【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用异双功能性化合物进行的可调节的内源性蛋白质降解相关申请案本申请主张2017年2月8日提交的临时美国专利申请案第62/456,654号和2017年2月9日提交的临时美国专利申请案第62/457,127号的权益。这些申请案的全部内容通过引用并入本文以进行所有目的。引用方式而并入名称为“16010-025WO1_sequencelisting_ST25.txt”的文本文件的内容是在2018年1月26日创建，大小为287千字节，通过引用方式整体并入本文。
本专利技术描述了使用靶向蛋白降解调节内源性表达蛋白质的方法、化合物和组合物。
技术介绍
已经开发了许多工具来操纵基因表达以询问感兴趣的基因或蛋白质的功能。例如，诸如RNA干扰和反义脱氧寡核苷酸的技术通常用于破坏RNA和DNA水平的蛋白质表达。同源重组或功能丧失突变可以使用锌指核酸酶、转录激活因子样效应核酸酶(TALEN)或聚集调节间隙短回文重复(CRISPR)-Cas9进行位点特异性双股断裂(Cheng,J.K.andAlper,H.S.,“Thegenomeeditingtoolbox:aspectrumofapproachesfortargetedmodification”Curr.Opin.Biotechnol.,30C，(2014):87-94；和Grahametal.,GenBiol，(2015):16:260)。CRISPR-Cas9系统已用于通过将特定突变并入感兴趣的基因来调节内源性基因表达(参见，例如，Loetal.,Gen...
【技术保护点】
1.一种转化细胞，包括：/n基因组整合的核酸序列，其编码能够被异双功能性化合物结合的异双功能性化合物靶向蛋白；/n其中该dTAG包括衍生自EGFR、BCR-ABL、ALK、JAK2、BRAF、Src、LRRK2、PDGFRα或RET的氨基酸序列；/n其中该编码dTAG的核酸序列与编码内源性蛋白质的基因的核酸序列以5'或3'方向基因组框内整合；/n其中该编码内源性蛋白质的基因的表达产生内源性蛋白质-dTAG杂合蛋白；/n其中该异双功能性化合物能够a)通过该dTAG结合该内源性蛋白质-dTAG杂合蛋白和b)以使该内源性蛋白质-dTAG杂合蛋白接近泛素连接酶的方式结合该泛素连接酶；/n其中该内源性蛋白质-dTAG杂合蛋白经泛素化，然后被蛋白酶体降解。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170208 US 62/456,654;20170209 US 62/457,1271.一种转化细胞，包括：
基因组整合的核酸序列，其编码能够被异双功能性化合物结合的异双功能性化合物靶向蛋白；
其中该dTAG包括衍生自EGFR、BCR-ABL、ALK、JAK2、BRAF、Src、LRRK2、PDGFRα或RET的氨基酸序列；
其中该编码dTAG的核酸序列与编码内源性蛋白质的基因的核酸序列以5'或3'方向基因组框内整合；
其中该编码内源性蛋白质的基因的表达产生内源性蛋白质-dTAG杂合蛋白；
其中该异双功能性化合物能够a)通过该dTAG结合该内源性蛋白质-dTAG杂合蛋白和b)以使该内源性蛋白质-dTAG杂合蛋白接近泛素连接酶的方式结合该泛素连接酶；
其中该内源性蛋白质-dTAG杂合蛋白经泛素化，然后被蛋白酶体降解。
2.如权利要求1所述的转化细胞，其中该细胞是人类细胞。
3.如权利要求2所述的转化细胞，其中该人类细胞是肝细胞。
4.如权利要求1至3中任一者所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白包括来自非内源性蛋白质的氨基酸序列。
5.如权利要求1至4中任一者所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白包含选自SEQ.ID.NO.:53至63的氨基酸序列。
6.如权利要求1至4中任一项所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是衍生自EGFR的氨基酸序列。
7.如权利要求6所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是SEQ.ID.NO.:53的氨基酸序列。
8.如权利要求6所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是SEQ.ID.NO.:54的氨基酸序列。
9.如权利要求6所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是SEQ.ID.NO.:55的氨基酸序列。
10.如权利要求6所述的转化细胞，其中异双功能性化合物靶向蛋白是SEQ.ID.NO.:56的氨基酸序列。
11.如权利要求1至4中任一者所述的的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是衍生自BCR-ABL的氨基酸序列。
12.如权利要求11所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是SEQ.ID.NO.:57的氨基酸序列。
13.如权利要求11所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是SEQ.ID.NO.:58的氨基酸序列。
14.如权利要求1至4中任一者所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是衍生自ALK的氨基酸序列。
15.如权利要求14所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是SEQ.ID.NO.:59的氨基酸序列。
16.如权利要求1至4中任一者所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是衍生自JAK2的氨基酸序列。
17.如权利要求16所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是SEQ.ID.NO.:60的氨基酸序列。
18.如权利要求1至4中任一者所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是衍生自BRAF的氨基酸序列。
19.如权利要求18所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是SEQ.ID.NO.:61的氨基酸序列。
20.如权利要求1至4中任一者所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是衍生自Src的氨基酸序列。
21.如权利要求20所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是SEQ.ID.NO.:62的氨基酸序列。
22.如权利要求20所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是SEQ.ID.NO.:63的氨基酸序列。
23.如权利要求1至4中任一者所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是衍生自LKKR2的氨基酸序列。
24.如权利要求1至4中任一者所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是衍生自PDGFRα的氨基酸序列。
25.如权利要求1至4中任一者所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是衍生自RET的氨基酸序列。
26.如权利要求1至25中任一者所述的转化细胞，其中该编码异双功能性化合物靶向蛋白的核酸序列框内插入编码与疾病相关的内源性蛋白质的基因，该疾病是功能获得性突变的结果、扩增或增加的表达、单基因疾病、蛋白病或其组合。
27.如权利要求1至26中任一者所述的转化细胞，还包括编码CRISPRRNA引导的内切核酸酶的核酸序列。
28.如权利要求27所述的转化细胞，其中该CRISPRRNA引导的内切核酸酶选自Cas1、CasIB、Cas2、Cas3、Cas4、Cas5、Cas6、Cas7、Cas8、Cas9、Cas10、Csy1、Csy2、Csy3、Cse1、Cse2、Csc1、Csc2、Csa5、Csn2、Csm2、Csm3、Csm4、Csm5、Csm6、Cmr1、Cmr3、Cmr4、Cmr5、Cmr6、Csb1、Csb2、Csb3、Csx17、Csx14、Csx10、Csx16、CsaX、Csx3、Csx1、Csx15、Csf1、Csf2、Csf3、Csf4和Cpf1。
29.如权利要求28所述的转化细胞，其中该核酸编码包含SEQ.ID.NO.:52的氨基酸序列的Cas9内切核酸酶。
30.如权利要求1至29中任一者所述的转化细胞，其中该异双功能性化合物靶向蛋白基本上不干扰内源性表达蛋白质的功能。
31.一种调节受试者中基因表达的方法，包括：
向该受试者给药有效量的异双功能性化合物；
其中该受试者具有一个或多个转化细胞，该转化细胞已经用编码异双功能性化合物靶向蛋白(dTAG)的核酸序列转化；
其中该dTAG包括衍生自EGFR、BCR-ABL、ALK、JAK2、BRAF、Src、LRRK2、PDGFRα或RET的氨基酸序列；
其中该编码dTAG的核酸序列与与疾病相关的内源性蛋白质的核酸序列以5'或3'方向基因组框内整合；
其中该编码dTAG的核酸序列插入基因组序列中，造成在表达时产生内源性蛋白质-dTAG杂合蛋白；
其中该异双功能性化合物能够a)通过该dTAG结合该内源性蛋白质-dTAG杂合蛋白和b)以使该内源性蛋白质-dTAG杂合蛋白接近泛素连接酶的方式结合该泛素连接酶，其中该内源性蛋白质-dTAG杂合蛋白经泛素化，然后被蛋白酶体降解。
32.如权利要求31所述的方法，其中该细胞是人类细胞。
33.如权利要求32所述的方法，其中该人类细胞是肝细胞。
34.如权利要求31至33中任一项所述的方法，其中该异双功能性化合物靶向蛋白包括来自非内源性蛋白质的氨基酸序列。
35.如权利要求31至34中任一者所述的方法，其中该异双功能性化合物靶向蛋白包括选自SEQ.ID.NO.:53至63的氨基酸序列。
36.如权利要求31至34中任一者所述的方法，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是衍生自EGFR的氨基酸序列。
37.如权利要求36所述的方法，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是SEQ.ID.NO.:53的氨基酸序列。
38.如如权利要求36所述的方法，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是SEQ.ID.NO.:54的氨基酸序列。
39.如权利要求36所述的方法，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是SEQ.ID.NO.:55的氨基酸序列。
40.如权利要求36所述的方法，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是SEQ.ID.NO.:56的氨基酸序列。
41.如权利要求31-34中任一者所述的方法，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是衍生自BCR-ABL的氨基酸序列。
42.如权利要求41所述的方法，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是SEQ.ID.NO.:57的氨基酸序列。
43.如权利要求41所述的方法，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是SEQ.ID.NO.:58的氨基酸序列。
44.如权利要求31至34中任一者所述的方法，其中该异双功能性化合物靶向蛋白是衍生自ALK的氨基酸序列。
45.如权利要求44所述的方法，其中该异双功...
【专利技术属性】
技术研发人员：D·巴克利，G·温特，A·J·菲利普斯，T·P·赫弗南，J·布拉德纳，J·罗伯茨，B·纳贝特，
申请(专利权)人：达纳法伯癌症研究所有限公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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