一种BRCA1/2基因变异的解读方法技术

本申请公开了一种BRCA1/2基因变异的解读方法。该方法包括：统一BRCA1/2基因变异组学信息及建立评级打分系统。本发明专利技术所提供的BRCA1/2基因变异解读方法，首次将BRCA1/2胚系突变和体细胞突变的变异解读方法进行整合，根据BRCA1/2的变异特点，增加必要证据模块，去除不符合解读的证据模块。此方法更贴近临床需求，更易于解读的流程化，尤其适合未被数据库公开收录及意义不明确的变异的解读。

An interpretation method of BRCA1 / 2 gene variation

【技术实现步骤摘要】
一种BRCA1/2基因变异的解读方法
本专利技术涉及基因数据变异解读领域，更具体涉及一种BRCA1/2基因变异的解读方法。
技术介绍
BRCA1/2基因是重要的抑癌基因，通过同源重组修复(homologousrecombinationrepair,HRR)途径对于DNA双链断裂进行修复，由于基因突变导致的BRCA1/2基因功能缺陷，修复功能受阻，临床上表现为某些类型肿瘤的发生。因此，BRCA1/2基因变异情况是评估乳腺癌(男性及女性)、卵巢癌、前列腺癌等其它肿瘤发病风险、PARP(polyADP-ribosepolymerase)是否获益的关键标志物，也是评价预后、化疗药物敏感性、制定个体化治疗方案的重要辅助评价指标，具有十分重要的临床意义。BRCA1(NM_007294.3)和BRCA2(NM_000059.3)基因编码区域长度分别为5592bp及10257bp，无明确热点变异区域。按照ACMG/AMP致病等级分级和ENIGMA变异分类标准，BRCA1/2基因变异可分为5类：致病的(5类)，可能致病的(4类)，意义不明确的(3类)，可能良性的(2类)及良性的(1类)。其中5类和4类的胚系(gBRCAm)和体细胞突变(sBRCAm)都是具有临床参考意义的变异类型。目前，BRCA1/2变异解读规则未能实现完全统一。BRCAENIGMA数据库在2017年建立了解读规则，同年，BRCA数据解读中国专家组也针对BRCA1/2建立了国内的专家共识。但两种解读规则未考虑到变异为胚系突变时，应分析家系共分离的情况。还有一些机构使用ACMG/AMP协会于2015年针对单基因遗传病制定的解读标准，但此标准不完全适用于BRCA1/2的解读并且不能针对体细胞突变进行注释。国际上已有多个数据库收集变异位点并进行注释，其中包括Clinvar、LOVD、BRCAexchange、OncoKB等，但变异位点的解读规则没有统一的评级标准，存在主观判读因素，增加了临床应用的困难。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种可用于BRCA1/2胚系突变和体细胞突变的基因变异解读方法，统一评级标准，使解读过程更容易流程化，更加匹配临床需求。进一步地，将BRCA1/2变异信息按照HGVS格式要求输出到注释文件，注释文件信息包括：基因名称、转录本信息、染色体编号、基因组位置、HGVS格式碱基变化、HGVS格式氨基酸变化、变异类型、人群频率、软件预测、参考数据库的变异注释信息。进一步地，BRCA1/2变异致病分类、变异分类及致病概率包括：致病的(Pathogenic)，5类，致病概率为＞0.99，可能致病的(LikelyPathogenic)，4类，致病概率为0.95～0.99；意义不明确的(UncertainSignificance)，3类，致病概率为0.05～0.949；可能良性的(LikelyBenign)，2类，致病概率0.001～0.049；良性(Benign)，1类，致病概率为＜0.001。进一步地，按照致病性变异证据由强到弱顺序可分为4个等级：非常强(PVS1)、强(PS1～PS6)、中等(PM1～PM5)及支持证据(PP)；良性变异证据由强到弱分为3个等级：独立证据(BA)、强(BS1～BS4)及支持证据(BP1～BP6)。进一步地，优化PVS1证据模块内容，增加2个证据注释，包括：(1)需考虑可能恢复BRCA1/2基因功能的自然存在的框内RNA异构体的变异；(2)需考虑在出现起始密码子发生变异时，其它转录本中是否有可以使用的起始密码子。进一步地，对原ACMG/AMP中描述的BRCA1/2外显子交界区域变异位点进行更新，去掉BRCA1c.442-1及BRCA2c.670+1的变异。进一步地，优化PS证据模块内容，增加2个证据模块，包括：(1)变异经mRNA水平的实验证实能够改变剪接(PS5)；(2)移除密码子的小片段框内缺失变异情况(PS6)。进一步地，优化PM证据模块内容，明确3个证据模块，包括：(1)关注BRCA1/2重要结构域，BRCA1基因的Ring(氨基酸起始及终止：1～101)和BRCT(氨基酸起始及终止：1650～1863)结构域及外显子边界，BRCA2基因的DBD(氨基酸起始及终止：2481～3186)结构域及外显子边界(PM1)；(2)使用gnomAD、1000Genome、ExAC数据库作为人群频率参考数据库(PM2)；(3)去除原ACMG/AMP指南中PM3关于隐性遗传病的描述。进一步地，优化PP证据模块内容，修正2条证据，包括：(1)去除原ACMG/AMP指南中PP2关于突变类型与造成疾病发生原因的描述；(2)确定可靠信誉来源的支持性数据库为BRCAExchange、LOVD、ClinVar、dbBRCA及OncoKB(PP4)。进一步地，优化BA证据模块内容，修正BA证据模块，包括：使用gnomAD、1000Genome、ExAC数据库作为人群频率参考数据库(BA1)。进一步地，优化BS证据模块内容，修正BS证据模块，包括：修正BS2于早期疾病完全外显的描述，更改为该变异编码的氨基酸改变与已确认的1类良性变异相同，但发生改变的基础核苷酸不同，且无证据表明该变异会导致剪切事件。进一步地，优化BP证据模块内容，修正2条证据，包括：(1)去除原ACMG/AMP指南中BP1关于变异类型与疾病关联性的描述；(2)确定可靠信誉来源的支持性数据库为BRCAExchange、LOVD、ClinVar、dbBRCA及OncoKB(PP4)。进一步地，使用FATHMM_MKL和dbscSNV软件对剪切位点变异进行预测。进一步地，当BRCA1/2变异为体细胞突变时，PS2、PM5、PP1、PP3、BS4、BP2证据不参与变异评级。本专利技术所提供的BRCA1/2变异解读方法，首次将胚系突变和体细胞突变的解读流程进行整合，根据BRCA1/2的变异特点，增加必要证据模块，去除不符合解读的证据模块。此方法更贴近临床需求，更易于解读的流程化。具体实施方式为了使本
的人员更好地理解本申请方案，下面将结合申请实施例对本技术方案进行清楚完整的描述，显然，所描述的实施例仅仅是本申请一部分的实施例，而不是全部的实施例。基于本申请中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动的前提下所获得的所有其他实施例，都应当属于本申请保护的范围。术语解释：HGVS：人类基因组变异协会(HGVS:HumanGenomeVariationSociety)，其建立的命名规则目的在于对基因信息、转录信息、蛋白信息的变异情况给予标准化的命名方式，形成国际学术界通用的规范。IARC：国际癌症研究机构(InternationalAgencyforResearchonCancer),致力于癌症病因的研究，全球范围内癌症流行病学本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种BRCA1/2基因变异的解读方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：/nS1.创建BRCA1/2变异信息的注释文件；/nS2.确定BRCA1/2变异致病等级分类、变异分类及致病概率；/nS3.对变异证据进行分级，优化证据模块内容，建立变异解读规则；/nS4.获得判读结果。/n

【技术特征摘要】
1.一种BRCA1/2基因变异的解读方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
S1.创建BRCA1/2变异信息的注释文件；
S2.确定BRCA1/2变异致病等级分类、变异分类及致病概率；
S3.对变异证据进行分级，优化证据模块内容，建立变异解读规则；
S4.获得判读结果。


2.根据权利要求1所述的解读方法，其特征在于，创建BRCA1/2变异信息的注释文件包括：
将BRCA1/2变异信息按照HGVS格式要求输出到注释文件。
优选地，注释文件信息包括：基因名称、转录本信息、染色体编号、基因组位置、HGVS格式碱基变化、HGVS格式氨基酸变化、变异类型、人群频率、软件预测、参考数据库的变异注释信息。


3.根据权利要求1所述的解读方法，其特征在于，确定BRCA1/2变异致病等级分类、变异分类及致病概率包括：
BRCA1/2变异致病分类、变异分类及致病概率由强到弱分为5类包括：致病的(Pathogenic)，5类，致病概率为＞0.99，可能致病的(LikelyPathogenic)，4类，致病概率为0.95～0.99；意义不明确的(UncertainSignificance)，3类，致病概率为0.05～0.949；可能良性的(LikelyBenign)，2类，致病概率0.001～0.049；良性(Benign)，1类，致病概率为＜0.001。


4.根据权利要求1所述的解读方法，其特征在于，对变异证据进行分级，包括：
按照致病性变异证据由强到弱顺序可分为4个等级：非常强(PVS1)、强(PS1～PS6)、中等(PM1～PM5)及支持证据(PP)；良性变异证据由强到弱分为3个等级：独立证据(BA)、强(BS1～BS4)及支持证据(BP1～BP6)。


5.根据权利要求1所述的解读方法，其特征在于，优化PVS1证据模块内容，增加2个证据注释，包括：
(1)需考虑可能恢复BRCA1/2基因功能的自然存在的框内RNA异构体的变异；
(2)需考虑在出现起始密码子发生变异时，其它转录本中是否有可以使用的起始密码子。


6.根据权利要求5所述的对PVS1证据模块内容进行优化，其特征在于，对原ACMG/AMP中描述的BRCA1/2外显子交界区域变异位点进行更新，去掉BRCA1c.442-1及BRCA2c.670+1的变异。


7.根据权利要求1所述的解读方法，其特征在于，优化PS证据模块内容，增加2个证据模块，包括：
(1)变异经mR...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘歆，张嘉钰，林姝宏，张宏飞，殷楠楠，宋金宇，方超，
申请(专利权)人：杭州联川基因诊断技术有限公司，
类型：发明
国别省市：浙江;33