一种线粒体全基因组基因型检测方法及其应用技术

本发明专利技术提供了一种基于多重PCR扩增测序的线粒体全基因组基因型检测方法及其应用。具体的，包括：构建参考序列集，该参考序列集包括进行了延伸处理的线粒体基因组参考序列以及核线粒体序列；将测序结果与该参考序列集进行比对，根据比对情况进行评价，得到比对结果，评价的罚分设定原则为错配和开gap同时存在时，以开gap作为最优比对结果；进行多重PCR引物处理，并基于处理后的引物将比对后的reads进行数据过滤，数据过滤包括非特异扩增reads过滤；根据过滤后的reads进行基因型分析，包括对reads中的插入和缺失进行右对齐、引物序列去除和位点基因型的引物特异性校正。本发明专利技术的检测方法通过一系列的处理和过滤，能够有效的提高线粒体全基因组基因型检测的准确性。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及线粒体基因组分析领域，具体涉及一种基于多重pcr扩增测序的线粒体全基因组基因型检测方法及其相关应用。

技术介绍

1、目前线粒体全基因组变异检测技术主要有五大类：基于pcr扩增线粒体dna产物sanger测序、线粒体全基因组二代(next-generation sequencing，ngs)测序、基于多重pcr扩增的线粒体全基因组测序、基于探针捕获的线粒体全基因组测序和基于第三代测序技术的线粒体全基因组测序。具体的，基于pcr扩增线粒体dna产物sanger测序：首先提取总dna，设计能够覆盖线粒体全基因组的引物，然后应用pcr技术扩增出线粒体基因组，经纯化后通过sanger测序的方法得到线粒体序列，最后与线粒体参考序列进行比较分析，得到线粒体全基因组位点的基因型结果。线粒体全基因组二代测序：首先提取总dna，直接与核dna一起或者应用长距离pcr技术扩增出线粒体基因组，经随机打断成小片段化后构建小片段测序文库并进行高通量测序，最后将得到的测序reads比对到线粒体参考序列，进而得到线粒体全基因组位点的基因型结果。基于多重pcr扩增的线粒体全基本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基于多重PCR扩增测序的线粒体全基因组基因型检测方法，其特征在于，所述方法包括：

2.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述延伸处理包括：将线粒体基因组参考序列的起始端序列加入到其末尾进行序列延伸，延伸长度参考测序读长。

3.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述评价中的罚分机制为降低开gap和gap延伸的罚分，同时提升错配的罚分。

4.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述多重PCR引物处理包括分析多重PCR引物在线粒体基因组上的位置信息，针对在线粒体基因组位置上扩增片段有重叠的引物对，对最靠近重叠区域的上游引物和下游引物的...

【技术特征摘要】

1.一种基于多重pcr扩增测序的线粒体全基因组基因型检测方法，其特征在于，所述方法包括：

2.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述延伸处理包括：将线粒体基因组参考序列的起始端序列加入到其末尾进行序列延伸，延伸长度参考测序读长。

3.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述评价中的罚分机制为降低开gap和gap延伸的罚分，同时提升错配的罚分。

4.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述多重pcr引物处理包括分析多重pcr引物在线粒体基因组上的位置信息，针对在线粒体基因组位置上扩增片段有重叠的引物对，对最靠近重叠区域的上游引物和下游引物的3’端进行若干碱基的位置延伸；

5.如权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述非特异扩增reads过滤包括：1)reads中对应引物序列的错配数阈值判断，对于所述reads中与其引物对应序列的比对错配数进行第一阈值判断，若错配数高于第一阈值，则过滤该reads；2)对于符合所述1)中错配数阈值判断...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄飞，李博文，程莹莹，肖彩云，李海成，高升杰，郭小森，
申请(专利权)人：深圳华大法医科技有限公司，
类型：发明
国别省市：