用于治疗人受试者中非年龄相关的听力损害的组合物和方法技术

本文中提供了包含至少两种不同核酸载体的组合物和这些组合物治疗受试者中的听力损失的用途，其中所述至少两种不同载体中的每种包含编码蛋白质耳畸蛋白的不同部分的编码序列。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于治疗人受试者中非年龄相关的听力损害的组合物和方法相关申请的交叉引用本申请要求2018年2月22日提交的美国临时专利申请序列号62/634,088的优先权；所述美国临时专利申请的全部内容通过引用并入本文。序列表本申请包含序列表，该序列表已经以ASCII格式以电子方式提交并且特此通过引用整体并入。所述ASCII副本创建于2019年2月21日，命名为SequenceListing.txt。
本专利技术通常涉及核酸治疗人受试者中的听力损失的用途。专利技术背景耳是一种复杂的器官，经典地描述为包括外耳、中耳、内耳、听觉(听)神经和听觉系统(其在声音从耳传播到脑时处理声音)。在检测声音外，耳还有助于保持平衡。因此，内耳的病症可导致听力损失(hearingloss)、耳鸣、眩晕和不平衡。眩晕是运动的幻觉，并且是前庭系统疾病的主要症状。眩晕可以是由内耳或中枢神经系统的问题引起的。眩晕的常见内耳原因包括：前庭神经炎(突然单侧前庭损失)、梅尼埃尔氏病(Meniere'sdisease)(发作性眩晕)，良性阵发性体位性眩晕(benignparoxysmalpositionalvertigo,BPPV)和双侧前庭损失。眩晕的常见中枢神经系统原因包括：震荡后综合征、颈性眩晕、前庭偏头痛、脑血管疾病和听神经瘤。听力损失是最常见的人感觉缺陷之一，并且可以由于多种原因而发生。有些人可能天生就有听力损失，而其他人可能会随着时间而慢慢失去其听力。老年性耳聋(presbycusis)(也称为老年聋(presbyacusis))是年龄相关的听力损失。约3600万美国成年人报告一定程度的听力损失，并且三分之一的超过60岁的人和半数的超过85岁的人经历听力损失。听力损失可以是环境因素或遗传和环境因素的组合的结果。约半数的具有耳鸣——在听觉系统中错觉噪音(铃声、蜂鸣声、吱吱声、嗡嗡声或击打声)——的人对某些声音频率和音量范围具有过度敏感度/降低的耐受性，称为听觉过敏(也称为听觉过敏症(hyperacousis))。威廉斯(Williams)综合征(也称为Williams-Beuren综合征)是一种多系统病症，由涵盖包括编码LIM激酶1(LIMK1)的基因在内的约26种基因的7q11.23处的1.6Mb区域的半合子缺失引起。具有威廉斯综合征的个体表现为听觉过敏和进行性听力损失，而早发性听觉过敏表明它可以与缺失的基因之一有关。听力损失的环境原因包括某些药物、出生前或出生后的特定感染、以及长时间段暴露于大声的噪音。听力损失可以源自噪音、耳毒性剂、老年聋、疾病、感染或影响耳的特定部位的癌症。缺血性损伤可通过启动的病理生理机制而引起听力损失。作为另一个例子，自身免疫性内耳疾病(AIED)的特征在于快速进行性双侧感觉神经性听力损失，当身体的免疫系统攻击内耳中被误认为病毒或细菌的细胞时发生。1,000名儿童中约1.5名出生时患有严重的听力损失，并且另外每1,000名儿童中2至3名出生时患有部分听力损失(Smith等,2005,Lancet365:879-890)。超过一半的这些病例归因于遗传基础(DiDomenico等,2011,J.Cell.Physiol.226:2494-2499)。非综合征性耳聋(nonsyndromicdeafness)是与其他体征和症状无关的听力损失。相反，综合征性耳聋涉及伴随身体的其他部位异常发生的听力损失。大多数遗传性耳聋病例(70％至80％)是非综合征性的；其余病例是由特定的遗传综合征引起的。听力损失可以是传导性的(由耳道或中耳引起)、感觉神经性(由内耳或听觉神经引起)或混合性的。非综合征性耳聋的大多数形式与由内耳结构损伤引起的永久性听力损失(感觉神经性耳聋)有关。绝大多数人感觉神经性听力损失是由耳蜗中科尔蒂(Corti)器官的毛细胞异常引起的。还有很不常见的感觉神经性听力损伤，其涉及第八脑神经(前庭蜗神经)或脑的听觉部分。在这些听力损失分类的最罕见者中，仅脑的听觉中心受到影响。在此种情况，皮质性耳聋下，声音可以在正常的阈值时听到，但是感知的声音质量很差而无法理解语音。然而，大多数感觉神经性听力损失是由于毛细胞功能差所致。毛细胞在出生时可能是异常的，或在个体的一生中受损。存在损害的外部原因，如噪声创伤和感染，以及内在异常，如在耳蜗解剖学或生理学中起重要作用的基因的先天性突变两者。由中耳变化引起的听力损失称为传导性听力损失。非综合征性耳聋的某些形式涉及内耳和中耳两者的变化，称为混合性听力损失。在儿童学会说话之前存在的听力损失分类为学语前或先天性。言语形成后发生的听力损失归类为学语后。大多数常染色体隐性基因座导致学语前重度至深度(severe-to-profound)的听力损失。非综合征性耳聋可以具有不同的遗传模式，并且可以在任何年龄发生。非综合征性耳聋的类型根据其遗传模式命名。常染色体显性形式称为DFNA，常染色体隐性形式是DFNB，并且X连锁形式是DFN。每种类型也按其描述的顺序编号。例如，DFNA1是非综合征性耳聋的第一种描述的常染色体显性类型。75％至80％的病例以常染色体隐性模式遗传，这意味着每个细胞中的两个基因拷贝都具有突变。通常，具有常染色体隐性耳聋的个体的每个亲本是突变基因的一个拷贝的携带者，但是不受此种听力损失形式影响。另外20％至25％的非综合征性耳聋患者是常染色体显性的，这意味着每个细胞中改变基因的一个拷贝足以导致听力损失。患有常染色体显性耳聋的人通常从患有听力损失的父母继承该基因的改变拷贝。1％至2％的病例显示出X连锁的遗传模式，这意味着负责该状况的突变基因位于X染色体(两条性染色体中的一条)上。与继承相同基因突变拷贝的女性相比，患有X连锁非综合征性耳聋的男性在生命早期倾向于发生更严重的听力损失。X连锁遗传的特征是父亲不能将X连锁特征传递给他们的儿子。由线粒体DNA变化引起的线粒体非综合征性耳聋发生在美国的小于1％的病例中。改变的线粒体DNA从母亲传给她所有的儿子和女儿。此种类型的耳聋不是从父亲继承的。听觉神经病谱系病症(Auditoryneuropathyspectrumdisorder，ANSD)，一种以正常外毛细胞功能和异常或缺乏的听性脑干反应为特征的听力病症，是导致婴儿和幼儿听力和言语交流障碍的最常见疾病之一。约10％的具有永久性听力损失的儿童可能具有ANSD。OTOF基因是对常染色体隐性非综合征性ANSD鉴定的第一种基因，并且已发现OTOF中的突变占一些群体中常染色体隐性非综合征性听力损失的所有病例的约5％(Rodriguez-Ballesteros等,2008HumanMut29(6):823-831)。非综合征性耳聋的原因是复杂的。研究人员鉴定出超过30种基因，所述基因在改变时与非综合征性耳聋有关；然而，这些中的一些基因尚未完全表征。同一基因中的不同突变可以与不同类型的听力损失有关，并且一些基因与综合征和非综合征性耳聋两者相关。例如，与非综合征性耳聋相关的基因包括但不限于ATP2B2、AC本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种组合物，所述组合物包含至少两种不同核酸载体，其中：/n所述至少两种不同载体中的每种包含编码蛋白质耳畸蛋白(otoferlin)的不同部分的编码序列，所述编码部分中的每个的长度为至少30个氨基酸残基，其中所述编码部分中的每个编码部分的氨基酸序列可任选地与所述编码部分中的另一编码部分的氨基酸序列部分重叠；/n所述至少两种不同载体中的单一载体不编码全长蛋白质耳畸蛋白；/n所述编码序列中的至少一种包含跨越耳畸蛋白基因组DNA的两个相邻外显子的核苷酸序列，并且缺少所述两个相邻外显子之间的内含子序列；并且/n当引入哺乳动物细胞中时，所述至少两种不同载体彼此经历连环化或同源重组，从而形成编码全长蛋白质耳畸蛋白的重组核酸。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180222 US 62/634,0881.一种组合物，所述组合物包含至少两种不同核酸载体，其中：
所述至少两种不同载体中的每种包含编码蛋白质耳畸蛋白(otoferlin)的不同部分的编码序列，所述编码部分中的每个的长度为至少30个氨基酸残基，其中所述编码部分中的每个编码部分的氨基酸序列可任选地与所述编码部分中的另一编码部分的氨基酸序列部分重叠；
所述至少两种不同载体中的单一载体不编码全长蛋白质耳畸蛋白；
所述编码序列中的至少一种包含跨越耳畸蛋白基因组DNA的两个相邻外显子的核苷酸序列，并且缺少所述两个相邻外显子之间的内含子序列；并且
当引入哺乳动物细胞中时，所述至少两种不同载体彼此经历连环化或同源重组，从而形成编码全长蛋白质耳畸蛋白的重组核酸。


2.如权利要求1所述的组合物，其中所述至少两种不同载体中的每种是质粒、转座子、粘粒、人工染色体或病毒载体。


3.如权利要求1所述的组合物，其中所述至少两种不同载体中的每种是人类人工染色体(HAC)、酵母人工染色体(YAC)、细菌人工染色体(BAC)或P1衍生的人工染色体(PAC)。


4.如权利要求1所述的组合物，其中所述至少两种不同载体中的每种是选自腺相关病毒(AAV)载体、腺病毒载体、慢病毒载体或逆转录病毒载体的病毒载体。


5.如权利要求1所述的组合物，其中所述至少两种不同载体中的每种是AAV载体。


6.如权利要求1-5中任一项所述的组合物，其中所述编码部分中的一个编码部分的氨基酸序列与所述编码部分中的另一编码部分的氨基酸序列重叠。


7.如权利要求6所述的组合物，其中所述编码部分中的每个编码部分的氨基酸序列与另一编码部分的氨基酸序列部分重叠。


8.如权利要求7所述的组合物，其中所述重叠氨基酸序列的长度为约30个氨基酸残基至约1000个氨基酸残基。


9.如权利要求1-5中任一项所述的组合物，其中所述载体包含两种不同载体，每种载体包含内含子的不同区段，其中所述内含子包含存在于耳畸蛋白基因组DNA中的内含子的核苷酸序列，并且其中所述两个不同区段在序列上重叠至少100个核苷酸。


10.如权利要求9所述的组合物，其中所述两个不同区段在序列上重叠约100个核苷酸至约800个核苷酸。


11.如权利要求1-10中任一项所述的组合物，其中所述至少两种不同载体中的每种的核苷酸序列的长度为约500个核苷酸至约10,000个核苷酸。


12.如权利要求11所述的组合物，其中所述至少两种不同载体中的每种的核苷酸序列的长度为500个核苷酸至5,000个核苷酸。


13.如权利要求1-12中任一项所述的组合物，其中所述组合物中不同载体的数目是2。


14.如权利要求13所述的组合物，其中所述两种不同载体中的第一载体包含编码所述蛋白质耳畸蛋白的N端部分的编码序列。


15.如权利要求14所述的组合物，其中所述蛋白质耳畸蛋白的N端部分的长度为30个氨基酸至1600个氨基酸。


16.如权利要求15所述的组合物，其中所述蛋白质耳畸蛋白的N端部分的长度为200个氨基酸至1500个氨基酸。


17.如权利要求14-16中任一项所述的组合物，其中所述第一载体还包含启动子和Kozak序列中的一种或两种。


18.如权利要求17所述的组合物，其中所述第一载体包含启动子，所述启动子是诱导型启动子、组成型启动子或组织特异性启动子。


19.如权利要求14-18中任一项所述的组合物，其中所述第一载体还包含编码去稳定化域的编码序列，其中所述去稳定化域在编码所述蛋白质耳畸蛋白的N端部分的编码序列的3'。


20.如权利要求19所述的组合物，其中编码所述蛋白质耳畸蛋白的N端部分的所述编码序列包含人耳畸蛋白基因的同种型5的外显子1-21。


21.如权利要求14-20中任一项所述的组合物，其中所述两种不同载体中的第二载体包含编码所述蛋白质耳畸蛋白的C端部分的编码序列。


22.如权利要求21所述的组合物，其中所述蛋白质耳畸蛋白的C端部分的长度为30个氨基酸至1600个氨基酸。


23.如权利要求22所述的组合物，其中所述蛋白质耳畸蛋白的C端部分的长度为200个氨基酸至1500个氨基酸。


24.如权利要求21-23中任一项所述的组合物，其中所述第二载体还包含多聚(dA)序列。


25.如权利要求21所述的组合物，其中编码所述蛋白质耳畸蛋白的C端部分的所述编码序列包含所述人耳畸蛋白基因的同种型5的外显子22-47。


26.如权利要求1-25中任一项所述的组合物，所述组合物还包含药学上可接受的赋形剂。


27.一种试剂盒，所述试剂盒包含如权利要求1-26中任一项所述的组合物。


28.如权利要求27所述的试剂盒，所述试剂盒还包含含有所述组合物的预装载注射器。


29.一种方法，所述方法包括：
将治疗有效量的如权利要求1-26中任一项所述的组合物引入哺乳动物的耳蜗中。


30.如权利要求29所述的方法，其中所述哺乳动物是人。


31.如权利要求29或30所述的方法，其中所述哺乳动物先前已鉴定为具有缺陷性耳畸蛋白基因。


32.一种增加哺乳动物细胞中全长蛋白质耳畸蛋白表达的方法，所述方法包括将如权利要求1-26中任一项所述的组合物引入所述哺乳动物细胞中。


33.如权利要求32所述的方法，其中所述哺乳动物细胞是内毛细胞。


34.如权利要求32或33所述的方法，其中所述哺乳动物细胞是人细胞。


35.如权利要求32-34中任一项所述的方法，其中所述哺乳动物细胞先前已确定具有缺陷性耳畸蛋白基因。


36.一种增加哺乳动物耳蜗中的内毛细胞中全长蛋白质耳畸蛋白的表达的方法，所述方法包括：
将治疗有效量的如权利要求1-26中任一项所述的组合物引入所述哺乳动物的耳蜗中。


37.如权利要求36所述的方法，其中所述哺乳动物先前已鉴定为具有缺陷性耳畸蛋白基因。


38.如权利要求36或37所述的方法，其中所述哺乳动物是人。


39.一种治疗鉴定为具有缺陷性耳畸蛋白基因的受试者中的非症状性感觉神经性听力损失的方法，所述方法包括：
将治疗有效量的如权利要求1-26中任一项所述的组合物施用于所述受试者的耳蜗中。


40.如权利要求39所述的方法，其中所述受试者是人。...

【专利技术属性】
技术研发人员：EJ西蒙斯，R吴，E雷辛格，H阿尔莫耶德，S库格勒，
申请(专利权)人：阿库斯股份有限公司，
类型：发明
国别省市：美国;US