RNA代谢标记探针、包含其的试剂盒及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一种RNA代谢标记探针、包含其的试剂盒及其应用。该RNA代谢标记探针为鸟嘌呤核苷酸类似物，鸟嘌呤核苷酸类似物是在鸟嘌呤核苷酸的核糖的第2位C上的‑OH被‑N

RNA metabolic marker probe, kit containing it and its application

【技术实现步骤摘要】
RNA代谢标记探针、包含其的试剂盒及其应用
本专利技术涉及生物标记领域，具体而言，涉及一种RNA代谢标记探针、包含其的试剂盒及其应用。
技术介绍
中心法则是生命活动的黄金规则：遗传物质由DNA携带，通过转录传递到RNA，再通过翻译由RNA传递到蛋白质，维持生命活动的稳态。RNA作为连接DNA与蛋白质的信息传递物质，起重要的协调功能。RNA主要包括mRNA、tRNA、rRNA、长非编码RNA(longnon-codingRNA)、microRNA等。目前，真核细胞中已经有成熟的探针实现对RNA的代谢标记，比如4SU、2008年报道的EU以及2012年发展的2’-Az-A等。这一系列探针成功实现了真核细胞中RNA的代谢标记、成像以及新生成RNA的测序与研究。2008年报道的EU可以一定程度上标记原核的RNA，仅在成像上可以检测到，并且对原核有较大的毒性。然而，到目前为止，尚未有合适的探针能够实现对原核细胞中的RNA代谢进行标记。
技术实现思路
本专利技术的主要目的在于提供一种RNA代谢标记探针、包含其的试剂盒及其应用，以解决现有技术中尚未有合适的探针能够实现对原核细胞中的RNA代谢进行标记的问题。为了实现上述目的，根据本专利技术的一个方面，提供了一种RNA代谢标记探针，RNA代谢标记探针为鸟嘌呤核苷酸类似物，鸟嘌呤核苷酸类似物是在鸟嘌呤核苷酸的核糖的第2位C上的-OH被-N3取代。根据本专利技术的第二个方面，提供了一种RNA代谢标记试剂盒，该试剂盒包括上述RNA代谢标记探针。根据本专利技术的第二个方面，提供了上述RNA代谢标记探针或者上述试剂盒在对RNA进行代谢标记中的应用。进一步地，RNA为原核RNA或真核RNA。进一步地，原核RNA包括来源于如下任一种细胞的RNA：肺炎克雷伯菌(KlebsiellaPneumoniae)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcusaureus)、鲍曼不动杆菌(AcinetobacterBaumannil)、枯草芽孢杆菌(Bacillussubtills)、红球菌(Rhodococcus)、沙门氏菌(Salmonella)、大肠杆菌(E.coli)。进一步地，真核RNA包括来源于如下任一种细胞的RNA：人纤维肉瘤细胞HT1080及小鼠神经瘤母细胞N2a。进一步地，应用包括如下任意一项或多项：通过In-Gel成像的方式检测RNA代谢；通过荧光成像的方式对RNA进行荧光标记；通过RNA-Seq的方式对新生RNA转录本进行检测；通过荧光定量PCR的方式检测RNA的表达及变化；通过IP后的northernblot对RNA进行检测；通过点击反应及冷冻电镜对RNA的结构进行观察。应用本专利技术的技术方案，本申请通过将原来在碱基上进行修饰的方式，转化为在核糖上进行修饰，并采用鸟嘌呤核苷酸进行代谢标记，在鸟嘌呤核苷酸的核糖的第2位的碳上以叠氮基团取代羟基。该探针不仅能够实现原核RNA的代谢标记及在显微成像、新生RNA的提取测序等诸多方面的应用，而且能够实现对真核RNA的代谢标记，因而也能进一步应用于对真核RNA代谢的相关研究中。附图说明构成本申请的一部分的说明书附图用来提供对本专利技术的进一步理解，本专利技术的示意性实施例及其说明用于解释本专利技术，并不构成对本专利技术的不当限定。在附图中：图1示出的是本专利技术的实施例1中三种改进探针2’-Az-U、2’-Az-C和2’-Az-G对肺炎克雷伯菌(KlebsiellaPneumoniae)RNA代谢标记结果；图2示出的是本专利技术的实施例1中三种改进探针2’-Az-U、2’-Az-C和2’-Az-G对金黄色葡萄球菌(Staphylococcusaureus)RNA代谢标记结果；图3示出的是本专利技术的实施例1中三种改进探针2’-Az-U、2’-Az-C和2’-Az-G对鲍曼不动杆菌(AcinetobacterBaumannil)RNA代谢标记结果；图4示出的是本专利技术的实施例1中三种改进探针2’-Az-U、2’-Az-C和2’-Az-G对枯草芽孢杆菌(Bacillussubtills)RNA代谢标记结果；图5示出的是本专利技术的实施例1中三种改进探针2’-Az-U、2’-Az-C和2’-Az-G对红球菌(Rhodococcus)RNA代谢标记结果；图6示出的是本专利技术的实施例1中三种改进探针2’-Az-U、2’-Az-C和2’-Az-G对沙门氏菌(Salmonella)RNA代谢标记结果。图7示出的是本专利技术的实施例2中三种改进探针2’-Az-U、2’-Az-C和2’-Az-G对人纤维肉瘤细胞HT1080的RNA代谢标记结果；图8示出的是本专利技术的实施例2中三种改进探针2’-Az-U、2’-Az-C和2’-Az-G对小鼠神经瘤母细胞N2a的RNA代谢标记结果；图9示出了根据本专利技术的实施例3中本申请的2’-Az-G探针对RNA和DNA进行代谢标记的检测结果图；图10示出了根据本专利技术的实施例4中本申请的探针2’-Az-G与两种不同的配体正交反应后对RNA进行代谢标记的检测结果图；图11示出了根据本专利技术的实施例5中利用本申请的探针2’-Az-G能够利用荧光成像的方式检测RNA代谢的结果图；图12示出了根据本专利技术的实施例6中利用本申请的探针2’-Az-G能够利用共聚焦显微镜观察对RNA代谢的结果图；图13示出了本专利技术的实施例7中本申请的探针2’-Az-G对大肠杆菌毒性的检测结果图；以及图14出了本专利技术的实施例8中本申请的探针2’-Az-G对大肠杆菌新生RNA表达状态的影响。具体实施方式需要说明的是，在不冲突的情况下，本申请中的实施例及实施例中的特征可以相互组合。下面将结合实施例来详细说明本专利技术。生物正交反应：指那些能够在活体细胞或组织中，能够在不干扰生物自身生化反应条件下，可以进行的化学反应。用于研究核酸、蛋白质或脂质等生物大分子。如
技术介绍
所提到的，现有的RNA标记探针均不能很好的实现原核RNA的代谢标记。本申请的专利技术人对现有的RNA标记探针进行实验，发现由于4SU在大肠杆菌特定tRNA位置天然存在，并且对大肠杆菌的生长存在一定的影响，导致不适合用于原核标记。而EU对大肠杆菌也具有明显的毒性，且标记强度并不强。因此到目前为止，原核中的RNA尚未有合适的探针实现代谢标记。为了改进这一现状，专利技术人对现有的RNA代谢标记探针进行了改进，并发现通过改进探针的修饰位点，将原来在碱基上进行修饰的方式转化为在核糖上进行修饰，并且尝试了在A、T、C和G四种不同核糖核苷酸的核糖上进行修饰的探针对原核RNA代谢的标记效果，通过实验证明，新开发的在G核糖核苷酸的核糖上进行修饰的探针不仅能很好地实现对原核RNA的代谢标记，而且实现多种原核中RNA的标记，并可以成功实现原核RNA的荧光成型。借助改进的探针，能够实现对原核中新生成RNA的提取与研究从而可用于探究在某些外界刺激或者复杂体系中，微生物做本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种RNA代谢标记探针，其特征在于，所述RNA代谢标记探针为鸟嘌呤核苷酸类似物，所述鸟嘌呤核苷酸类似物是在鸟嘌呤核苷酸的核糖的第2位C上的-OH被-N

【技术特征摘要】
1.一种RNA代谢标记探针，其特征在于，所述RNA代谢标记探针为鸟嘌呤核苷酸类似物，所述鸟嘌呤核苷酸类似物是在鸟嘌呤核苷酸的核糖的第2位C上的-OH被-N3取代。


2.一种RNA代谢标记试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求1所述的RNA代谢标记探针。


3.权利要求1所述的RNA代谢标记探针或者权利要求2所述的试剂盒在对RNA进行代谢标记中的应用。


4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述RNA为原核RNA或真核RNA。


5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述原核RNA包括来源于如下任一种细胞的RNA：肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌、鲍曼不动杆...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈兴，孟丽莹，黄蓉冰，郭怡兰，
申请(专利权)人：北京大学，
类型：发明
国别省市：北京;11