一种血型基因分型方法和装置及存储介质制造方法及图纸

一种血型基因分型方法和装置及存储介质，该方法包括：获取待检样本的血型基因全长序列的测序数据；从测序数据提取血型基因上的每个SNP位点分型，根据全部SNP位点分型的排列确定待检样本的血型基因分型序列；将血型基因分型序列比对到血型型别数据库，获得最优匹配的血型型别，其中血型型别数据库包括一系列由任意两个血型等位基因组合而成的血型型别。该方法针对血型基因全长序列进行检测，能够精准分型到血型的所有等位基因，解决了二代测序在血型分型上的难题。

A blood group genotyping method, device and storage medium

【技术实现步骤摘要】
一种血型基因分型方法和装置及存储介质
本专利技术涉及血型分型
，具体涉及一种血型基因分型方法和装置及存储介质。
技术介绍
单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphism，SNP)，指的是由单个核苷酸-A、T、C或G的改变而引起的DNA序列的改变，造成包括人类在内的物种之间染色体基因组的多样性。人类遗传基因的各种差异，90％可归因于SNP引起的基因变异，因而SNP广泛被用于各种领域。人类ABO血型基因位于9号染色体(9q34.1～34.2)，由A、B和O三个复等位基因控制，总长大约为18～20kb，有7个外显子，编码产生糖基转移酶，作用于血清H物质(H物质是由19号染色体上FUT基因座编码的α2-L-岩藻糖转移酶作用于血型前体物质而产生)而形成A或B抗原结合于红细胞表面，得到A、B、O、AB四种血型。根据NCBI数据库以A血型等位基因A101为参考序列，其他血型等位基因体现为SNP的改变，如A102等位基因与A101等位基因相比只是467位的单个碱基替换，O01等位基因，表现为在6号外显子261位碱基缺失以及其他几个内含子中的单碱基改变。现有ABO血型分型方法PCR-SSP(PCR-序列特异性引物)和PCR-SBT(基于PCR测序的分型方法)，前者需要进行多管扩增，需要进一步改进技术可进行单管扩增。后者主要集中于6、7号外显子进行扩增，由于该方法是使用PCR扩增，而6、7号外显子的单核苷酸多态性非常集中，而各个ABO血型之间的差别可能仅由单个或几个单核苷酸的差异引起，所以该方法容易导致单核苷酸多态性位点的漏检，引起血型基因型的误判。现有的ABO血型分型方法并无法分型到血型数据库中所有ABO血型的等位基因，对ABO血型不同等位基因的科学研究作用不大。随着测序技术的发展，二代测序技术(NextGenerationalSequencing，NGS)为高通量、低成本的精准ABO血型分型提供了新的思路和平台，使用二代测序技术研究和解决生命科学问题的日益渐多。利用高通量测序方法对血型进行分型的研究主要通过靶向获取ABO基因6、7号外显子区域进行高通量测序，分型ABO的等位基因，并无考虑到ABO内含子的差别。目前尚无针对二代测序结果进行ABO全部等位基因分型的方法。
技术实现思路
本专利技术提供一种血型基因分型方法和装置及存储介质，针对血型基因全长序列进行检测，能够精准分型到血型的所有等位基因，解决了二代测序在血型分型上的难题。根据第一方面，一种实施例中提供一种血型基因分型方法，包括：获取待检样本的血型基因全长序列的测序数据；从上述测序数据提取血型基因上的每个SNP位点分型，根据全部SNP位点分型的排列确定上述待检样本的血型基因分型序列；将上述血型基因分型序列比对到血型型别数据库，获得最优匹配的血型型别，其中上述血型型别数据库包括一系列由任意两个血型等位基因组合而成的血型型别。优选地，上述血型基因是ABO血型基因。优选地，上述测序数据是第二代高通量测序数据或Sanger测序数据。优选地，上述血型基因全长序列通过探针捕获法获得。优选地，上述血型基因是ABO血型基因，其等位基因的数量是N个，上述血型型别的数量是N*N个；优选地，N为336；更优选地，上述等位基因包括表1上述的全部等位基因。优选地，上述等位基因包括外显子上的SNP和内含子上的SNP。优选地，上述将上述血型基因分型序列比对到血型型别数据库，获得最优匹配的血型型别，包括：将血型基因分型序列的每个SNP位点分型分别与上述血型型别数据库中相应的位点进行比对，若该位点与上述血型型别数据库中相应的位点一致，则记录一致分型位点；若该位点信息缺失，则记录为无分型信息；选择一致分型位点最多的血型型别，作为最优匹配的血型型别。优选地，上述血型型别数据库通过如下方法构建：从血型等位基因数据库获取全部血型等位基因，并且两两组合形成血型型别，上述血型等位基因上具有SNP位点，上述SNP位点的位置按照其在外显子或内含子上的碱基位数记录；将上述按照碱基位数记录的SNP位点的位置转换成参考基因组的绝对位置，得到上述血型型别数据库。根据第二方面，一种实施例中提供一种血型基因分型装置，包括：测序数据获取单元，用于获取待检样本的血型基因全长序列的测序数据；分型序列确定单元，用于从上述测序数据提取血型基因上的每个SNP位点分型，根据全部SNP位点分型的排列确定上述待检样本的血型基因分型序列；分型序列比对单元，用于将上述血型基因分型序列比对到血型型别数据库，获得最优匹配的血型型别，其中上述血型型别数据库包括一系列由任意两个血型等位基因组合而成的血型型别。根据第三方面，一种实施例中提供一种计算机可读存储介质，包括程序，该程序能够被处理器执行以实现如本专利技术第一方面的方法。本专利技术的血型基因分型方法，针对血型基因全长序列进行检测，通过将待检样本的血型基因分型序列比对到血型型别数据库，获得最优匹配的血型型别，而血型型别数据库是包含了所有血型等位基因组合的数据库，使用本方法能够精准分型到血型的所有等位基因，解决了二代测序在血型分型方面等位基因覆盖不全面的难题。附图说明图1为本专利技术实施例的血型基因分型方法流程图；图2为本专利技术实施例中待测样本的血型基因分型序列与血型型别数据库比对原理图；图3为本专利技术实施例的血型基因分型装置结构框图。具体实施方式下面通过具体实施方式结合附图对本专利技术作进一步详细说明。在以下的实施方式中，很多细节描述是为了使得本专利技术能被更好的理解。然而，本领域技术人员可以毫不费力的认识到，其中部分特征在不同情况下是可以省略的，或者可以由其他元件、材料、方法所替代。另外，说明书中所描述的特点、操作或者特征可以以任意适当的方式结合形成各种实施方式。同时，方法描述中的各步骤或者动作也可以按照本领域技术人员所能显而易见的方式进行顺序调换或调整。因此，说明书和附图中的各种顺序只是为了清楚描述某一个实施例，并不意味着是必须的顺序，除非另有说明其中某个顺序是必须遵循的。本专利技术实施例中提供一种血型基因分型方法，针对血型基因全长序列进行检测，能够精准分型到血型的所有等位基因，解决了二代测序在血型分型上的难题。本专利技术的方法可用于具有明确的等位基因数据库的任何血型分型，包括但不限于ABO血型、Rh血型和MN血型等，尤其是ABO血型分型。对于ABO血型分型，利用探针捕获ABO基因全长基因后进行测序，根据构建的等位基因数据库，快速精准分型，在成本和时间上比传统的血清学分型和PCR方法的成本高，但是分型准确度更高，等位基因覆盖更全面。如图1所示，一种实施例中提供一种血型基因分型方法，包括：S101：获取待检样本的血型基因全长序列的测序数据。本专利技术实施例中，待检样本可以是来源于任何人的样本，例如人体检样本，通过本专利技术的方法能够确定体检者的血型精本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种血型基因分型方法，其特征在于，所述方法包括：/n获取待检样本的血型基因全长序列的测序数据；/n从所述测序数据提取血型基因上的每个SNP位点分型，根据全部SNP位点分型的排列确定所述待检样本的血型基因分型序列；/n将所述血型基因分型序列比对到血型型别数据库，获得最优匹配的血型型别，其中所述血型型别数据库包括一系列由任意两个血型等位基因组合而成的血型型别。/n

【技术特征摘要】
1.一种血型基因分型方法，其特征在于，所述方法包括：
获取待检样本的血型基因全长序列的测序数据；
从所述测序数据提取血型基因上的每个SNP位点分型，根据全部SNP位点分型的排列确定所述待检样本的血型基因分型序列；
将所述血型基因分型序列比对到血型型别数据库，获得最优匹配的血型型别，其中所述血型型别数据库包括一系列由任意两个血型等位基因组合而成的血型型别。


2.根据权利要求1所述的血型基因分型方法，其特征在于，所述血型基因是ABO血型基因。


3.根据权利要求1所述的血型基因分型方法，其特征在于，所述测序数据是第二代高通量测序数据或Sanger测序数据。


4.根据权利要求1所述的血型基因分型方法，其特征在于，所述血型基因全长序列通过探针捕获法获得。


5.根据权利要求1所述的血型基因分型方法，其特征在于，所述血型基因是ABO血型基因，其等位基因的数量是N个，所述血型型别的数量是N*N个；优选地，N为336；更优选地，所述等位基因包括表1所述的全部等位基因。


6.根据权利要求1所述的血型基因分型方法，其特征在于，所述等位基因包括外显子上的SNP和内含子上的SNP。


7.根据权利要求1所述的血型基因分型方法，其特征在于，所述将所述血型基因分型序列比对到血型型别数据库，获得最优匹配的血型型别，...

【专利技术属性】
技术研发人员：李生斌，常辽，巫文才，
申请(专利权)人：深圳华大法医科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44