一种基于细菌16S rDNA序列的快速核酸提取测序鉴定方法技术

本发明专利技术公开了一种基于细菌16S rDNA序列的快速核酸提取测序鉴定方法，属于核酸测序鉴定方法技术领域。它包括以下步骤：(1)提取样品中的DNA；(2)以步骤(1)提取的DNA作为待检测DNA模板，采用16S rDNA序列扩增的通用引物，在PCR反应试剂盒中进行PCR扩增反应；(3)分析PCR扩增产物。本发明专利技术提供一种适用范围广、通量高、检出阳性率高而且成本低的细菌基因组粗提方法，用于PCR扩增细菌16S rDNA，然后进行测序、鉴定菌种，整个操作快速、简便，且对设备要求低，可扩增细菌16s rDNA全长序列，能够覆盖革兰氏阳性菌和阴性菌，且鉴定成功率高，并对菌种的量要求不高，此外通量高，可同时处理多达几百个样品。

【技术实现步骤摘要】
一种基于细菌16SrDNA序列的快速核酸提取测序鉴定方法
本专利技术属于核酸测序鉴定方法
，具体地说，涉及一种基于细菌16SrDNA序列的快速核酸提取测序鉴定方法。
技术介绍
16SrDNA鉴定是指用利用细菌16SrDNA序列测序的方法对细菌进行种属鉴定，是一种快速获得细菌种属信息的方法。它包括细菌基因组DNA提取、16SrDNA特异引物PCR扩增、扩增产物纯化、DNA测序、序列比对等步骤。细菌rRNA(核糖体RNA)按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23SrRNA。16SrDNA是细菌染色体上编码16SrRNA相对应的DNA序列。16SrDNA由于大小适中，约1.5Kb左右，既能体现不同菌属之间的差异，又能利用测序技术较容易地得到其序列，故被细菌学家和分类学家接受。在16SrRNA分子中，可变区序列因细菌不同而异，恒定区序列基本保守，所以可利用恒定区序列设计引物，将16SrDNA片段扩增出来，利用可变区序列的差异来对不同菌属、菌种的细菌进行分类鉴定。16SrDNA序列的前500bp序列变化较大，包含有丰富的细菌种属本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于细菌16S rDNA序列的快速核酸提取测序鉴定方法，其特征在于：/n包括以下步骤：/n(1)提取样品中的DNA；/n(2)以步骤(1)提取的DNA作为待检测DNA模板，采用16S rDNA序列扩增的通用引物，在PCR反应试剂盒中进行PCR扩增反应；/n(3)分析PCR扩增产物。/n

【技术特征摘要】
1.一种基于细菌16SrDNA序列的快速核酸提取测序鉴定方法，其特征在于：
包括以下步骤：
(1)提取样品中的DNA；
(2)以步骤(1)提取的DNA作为待检测DNA模板，采用16SrDNA序列扩增的通用引物，在PCR反应试剂盒中进行PCR扩增反应；
(3)分析PCR扩增产物。


2.根据权利要求1所述的基于细菌16SrDNA序列的快速核酸提取测序鉴定方法，其特征在于：
步骤(1)中样品为待鉴定细菌菌株的平板划线菌或者培养物。


3.根据权利要求2所述的基于细菌16SrDNA序列的快速核酸提取测序鉴定方法，其特征在于：
步骤(1)中样品中DNA的提取方法为将平板划线菌或者培养物加入试管中，其中每个试管中加入20uL细胞裂解液振荡混匀，室温下静置10min-30min，接着稀释10倍-50倍，并再次振荡混匀，然后高速离心2min，取离心后的上清液作为待检测DNA模板。


4.根据权利要求3所述的基于细菌16SrDNA序列的快速核酸提取测序鉴定方法，其特征在于：
所述细胞裂解液为氢氧化钠溶液与十二烷基硫酸钠溶液的混合液，其中氢氧化钠溶液的质量浓度为0.1M-0.5M，其中十二烷基硫酸钠溶液的质量百分比浓度为1％-3％。


5.根据权利要求1所述的基于细菌16SrDNA序列的快速核酸提取测序鉴定方法，其特征在于：
步骤(2)中所述通用引物如下：
所述通用引物的上游引物27F如SEQIDNo.1所示，
所述通用引物的下游引物1492R如SEQIDNo.2所示。


6.根据权利要...

【专利技术属性】
技术研发人员：翟晓红，韩显，徐文彦，徐换，陈天明，
申请(专利权)人：北京睿博兴科生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11