【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】细胞周期蛋白A1特异性T细胞受体及其用途关于序列表的陈述与本申请相关联的序列表以文本格式代替纸质副本提供,并且在此通过引用结合到说明书中。包含序列表的文本文件的名称为360056_460WO_SEQUENCE_LISTING.txt。文本文件为269KB,创建于2019年2月10日,正在通过EFS-Web电子提交。
技术介绍
涉及离体细胞扩增和输注肿瘤反应性T细胞的过继免疫疗法是一种新兴的治疗方式,特别是在常规治疗失败的患者中(Stromnes等,Immunol.版本号257:145-64,2014)。在一些情况下,肿瘤反应性T细胞包含对肿瘤特异或在肿瘤上过表达的抗原具有特异性的内源性、外源性和/或工程化的受体。癌症-睾丸抗原细胞周期蛋白A1(CCNA1)是一种替代性的A型细胞周期蛋白,由于其在急性髓细胞白血病(AML)和许多上皮癌(包含睾丸癌、子宫内膜癌和卵巢癌)中过度表达,因此是治疗各种癌症的有吸引力的靶标。细胞周期蛋白A1被认为促进细胞增殖和存活,已被证明在小鼠中是致白血病的,并且在超过50%的AML患者的白血病干细胞中被检测到。本文提供了鉴定与细胞周期蛋白A1反应的肿瘤反应性T细胞的方法、鉴定对细胞周期蛋白A1特异的T细胞受体(TCR)的方法、以及使用本文描述的方法鉴定的特异性TCR。附图说明图1描绘了针对HLA-A2限制性表位的细胞周期蛋白A1TCR发现方案。示出了HLA-A2前导肽227-235(SEQIDNO:1)、341-351(SEQIDNO:2)和370-379(SEQI ...
【技术保护点】
1.一种结合蛋白,包含:/n(a)T细胞受体(TCR)α链可变(Vα)结构域以及TCRβ链可变(Vβ)结构域,所述TCR Vα结构域包含SEQ ID NO:5、7、9、11、11、13、15、17和19中任一项所示的互补决定区3(CDR3)氨基酸序列或SEQ ID NO:5、7、9、11、13、15、17和19中任一项所示的并且具有最多五个氨基酸取代、插入和/或缺失的CDR3氨基酸序列;/n(b)TCR Vα结构域和TCR Vβ结构域,所述TCR Vβ结构域包含SEQ ID NO:6、8、10、12、14、16、18、20和189中任一项所示的互补决定区3(CDR3)氨基酸序列或SEQ ID NO:6、8、10、12、14、16、18、20和189中任一项所示的并且具有最多五个氨基酸取代、插入和/或缺失的CDR3氨基酸序列;或者/n(c)(a)的Vα结构域和(b)的Vβ,/n其中所述结合蛋白能够特异性结合人细胞周期蛋白A1(CCNA1)肽FLDRFLSCM(SEQ IDNO:1):人白细胞抗原(HLA)复合物。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180212 US 62/629,648;20180213 US 62/630,198;20181.一种结合蛋白,包含:
(a)T细胞受体(TCR)α链可变(Vα)结构域以及TCRβ链可变(Vβ)结构域,所述TCRVα结构域包含SEQIDNO:5、7、9、11、11、13、15、17和19中任一项所示的互补决定区3(CDR3)氨基酸序列或SEQIDNO:5、7、9、11、13、15、17和19中任一项所示的并且具有最多五个氨基酸取代、插入和/或缺失的CDR3氨基酸序列;
(b)TCRVα结构域和TCRVβ结构域,所述TCRVβ结构域包含SEQIDNO:6、8、10、12、14、16、18、20和189中任一项所示的互补决定区3(CDR3)氨基酸序列或SEQIDNO:6、8、10、12、14、16、18、20和189中任一项所示的并且具有最多五个氨基酸取代、插入和/或缺失的CDR3氨基酸序列;或者
(c)(a)的Vα结构域和(b)的Vβ,
其中所述结合蛋白能够特异性结合人细胞周期蛋白A1(CCNA1)肽FLDRFLSCM(SEQIDNO:1):人白细胞抗原(HLA)复合物。
2.根据权利要求1所述的结合蛋白,其中:
(a)所述Vα结构域包含SEQIDNO:5的CDR3氨基酸序列,并且所述Vβ结构域包含SEQIDNO:6的CDR3氨基酸序列;
(b)所述Vα结构域包含SEQIDNO:7的CDR3氨基酸序列,并且所述Vβ结构域包含SEQIDNO:8的CDR3氨基酸序列;
(c)所述Vα结构域包含SEQIDNO:9的CDR3氨基酸序列,并且所述Vβ结构域包含SEQIDNO:10的CDR3氨基酸序列;
(d)所述Vα结构域包含SEQIDNO:11的CDR3氨基酸序列,并且所述Vβ结构域包含SEQIDNO:12的CDR3氨基酸序列;
(e)所述Vα结构域包含SEQIDNO:13的CDR3氨基酸序列,并且所述Vβ结构域包含SEQIDNO:14的CDR3氨基酸序列;
(f)所述Vα结构域包含SEQIDNO:15的CDR3氨基酸序列,并且所述Vβ结构域包含SEQIDNO:16的CDR3氨基酸序列;
(g)所述Vα结构域包含SEQIDNO:17的CDR3氨基酸序列,并且所述Vβ结构域包含SEQIDNO:18的CDR3氨基酸序列;
(h)所述Vα结构域包含SEQIDNO:19的CDR3氨基酸序列,并且所述Vβ结构域包含SEQIDNO:20的CDR3氨基酸序列;或者
(i)所述Vα结构域包含SEQIDNO:7的CDR3氨基酸序列,并且所述Vβ结构域包含SEQIDNO:189的CDR3氨基酸序列。
3.根据权利要求1所述的结合蛋白,其中:
(a)所述Vβ结构域包含SEQIDNO:6的CDR3氨基酸序列和由TRBV9*01基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列;并且所述Vα结构域包含SEQIDNO:5的CDR3氨基酸序列和由TRAV30*01基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列;
(b)所述Vβ结构域包含SEQIDNO:8的CDR3氨基酸序列和由TRBV2*01基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列;并且所述Vα结构域包含SEQIDNO:7的CDR3氨基酸序列和由TRAV10*01基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列;
(c)所述Vβ结构域包含SEQIDNO:10的CDR3氨基酸序列和由TRBV6-6*01基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列;并且所述Vα结构域包含SEQIDNO:9的CDR3氨基酸序列和由TRAV24*01基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列;
(d)所述Vβ结构域包含SEQIDNO:12的CDR3氨基酸序列和由TRBV5-6*01基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列;并且所述Vα结构域包含SEQIDNO:11的CDR3氨基酸序列和由TRAV2l*0l基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列;
(e)所述Vβ结构域包含SEQIDNO:14的CDR3氨基酸序列和由TRBV7-3*01基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列;并且所述Vα结构域包含SEQIDNO:13的CDR3氨基酸序列和由TRAV2l*02基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列;
(f)所述Vβ结构域包含SEQIDNO:16的CDR3氨基酸序列和由TRBV7-3*01基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列;并且所述Vα结构域包含SEQIDNO:15的CDR3氨基酸序列和由TRAV12-2*02基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列;
(g)所述Vβ结构域包含SEQIDNO:18的CDR3氨基酸序列和由TRBV7-3*01基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列;并且所述Vα结构域包含SEQIDNO:17的CDR3氨基酸序列和由TRAV17*01基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列;
(h)所述Vβ结构域包含SEQIDNO:20的CDR3氨基酸序列和由TRBV7-2*01基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列;并且所述Vα结构域包含SEQIDNO:19的CDR3氨基酸序列和由TRAV17*01基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列;或者
(i)所述Vβ结构域包含SEQIDNO:189或101的CDR3氨基酸序列和TRBV10-2*01基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列;并且所述Vα结构域包含SEQIDNO:7或97的CDR3氨基酸序列和由TRAV10*01基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列。
4.根据权利要求1或2所述的结合蛋白,其中,所述结合蛋白包含:
(a)与SEQIDNO:36、38、40、42、44、86、49、51、53、57、59、63、65、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180和186中任一项所包含的Vα氨基酸序列至少约90%相同的Vα结构域;
(b)与SEQIDNO:36、38、40、42、46、86、49、51、55、57、61、63、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180和186任一项所包含的Vβ氨基酸序列至少约90%相同的Vβ结构域;或者
(c)(a)的Vα结构域和(b)的Vβ;
其中所述CDR中的至少三个或四个不具有突变,而具有突变的CDR具有三个或更少的氨基酸取代、插入和/或缺失。
5.根据权利要求4所述的结合蛋白,其中,所述结合蛋白包含:
(a)Vα结构域,其包含或由SEQIDNO:36、38、40、42、44、86、49、51、53、57、59、63、65、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180和186中任一项所包含的Vα氨基酸序列组成;
(b)Vβ结构域,其包含或由SEQIDNO:36、38、40、42、46、86、49、51、55、57、61、63、67、81、83、162、165、170、172、174、176、178、180和186中任一项所包含的Vβ氨基酸序列组成;或者
(c)(a)的Vα结构域和(b)的Vβ。
6.根据权利要求5所述的结合蛋白,其中,所述结合蛋白包含:
(a)包含SEQIDNO:36中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:36中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(b)包含SEQIDNO:38中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:38中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(c)包含SEQIDNO:40中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:40中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(d)包含SEQIDNO:42中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:42中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(e)包含SEQIDNO:44中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:46中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(f)包含SEQIDNO:86中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:86中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(g)包含SEQIDNO:49中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:49中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(h)包含SEQIDNO:51中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:51中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(i)包含SEQIDNO:53中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:55中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(j)包含SEQIDNO:57中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:57中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(k)包含SEQIDNO:59中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:6l中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(l)包含SEQIDNO:63中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:63中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(m)包含SEQIDNO:65中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:67中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(n)包含SEQIDNO:67中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:67中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(o)包含在SEQIDNO:81中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含在SEQIDNO:81中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(p)包含SEQIDNO:83中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:83中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(q)包含SEQIDNO:162中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:162中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(r)包含SEQIDNO:165中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:165中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(s)包含SEQIDNO:170中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:170中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(t)包含SEQIDNO:172中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:172中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(u)包含SEQIDNO:174中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:174中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(v)包含SEQIDNO:176中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:176中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(w)包含SEQIDNO:178中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:178中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;
(x)包含SEQIDNO:180中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:180中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;或者
(y)包含SEQIDNO:186中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:186中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域。
7.一种结合蛋白,包含:
(a)T细胞受体(TCR)α链可变(Vα)结构域以及TCRβ链可变(Vβ)结构域,所述TCRVα结构域包含SEQIDNO:21所示的互补决定区3(CDR3)氨基酸序列或SEQIDNO:21所示的并且具有最多五个氨基酸取代、插入和/或缺失的CDR3氨基酸序列;
(b)TCRVα结构域和TCRVβ结构域,所述TCRVβ结构域包含SEQIDNO:22所示的互补决定区3(CDR3)氨基酸序列或SEQIDNO:22所示的并且具有最多五个氨基酸取代、插入和/或缺失的CDR3氨基酸序列;或者
(c)(a)的Vα结构域和(b)的Vβ,
其中所述结合蛋白能够特异性结合人细胞周期蛋白A1(CCNA1)肽SLIAAAAFCLA(SEQIDNO:2):人白细胞抗原(HLA)复合物。
8.根据权利要求7所述的结合蛋白,其中,所述Vα结构域包含SEQIDNO:21的CDR3氨基酸序列,并且所述Vβ结构域包含SEQIDNO:22的CDR3氨基酸序列。
9.根据权利要求7或8所述的结合蛋白,其中:
所述Vβ结构域包含SEQIDNO:22的CDR3氨基酸序列和由TRBV19*0l基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序;并且
所述Vα结构域包含SEQIDNO:21的CDR3氨基酸序列和由TRAV24*0l基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列。
10.根据权利要求7-9中任一项所述的结合蛋白,其中,所述结合蛋白包含:
(a)与SEQIDNO:69或73中所包含的Vα氨基酸序列至少约90%相同的Vα结构域;
(b)与SEQIDNO:71或73中所包含的Vβ氨基酸序列至少约90%相同的Vβ结构域;或者
(c)(a)的Vα结构域和(b)的Vβ;
其中所述CDR中的至少三个或四个不具有突变,而具有突变的CDR具有三个或更少的氨基酸取代、插入和/或缺失。
11.根据权利要求10所述的结合蛋白,其中,所述结合蛋白包含:
(a)Vα结构域,其包含或由SEQIDNO:69或73中所包含的Vα氨基酸序列组成;
(b)Vβ结构域,其包含或由SEQIDNO:71或73所示的氨基酸序列组成;或者
(c)(a)的Vα结构域和(b)的Vβ。
12.根据权利要求11所述的结合蛋白,其中,所述结合蛋白包含:
(a)包含SEQIDNO:69中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:71中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;或者
(b)包含SEQIDNO:73中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:73中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域。
13.一种结合蛋白,包含:
(a)T细胞受体(TCR)α链可变(Vα)结构域以及TCRβ链可变(Vβ)结构域,所述TCRVα结构域包含SEQIDNO:23所示的互补决定区3(CDR3)氨基酸序列或SEQIDNO:23所示的并且具有最多五个氨基酸取代、插入和/或缺失的CDR3氨基酸序列;
(b)TCRVα结构域和TCRVβ结构域,所述TCRVβ结构域包含SEQIDNO:24所示的互补决定区3(CDR3)氨基酸序列或SEQIDNO:24所示的并且具有最多五个氨基酸取代、插入和/或缺失的CDR3氨基酸序列;或者
(c)(a)的Vα结构域和(b)的Vβ,
其中所述结合蛋白能够特异性结合人细胞周期蛋白A1(CCNA1)肽YSLSEIVPCL(SEQIDNO:3):人白细胞抗原(HLA)复合物。
14.根据权利要求13所述的结合蛋白,其中,所述Vα结构域包含SEQIDNO:23的CDR3氨基酸序列,并且所述Vβ结构域包含SEQIDNO:24的CDR3氨基酸序列。
15.根据权利要求13或14所述的结合蛋白,其中:
所述Vβ结构域包含SEQIDNO:24的CDR3氨基酸序列和由TRBV5-6*01基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列;并且
所述Vα结构域包含SEQIDNO:23的CDR3氨基酸序列和由TRAV19*0l基因编码的CDR1氨基酸序列和CDR2氨基酸序列。
16.根据权利要求13-15中任一项所述的结合蛋白,其中,所述结合蛋白包含:
(a)与SEQIDNO:75或79中所包含的Vα氨基酸序列至少约90%相同的Vα结构域;
(b)与SEQIDNO:77或79中所包含的Vβ氨基酸序列至少约90%相同的Vβ结构域;或者
(c)(a)的Vα结构域和(b)的Vβ;
其中所述CDR中的至少三个或四个不具有突变,而具有突变的CDR具有三个或更少的氨基酸取代、插入和/或缺失。
17.根据权利要求16所述的结合蛋白,其中,所述结合蛋白包含:
(a)Vα结构域,其包含或由SEQIDNO:75或79中所包含的Vα氨基酸序列组成;
(b)Vβ结构域,其包含或由SEQIDNO:77或79中所包含的Vβ氨基酸序列组成;或者
(c)(a)的Vα结构域和(b)的Vβ。
18.根据权利要求17所述的结合蛋白,其中,所述结合蛋白包含:
(a)包含SEQIDNO:75中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:77中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域;或者
(b)包含SEQIDNO:79中所包含的Vα氨基酸序列的Vα结构域和包含SEQIDNO:79中所包含的Vβ氨基酸序列的Vβ结构域。
19.根据权利要求1至18中任一项所述的结合蛋白,其中,所述结合蛋白为TCR、TCR的抗原结合片段或嵌合抗原受体。
20.根据权利要求19所述的结合蛋白,其中,所述TCR的抗原结合片段包含单链TCR(scTCR)。
21.根据权利要求19所述的结合蛋白,其中,所述结合蛋白是TCR。
22.根据权利要求21所述的结合蛋白,其中,所述TCR包含α链恒定(Cα)结构域,所述Cα结构域与SEQIDNO:33的氨基酸序列具有至少90%的序列同一性。
23.根据权利要求22所述的结合蛋白,其中,所述Cα结构域包含SEQIDNO:33的氨基酸序列。
24.根据权利要求21所述的结合蛋白,其中,所述TCR包含截短的...
【专利技术属性】
技术研发人员:R·佩雷特,P·D·格林伯格,
申请(专利权)人:弗雷德哈钦森癌症研究中心,
类型:发明
国别省市:美国;US
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