包括测序引物和非测序实体的阵列制造技术

阵列的实例包括：支持物，所述支持物包括多于一个离散孔、位于各个所述离散孔中的凝胶材料、被接枝至凝胶材料的测序引物、以及被接枝至凝胶材料的非测序实体。测序引物和非测序实体各自呈其如接枝的形式。

Array including sequencing primers and non sequencing entities

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】包括测序引物和非测序实体的阵列相关申请的交叉引用本申请要求于2016年12月22日提交的美国临时申请系列号62/438,294的权益，该申请的内容通过引用以其整体并入本文。对序列表的引用经由EFS-Web随附提交的序列表在此通过引用以其整体并入。文件名称为ILI102BPCT_IP-1486-PCT_sequence_listing_ST25.txt，文件大小为647字节，并且文件的创建日期为2017年12月20日。背景生物阵列是用于检测和分析分子包括脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)的宽范围的工具中的一种。在这些应用中，阵列被工程化成包括用于人类和其他生物体的基因中存在的核苷酸序列的探针。在某些应用中，例如，单独的DNA和RNA探针可以在阵列支持物上以几何栅格(或随机地)附接在小位置处。测试样品(如来自已知的人或生物体)可以暴露于栅格，使得互补片段与在阵列中的单独位点处的探针杂交。然后可以通过将扫描位点上的特定频率的光以通过片段杂交的位点的荧光识别出哪些片段存在于样品中来检查阵列。生物阵列可以用于基因测序。通常，基因测序涉及确定一段遗传物质诸如DNA或RNA的片段中的核苷酸或核酸的顺序。越来越长的碱基对的序列被分析，并且所得到的序列信息可以在各种生物信息学方法中用于将片段逻辑地拟合在一起，以便可靠地确定片段源自的广泛长度的遗传物质的序列。已经开发了特征片段的自动化的基于计算机的检查，并且已经将其用于基因组作图、基因及其功能的识别、某些状况和疾病状态的风险的评估以及其他。除了这些应用之外，生物阵列还可以用于检测和评估宽范围的分子、分子家族、基因表达水平、单核苷酸多态性和基因分型。概述阵列的实例包括：支持物，所述支持物包括多于一个离散孔、位于各个所述离散孔中的凝胶材料、被接枝至凝胶材料的测序引物、以及被接枝至凝胶材料的非测序实体。测序引物和非测序实体各自呈其如接枝(as-grafted)的形式。阵列的另一个实例包括：支持物，所述支持物包括多于一个离散孔、位于各个所述离散孔中的凝胶材料、被接枝至凝胶材料的测序引物、以及被接枝至凝胶材料的间隔物。间隔物选自由以下组成的组：树状聚合物、聚右旋糖酐、甲基丙烯酰氧乙基磷酰胆碱、聚(乙二醇)、聚(乙烯亚胺)、聚-L-赖氨酸、甲基丙烯酸炔丙酯、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚(N-异丙基丙烯酰胺)、聚(乙二醇)丙烯酸酯、聚(丙烯亚胺)、聚(乙烯醇)、聚(2-乙基-2-噁唑啉)、聚丙烯酸、聚(trolox酯)及其组合。在方法的实例中，凝胶位于支持物的多于一个离散孔中的各个孔中，测序引物被接枝至凝胶材料；并且非测序实体被接枝至凝胶材料。附图简述通过参考以下详细描述和附图，本公开内容的实例的特征和优点将变得明显，其中相似的附图标记(referencenumberal)对应于类似的尽管可能不相同的组分。为了简洁起见，具有之前描述的功能的附图标记或特征可以结合或可以不结合其中它们出现的其他附图来描述。图1是根据本公开内容的示例性阵列的图解表示，图示出了阵列的总体布局并且详细描述了各个位点的布置；图2A至图2D是一起图示出本文公开的方法的实例的横截面图；图3是图1和图2D中示出的各个位点中的一个的放大的透视剖视图；图4是描绘在一个实例中包含不同摩尔比的非测序引物与测序引物的泳道的四氯荧光素(TET)质量控制(QC)结果的强度方面的图；图5是描绘在一个实例中，不同摩尔比的非测序引物与测序引物的读段2C1A强度的图；图6A和图6B是描绘在一个实例中，对于不同摩尔比的聚合物链非测序实体与测序引物，通过过滤器的簇的百分比的图；以及图7A和图7B是描绘在一个实例中，对于不同摩尔比的聚合物链非测序实体与测序引物，垫跳跃(padhopping)的百分比的图。引言在本文公开的阵列的第一方面中，阵列包括：支持物，所述支持物包括多于一个离散孔、位于各个所述离散孔中的凝胶材料、被接枝至凝胶材料的测序引物、以及被接枝至凝胶材料的非测序实体，测序引物和非测序实体各自呈其如接枝的(as-grafted)形式。在阵列的第一方面中，非测序实体与测序引物的摩尔比在约0.25:1至约5:1的范围内。在阵列的第一方面的一个实例中，非测序实体选自由以下组成的组：树状聚合物、聚右旋糖酐、甲基丙烯酰氧乙基磷酰胆碱、聚(乙二醇)、聚(乙烯亚胺)、聚-L-赖氨酸、甲基丙烯酸炔丙酯、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚(N-异丙基丙烯酰胺)、聚(乙二醇)丙烯酸酯、聚(丙烯亚胺)、聚(乙烯醇)、聚(2-乙基-2-噁唑啉)、聚丙烯酸、聚(trolox酯)、肽和非功能性引物。非测序实体通过末端官能团被接枝至凝胶材料。在一些实例中，官能团选自由以下组成的组：炔烃、降冰片基、无铜点击部分和硫醇。作为该第一方面的一个实例，非测序实体是非功能性引物，并且非功能性引物是聚T或聚A。作为该第一方面的另一个实例，非测序实体是具有在约0.5KDa至小于约10KDa的范围内的分子量的聚(乙二醇)。在阵列的第一方面的另一个实例中，非测序实体包括接头和结合至接头的三重态猝灭剂或抗氧化剂。在一些实例中，接头选自由以下组成的组：树状聚合物、聚右旋糖酐、甲基丙烯酰氧乙基磷酰胆碱、聚(乙二醇)、聚(乙烯亚胺)、聚-L-赖氨酸、甲基丙烯酸炔丙酯、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚(N-异丙基丙烯酰胺)、聚(乙二醇)丙烯酸酯、聚(丙烯亚胺)、聚(乙烯醇)、聚(2-乙基-2-噁唑啉)、聚丙烯酸以及聚(trolox酯)。在该方面的一些实例中，三重态猝灭剂选自由以下组成的组：环辛基四烯(COT)、Trolox和硝基苄基醇(NBA)；并且在一些实例中，抗氧化剂选自由以下组成的组：抗坏血酸盐、谷胱甘肽、没食子酸、儿茶素、Trolox和维生素E。在阵列的第一方面的仍然另一个实例中，非测序实体包括接头和结合至接头的荧光共振能量转移(FRET)供体。在一些实例中，接头选自由以下组成的组：树状聚合物、聚右旋糖酐、甲基丙烯酰氧乙基磷酰胆碱、聚(乙二醇)、聚(乙烯亚胺)、聚-L-赖氨酸、甲基丙烯酸炔丙酯、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚(乙二醇)丙烯酸酯、聚(丙烯亚胺)、聚(乙烯醇)、聚(2-乙基-2-噁唑啉)、聚丙烯酸以及聚(trolox酯)。在该方面的一些实例中，FRET供体选自由以下组成的组：具有绿色发光染料的FRET的供体染料和具有红色发光染料的FRET的供体染料。应理解，阵列的第一方面的任何特征可以以任何期望的方式和/或配置组合在一起。在本文公开的阵列的第二方面中，阵列包括：支持物，所述支持物包括多于一个离散孔、位于各个所述离散孔中的凝胶材料、被接枝至凝胶材料的测序引物、以及被接枝至凝胶材料的间隔物。在一些实例中，间隔物选自由以下组成的组：树状聚合物、聚右旋糖酐、甲基丙烯酰氧乙基磷酰胆碱、聚(乙二醇)、聚(乙烯亚胺)、聚-L-赖氨酸、甲基丙烯酸炔丙酯、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚(乙二醇)丙烯酸酯、聚(丙烯亚胺)、聚(乙烯醇)、聚(2-乙基-2-噁唑啉)、聚丙烯酸、聚(trolox酯)及其组合。在阵列10的第二方面中，间隔物与测序引物的摩尔比在约0.25:1至约5:1的范围内。阵列的第二方面的一个实例还包括结合至间隔物的三重态猝灭剂、抗氧化剂或荧光共振能量转移(FRET)供体。在该方面的一些实例中本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种阵列，包括：支持物，所述支持物包括多于一个离散孔；位于各个所述离散孔中的凝胶材料；被接枝至所述凝胶材料的测序引物；以及被接枝至所述凝胶材料的非测序实体；所述测序引物和所述非测序实体各自呈其如接枝的形式。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.12.22 US 62/438,2941.一种阵列，包括：支持物，所述支持物包括多于一个离散孔；位于各个所述离散孔中的凝胶材料；被接枝至所述凝胶材料的测序引物；以及被接枝至所述凝胶材料的非测序实体；所述测序引物和所述非测序实体各自呈其如接枝的形式。2.如权利要求1中定义的阵列，其中所述非测序实体选自由以下组成的组：树状聚合物、聚右旋糖酐、甲基丙烯酰氧乙基磷酰胆碱、聚(乙二醇)、聚(乙烯亚胺)、聚-L-赖氨酸、甲基丙烯酸炔丙酯、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚(N-异丙基丙烯酰胺)、聚(乙二醇)丙烯酸酯、聚(丙烯亚胺)、聚(乙烯醇)、聚(2-乙基-2-噁唑啉)、聚丙烯酸、聚(trolox酯)、肽和非功能性引物。3.如权利要求2中定义的阵列，其中所述非测序实体是所述非功能性引物，并且其中所述非功能性引物是聚T或聚A。4.如权利要求2中定义的阵列，其中所述非测序实体是具有在约0.5KDa至约10KDa的范围内的分子量的聚(乙二醇)。5.如权利要求1或权利要求2中任一项中定义的阵列，其中所述非测序实体通过末端官能团被接枝至所述凝胶材料，所述末端官能团选自由以下组成的组：炔烃、降冰片基、无铜点击部分和硫醇。6.如权利要求1或权利要求5中任一项中定义的阵列，其中所述非测序实体包括接头和结合至所述接头的三重态猝灭剂或抗氧化剂。7.如权利要求6中定义的阵列，其中：所述接头选自由以下组成的组：树状聚合物、聚右旋糖酐、甲基丙烯酰氧乙基磷酰胆碱、聚(乙二醇)、聚(乙烯亚胺)、聚-L-赖氨酸、甲基丙烯酸炔丙酯、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚(N-异丙基丙烯酰胺)、聚(乙二醇)丙烯酸酯、聚(丙烯亚胺)、聚(乙烯醇)、聚(2-乙基-2-噁唑啉)、聚丙烯酸和聚(trolox酯)；并且以下中的一项：所述三重态猝灭剂选自由以下组成的组：环辛基四烯(COT)、Trolox(6-羟基-2,5,7,8-四甲基色烷-2-羧酸)和硝基苄基醇(NBA)；或所述抗氧化剂选自由以下组成的组：抗坏血酸盐、谷胱甘肽、没食子酸、儿茶素、Trolox(6-羟基-2,5,7,8-四甲基色烷-2-羧酸)和维生素E。8.如权利要求1或权利要求5中任一项中定义的阵列，其中所述非测序实体包括接头和结合至所述接头的荧光共振能量转移(FRET)供体。9.如权利要求8中定义的阵列，其中：所述接头选自由以下组成的组：树状聚合物、聚右旋糖酐、甲基丙烯酰氧乙基磷酰胆碱、聚(乙二醇)、聚(乙烯亚胺)、聚-L-赖氨酸、甲基丙烯酸炔丙酯、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚(N-异丙基丙烯酰胺)、聚(乙二醇)丙烯酸酯、聚(丙烯亚胺)、聚(乙烯醇)、聚(2-乙基-2-噁唑啉)、聚丙烯酸和聚(trolox酯)；并且所述FRET供体选自由以下组成的组：具有绿色发光染料的FRET的供体染料和具有红色发光染料的FRET的供体染料。10.如前述权利要求中任一项中定义的阵列，其中所述非测序实体与所述测序引物的摩尔比在从约0.25:1至约5:1的范围内。11.如前述权利要求中任一项中定义的阵列，其中：凝胶材料包含式(I)的重复单元：其中：R1是H或任选地被取代的烷基；RA选自由以下组成的组：叠氮基、任选地被取代的氨基、任选地被取代的烯基、任选地被取代的腙、任选地被取代的肼、羧基、羟基、任选地被取代的四唑、任选地被取代的四嗪、腈氧化物、硝酮和硫醇；R5选自由以下组成的组：H和任选地被取代的烷基；各个-(CH2)p-可以任选地被取代；p是在1至50的范围内的整数；n是在1至50,000的范围内的整数；并且m是在1至100,000的范...

【专利技术属性】
技术研发人员：詹姆斯·特赛，黄宇翔，
申请(专利权)人：伊鲁米那股份有限公司，
类型：发明
国别省市：美国,US