The invention discloses a primer and probe composition and a kit for detecting Klebsiella pneumoniae and three main carbapenemase genes. The three main carbapenemase genes are KPC gene, NDM_1 gene and OXA_48 gene, and the Klebsiella pneumoniae gene is phoE gene. The primer and probe composition includes the detection of the KPC gene and the NDM_48 gene, respectively. 1 gene, the OXA 48 gene and the positive, reverse primers and probes of the phoE gene are shown as SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.12. The invention applies real-time fluorescent quantitative PCR to detect Klebsiella pneumoniae and three main carbapenemase genes. Compared with the current conventional clinical detection methods, the detection cycle is greatly shortened, the efficiency and detection flux are improved, the detection requirements are met, and the method has high specificity, sensitivity and accuracy. At the same time, the detection process after amplification in the experiment can be effective. Solve the pollution problem in the experiment.
【技术实现步骤摘要】
一种用于检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因的引物和探针组合物及试剂盒
本专利技术涉及分子生物学领域，具体涉及一种用于检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因的引物和探针组合物及试剂盒。
技术介绍
碳青霉稀类耐药肠杆菌科细菌(carbapenem-resistantenterobacteriaceae，CRE)包括产碳青霉烯酶的克雷伯菌属和大肠埃希菌，是临床医院感染重点监测的病原菌之一。长期以来，碳青霉烯类抗菌药物是作为治疗肺炎克雷伯菌、大肠杆菌和其他肠杆菌科细菌感染时最可靠的抗菌药物。然而随着碳青霉烯类抗生素的大范围使用，肺炎克雷伯菌多重耐药株不断出现，不仅容易引起复发性感染，致使治疗失败和增加病死率，而且几乎没有新的抗菌药物能替代，使临床治疗陷入无药可用的境地，给临床医生的决策带来极大困难。目前对不同分类的碳青霉烯酶临床采用不同的检测方法，如改良Hodge试验、双纸片协同实验、微量肉汤稀释法和纸片扩散法等等，这些方法各自存在一定的缺陷，同时还存在假阳性可能，而且这些常规药敏试验均以菌培养为基础，灵敏度较低，检测周期较长。
技术实现思路
本专利技术解决的技术问题之一是提供一种用于检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因的引物和探针组合物。本专利技术解决的技术问题之二是提供一种用于检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因的试剂盒。本专利技术解决的技术问题之三是提供一种用于检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因的试剂盒的使用方法。本专利技术应用实时荧光定量PCR检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因，与目前常规临床检测方法相比检测周期大大缩短，提高了效率...
【技术保护点】
1.一种用于检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因的引物和探针组合物，其特征在于，所述三种主要碳青霉烯酶基因为KPC基因、NDM‑1基因和OXA‑48基因，所述肺炎克雷伯菌基因为phoE基因；所述引物和探针组合物包括分别用于检测所述KPC基因、所述NDM‑1基因、所述OXA‑48基因和所述phoE基因的正向引物、反向引物和探针；用于检测所述KPC基因的正向引物、反向引物和探针的序列分别如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示；用于检测所述NDM‑1基因的正向引物、反向引物和探针的序列分别如SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示；用于检测所述OXA‑48基因的正向引物、反向引物和探针的序列分别如SEQ ID NO.7、SEQ ID NO.8和SEQ ID NO.9所示；用于检测所述phoE基因的正向引物、反向引物和探针的序列分别如SEQ ID NO.10、SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示。
【技术特征摘要】
1.一种用于检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因的引物和探针组合物，其特征在于，所述三种主要碳青霉烯酶基因为KPC基因、NDM-1基因和OXA-48基因，所述肺炎克雷伯菌基因为phoE基因；所述引物和探针组合物包括分别用于检测所述KPC基因、所述NDM-1基因、所述OXA-48基因和所述phoE基因的正向引物、反向引物和探针；用于检测所述KPC基因的正向引物、反向引物和探针的序列分别如SEQIDNO.1、SEQIDNO.2和SEQIDNO.3所示；用于检测所述NDM-1基因的正向引物、反向引物和探针的序列分别如SEQIDNO.4、SEQIDNO.5和SEQIDNO.6所示；用于检测所述OXA-48基因的正向引物、反向引物和探针的序列分别如SEQIDNO.7、SEQIDNO.8和SEQIDNO.9所示；用于检测所述phoE基因的正向引物、反向引物和探针的序列分别如SEQIDNO.10、SEQIDNO.11和SEQIDNO.12所示。2.如权利要求1所述的一种用于检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因的引物和探针组合物，其特征在于，用于检测所述KPC基因和所述OXA-48基因的正向引物、反向引物和探针组成第一引物探针组合物；用于检测所述NDM-1基因和所述phoE基因的正向引物、反向引物和探针组成第二引物探针组合物。3.如权利要求2所述的一种用于检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因的引物和探针组合物，其特征在于，用于检测所述KPC基因的探针的5′端标记报告荧光基团为FAM，3端标记淬灭荧光基团TAMRA；用于检测所述NDM-1基因的探针的5端标记报告荧光基团为ROX，3端标记淬灭荧光基团BHQ2；用于检测所述OXA-48基因的探针的5′端标记报告荧光基团为ROX，3′端标记淬灭荧光基团BHQ2；用于检测所述phoE基因的探针的5′端标记报告荧光基团为FAM，3′端标记淬灭荧光基团BHQ1。4.如权利要求3所述的一种用于检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因的引物和探针组合物，其特征在于，所述第一引物探针组合物和所述第二引物探针组合物分别包括用于检测内标int基因的正向引物、反向引物和探针；用于检测所述内标int基因的正向引物、反向引物和探针的序列分别如SEQIDNO.13、SEQIDNO.14和SEQIDNO.15所示。5.如权利要求4所述的一种用于检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因的引物和探针组合物，其特征在于，用于检测所述内标int基因的探针的5’端标记荧光基团为JOE，3’端标记淬灭基团TAMRA。6.一种用于检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因的试剂盒，其特征在于，所述三种主要碳青霉烯酶基因为KPC基因、NDM-1基因和OXA-48基因，所述肺炎克雷伯菌基因为phoE基因；所述试剂盒包括核酸抽提液、PCR反应酶系、内标、阴性对照品、阳性对照品、第一引物探针混合液和第二引物探针混合液；所述第一引物探针混合液包括第一引物探针组合物，所述第一引物探针组合物由用于检测KPC基因和OXA-48基因的正向引物、反向引物和探针组成；所述第二引物探针混合液包括第二引物探针组合物，所述第二引物探针组合物由用于检测NDM-1基因和phoE基因的正向引物、反向引物和探针组成；用于检测所述KPC基因的正向引物、反向引物和探针的序列分别如SEQIDNO.1、SEQIDNO.2和SEQIDNO.3所示；用于检测所述NDM-1基因的正向引物、反向引物和探针的序列分别如SEQIDNO.4、SEQI...
【专利技术属性】
技术研发人员：倪剑锋，史俊颖，高华山，孙莎莎，童慧珊，刘春燕，杨实，
申请(专利权)人：宁波基内生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：浙江,33
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