甜樱桃砧木资源的SSR标记及其指纹图谱数据库制造技术

本发明专利技术涉及甜樱桃砧木资源的SSR标记及其指纹图谱数据库。本发明专利技术利用ABI3730荧光SSR电泳方法，从40个甜樱桃SSR中筛选出15可用于鉴定甜樱桃砧木资源的SSR标记。用这15个SSR标记，构建了23个甜樱桃砧木和优系的指纹图谱库。本发明专利技术构建的甜樱桃砧木的SSR指纹图谱，可用于甜樱桃砧木的鉴别。

SSR markers and fingerprint database of sweet cherry rootstock resources

【技术实现步骤摘要】
甜樱桃砧木资源的SSR标记及其指纹图谱数据库
本专利技术涉及生物技术检测领域，特别是涉及可用于鉴定甜樱桃砧木资源的SSR标记及其指纹图谱数据库。
技术介绍
甜樱桃(Prunusavinum)是北方果树中露地结果最早的水果，经济价值较高，但是甜樱桃自身的根系浅、抗性差，导致死树严重。目前普遍采用甜樱桃的近缘属种，如中国樱桃(P.pseudocerasus)、酸樱桃(P.cerasus)、马哈利(P.mahaleb)、草原樱桃(P.fruticosa)、灰毛叶樱桃(P.canescens)及其杂交种作为甜樱桃的砧木，以提高甜樱桃的对不同土壤环境的适应性(段续伟，李明，谭钺，等.新中国果树科学研究70年--樱桃[J].果树学报,2019(10):1339-1351.)。不仅如此，甜樱桃砧木还会影响接穗的树体大小、早果性和产量等，因此在甜樱桃生产中，选择正确的砧木是非常重要的。但是仅从外形上，很难准确鉴定砧木品种，特别是在嫁接上接穗以后(TurkogluZ,KocA,ErcisliS,BilgenerS,AkbulutM,YildirimN,etal.GeneticrelationshipsamongPrunusrootstocksforsweetcherry(PrunusaviumL.)cultivars.PlantGeneticResources.2012；10(2):1-7.)。改革开放以来，甜樱桃种植业在国内蓬勃发展，甜樱桃砧木育种也逐渐兴起。一批适合我国土壤和气候的甜樱桃砧木正在推向市场，急需发展一种稳定可靠的鉴定甜樱桃砧木的方法。基于DNA多态性的分子标记不仅可以在植物材料的任何部位检测到，而且具有稳定、可重复的特点，被广泛用于分子标记辅助育种和品种鉴定。在众多的分子标记中，简单序列重复(SimpleSequenceRepeats，SSR)分子标记由于其在基因组中分布均匀、多态性高、可以在近源属种中迁移、检测手段成熟稳定，受到了育种家的青睐，被广泛使用。王晶等人利用SSR标记，构建了甜樱桃品种的指纹图谱库并进行了亲缘关系分析(王晶，张开春，张小明等.甜樱桃品种中新多态性SSR的鉴定、指纹图谱构建及聚类分析[J].果树学报，2019，36(12)：1619-1629.)。Turkoglu等人用10个SSR标记区分了184个来自甜樱桃、酸樱桃、马哈利和高山樱的砧木资源和优系(TurkogluZ,KocA,ErcisliS,BilgenerS,AkbulutM，YildirimN，etal.GeneticrelationshipsamongPrunusrootstocksforsweetcherry(PrunusaviumL.)cultivars.PlantGeneticResources.2012；10(2):1-7.)。Barac等人用26个SSR鉴定了77个塞尔维亚的甜樱桃砧木资源，分别属于甜樱桃、酸樱桃、草原樱桃(P.fruticosa)、马哈利和山樱花(P.serrulata)(BaracG,BaracG,OgnjanovV,OgnjanovV,ObrehtD,ObrehtD,etal.GenotypicandPhenotypicDiversityofCherrySpeciesCollectedinSerbia.PlantMolecularBiologyReporter.2014；32(1):92-108.)。Ioannis等人用1个SSR标记可以区分开6个希腊主栽的甜樱桃砧木，它们分别来源于酸樱桃、马哈利、甜樱桃、灰毛叶樱桃、毛樱桃之间的杂交(IoannisG,AlikiX,FilipposA,KonstantinosK,AthanasiosT，PanagiotisM.Microsatellitehigh-resolutionmelting(SSR-HRM)analysisforidentificationofsweetcherryrootstocksinGreece.PlantGeneticResources.2014；12(1):160-3.)。与国外培育的樱桃砧木不同，国内自育的樱桃砧木中大部分含有中国樱桃(P.pseudocerasus)的遗传背景，国外开发的SSR标记不完全适用于国内甜樱桃砧木的鉴定。
技术实现思路
针对上述领域中的不足，本专利技术提供SSR标记，其可用于鉴定含有中国樱桃、酸樱桃、草原樱桃、甜樱桃、马哈利、灰毛叶樱桃遗传背景的甜樱桃砧木资源。本专利技术还提供该SSR在部分甜樱桃砧木资源中的指纹图谱数据库，可以用于这些甜樱桃砧木资源的分子检测鉴定。一种甜樱桃砧木资源的SSR分子标记鉴定方法，其单一扩增体系中含有下述SSR引物对中的一对或多对：所述扩增体系中的待测DNA提取自甜樱桃砧木资源的叶片。甜樱桃砧木资源的SSR标记指纹图谱数据库的构建方法，包括如下步骤：(1)从现有的李属SSR中选取多个SSR分子标记，设计相应的特异性SSR引物对；(2)用选取的多个SSR标记，在有代表性的甜樱桃砧木资源中进行各自独立的PCR扩增，有代表性甜樱桃砧木资源包括国内常见甜樱桃砧木品种或者杂交亲本，最大的倍性为四倍体；(3)扩增产物用荧光毛细管电泳系统分离并判定扩增片段大小和等位基因数量；统计分析并去掉那些在有代表性的甜樱桃砧木资源中等位基因数量大于4个的SSR标记，进一步排除在所有有代表性的甜樱桃砧木资源中扩增产物大小都一样的SSR标记，筛选具有多态性而且扩增带不超过4个的SSR标记，(4)将筛选得到的SSR标记对更多的甜樱桃砧木样本扩增，获得每个样本的特征扩增带，用扩增带大小代表相应的等位基因，建立甜樱桃砧木资源的SSR指纹图谱数据库。所述多个SSR分子标记为如下40个SSR分子标记，其特异性SSR引物对如下所示：其中上游引物的5’端加上6-FAM荧光。所述有代表性的甜樱桃砧木品种为马哈利、CAB(酸樱桃)、対樱(中国樱桃)、草原樱桃、吉塞拉6号和R041(甜樱桃)。所述筛选得到的SSR标记及其引物对如下：根据上述方法得到的甜樱桃砧木资源的SSR标记指纹图谱数据库。上述甜樱桃砧木资源的SSR标记指纹图谱数据库在甜樱桃砧木品种鉴别中的应用。本专利技术从现有的李属SSR中选取40个未用作鉴定甜樱桃砧木的分子标记SSR分子标记，在6个代表样本(马哈利、CAB、対樱、草原樱桃、吉塞拉6、R041)中扩增，筛选得到15个具有多态性而且扩增带不超过4个的SSR标记；用筛选出的15对多态性SSR引物在23个樱桃砧木DNA中扩增，ABI3730XL平台检测，SSRanalyser软件确定等位基因大小，建立甜樱桃砧木资源的SSR指纹图谱数据库。本专利技术筛选得到的15个甜樱桃砧木资源的SSR标记，以及建立的甜樱桃砧木资源的SSR指纹图谱数据库，均可以用于甜樱桃砧木品种鉴别，以适应甜樱桃砧木育种需求。具体实施方式下面结合实施例对本专利技术做进一步的详细说明本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种甜樱桃砧木资源的SSR分子标记鉴定方法，其单一扩增体系中含有下述SSR引物对中的一对或多对：/n

【技术特征摘要】
1.一种甜樱桃砧木资源的SSR分子标记鉴定方法，其单一扩增体系中含有下述SSR引物对中的一对或多对：





2.根据权利要求1所述的鉴定方法，所述扩增体系中的待测DNA提取自甜樱桃砧木资源的叶片。


3.甜樱桃砧木资源的SSR标记指纹图谱数据库的构建方法，包括如下步骤：
(1)从现有的李属SSR中选取多个SSR分子标记，设计相应的特异性SSR引物对；
(2)用选取的多个SSR标记，在有代表性的甜樱桃砧木资源中进行各自独立的PCR扩增，有代表性甜樱桃砧木资源包括国内常见甜樱桃砧木品种或者杂交亲本，最大的倍性为四倍体；
(3)扩增产物用荧光毛细管电泳系统分离并判定扩增片段大小和等位基因数量；统计分析并去掉那些在有代表性的甜樱桃砧木资源中等位基因数量大于4个的SSR标记，进一步排除在所有有代表性的甜樱桃砧木资源中扩增产物大小都一样的SSR标记，筛选具有多态性而且扩增带不超过4个的SSR标记，
(4)将筛选得到的SSR标记对现...

【专利技术属性】
技术研发人员：王晶，张开春，段续伟，张晓明，闫国华，周宇，陈玲，
申请(专利权)人：北京市林业果树科学研究院，
类型：发明
国别省市：北京;11