针对癌症特异性抗原对T淋巴细胞的筛选制造技术

本文提供了鉴定识别TCR的癌症特异性抗原的方法和具有抗原特异性细胞毒活性的TCR工程化T细胞。本文提供了通过本文所述的方法产生的工程化T淋巴细胞。本文提供了治疗受试者的癌症的方法，所述方法包括施用本文所述的工程化T淋巴细胞。本文提供了通过本文所述的方法产生的抗体或其片段。本文提供了治疗受试者的癌症的方法，所述方法包括向受试者施用本文所述的抗体。在一些实施方案中，提供了本文中的治疗性组合物(例如工程化淋巴细胞、抗体等)和方法作为试剂盒或系统的一部分。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】针对癌症特异性抗原对T淋巴细胞的筛选相关申请的交叉引用本专利技术要求2017年10月6日提交的美国临时专利申请62/569,215的优先权权益，所述临时专利申请以引用的方式并入本文中。
本文中提供了鉴定识别T细胞受体的癌症特异性抗原的方法和具有抗原特异性细胞毒活性的T细胞受体工程化T细胞。
技术介绍
癌症免疫疗法通过加强患者自身的抗肿瘤免疫应答来治疗癌症。具体地说，免疫检查点抑制剂的成功突显了抗癌免疫活性在癌症患者中的重要性。然而，只有少数的患者展现出来自抗免疫检查点治疗的临床益处，而70％-80％的癌症患者没有从这类治疗得到益处或益处极小。因此，重要和紧急的是确定免疫疗法抗性机制并研发出进一步增强和提高免疫应答的方法(参考文献1；以引用的方式整体并入)。虽然细胞毒性T淋巴细胞(CTL)在癌症免疫疗法中起关键作用，但对CTL的T细胞受体(TCR)以及其靶标癌症特异性抗原的鉴定是艰难又费时的。
技术实现思路
本文中提供了鉴定识别TCR的癌症特异性抗原的方法和具有抗原特异性细胞毒活性的TCR工程化T细胞。在一些实施方案中，本文提供了包括以下的方法：(a)用包含候选抗原序列的刺激肽刺激靶淋巴细胞(例如CD8+细胞毒性T淋巴细胞)；(b)用结合于候选肽的T细胞受体(TCR)捕获免疫活性淋巴细胞(例如CD8+细胞毒性T淋巴细胞)，其中所述捕获包括使所述免疫活性T淋巴细胞与捕获试剂接触，所述捕获试剂展示与包含候选抗原序列的捕获肽结合的主要组织相容性复合体(MHC)；以及(c)对所捕获的免疫活性T淋巴细胞的TCR的全部或一部分进行测序。在一些实施方案中，靶淋巴细胞是从健康供体获得。在一些实施方案中，靶淋巴细胞为CD8+细胞毒性T淋巴细胞。在一些实施方案中，刺激在体外(例如在细胞培养物中)进行。在一些实施方案中，包含候选抗原序列的肽为致癌抗原和新抗原的全部或片段。在一些实施方案中，候选抗原序列为致癌抗原和新抗原的全部或片段。在一些实施方案中，捕获试剂为MHC多聚体。在一些实施方案中，MHC多聚体为MHC右旋多聚体(dextramer)。在一些实施方案中，测序包括下一代测序技术。在一些实施方案中，进行测序的TCR的部分包含TCR-α和/或TCR-β链。在一些实施方案中，进行测序的TCR的部分包含TCR-α和/或TCR-β链的一个或多个互补决定区(CDR)。在一些实施方案中，进行测序的TCR的部分包含TCR-α和/或TCR-β链的CDR3。在一些实施方案中，靶淋巴细胞(例如CD8+细胞毒性T淋巴细胞)为靶淋巴细胞群体，其中刺激肽为包含不同候选抗原序列的刺激肽群体中的一种肽；并且其中所述捕获包括使免疫活性T淋巴细胞(例如CD8+细胞毒性T淋巴细胞)群体与捕获试剂接触，所述捕获试剂展示与包含候选抗原序列的捕获肽群体结合的主要组织相容性复合体(MHC)。在一些实施方案中，本文提供了通过本文所述的方法鉴定的识别TCR的癌症特异性抗原(例如SEQIDNO:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:3、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5、SEQIDNO:6、SEQIDNO:7、SEQIDNO:8、SEQIDNO:9、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:12、SEQIDNO:13、SEQIDNO:14、SEQIDNO:15、SEQIDNO:16、SEQIDNO:17、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:21、SEQIDNO:22、SEQIDNO:23、SEQIDNO:24、SEQIDNO:25、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:28、SEQIDNO:29、SEQIDNO:30、SEQIDNO:31、SEQIDNO:32、SEQIDNO:33、SEQIDNO:34、SEQIDNO:35、SEQIDNO:36、SEQIDNO:37、SEQIDNO:38、SEQIDNO:39、SEQIDNO:40、SEQIDNO:41、SEQIDNO:42、SEQIDNO:43、SEQIDNO:44等)。在一些实施方案中，本文提供了包括以下的方法：(a)用包含候选抗原序列的刺激肽刺激靶淋巴细胞(例如CD8+细胞毒性T淋巴细胞)；(b)用结合于候选肽的T细胞受体(TCR)捕获免疫活性T淋巴细胞(例如CD8+细胞毒性T淋巴细胞)，其中所述捕获包括使所述免疫活性T淋巴细胞与捕获试剂接触，所述捕获试剂展示与包含候选抗原序列的捕获肽结合的主要组织相容性复合体(MHC)；(c)对所捕获的免疫活性T淋巴细胞的TCR的全部或一部分进行测序；以及还包括：(d)产生展示所捕获的免疫活性T淋巴细胞的TCR的全部或一部分的工程化T淋巴细胞(例如CD8+细胞毒性T淋巴细胞)，其中工程化T淋巴细胞识别展示与包含候选抗原序列的肽结合的MHC的抗原呈递细胞。在一些实施方案中，工程化T淋巴细胞为CD8+细胞毒性T淋巴细胞。在一些实施方案中，产生展示所捕获的免疫活性T淋巴细胞的TCR的全部或一部分的工程化T淋巴细胞(例如CD8+细胞毒性T淋巴细胞)包括：(i)将编码所捕获的免疫活性T淋巴细胞的TCR的部分的核酸序列克隆至载体中；(ii)将载体引入宿主T淋巴细胞(例如CD8+细胞毒性T淋巴细胞)中；以及(iii)在使所捕获的免疫活性T淋巴细胞的TCR的部分在工程化T淋巴细胞上表达和展示的条件下培养。在一些实施方案中，TCR的部分包含TCR-α和/或TCR-β链。在一些实施方案中，TCR的部分包含TCR-α和/或TCR-β链的一个或多个互补决定区(CDR)。在一些实施方案中，进行测序的TCR的部分包含TCR-α和/或TCR-β链的CDR3。在一些实施方案中，进行测序的TCR的部分包含选自由SEQIDNO:45-132组成的组的氨基酸序列。在一些实施方案中，工程化T淋巴细胞展示包含含有选自由以下组成的组的氨基酸序列对的α和β链(例如CDR3)的TCR：SEQIDNO:45和46、47和48、49和50、51和52、53和54、55和56、57和58、59和60、61和62、63和64、65和66、67和68、69和70、71和72、73和74、75和76、77和78、79和80、81和82、83和84、85和86、87和88、89和90、91和92、93和94、95和96、97和98、99和100、101和102、103和104、105和106、107和108、109和110、111和112、113和114、115和116、117和118、119和120、121和122、123和124、125和126、127和128、129和130以及131和132。在一些实施方案中，将载体引入至来自健康供体宿主的宿主T淋巴细胞中。在一些实施方案中，将载体引入至来自有待用工程化T淋巴细胞治疗的癌症患者的宿主T淋巴细胞中。在一些实施方案中，本文提供了通过本文所述的方法产生的工程化T淋巴细胞(例如CD8+细胞毒性T淋巴细胞)。在一些实施方案中，工程化本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种方法，所述方法包括：/n(a)用包含候选抗原序列的刺激肽刺激靶淋巴细胞；/n(b)用结合于所述候选肽的T细胞受体(TCR)捕获免疫活性淋巴细胞，其中所述捕获包括使所述免疫活性淋巴细胞与捕获试剂接触，所述捕获试剂展示与包含所述候选抗原序列的捕获肽结合的主要组织相容性复合体(MHC)；以及/n(c)对所捕获的免疫活性淋巴细胞的所述TCR的全部或一部分进行测序。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20171006 US 62/569,2151.一种方法，所述方法包括：
(a)用包含候选抗原序列的刺激肽刺激靶淋巴细胞；
(b)用结合于所述候选肽的T细胞受体(TCR)捕获免疫活性淋巴细胞，其中所述捕获包括使所述免疫活性淋巴细胞与捕获试剂接触，所述捕获试剂展示与包含所述候选抗原序列的捕获肽结合的主要组织相容性复合体(MHC)；以及
(c)对所捕获的免疫活性淋巴细胞的所述TCR的全部或一部分进行测序。


2.如权利要求1所述的方法，其中所述靶淋巴细胞是从健康供体获得。


3.如权利要求1所述的方法，其中所述靶淋巴细胞为CD8+细胞毒性淋巴细胞。


4.如权利要求1所述的方法，其中所述刺激在体外进行。


5.如权利要求1所述的方法，其中所述捕获试剂为MHC多聚体。


6.如权利要求5所述的方法，其中所述MHC多聚体为MHC右旋多聚体。


7.如权利要求1所述的方法，其中所述测序包括下一代测序技术。


8.如权利要求1所述的方法，其中进行测序的所述TCR的所述部分包含TCR-α和/或TCR-β链。


9.如权利要求8所述的方法，其中进行测序的所述TCR的所述部分包含所述TCR-α和/或TCR-β链的一个或多个互补决定区(CDR)。


10.如权利要求9所述的方法，其中进行测序的所述TCR的所述部分包含所述TCR-α和/或TCR-β链的CDR3。


11.如权利要求1所述的方法，其中所述靶淋巴细胞为靶淋巴细胞群体，其中所述刺激肽为包含不同候选抗原序列的刺激肽群体中的一种肽；并且
其中所述捕获包括使免疫活性淋巴细胞群体与捕获试剂接触，所述捕获试剂展示与包含所述候选抗原序列的捕获肽群体结合的主要组织相容性复合体(MHC)。


12.一种识别TCR的癌症特异性抗原，所述识别TCR的癌症特异性抗原通过如权利要求1-11中的一项所述的方法来鉴定。


13.一种治疗性抗体，所述治疗性抗体结合于如权利要求12所述的识别TCR的癌症特异性抗原。


14.如权利要求13所述的治疗性抗体，其中所述治疗性抗体为抗体片段。


15.如权利要求1-11中的一项所述的方法，所述方法还包括：
(d)产生展示所捕获的免疫活性淋巴细胞的所述TCR的全部或一部分的工程化淋巴细胞，其中所述工程化淋巴细胞识别展示与包含所述候选抗原序列的所述肽结合的MHC的抗原呈递细胞。


16.如权利要求15所述的方法，其中所述工程化淋巴细胞为CD8+细胞毒性淋巴细胞。


17.如权利要求15所述的方法，其中产生展示所捕获的免疫活性淋巴细胞的所述TCR的全部或一部分的工程化淋巴细胞还包括：
(i)将编码所述所捕获的免疫活性淋巴细胞的所述TCR的所述部分的核酸序列克隆至载体中；
(ii)将所述载体引入宿主淋巴细胞中；以及
(iii)在使所述所捕获的免疫活性淋巴细胞的所述TCR的所述部分在所述工程化淋巴细胞上表达和展示的条件下培养所述宿主淋巴细胞。


18.如权利要求17所述的方法，其中所述TCR的所述部分包含所述TCR-α和/或TCR-β链。


19.如权利要求18所述的方法，其中所述TCR的所述部分包含所述TCR-α和/或TCR-β链的一个或多个互补决定区(CDR)。


20.如权利要求19所述的方法，其中进行测序的所述TCR的所述部分包含所述TCR-α和/或TCR-β链的CDR3。

【专利技术属性】
技术研发人员：Y·纳卡穆拉，J·H·帕克，S·吉村幸子，引地哲郎，
申请(专利权)人：芝加哥大学，肿瘤疗法科学股份有限公司，
类型：发明
国别省市：美国;US