用于PAH基因转移的腺伴随病毒组合物及其使用方法技术

本文提供了腺伴随病毒(AAV)组合物，其可以在细胞中表达苯丙氨酸羟化酶(PAH)多肽，从而恢复PAH基因功能。还提供了使用AAV组合物的方法以及用于制备AAV组合物的包装系统。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于PAH基因转移的腺伴随病毒组合物及其使用方法相关申请本申请要求于2018年2月1日提交的美国临时专利申请序列号62/625,150的优先权，其全部公开内容通过引用并入本文。电子提交的序列表的引用ASCII文本文件中的电子提交序列表的内容(名称：HMT-025PC_SeqList_ST25.txt；大小：34214字节；以及创建日期：2019年1月27日)通过引用完整并入本文。专利技术背景苯丙酮尿(PKU)是常染色体隐性遗传病症，其中大多数病例是由苯丙氨酸羟化酶(PAH)基因中的突变引起的。PAH基因编码一种在多聚化时催化L-苯丙氨酸(Phe)到L-酪氨酸(Tyr)的羟基化的肝酶。PAH活性的降低或丧失导致苯丙氨酸积累和其转化为苯丙酮酸(也称为苯酮)。苯丙氨酸代谢异常损害神经元成熟和髓磷脂的合成，导致智力低下、癫痫发作和其他严重的医学问题。当前，尚无PKU的治愈。护理的标准是通过使含大量苯丙氨酸的食物最小化来进行饮食管理。用低苯丙氨酸配方从出生起的饮食管理在很大程度上阻止该病症的智力残疾。然而，即使依靠低苯丙氨酸饮食，儿童仍遭受本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种在细胞中表达PAH多肽的方法，该方法包括用复制缺陷型腺伴随病毒(AAV)转导所述细胞，该复制缺陷型腺伴随病毒包含：/n(a)包含AAV进化枝F衣壳蛋白的AAV衣壳；和/n(b)包含与PAH编码序列可操作连接的转录调节元件的转移基因组。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180201 US 62/625,1501.一种在细胞中表达PAH多肽的方法，该方法包括用复制缺陷型腺伴随病毒(AAV)转导所述细胞，该复制缺陷型腺伴随病毒包含：
(a)包含AAV进化枝F衣壳蛋白的AAV衣壳；和
(b)包含与PAH编码序列可操作连接的转录调节元件的转移基因组。


2.权利要求1的方法，其中所述细胞是肝细胞、肾细胞或脑、垂体、肾上腺、胰腺、膀胱、胆囊、结肠、小肠或乳房中的细胞。


3.权利要求1或2的方法，其中所述细胞在哺乳动物受试者中，并且以有效转导所述受试者中的所述细胞的量对所述受试者施用所述AAV。


4.用于治疗患有与PAH基因突变相关的疾病或病症的受试者的方法，所述方法包括对所述受试者施用有效量的复制缺陷型腺伴随病毒(AAV)，其包含：
(a)包含AAV进化枝F衣壳蛋白的AAV衣壳；和
(b)包含与PAH编码序列可操作连接的转录调节元件的转移基因组。


5.权利要求4的方法，其中所述疾病或病症是苯丙酮尿。


6.权利要求4或5的方法，其中所述受试者是人类受试者。


7.前述权利要求中任一项的方法，其中所述PAH编码序列编码SEQIDNO:23所示的氨基酸序列。


8.权利要求7的方法，其中所述PAH编码序列包含SEQIDNO:24所示的核苷酸序列。


9.权利要求7的方法，其中将所述PAH编码序列沉默改变。


10.权利要求9的方法，其中所述PAH编码序列包含SEQIDNO:25所示的核苷酸序列。


11.前述权利要求中任一项的方法，其中所述转录调节元件能够介导肝细胞、肾细胞或脑、垂体、肾上腺、胰腺、膀胱、胆囊、结肠、小肠或乳房中的细胞中的转录。


12.权利要求11的方法，其中所述转录调节元件包含选自下组的一种或多种元件：CAG启动子、人EF-1α启动子、人肝控制区1(HCR1)、人α1-抗胰蛋白酶(hAAT)启动子、hAAT启动子的肝特异性调节模块、SV40内含子和小鼠细小病毒(MVM)内含子。


13.权利要求12的方法，其中所述转录调节元件包含与选自SEQIDNO:28-30和32-41的序列至少90％相同的核苷酸序列。


14.权利要求13的方法，其中所述转录调节元件包含选自SEQIDNO:28-30和32-41的核苷酸序列。


15.权利要求14的方法，其中所述转录调节元件从5’至3’包含SEQIDNO:29、30和31所示的核苷酸序列。


16.权利要求15的方法，其中所述转录调节元件包含SEQIDNO:32所示的核苷酸序列。


17.前述权利要求中任一项的方法，其中所述转移基因组进一步包含与所述PAH编码序列可操作连接的内含子。


18.权利要求17的方法，其中所述内含子包含与SEQIDNO:31或35所示的序列至少90％相同的核苷酸序列。


19.权利要求18的方法，其中所述内含子包含SEQIDNO:31或35所示的核苷酸序列。


20.权利要求17-19中任一项的方法，其中所述转移基因组从5’至3’包含：非编码外显子、所述内含子和所述PAH编码序列。


21.前述权利要求中任一项的方法，其中所述转移基因组进一步包含所述PAH编码序列3’的聚腺苷酸化序列。


22.权利要求21的方法，其中所述聚腺苷酸化序列是外源聚腺苷酸化序列。


23.权利要求22的方法，其中所述外源聚腺苷酸化序列是SV40聚腺苷酸化序列。


24.权利要求23的方法，其中所述SV40聚腺苷酸化序列包括选自SEQIDNO:42、43和45的序列。


25.前述权利要求中任一项的方法，其中所述转移基因组包含选自SEQIDNO:46-50、61、64、67、74、76、78、80、82、84、86和89的序列。


26.前述权利要求中任一项的方法，其中所述转移基因组进一步包含所述基因组5’的5’反向末端重复(5’ITR)核苷酸序列和所述基因组3’的3’反向末端重复(3’ITR)核苷酸序列。


27.权利要求26的方法，其中所述5’ITR核苷酸序列与SEQIDNO:18具有至少95％的序列同一性，并且所述3’ITR核苷酸序列与SEQIDNO:19具有至少95％的序列同一性。


28.权利要求26的方法，其中所述5’ITR核苷酸序列与SEQIDNO:20具有至少95％的序列同一性，并且所述3’ITR核苷酸序列与SEQIDNO:21具有至少95％的序列同一性。


29.权利要求26的方法，其中所述5’ITR核苷酸序列与SEQIDNO:26具有至少95％的序列同一性，并且所述3’ITR核苷酸序列与SEQIDNO:27具有至少95％的序列同一性。


30.前述权利要求中任一项的方法，其中所述转移基因组包含选自SEQIDNO:51-55、62、65、68、75、77、79、81、83、85、87和90的核苷酸序列。


31.前述权利要求中任一项的方法，其中所述转移基因组由选自SEQIDNO:51-55、62、65、68、75、77、79、81、83、85、87和90的核苷酸序列组成。


32.前述权利要求中任一项的方法，其中所述转移基因组由SEQIDNO:52所示的核苷酸序列组成。


33.前述权利要求中任一项的方法，其中所述AAV进化枝F衣壳蛋白包含与SEQIDNO:2、3、4、6、7、10、11、12、13、15、16或17的氨基酸203-736的氨基酸序列具有至少95％的序列同一性的氨基酸序列。


34.权利要求33的方法，其中：所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸206对应的氨基酸是C；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸296对应的氨基酸为H；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸312对应的氨基酸为Q；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸346对应的氨基酸为A；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸464对应的氨基酸为N；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸468对应的氨基酸为S；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸501对应的氨基酸为I；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸505对应的氨基酸为R；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸590对应的氨基酸为R；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸626对应的氨基酸为G或Y；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸681对应的氨基酸为M；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸687对应的氨基酸为R；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸690对应的氨基酸为K；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸706对应的氨基酸为C；或者，所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸718对应的氨基酸为G。


35.权利要求34的方法，其中：
(a)所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸626对应的氨基酸为G，并且所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸718对应的氨基酸为G；
(b)所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸296对应的氨基酸为H，所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸464对应的氨基酸为N，所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸505对应的氨基酸为R，并且所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸681对应的氨基酸为M。
(c)所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸505对应的氨基酸为R，并且所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸687对应的氨基酸为R；
(d)所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸346对应的氨基酸为A，并且所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸505对应的氨基酸为R；或
(e)所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸501对应的氨基酸为I，所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸505对应的氨基酸为R，并且所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸706对应的氨基酸为C。


36.权利要求34的方法，其中所述衣壳蛋白包含SEQIDNO:2、3、4、6、7、10、11、12、13、15、16或17的氨基酸203-736的氨基酸序列。


37.前述权利要求中任一项的方法，其中所述AAV进化枝F衣壳蛋白包含与SEQIDNO:2、3、4、5、6、7、9、10、11、12、13、15、16或17的氨基酸138-736的氨基酸序列具有至少95％的序列同一性的氨基酸序列。


38.权利要求37的方法，其中：所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸151对应的氨基酸是R；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸160对应的氨基酸为D；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸206对应的氨基酸为C；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸296对应的氨基酸为H；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸312对应的氨基酸为Q；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸346对应的氨基酸为A；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸464对应的氨基酸为N；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸468对应的氨基酸为S；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸501对应的氨基酸为I；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸505对应的氨基酸为R；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸590对应的氨基酸为R；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸626对应的氨基酸为G或Y；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸681对应的氨基酸为M；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸687对应的氨基酸为R；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸690对应的氨基酸为K；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸706对应的氨基酸为C；或者，所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸718对应的氨基酸为G。


39.权利要求38的方法，其中：
(a)所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸626对应的氨基酸为G，并且所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸718对应的氨基酸为G；
(b)所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸296对应的氨基酸为H，所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸464对应的氨基酸为N，所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸505对应的氨基酸为R，并且所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸681对应的氨基酸为M；
(c)所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸505对应的氨基酸为R，并且所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸687对应的氨基酸为R；
(d)所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸346对应的氨基酸为A，并且所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸505对应的氨基酸为R；或
(e)所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸501对应的氨基酸为I，所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸505对应的氨基酸为R，并且所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸706对应的氨基酸为C。


40.权利要求38的方法，其中所述衣壳蛋白包含SEQIDNO:2、3、4、5、6、7、9、10、11、12、13、15、16或17的氨基酸138-736的氨基酸序列。


41.前述权利要求中任一项的方法，其中所述AAV进化枝F衣壳蛋白包含与SEQIDNO:2、3、4、5、6、7、9、10、11、12、13、15、16或17的氨基酸1-736的氨基酸序列具有至少95％序列同一性的氨基酸序列。


42.权利要求41的方法，其中：所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸2对应的氨基酸为T；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸65对应的氨基酸为I；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸68对应的氨基酸为V；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸77对应的氨基酸为R；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸119对应的氨基酸为L；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸151对应的氨基酸为R；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸160对应的氨基酸为D；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸206对应的氨基酸为C；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸296对应的氨基酸为H；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸312对应的氨基酸为Q；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸346对应的氨基酸为A；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸464对应的氨基酸为N；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸468对应的氨基酸为S；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸501对应的氨基酸为I；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸505对应的氨基酸为R；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸590对应的氨基酸为R；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸626对应的氨基酸为G或Y；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸681对应的氨基酸为M；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸687对应的氨基酸为R；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸690对应的氨基酸为K；所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸706对应的氨基酸为C；或，所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸718对应的氨基酸为G。


43.权利要求42的方法，其中：
(a)所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸2对应的氨基酸为T，并且所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸312对应的氨基酸为Q；
(b)所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸65对应的氨基酸为I，并且所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸626对应的氨基酸为Y；
(c)所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸77对应的氨基酸为R，并且所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸690对应的氨基酸为K；
(d)所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸119对应的氨基酸为L，并且所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸468对应的氨基酸为S；
(e)所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸626对应的氨基酸为G，并且所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸718对应的氨基酸为G；
(f)所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸296对应的氨基酸为H，所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸464对应的氨基酸为N，所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸505对应的氨基酸为R，并且所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸681对应的氨基酸为M；
(g)所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸505对应的氨基酸为R，并且所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸687对应的氨基酸为R；
(h)所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸346对应的氨基酸为A，并且所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸505对应的氨基酸为R；或
(i)所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸501对应的氨基酸为I，所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸505对应的氨基酸为R，并且所述衣壳蛋白中与SEQIDNO:2的氨基酸706对应的氨基酸为C。


44.权利要求42的方法，其中所述衣壳蛋白包含SEQIDNO:2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、15、16或17的氨基酸1-736的氨基酸序列。


45.一种复制缺陷型腺伴随病毒(AAV)，其包含：
(a)包含AAV进化枝F衣壳蛋白的AAV衣壳；和
(b)包含与PAH编码序列可操作连接的转录调节元件的转移基因组。


46.权利要求45的AAV，其中所述PAH编码序列编码SEQIDNO:23所示的氨基酸序列。


47.权利要求46的AAV，其中所述PAH编码序列包含SEQIDNO:24所示的核苷酸序列。


48.权利要求46的AAV，其中所述PAH编码序列是密码子改变的，并且包含SEQIDNO:25和69-73所示的序列。


49.权利要求46的AAV，其中所述PAH编码序列是密码子改变的，并且包含SEQIDNO:25所示的序列。


50.权利要求45-49中任一项的AAV，其中所述转录调节元件能够介导肝细胞、肾细胞或脑、垂体、肾上腺、胰腺、膀胱、胆囊、结肠、小肠或乳房中的细胞中的转录。


51.权利要求50的AAV，其中所述转录调节元件包含选自下组的一种或多种元件：CAG启动子、人EF-1α启动子、人HCR1、人α1-抗胰蛋白酶(hAAT)启动子、hAAT启动子的肝特异性调节模块、SV40内含子和小鼠细小病毒(MVM)内含子。<...

【专利技术属性】
技术研发人员：AB西摩，SS阿梅德，JB怀特，SN多利夫，H鲁宾，
申请(专利权)人：同源药物公司，
类型：发明
国别省市：美国;US