【技术实现步骤摘要】
土壤三域微生物高通量绝对定量方法
本专利技术属于微生物领域，涉及一种以高通量测序技术为基础，通过样品中三域通用内标菌株的添加和利用，实现三域微生物(古菌、细菌、真菌)高通量绝对定量的方法。
技术介绍
微生物是个体难以用肉眼观察的一切微小生物的统称，因为具有适应性强、易产生变异、可适应环境多样、种类丰富等特点，彰显出了巨大的开发潜能，广受医药、化工、农业、生态环境等各界学者关注。研究微生物多样性，探究微生物群落分布模式及变化机制，对于加深理解环境变化下微生物群落演替及响应机制并对其加以利用具有重要意义。地球环境可分为五大圈层：大气圈、岩石圈、生物圈、水圈、土壤圈。作为五大圈层中与其他圈层交互最为频繁的界面，土壤圈具有最为复杂的内部结构，是地球上异质性极为明显的自然体，为微生物提供了复杂多样的生存环境，也因此涵盖了地球上数量最为庞大、种类最为丰富的微生物群体。基于16S或18SrRNA/ITS基因序列的相似性差异，微生物可被划分为古菌域、细菌域和真菌域。环境中的三域微生物各有其优势：古菌可在于极端环境中生存，细菌种类丰富，真菌生物量大。揭示复杂的环境中三域微生物如何各...
【技术保护点】
1.土壤三域微生物高通量绝对定量方法，其特征在于：选用保藏编号为CCTCC NO:M 2017770的大肠杆菌Escherichia coli WYL(E.coli WYL)作为三域通用内标菌株，包括以下步骤：1)、将三域通用内标菌株E.coli WYL，重悬于无菌水中，得OD600nm为0.9～1.0的菌悬液；2)、土壤样品中三域通用内标菌株的添加：吸取200μL步骤1)所得的菌悬液至2g土壤中搅拌混匀；3)、土壤样品DNA提取；4)、样品中三域通用内标菌株绝对定量：采用Spec‑F/R引物对土壤样品中三域通用内标菌株进行定量，反应体系(20μL)为：10μL SYBR ...
【技术特征摘要】
1.土壤三域微生物高通量绝对定量方法，其特征在于：选用保藏编号为CCTCCNO:M2017770的大肠杆菌EscherichiacoliWYL(E.coliWYL)作为三域通用内标菌株，包括以下步骤：1)、将三域通用内标菌株E.coliWYL，重悬于无菌水中，得OD600nm为0.9～1.0的菌悬液；2)、土壤样品中三域通用内标菌株的添加：吸取200μL步骤1)所得的菌悬液至2g土壤中搅拌混匀；3)、土壤样品DNA提取；4)、样品中三域通用内标菌株绝对定量：采用Spec-F/R引物对土壤样品中三域通用内标菌株进行定量，反应体系(20μL)为：10μLSYBRGreenqPCRSuperMix-UDGwithRox，正、反向引物各0.4μL，8.2μL无核酸酶水，1μL染色体DNA；反应条件如下：实时荧光定量PCR反应条件5)土壤样品高通量测序；6)、三域微生物绝对含量计算。2.根据权利要求1所述的土壤三域微生物高通量绝对定量方法，其特征在于所述步骤5)为：采用通用引物515F/806R测定古菌和细菌微生物群落结构组成，并获得三域通用内标菌株在古菌和细菌微生物群落中的相对丰度；采用通用引物ITS-F/R测定真菌微生物群落结构组成，并获得三域通用内标菌株在真菌微生物群落中的相对丰度；所获得高通量测序数据采用QIIME软件进行质控与过滤；正向与反向测序结果采用FLASH软件进行拼接；采用UPARSE软件将优质序列按97％的相似度归为一个OTU；将三域通用内标菌株中人工设计515F/806R及ITS-F/R所对应碱基信息分别添加进SILVA数据库及Unite数据库，采用包含三域通用内标菌株碱基信息的SILVA数据库及Unite数据库分别对原核微生物及真核微生物OT...
【专利技术属性】
技术研发人员：汪海珍，杨黎，楼骏，严康，徐建明，
申请(专利权)人：浙江大学，
类型：发明
国别省市：浙江,33
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