【技术实现步骤摘要】
一种鉴定黄瓜品种真实性的方法及其专用SNP引物组合
本专利技术属于生物
，具体涉及一种鉴定黄瓜品种真实性的方法及其专用SNP引物组合。
技术介绍
黄瓜是我国重要的蔬菜作物，栽培面积已达139.6万公顷，占全国蔬菜栽培面积的6.2％。通过国家和各省审定的品种逐年增多。依据《非主要农作物品种登记办法》，2017年4月农业部公布了第一批非主要农作物品种登记目录，黄瓜位列其中。目前，全国通过鉴定、认定、登记的品种达1000多个，但是市场上的黄瓜品种数量远远超过这一数字。由于黄瓜育种企业较小且分散，各省市之间品种审定相互不协调，黄瓜的品种管理未能有效跟进，存在很多假冒伪劣品种，其中很多为衍生、派生近似品种。加之良种生产基地管理混乱，盗育、套购品种现象猖獗，同名异种现象严重，种子质量事故时有发生。根据《非主要农作物品种登记指南》的要求，品种特性说明和品种DUS测试报告中涉及的有关性状如有明确关联基因，可以直接提交DNA检测结果。因此，建立一套基于DNA指纹有效进行黄瓜品种资源真实性和纯度鉴定的标准显得尤为重要。近年来，SNP作为第三代分子标记，以其数量多、分布广、遗传稳定等优点受到广泛重视。随着高通量测序技术的发展和测序成本的不断降低，大规模黄瓜重测序成为可能。基于分析黄瓜变异组信息，可以挖掘更加稳定高效的SNP位点。采用等位基因竞争性特异PCR法，开发其特异性引物，最终获得样本在SNP位点的基因型。目前，我国黄瓜品种鉴定DNA分子检测主要依据SSR分子标记法,但是SSR引物的研发没有参考黄瓜基因组变异组信息，存在不真实变异情况；SSR引物筛选所用的品种数量较少...
【技术保护点】
1.SNP位点组合，包括黄瓜基因组的32个SNP位点；所述32个SNP位点如下：CuSNP01位点为1号染色体上的第1976800位核苷酸；CuSNP02位点为1号染色体上的第8433330位核苷酸；CuSNP03位点为1号染色体上的第13502481位核苷酸；CuSNP04位点为1号染色体上的第17508118位核苷酸；CuSNP05位点为1号染色体上的第25296763位核苷酸；CuSNP06位点为2号染色体上的第1200640位核苷酸；CuSNP07位点为2号染色体上的第2563528位核苷酸；CuSNP08位点为2号染色体上的第5891488位核苷酸；CuSNP09位点为2号染色体上的第6045153位核苷酸；CuSNP10位点为2号染色体上的第11947823位核苷酸；CuSNP11位点为3号染色体上的第40726位核苷酸；CuSNP12位点为3号染色体上的第1001975位核苷酸；CuSNP13位点为3号染色体上的第10713052位核苷酸；CuSNP14位点为3号染色体上的第14161884位核苷酸；CuSNP15位点为3号染色体上的第18678235位核苷酸；CuSNP...
【技术特征摘要】
1.SNP位点组合，包括黄瓜基因组的32个SNP位点；所述32个SNP位点如下：CuSNP01位点为1号染色体上的第1976800位核苷酸；CuSNP02位点为1号染色体上的第8433330位核苷酸；CuSNP03位点为1号染色体上的第13502481位核苷酸；CuSNP04位点为1号染色体上的第17508118位核苷酸；CuSNP05位点为1号染色体上的第25296763位核苷酸；CuSNP06位点为2号染色体上的第1200640位核苷酸；CuSNP07位点为2号染色体上的第2563528位核苷酸；CuSNP08位点为2号染色体上的第5891488位核苷酸；CuSNP09位点为2号染色体上的第6045153位核苷酸；CuSNP10位点为2号染色体上的第11947823位核苷酸；CuSNP11位点为3号染色体上的第40726位核苷酸；CuSNP12位点为3号染色体上的第1001975位核苷酸；CuSNP13位点为3号染色体上的第10713052位核苷酸；CuSNP14位点为3号染色体上的第14161884位核苷酸；CuSNP15位点为3号染色体上的第18678235位核苷酸；CuSNP16位点为3号染色体上的第27913661位核苷酸；CuSNP17位点为4号染色体上的第16975775位核苷酸；CuSNP18位点为4号染色体上的第21068185位核苷酸；CuSNP19位点为5号染色体上的第2133319位核苷酸；CuSNP20位点为5号染色体上的第4054461位核苷酸；CuSNP21位点为5号染色体上的第8103814位核苷酸；CuSNP22位点为5号染色体上的第9582207位核苷酸；CuSNP23位点为5号染色体上的第17245080位核苷酸；CuSNP24位点为6号染色体上的第195377位核苷酸；CuSNP25位点为6号染色体上的第2397556位核苷酸；CuSNP26位点为6号染色体上的第18079846位核苷酸；CuSNP27位点为6号染色体上的第20929474位核苷酸；CuSNP28位点为6号染色体上的第24439780位核苷酸；CuSNP29位点为7号染色体上的第2085399位核苷酸；CuSNP30位点为7号染色体上的第4866176位核苷酸；CuSNP31位点为7号染色体上的第6739101位核苷酸；CuSNP32位点为7号染色体上的第15415870位核苷酸。2.SNP引物组合，包括用于扩增权利要求1所述CuSNP01的引物组1、用于扩增权利要求1所述CuSNP02的引物组2、用于扩增权利要求1所述CuSNP03的引物组3、用于扩增权利要求1所述CuSNP04的引物组4、用于扩增权利要求1所述CuSNP05的引物组5、用于扩增权利要求1所述CuSNP06的引物组6、用于扩增权利要求1所述CuSNP07的引物组7、用于扩增权利要求1所述CuSNP08的引物组8、用于扩增权利要求1所述CuSNP09的引物组9、用于扩增权利要求1所述CuSNP010的引物组10、用于扩增权利要求1所述CuSNP11的引物组11、用于扩增权利要求1所述CuSNP12的引物组12、用于扩增权利要求1所述CuSNP13的引物组13、用于扩增权利要求1所述CuSNP14的引物组14、用于扩增权利要求1所述CuSNP15的引物组15、用于扩增权利要求1所述CuSNP16的引物组16、用于扩增权利要求1所述CuSNP17的引物组17、用于扩增权利要求1所述CuSNP18的引物组18、用于扩增权利要求1所述CuSNP19的引物组19、用于扩增权利要求1所述CuSNP20的引物组20、用于扩增权利要求1所述CuSNP21的引物组21、用于扩增权利要求1所述CuSNP22的引物组22、用于扩增权利要求1所述CuSNP23的引物组23、用于扩增权利要求1所述CuSNP24的引物组24、用于扩增权利要求1所述CuSNP25的引物组25、用于扩增权利要求1所述CuSNP26的引物组26、用于扩增权利要求1所述CuSNP27的引物组27、用于扩增权利要求1所述CuSNP28的引物组28、用于扩增权利要求1所述CuSNP29的引物组29、用于扩增权利要求1所述CuSNP30的引物组30、用于扩增权利要求1所述CuSNP31的引物组31和用于扩增权利要求1所述CuSNP32的引物组32。3.如权利要求2所述的SNP引物组合，其特征在于：所述引物组1由序列1所示的正向引物01F1、序列2所示的正向引物01F2和序列3所示的反向引物01R组成；所述引物组2由序列4所示的正向引物02F1、序列5所示的正向引物02F2和序列6所示的反向引物02R组成；所述引物组3由序列7所示的正向引物03F1、序列8所示的正向引物03F2和序列9所示的反向引物03R组成；所述引物组4由序列10所示的正向引物04F1、序列11所示的正向引物04F2和序列12所示的反向引物04R组成；所述引物组5由序列13所示的正向引物05F1、序列14所示的正向引物05F2和序列15所示的反向引物05R组成；所述引物组6由序列16所示的正向引物06F1、序列17所示的正向引物06F2和序列18所示的反向引物06R组成；所述引物组7由序列19所示的正向引物07F1、序列20所示的正向引物07F2和序列21所示的反向引物07R组成；所述引物组8由序列22所示的正向引物08F1、序列23所示的正向引物08F2和序列24所示的反向引物08R组成；所述引物组9由序列25所示的正向引物09F1、序列26所示的正向引物09F2和序列27所示的反向引物09R组成；所述引物组10由序列28所示的正向引物10F1、序列29所示的正向引物10F2和序列30所示的反向引物10R组成；所述引物组11由序列31所示的正向引物11F1、序列32所示的正向引物11F2和序列33所示的反向引物11R组成；所述引物组12由序列34所示的正向引物12F1、序列35所示的正向引物12F2和序列36所示的反向引物12R组成；所述引物组13由序列37所示的正向引物13F1、序列38所示的正向引物13F2和序列39所示的反向引物13R组成；所述引物组14由序列40所示的正向引物14F1、序列41所示的正向引物14F2和序列42所示的反向引物14R组成；所述引物组15由序列43所示的正向引物15F1、序列44所示的正向引物15F2和序列45所示的反向引物15R组成；所述引物组16由序列46所示的正向引物16F1、序列47所示的正向引物16F2和序列48所示的反向引物16R组成；所述引物组17由序列49所示的正向引物17F1、序列50所示的正向引物17F2和序列51所示的反向引物17R组成；所述引物组18由序列52所示的正向引物18F1、序列53所示的正向引物18F2和序列54所示的反向引物18R组成；所述引物组19由序列55所示的正向引物19F1、序列56所示的正向引物19F2和序列57所示的反向引物19R组成；所述引物组20由序列58所示的正向引物20F1、序列59所示的正向引物20F2和序列60所示的反向引物20R组成；所述引物组21由序列61所示的正向引物21F1、序列62所示的正向引物21F2和序列63所示的反向引物21R组成；所述引物组22由序列64所示的正向引物22F1、序列65所示的正向引物22F2和序列66所示的反向引物22R组成；所述引物组23由序列67所示的正向引物23F1、序列68所示的正向引物23F2和序列69所示的反向引物23R组成；所述引物组24由序列70所示的正向引物24F1、序列71所示的正向引物24F2和序列72所示的反向引物24R组成；所述引物组25由序列73所示的正向引物25F1、序列74所示的正向引物25F2和序列75所示的反向引物25R组成；所述引物组26由序列76所示的正向引物26F1、序列77所示的正向引物26F2和序列78所示的反向引物26R组成；所述引物组27由序列79所示的正向引物27F1、序列80所示的正向引物27F2和序列81所示的反向引物27R组成；所述引物组28由序列82所示的正向引物28F1、序列83所示的正向引物28F2和序列84所示的反向引物28R组成；所述引物组29由序列85所示的正向引物29F1、序列86所示的正向引物29F2和序列87所示的反向引物29R组成；所述引物组30由序列88所示的正向引物30F1、序列89所示的正向引物30F2和序列90所示的反向引物30R组成；所述引物组31由序列91所示的正向引物31F1、序列92所示的正向引物31F2和序列93所示的反向引物31R组成；所述引物组32由序列94所示的正向引物32F1、序列95所示的正向引物32F2和序列96所示的反向引物32R组成。4.如权利要求2所述的SNP引物组合，其特征在于：所述引物组1由序列1自5’末端起第22至46位所示的正向引物01F1、序列2自5’末端起第22至46位所示的正向引物01F2和序列3所示的反向引物01R组成；所述引物组2由序列4自5’末端起第22至46位所示的正向引物02F1、序列5自5’末端起第22至43位所示的正向引物02F2和序列6所示的反向引物02R组成；所述引物组3由序列7自5’末端起第22至48位所示的正向引物03F1、序列8自5’末端起第22至50位所示的正向引物03F2和序列9所示的反向引物03R组成；所述引物组4由序列10自5’末端起第22至52位所示的正向引物04F1、序列11自5’末端起第22至51位所示的正向引物04F2和序列12所示的反向引物04R组成；所述引物组5由序列13自5’末端起第22至47位所示的正向引物05F1、序列14自5’末端起第22至47位所示的正向引物05F2和序列15所示的反向引物05R组成；所述引物组6由序列16自5’末端起第22至51位所示的正向引物06F1、序列17自5’末端起第22至51位所示的正向引物06F2和序列18所示的反向引物06R组成；所述引物组7由序列19自5’末端起第22至46位所示的正向引物07F1、序列20自5’末端起第22至48位所示的正向引物07F2和序列21所示的反向引物07R组成；所述引物组8由序列22自5’末端起第22至48位所示的正向引物08F1、序列23自5’末端起第22至48位所示的正向引物08F2和序列24所示的反向引物08R组成；所述引物组9由序列25自5’末端起第22至48位所示的正向引物09F1、序列26自5’末端起第22至47位所示的正向引物09F2和序列27所示的反向引物09R组成；所述引物组10由序列28自5’末端起第22至51位所示的正向引物10F1、序列29自5’末端起第22至51位所示...
【专利技术属性】
技术研发人员：温常龙，张建，杨静静，罗江，张峰，毛爱军，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：北京,11
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