抗SARS－CoV药物作用靶标、药物筛选方法及抗SARS药物技术

本发明专利技术提供一种用于筛选治疗和／或预防ＳＡＲＳ病毒感染药物的药物作用靶标，所述靶标为包含ＳＡＲＳ病毒Ｎ蛋白和人体ＣｙｐＡ相互作用活性位点的ＳＡＲＳ病毒Ｎ蛋白Ｖａｌ２３５－Ｐｒｏ３６９片断和人体ＣｙｐＡ复合物三维结构模型。本发明专利技术还提供所述药物作用靶标的构建方法，用所述药物作用靶标筛选治疗和／或预防ＳＡＲＳ病毒感染药物的方法，及通过筛选确认环孢素衍生物在治疗和／或预防ＳＡＲＳ病毒感染上的新用途。（*该技术在2023年保护过期，可自由使用*）

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及用生物信息技术和分子生物学方法筛选药物，具体涉及用SARS冠状病毒核衣壳蛋白(N蛋白)和人亲环素A(CypA)相互作用模型作为药物作用靶标在分子和细胞水平筛选药物的方法。
技术介绍
传染性非典型肺炎称为严重急性呼吸综合征(Severe Acute RespiratorySydrome，SARS)。研究发现，一种新型的冠状病毒极可能是病因，在香港和加拿大的病人和死亡病人的尸体中都分离出了这种病毒，在一些SARS病人的血清中也发现了抗hMPV的抗体。2003年4月16日，世界卫生组织(WHO)正式确认SARS病毒是传染性非典型肺炎的病因。传染性非典型肺炎病人中90％以上感染SARS病毒的人能够自愈，致死率约为10％左右。SARS病人的呼吸道切片和细胞培养物的电子显微镜照片显示，存在冠状病毒颗粒。这是一种新型的冠状病毒，与冠状病毒属中其他已知的成员不同，该病毒可引起绿猴肾细胞(VERO-E6)发生病变效应，病毒复制能够被SARS感染康复人的血清所抑制，可以利用感染的细胞和康复病人的血清进行免疫荧光检测法(Immunofluorescence assays，IFA)检测培养细胞中细胞感染有SARS病毒的情况，该方法表现出特异性的反应。美国、加拿大和香港的研究表明，非SARS病人的血清不能和新冠状病毒发生反应；传染性肠胃炎病毒(Transmissible Gastroenteritis Virus，TGEV)、鼠肝炎病毒(Murine HepatitisVirus，MHV)、猫传染性腹膜炎病毒(Feline Infectious Peritonitis virus，FIPV)、229E人冠状病毒的超抗血清可以抑制培养的病毒生长。几个实验室对病毒的测序表明，新病毒和冠状病毒属相关，但不同于同属的其它冠状病毒个群，是冠状病毒的一个新的变种。SARS冠状病毒在种属分类上属于正链RNA病毒(ssRNA positivestrand viruses)家系的巢状病毒(Nidovirales)族中的冠状病毒(Coronaviridae)系。它是冠状病毒家族中新出现的一个子类。2003年三月，科学家们发现了导致SARS的元凶SARS冠状病毒(SARS Coronaviruses，SARS-CoV)，并且成功地完成了SARS-CoV基因组的完整测序。SARS-CoV基因组由29727个核苷酸、11个开放阅读框(Opening Reading Frames)组成。它的基因组结构和其他的冠状病毒非常相似。但通过比较遗传史和序列比对表明SARS-CoV的特征和以前发现的冠状病毒的特征并不完全相似，它不仅表现有其他冠状病毒共有的特征，还有SARS-CoV本身特有的特征(Paul A.Rota，M.Steven Oberste，Stephan S.Monroe，W.Allan Nix，Ray Campagnoli，et al.Characterization of a novel coronavirus associated with severe acute respiratorysyndrome.Science(Sciencexpress)1 May，2003；Marco A.Marra，Steven J.M.Jones，Caroline R.Astell，Robert A.Holt，Angela Brooks-Wilson，et al.Thegenome sequence of the SARS-associated coronavirus.Science(Sciencexpress)1May，2003)。科学家同时进行了SARS相关的冠状病毒加拿大多伦多(Tor2)分离株29751个碱基的基因组测序。基因组序列揭示这个冠状病毒与已知的冠状病毒(包括人类冠状病毒HcoVOC43，HCoV-229E)无密切相关。预测病毒蛋白的种系分析表明，该冠状病毒与已知的三族冠状病毒均非密切相似。基因组序列将有助于人类了解SARS病毒感染的机制、潜在动物宿主的诊断检测(使用PCR和免疫测试法)，同时也有助于发展抗病毒制剂(包括中和抗体)和找出疫苗抗原决定簇(Marco A.Marra，Steven J.M.Jones，Caroline R.Astell，Robert A.Holt，Angela Brooks-Wilson，et al.The genome sequence of the SARS-associatedcoronavirus.Science(Sciencexpress)1 May，2003)。但迄今为止，人们对SARS-CoV病毒的感染机制研究还很不充分，为降低感染率和死亡率，临床上对能够预防和/或治疗的SARS-CoV感染的特效药物有着十分紧迫的需求。因此，本专利技术的第一个目的是提供一种快速筛选治疗和/或预防SARS病毒感染药物的药物作用靶标。本专利技术的第二个目的是提供这种药物作用靶标的构建方法。本专利技术的第三个目的是提供用这种药物作用靶标筛选治疗和/或预防SARS病毒感染药物的方法。本专利技术的第四个目的是提供用这种药物作用靶标筛选出的治疗和/或预防SARS病毒感染的药物。专利技术概述药物作用靶标是指疾病发生和发展过程中能够在最关键病理环节上起决定作用的关键功能生物大分子，包括细胞膜受体、蛋白酶、激素与细胞因子、离子通道、DNA、RNA、核受体等。现代药物研究的核心是以药物作用靶标为基础，筛选或设计与靶标结构互补、能够激动或拮抗靶标介导的生物功能，具有治疗作用的药物先导物。这种基于机理和结构的新药物发现和选择性地阻断疾病发生和发展过程中最关键的病理环节，研发出高效低毒副作用的特异性药物。本专利技术者对SARS-CoV的基因表达产物进行了深入的生物信息学分析，从而识别了SARS病毒感染人体的途径；然后用分子生物学和生物物理方法验证这一作用途径；根据这一作用途径筛选化合物，并进行病毒水平的测试，确证传染性非典型肺炎(SARS)药物作用的靶标，用这一药物作用靶标筛选预防和/或治疗传染性非典型肺炎药物，从而完成了本专利技术。本专利技术提供的用于筛选治疗和/或预防SARS病毒感染药物的药物作用靶标是在非典型肺炎冠状病毒复制、转录、翻译和组装过程中起关键作用的核衣壳蛋白(SARS Nucleocapsid)、宿主(人体)作用蛋白质人亲环素A(Cyclophilin A)及两者之间的相互作用途径，所述靶标为包含SARS病毒N蛋白和人体CypA相互作用活性位点的SARS病毒N蛋白Val235-Pro369片断和人体CypA复合物三维结构模型，其中靶标SARS病毒N蛋白的序列特征为MSDNGPQSNQ RSAPRITFGG PTDSTDNNQN GGRNGARPKQ RRPQGLPNNT ASWFTALTQH GKEELRFPRGQGVPINTNSG PDDQIGYYRR ATRRVRGGDG KMKELSPRWY FYYLGTGPEA SLPYGANKEG IVWVATEGALNTPKDHIGTR NPNNNAATVL QLPQGTTLPK GFYAEGSRGG SQASSRSSSR SRGNSRNSTP GSSRGNSPARMASGGGE本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于筛选治疗和／或预防ＳＡＲＳ病毒感染药物的药物作用靶标，所述靶标为包含ＳＡＲＳ病毒Ｎ蛋白和人体ＣｙｐＡ相互作用活性位点的ＳＡＲＳ病毒Ｎ蛋白Ｖａｌ２３５－Ｐｒｏ３６９片断和人体ＣｙｐＡ复合物三维结构模型，其中靶标ＳＡＲＳ病毒Ｎ蛋白的序列特征为：ＭＳＤＮＧＰＱＳＮＱ ＲＳＡＰＲＩＴＦＧＧ ＰＴＤＳＴＤＮＮＱＮ ＧＧＲＮＧＡＲＰＫＱ ＲＲＰＱＧＬＰＮＮＴ ＡＳＷＦＴＡＬＴＱＨ ＧＫＥＥＬＲＦＰＲＧＱＧＶＰＩＮＴＮＳＧ ＰＤＤＱＩＧＹＹＲＲ ＡＴＲＲＶＲＧＧＤＧ ＫＭＫ ＥＬＳＰＲＷＹ ＦＹＹＬＧＴＧＰＥＡ ＳＬＰＹＧＡＮＫＥＧ ＩＶＷＶＡＴＥＧＡＬＮＴＰＫＤＨＩＧＴＲ ＮＰＮＮＮＡＡＴＶＬ ＱＬＰＱＧＴＴＬＰＫ ＧＦＹＡＥＧＳＲＧＧ ＳＱＡＳＳＲＳＳＳＲ ＳＲＧＮＳＲＮＳＴＰ ＧＳＳＲＧＮＳＰＡＲ ＭＡＳＧＧＧＥＴＡＬ ＡＬＬＬＬＤＲＬＮＱ ＬＥＳＫＶＳＧＫＧＱ ＱＱＱＧＱＴＶＴＫＫ ＳＡＡＥＡＳＫＫＰＲ ＱＫＲＴＡＴＫＱＹＮ ＶＴＱＡＦＧＲＲＧＰＥＱＴＱＧＮＦＧＤＱ ＤＬＩＲＱＧＴＤＹＫ ＨＷＰＱＩＡＱＦＡＰ ＳＡＳＡＦＦＧＭＳ Ｒ ＩＧＭＥＶＴＰＳＧＴ ＷＬＴＹＨＧＡＩＫＬ ＤＤＫＤＰＱＦＫＤＮＶＩＬＬＮＫＨＩＤＡ ＹＫＴＦＰＰＴＥＰＫ ＫＤＫＫＫＫＴＤＥＡ ＱＰＬＰＱＲＱＫＫＱ ＰＴＶＴＬＬＰＡＡＤ ＭＤＤＦＳＲＱＬＱＮＳＭＳＧＡＳＡＤＳＴ ＱＡ靶标 人体ＣｙｐＡ的序列特征为：ＭＶＮＰＴＶＦＦＤＩ ＡＶＤＧＥＰＬＧＲＶ ＳＦＥＬＦＡＤＫＶＰ ＫＴＡＥＮＦＲＡＬＳ ＴＧＥＫＧＦＧＹＫＧＳＣＦＨＲＩＩＰＧＦ ＭＣＱＧＧＤＦＴＲＨ ＮＧＴＧＧＫＳＩＹＧ ＥＫＦＥＤＥＮＦＩＬ ＫＨＴＧＰ ＧＩＬＳＭＡＮＡＧＰＮＴＮＧＳ ＱＦＦＩＣＴＡＫＴＥ ＷＬＤＧＫＨＶＶＦＧ ＫＶＫＥＧＭＮＩＶＥ ＡＭＥＲＦＧＳＲＮＧＫＴＳＫＫＩＴＩＡＤ ＣＧＱＬＥ。...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】

【专利技术属性】
技术研发人员：蒋华良，沈旭，左建平，庄贤韩，裴刚，李亦学，沈建华，罗小民，陈凯先，沈竞康，柳红，陈静，陈莉莉，杨一鸣，石铁流，
申请(专利权)人：中国科学院上海药物研究所，上海先导药业有限公司，中国科学院上海生命科学研究院，
类型：发明
国别省市：31[中国|上海]