【技术实现步骤摘要】
技术介绍
1、基因组测序(genomic sequencing)可以是需要大量计算能力的复杂任务。虽然将工作分配到多个节点是可能的，但是可能很难协调它们的执行，执行包括测序包软件执行的开始和停止、运行时间度量的收集以及对工作到不同的节点的分配。
技术实现思路
1、通过提供计算机实现的方法，克服了现有技术的缺点并且提供了附加的优点。方法包括：识别在计算环境中可用于协调应用处理的多个处理引擎；将配置为执行以执行图像处理的应用分发(distribute)给多个处理引擎；以及将多个图像分发给多个处理引擎以执行图像处理，其中多个图像覆盖包括多个不同子区域的图像区域，其中图像处理跨图像处理的多个周期进行以处理不同子区域的每个子区域中的多个图像中的相应一组图像，并且其中对于不同子区域的每个子区域分发多个图像包括：为该子区域选择多个处理引擎中的相应处理引擎以跨多个周期执行图像处理以处理该子区域的相应一组图像；以及跨图像处理的多个周期，将该子区域的相应一组图像的图像分发给为该子区域选择的相应处理引擎。
2、此外，提供了一种计算机系统，其包括存储器和至少一个处理器，该计算机系统被配置为执行程序指令以执行一种方法。该方法包括：识别在计算环境中可用于协调应用处理的多个处理引擎；将配置为执行以执行图像处理的应用分发给多个处理引擎；以及将多个图像分发给多个处理引擎以执行图像处理，其中，多个图像覆盖包括多个不同子区域的图像区域，其中，图像处理跨图像处理的多个周期进行以处理不同子区域的每个子区域中的
3、此外，提供了一种计算机程序产品，其包括有形存储介质，该有形存储介质存储用于执行以执行方法的程序指令。该方法包括：识别在计算环境中可用于协调应用处理的多个处理引擎；将配置为执行以执行图像处理的应用分发给多个处理引擎；以及将多个图像分发给多个处理引擎以执行图像处理，其中，多个图像覆盖包括多个不同子区域的图像区域，其中，图像处理跨图像处理的多个周期进行以处理不同子区域的每个子区域中的多个图像中的相应的一组图像，并且其中，对于不同子区域的每个子区域分发多个图像包括：为该子区域选择多个处理引擎中的相应处理引擎以跨多个周期执行图像处理以处理该子区域的相应一组图像；以及跨图像处理的多个周期，将该子区域的相应一组图像的图像分发给为该子区域选择的相应处理引擎。
4、将应用分发给多个处理引擎可包括：将相同的应用包分发给多个处理引擎中的每个处理引擎，该应用包用于在每个处理引擎上进行实例化作为应用的实例，该应用被配置为执行与从在多个处理引擎的其它处理引擎中的每一个处理引擎上的应用包中实例化的应用实例相同的一组任务。该方法可以进一步包括：维持图像获取组件，该图像获取组件被配置为获得多个图像并提供多个图像以供分发，其中，图像获取组件是应用收集器的一部分，该应用收集器被配置为在与多个处理引擎上的每个应用收集器被配置为执行的模式不同的图像获取和分发模式中执行。
5、可以从成像装置采集多个图像，并且该方法可以进一步包括：在执行图像处理期间，从多个处理引擎接收扫描位置信息，该扫描位置信息指示在获取多个图像中的至少一些图像时对成像装置的图像扫描引擎的指导。图像区域的不同子区域中的每个子区域可以对应于不同的一组一个或多个相机帧位置。
6、多个图像可以包括碱基序列的图像，碱基序列的图像在实时序列分析运行期间被获取以对碱基序列执行测序，并且分发多个图像可在实时序列分析运行期间实时地执行分发多个图像。
7、该方法可以进一步包括从多个处理引擎中的每个处理引擎收集一个或多个应用完成通信，该通信指示分配给该处理引擎的图像处理的相应一个或多个部分已完成。该方法可以进一步包括：至少部分地基于接收或将要接收的应用完成通信来维持多个处理引擎中的每个处理引擎的图像处理状态；以及将每个处理引擎的图像处理状态的指示传达给请求此类指示的控制组件。
8、多个处理引擎可以各自是不同的物理主机计算机系统或不同的虚拟机。
9、选择可以选择多个处理引擎中的一个处理引擎以处理不同子区域的第一子区域的第一组图像，并选择多个子引擎中的不同的处理引擎以处理不同子区域的第二子区域的第二组图像。另外地或可替代地，选择可以选择多个处理引擎中的同一处理引擎以处理不同子区域中的至少两个子区域的一组图像。
10、通过在此描述的概念实现了附加特征和优点。
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1.一种用于对生物样本进行测序的计算机实现的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述多个处理引擎中的每个处理引擎包括用于实例化的相同应用程序包，以在由所述相应处理引擎接收的图像上执行与多个处理引擎中的其他处理引擎在由所述其他处理引擎接收的图像上所执行的相同的一组任务。
3.根据权利要求2所述的方法，还包括维持图像获取组件以获得所述多个图像并提供所述多个图像以供分发，其中，所述图像获取组件是应用收集器的一部分以在图像获取和分发模式中执行，其与所述多个处理引擎中的每一者上的相应应用收集器要执行的模式是不同的。
4.根据权利要求1所述的方法，其中，图像获取组件从成像装置获取所述多个图像，并且其中，所述方法还包括：在执行所述图像处理期间，从所述多个处理引擎接收扫描位置信息，所述扫描位置信息指示在获取所述多个图像中的至少一些图像时对所述成像装置的图像扫描引擎的指导。
5.根据权利要求1所述的方法，其中，所述图像区域的所述不同子区域中的每个子区域对应于不同的一组一个或多个相机帧位置。
6.根据权利要求1所述的方
7.根据权利要求1所述的方法，进一步包括从所述多个处理引擎中的每个处理引擎收集一个或多个应用完成通信，所述应用完成通信指示分配到所述处理引擎的所述图像处理的相应一个或多个部分已完成。
8.根据权利要求7所述的方法，进一步包括：
9.根据权利要求1所述的方法，其中，所述多个处理引擎中的每个处理引擎是不同的物理主机计算机系统或不同的虚拟机。
10.根据权利要求1所述的方法，其中，所述方法选择所述多个处理引擎中的一个处理引擎用于处理所述不同子区域的第一子区域中的第一组图像，以及选择所述多个处理引擎中的第二处理引擎用于处理所述不同子区域的第二子区域中的第二组图像。
11.根据权利要求10所述的方法，其中，所述方法包括选择所述多个处理引擎中的同一处理引擎用于处理所述不同子区域中的至少两个子区域中的一组图像。
12.一种用于对生物样本进行测序的计算机系统，包括存储器和至少一个处理器，所述计算机系统执行程序指令以执行方法，所述方法包括：
13.根据权利要求12所述的计算机系统，其中，所述多个处理引擎中的每个处理引擎包括用于实例化的相同应用程序包，以在由所述相应处理引擎接收的图像上执行与多个处理引擎中的其他处理引擎在由所述其他处理引擎接收的图像上所执行的相同的一组任务。
14.根据权利要求13所述的计算机系统，其中，所述方法还包括：维持图像获取组件以获得所述多个图像并提供所述多个图像以供分发，其中，所述图像获取组件是应用收集器的一部分以在图像获取和分发模式中执行，其与所述多个处理引擎中的每一者上的相应应用收集器要执行的模式是不同的。
15.根据权利要求12所述的计算机系统，其中，图像获取组件从成像装置获取所述多个图像，并且其中，所述方法还包括：在执行所述图像处理期间，从所述多个处理引擎接收扫描位置信息，所述扫描位置信息指示在获取所述多个图像中的至少一些图像时对所述成像装置的图像扫描引擎的指导。
16.根据权利要求12所述的计算机系统，其中，所述多个图像在实时序列分析运行期间被获取以对所述碱基序列执行测序，并且其中，分发所述多个图像在所述实时序列分析运行期间实时地分发所述多个图像。
17.一种计算机存储介质，其存储用于执行以执行方法的程序指令，所述方法包括：
18.根据权利要求17所述的计算机存储介质，其中，所述多个处理引擎中的每个处理引擎包括用于实例化的相同应用程序包，以在由所述相应处理引擎接收的图像上执行与多个处理引擎中的其他处理引擎在由所述其他处理引擎接收的图像上所执行的相同的一组任务。
19.根据权利要求18所述的计算机存储介质，其中，所述方法还包括：维持图像获取组件以获得所述多个图像并提供所述多个图像以供分发，其中，所述图像获取组件是应用收集器的一部分以在图像获取和分发模式中执行，其与所述多个处理引擎中的每一者上的相应应用收集器要执行的模式是不同的。
20.根据权利要求17所述的计算机存储介质，其中，所述多个图像在实时序列分析运行期间被获取以对所述碱基序列执行测序，并且其中，分发所述多个图像在所述实时序列分析运行期间实时地分发所述多个图像。
...【技术特征摘要】
1.一种用于对生物样本进行测序的计算机实现的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述多个处理引擎中的每个处理引擎包括用于实例化的相同应用程序包，以在由所述相应处理引擎接收的图像上执行与多个处理引擎中的其他处理引擎在由所述其他处理引擎接收的图像上所执行的相同的一组任务。
3.根据权利要求2所述的方法，还包括维持图像获取组件以获得所述多个图像并提供所述多个图像以供分发，其中，所述图像获取组件是应用收集器的一部分以在图像获取和分发模式中执行，其与所述多个处理引擎中的每一者上的相应应用收集器要执行的模式是不同的。
4.根据权利要求1所述的方法，其中，图像获取组件从成像装置获取所述多个图像，并且其中，所述方法还包括：在执行所述图像处理期间，从所述多个处理引擎接收扫描位置信息，所述扫描位置信息指示在获取所述多个图像中的至少一些图像时对所述成像装置的图像扫描引擎的指导。
5.根据权利要求1所述的方法，其中，所述图像区域的所述不同子区域中的每个子区域对应于不同的一组一个或多个相机帧位置。
6.根据权利要求1所述的方法，其中，所述多个图像在实时序列分析运行期间被获取以对所述碱基序列执行测序，并且其中，分发所述多个图像在所述实时序列分析运行期间实时地分发所述多个图像。
7.根据权利要求1所述的方法，进一步包括从所述多个处理引擎中的每个处理引擎收集一个或多个应用完成通信，所述应用完成通信指示分配到所述处理引擎的所述图像处理的相应一个或多个部分已完成。
8.根据权利要求7所述的方法，进一步包括：
9.根据权利要求1所述的方法，其中，所述多个处理引擎中的每个处理引擎是不同的物理主机计算机系统或不同的虚拟机。
10.根据权利要求1所述的方法，其中，所述方法选择所述多个处理引擎中的一个处理引擎用于处理所述不同子区域的第一子区域中的第一组图像，以及选择所述多个处理引擎中的第二处理引擎用于处理所述不同子区域的第二子区域中的第二组图像。
11.根据权利要求10所述的方法，其中，所述方法包括选择所述多个处理引擎中的同一处理引擎用于处理所述不同子区域中的至少两个子区域中的一组图像。
12.一种用于对生物...
【专利技术属性】
技术研发人员：D·基梅尔，E·内，P·史密斯，
申请(专利权)人：伊鲁米那股份有限公司，
类型：发明
国别省市：
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