一种甲基化核酸的检测方法技术

本发明专利技术提供了一种甲基化核酸的检测方法，包括如下步骤：1)将2个以上核酸样品连接上带不同标签的测序接头，混合，得混合核酸样品；2)将混合核酸样品、不带测序接头的filler DNA和带测序接头的spike‑in混合；3)使用加热后冷却的方式得到单链核酸；4)使用识别甲基化DNA的抗体捕获甲基化核酸；5)测序。本发明专利技术的方法可以在保证甲基化捕获效率的同时，极大地提高实验效率(每管中的反应可检测多个样本)，降低试验成本(m6A抗体、捕获磁珠、DNA纯化磁珠用量大幅减少，同时节约了filler DNA的用量)，省略了spike‑in的qPCR定量检测步骤，减少了测序样本在测序前的消耗，相比现有的cfMeDIP‑seq技术有较大提升。

A detection method of methylated nucleic acid

【技术实现步骤摘要】
一种甲基化核酸的检测方法
本专利技术属于核酸检验领域。
技术介绍
游离DNA(cell-freeDNA，cfDNA)是被正常或肿瘤组织释放到血液循环中的DNA片段，检测cfDNA逐渐成为肿瘤诊断的重要辅助手段。cfDNA的甲基化，是cfDNA检测的一项重要内容。MeDIP-seq(甲基化DNA免疫共沉淀测序技术)是一项常用的甲基化DNA检测技术，其原理是利用能特异性识别甲基化DNA的抗体捕获具有甲基化修饰的DNA片段，然后对捕获片段进行二代测序。该方法难以应用于cfDNA的检测，因为待测样本中cfDNA含量极低(通常低于10ng/ml血浆)，而MeDIP-seq的最低上样量是160-300ng。ShuYiShen等在MeDIP-seq的基础上，专利技术了cfMeDIP-seq(游离核酸甲基化DNA免疫共沉淀测序)技术，通过在cfDNA中加入完全甲基化及未甲基化的已知Lamda噬菌体DNA片段，实现了游离核酸中的甲基化DNA片段的捕获并进行测序分析。进一步地，该方法的技术路线如下：首先，将cfDNA加连接上Illumina二代测序本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种甲基化核酸的检测方法，其特征在于，包括如下步骤：/n1)将2个以上核酸样品连接上带不同标签的测序接头，得混合核酸样品，再与fillerDNA、带测序接头的spike-in混合；/n2)使用加热后冷却的方式得到单链核酸；/n3)使用识别甲基化DNA的抗体捕获甲基化核酸；/n4)使用与核酸样品和spike-in的测序接头相匹配的测序引物，对捕获到的甲基化核酸进行DNA测序；/nfiller DNA是序列已知的DNA，包括甲基化修饰的DNA以及未被甲基化修饰的DNA；/nspike-in是序列已知的DNA，包括甲基化修饰的DNA、羟甲基化修饰的DNA以及未被甲基化修饰的DNA；/nspike...

【技术特征摘要】
1.一种甲基化核酸的检测方法，其特征在于，包括如下步骤：
1)将2个以上核酸样品连接上带不同标签的测序接头，得混合核酸样品，再与fillerDNA、带测序接头的spike-in混合；
2)使用加热后冷却的方式得到单链核酸；
3)使用识别甲基化DNA的抗体捕获甲基化核酸；
4)使用与核酸样品和spike-in的测序接头相匹配的测序引物，对捕获到的甲基化核酸进行DNA测序；
fillerDNA是序列已知的DNA，包括甲基化修饰的DNA以及未被甲基化修饰的DNA；
spike-in是序列已知的DNA，包括甲基化修饰的DNA、羟甲基化修饰的DNA以及未被甲基化修饰的DNA；
spike-in与fillerDNA序列不同；
步骤1)所述的混合核酸样品和fillerDNA的DNA含量总和不低于100ng。


2.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述fillerDNA中甲基化修饰的DNA以及未被甲基化修饰的DNA的质量比是15∶85到85∶15；优选地，为1∶1。


3.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述spike-in中甲基化修饰的DNA、羟甲基化修饰的DNA以及未被甲基化修饰的DNA的质量比是(1～2)∶(1～2)∶(1～2)；优选地，为1∶1∶1。


4.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述fillerDNA是用序列如SEQIDNO.1-2、3-4、5...

【专利技术属性】
技术研发人员：谢丹，曹凤，张俊，
申请(专利权)人：四川大学华西医院，
类型：发明
国别省市：四川;51