的成株期耐热性好；当所述SNP标记的190位碱基为C时，黄瓜材料的成株期耐热性差。本发明专利技术不仅为黄瓜成株期耐热性的精细定位和分子克隆奠定了基础，同时也为利用分子标记辅助选育耐热的黄瓜新品种提供了高效的途径。新品种提供了高效的途径。新品种提供了高效的途径。

【技术实现步骤摘要】
一种与黄瓜成株期耐热相关的SNP标记、引物组、试剂盒及应用


[0001]本专利技术属于分子生物学辅助育种
，具体涉及一种与黄瓜成株期耐热相关的SNP标记、引物组、试剂盒及应用。

技术介绍

[0002]黄瓜(Cucumissativus L.)是世界上最重要的蔬菜作物之一。黄瓜原产于热带地区，但对高温敏感。黄瓜生长的最适温度是白天25～28℃，夜间15～20℃。随着全球气温升高，黄瓜在生产中更容易受到热胁迫。夏季露天栽培温度往往超过35℃，容易造成黄瓜叶片晒伤，茎、根生长迟缓，果实畸形甚至植株死亡，严重影响了黄瓜产量和果实品质。研究黄瓜成株期耐热性的遗传规律及分子标记，对于选育符合市场需求的新品种具有重要意义。
[0003]目前，关于黄瓜成株期耐热性的遗传规律还未见报道，黄瓜耐热性研究多集中在苗期。杨寅桂利用耐热自交系“Poinsett 97”和不耐热自交系“Boothbyls Blonde”鉴定出了1个与黄瓜幼苗期耐热相关的SSR标记，该成果在2007年被记录在南京农业大学硕士论文《黄瓜耐热性及热胁迫响应基因研究》中。杨迪菲以相对电导率为指标，鉴定出与黄瓜苗期耐热性相关的4个SSR和7个RAPD标记，该成果在2006年被记录在东北农业大学硕士论文中。庄影在5号染色体上鉴定出1个与黄瓜苗期耐热性相关的QTL，表型变异率为11％，该成果在2014年被记录在扬州大学硕士论文《黄瓜耐热性遗传及QTL初步定位》。研究表明，
‘
L
‑9’
(耐热)黄瓜幼苗的耐热性是由第1染色体上的一个单基因控制的，该基因两侧分别是Indel
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H90和Indel
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H224，在王敏等人于2019年在《HortScience》第54期第423
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428页上发表的文章《Genetic analysis and related gene primary mapping of heat stress tolerance in cucumber using bulked segregant analysis》中也有记载。董邵云等(2020)鉴定出6个与黄瓜苗期耐热性相关的QTL，包括qHT3.1、qHT3.2、qHT3.3、qHT4.1、qHT4.2和qHT6.1，其中qHT3.2表型解释率为28.3％，该成果被记载在《Plants》杂志第9期第9卷1155页《Identification of Quantitative Trait Loci Controlling High
‑
Temperature Tolerance in Cucumber(Cucumis sativus L.)Seedlings》中。然而，在这些苗期耐热研究中，还没有开发出与耐热基因紧密连锁的分子标记，也没有克隆到相关基因。此外，也尚未有与黄瓜成株期耐热性相关的研究报道。

技术实现思路

[0004]有鉴于此，本专利技术的目的在于提供一种与黄瓜成株期耐热相关的SNP标记、引物组、试剂盒及应用，本专利技术的SNP标记与黄瓜成株期耐热基因Csht紧密连锁。
[0005]本专利技术提供了一种与黄瓜成株期耐热相关的SNP标记，核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述SEQ ID NO:1的第190位存在T/C多态性。
[0006]本专利技术还提供了一种用于检测上述方案所述SNP标记的引物组，正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示。
[0007]本专利技术还提供了一种用于检测上述方案所述SNP标记的试剂盒，包括上述方案所述的引物组和PCR扩增用试剂。
[0008]本专利技术还提供了上述方案所述的SNP标记或者所述的引物组或者上述方案所述的试剂盒在耐热黄瓜品种选育中的应用。
[0009]本专利技术还提供了上述方案所述的SNP标记或者所述的引物组或者所述的试剂盒在鉴定或筛选耐热黄瓜中的应用。
[0010]本专利技术还提供了一种鉴定或筛选耐热黄瓜的方法，包括以下步骤：
[0011]1)提取待测黄瓜的基因组DNA；
[0012]2)以所述待测黄瓜的基因组DNA为DNA模板，采用上述方案所述的引物组进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；
[0013]3)对所述PCR扩增产物进行测序；或者，对所述PCR扩增产物进行SspI酶切，得到酶切产物，所述酶切产物经凝胶电泳分离后，观察带型；
[0014]当对所述PCR扩增产物进行测序时，若所述PCR扩增产物的190位碱基为T，则待测黄瓜为耐热材料，若所述PCR扩增产物的190位碱基为C，则待测黄瓜为不耐热材料；
[0015]当对所述PCR扩增产物进行SspI酶切，得到酶切产物，所述酶切产物经凝胶电泳分离后，观察带型时，若SspI酶切的酶切片段的大小为187bp，则待测黄瓜为耐热材料，若SspI酶切的酶切片段的大小为241bp时，则待测黄瓜为不耐热材料。
[0016]优选的，所述PCR扩增的反应体系以10μl计，包括：7.5ng DNA模板，所述正向引物和所述反向引物各50ng，5μL 2*3G Taq Master Mix for PAGE和余量的双蒸水。
[0017]优选的，所述PCR扩增的程序为：95℃预变性3分钟；95℃变性15秒，55℃退火15秒，72℃延伸30秒，35个循环；72℃保温5分钟。
[0018]优选的，所述SspI酶切的体系以10μl计，包括：PCR扩增产物3μl，内切酶0.2μl，NEBuffer 3.11μl和双蒸水5.8μl；所述SspI酶切的温度为37℃；所述SspI酶切的时间为2h。
[0019]优选的，所述凝胶电泳采用质量浓度为6％的非变性聚丙烯酰胺凝胶；所述凝胶电泳的功率为150V恒功率；所述凝胶电泳的时间为70min。
[0020]本专利技术提供了一种与黄瓜成株期耐热相关的SNP标记，核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述SEQ ID NO:1的第190位存在T/C多态性；当所述SNP标记的190位碱基为T时，待测黄瓜为耐热材料；当所述SNP标记的190位碱基为C时，待测黄瓜材料为不耐热材料。本专利技术不仅为黄瓜成株期耐热性的精细定位和分子克隆奠定了基础，同时也为利用分子标记辅助选育耐热的黄瓜新品种提供了高效的途径。本专利技术利用62份黄瓜核心种质材料进行验证，结果标记CSHT
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SNP1用于分子标记辅助选择的正确率在不耐热品系中的准确率为97.8％，在耐热品系中的准确率为62.5％。
附图说明
[0021]图1是SNP标记CSHT
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SNP1对黄瓜亲本材料
‘
02465
’
(P1)，
‘
K18
’
(P2)，F1世代单株的检测结果；P1：02465(耐热)；P2:K18(不耐热)；
[0022]图2是SNP标记CSHT
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SNP1在本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与黄瓜成株期耐热相关的SNP标记，核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述SEQ ID NO:1的第190位存在T/C多态性。2.一种用于检测权利要求1所述SNP标记的引物组，正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示。3.一种用于检测权利要求1所述SNP标记的试剂盒，包括权利要求2所述的引物组和PCR扩增用试剂。4.权利要求1所述的SNP标记或者权利要求2所述的引物组或者权利要求3所述的试剂盒在耐热黄瓜品种选育中的应用。5.权利要求1所述的SNP标记或者权利要求2所述的引物组或者权利要求3所述的试剂盒在鉴定或筛选耐热黄瓜中的应用。6.一种鉴定或筛选耐热黄瓜的方法，包括以下步骤：1)提取待测黄瓜的基因组DNA；2)以所述待测黄瓜的基因组DNA为DNA模板，采用权利要求2所述的引物组进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；3)对所述PCR扩增产物进行测序；或者，对所述PCR扩增产物进行SspI酶切，得到酶切产物，所述酶切产物经凝胶电泳分离后，观察带型；当对所述PCR扩增产物进行测序时，若所述PCR扩增产物的190位碱基为T，则待测黄瓜为耐热材料，若所述PCR扩增产物的190位碱基为C，则待...

【专利技术属性】
技术研发人员：张圣平，顾兴芳，苗晗，刘岩岩，董邵云，
申请(专利权)人：中国农业科学院蔬菜花卉研究所，
类型：发明
国别省市：