本发明专利技术提供了一种用于水稻品种鉴定的SNP芯片，该芯片包含3072个分子标记，3072个SNP分子标记是SEQIDNO.0001~SEQIDNO.3072；本发明专利技术还提供一种上述SNP芯片的制备方法，包括步骤：从水稻栽培品种重测序数据获得SNP分子标记、对SNP分子标记进行筛选和采用筛选后的分子标记设计探针制作SNP芯片；本发明专利技术还提供上述SNP芯片在水稻品种真实性和身份鉴定中的应用。本发明专利技术提供的3072个SNP分子标记组合的应用将极大提高检测准确度、缩短检测时间、大幅提升我国水稻品种鉴定技术水平。
【技术实现步骤摘要】
【专利摘要】本专利技术提供了一种用于水稻品种鉴定的SNP芯片，该芯片包含3072个分子标记，3072个SNP分子标记是SEQIDNO.0001~SEQIDNO.3072；本专利技术还提供一种上述SNP芯片的制备方法，包括步骤：从水稻栽培品种重测序数据获得SNP分子标记、对SNP分子标记进行筛选和采用筛选后的分子标记设计探针制作SNP芯片；本专利技术还提供上述SNP芯片在水稻品种真实性和身份鉴定中的应用。本专利技术提供的3072个SNP分子标记组合的应用将极大提高检测准确度、缩短检测时间、大幅提升我国水稻品种鉴定技术水平。【专利说明】-种用于水稻品种鉴定的SNP芯片、制备方法及用途
本专利技术涉及一种SNP分子标记组成的芯片产品、制备方法及其在水稻品种鉴定中 的应用。
技术介绍
水稻是我国最主要的农作物，对保障国家粮食安全起到举足轻重的作用。而种子 则是粮食生产的源头，种子分子特征是区别农作物品种的关键因素。随着分子标记技术的 发展，DNA标记鉴别农作物品种，是开展品种鉴定、解决品种争议和授予新品种权的依据，也 将是促进种业有序竞争的有效手段。 品种分子鉴定是种业健康发展的必然要求：我国目前种子经营主体数量多，假冒 伪劣种子禁而不绝，套牌侵权问题突出，种子市场秩序比较混乱，严重侵害了农民和合法经 营企业的权益。种子鉴定是种子市场监管和品种审定准入的主要内容。2011年，《国务院 关于加快推进现代农作物种业发展的意见》明确提出，建立手段先进、监管有力的种子管理 体系，严厉打击套牌侵权、生产经营假劣种子行为，切实维护公平竞争的市场秩序。分子检 测技术为解决这一问题提供了有效的途径，可以破解管理技术瓶颈。加快分子检测技术的 研发和应用，是当前种子质量管理工作的一项重要而迫切的任务。 SNP鉴定技术是品种鉴定的发展趋势：品种分子检测技术主要有基于RAPD、AFLP、 SSR等标记技术。目前最成熟的快速鉴定方法是利用第二代分子标记SSR检测，2007年已 经颁布了农业行业标准（NY/T1433-2007)，并建立了一套基于SSR标记的水稻DNA指纹检测 技术体系和包含水稻授权品种及部分水稻审定品种的DNA指纹图谱数据库。但该方法在实 践过程中也暴露出检测的通量低、较难实现数据整合共享的缺陷，不适应今后品种快速鉴 定工作的需要。SNP(Single Nucleotide Polymorphism)指在基因组上单个核苷酸的变异 所形成的核酸序列多态性，是目前认为最具有研发潜力的检测技术，与SSR标记相比具有 以下优势：一是在基因组中分布密度更高更均匀；二是易实现数据整合比较；三是通量高， 检测位点数可达几百万个；四是部分标记与功能基因甚至植物表型相关。 国际植物新品种保护联盟（UPOV)于2010年发布了 DNA分子标记选择和数据库构 建指南（简称BMT指南），认为SSR和SNP标记是特别适用于品种鉴定的技术。近年来SNP 标记被研究者青睐，已成为国内外研究的热点。Illumina、Affymetrix等公司相继推出了 SNP基因分型高通量检测平台，为自动化和低成本的SNP芯片检测技术研发与应用提供了 良好的技术保障。SNP分子标记检测技术近年来被广泛应用于甜瓜、菜豆、甜椒等蔬菜分子 辅助育种及品种鉴定研究。杜邦先锋种子公司的种子检测从2007年开始已淘汰其他技术， 完全采用SNP检测技术，取得了良好成效。在国内，主要关注的是全基因组精细图谱的构建 以及关联分析和复杂性状研究等方面，而利用SNP标记对水稻品种进行分子鉴定方面正处 于初始研究阶段。建立基于SNP标记技术的水稻品种鉴定方法，可以进一步提高我国水稻 品种鉴定技术的规范化和标准化水平，填补国内关于此方面研究的空白。
技术实现思路
本专利技术的一个目的在于提供一种用于水稻品种鉴定的SNP芯片，能通过芯片上的 分子标记对水稻品种进行检测。 本专利技术解决上述技术问题所采用的技术方案是：所述SNP芯片包含3072个SNP分 子标记，所述3072个SNP分子标记是基于950份水稻栽培品种的序列比对筛选得到的，所 述3072个SNP分子标记是序列表中的SEQ ID NO. 0001?SEQ ID NO. 3072。 本专利技术所提供的SNP芯片命名为RiceID3072,本专利技术的芯片RiceID3072上的SNP 位点是指序列表中SEQ ID NO. 0001?SEQ ID NO. 3072所示的序列中方括号（[])中的核 苷酸。 本专利技术的另一个目的在于提供上述SNP芯片的制备方法。 本专利技术解决该技术问题所采用的技术方案是：SNP芯片RiceID3072的制备方法， 包含以下步骤： (1)通过基于950份水稻栽培品种重测序的数据获得800, 000个SNP分子标记，所 述重测序的数据来源于网址WWW. ncgr. ac. cn/ricehap2 ; (2)利用生物信息学软件Haploview对步骤（1)所获得的800, 000个SNP分子标 记根据连锁不平衡筛选具有标记性的SNP (tagsnp)，得到10, 000个SNP分子标记； (3)根据步骤（2)所得到的10, 000个SNP分子标记的缺失率、位点评分估值、多态 值和基因分布等，从中筛选了 3072个分子标记用于制备水稻芯片； (4)根据步骤（3)筛选的3072个分子标记设计探针制作SNP芯片。 本专利技术所提供的方案中，所述3072个SNP分子标记的物理位置是基于950份水稻 栽培品种的序列比对确定的，网址见WWW. ncgr. ac. cn/ricehap2 ;所述3072个SNP分子标 记的序列是 SEQ ID NO. 0001 ?SEQ ID NO. 3072。 本专利技术还提供了上述SNP芯片在鉴定水稻品种真实性和鉴定水稻品种身份中的 应用。 鉴定水稻品种的真实性时，利用所述SNP芯片检测并获得任意两个待测水稻样品 基因组DNA的3072个SNP分子标记基因型，进行比较从而鉴定待测和对照水稻样品为同一 品种或不同品种；鉴定水稻品种的身份时，利用所述SNP芯片检测并获得待测水稻样品基 因组DNA的3072个SNP分子标记基因型，与已知品种进行比较从而鉴定所述待测水稻样品 为哪个水稻品种；所述3072个分子标记的基因序列是序列表中的SEQ ID NO. 0001?SEQ ID NO. 3072。 具体的比较方法通过如下方案来实现的：将不同水稻样品的3072个分子标记的 基因型进行比较后，根据公式（1)计算不同水稻样品的遗传相似度，若两个水稻样品在所 述3072个SNP分子标记的遗传相似度> 95%，则这两个样品属于同一品种；若所述遗传相 似度彡95%，则这两个样品存在显著差异，不属于同一品种。所述95%为采用本专利技术的SNP 芯片进行水稻品种鉴定时，优选的遗传相似度阈值。 遗传相似度 GS = 2NijV(Ni+Nj) 公式（I) (Neil979) 其中Nij为两个水稻样品共有的多态基因条带数，Ni为其中一个水稻样品的基因 条带数，Nj为另一个水稻样品的基因条带数。 本专利技术的有益效果是：本专利技术所提供的基于3072个本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种用于水稻品种鉴定的SNP芯片，其特征在于：所述SNP芯片包含3072个SNP分子标记，所述3072个SNP分子标记是序列表中的SEQ ID NO.0001~SEQ ID NO.3072。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：徐群，韩斌，魏兴华，黄学辉，龚浩，冯跃，袁筱萍，余汉勇，王一平，
申请(专利权)人：中国水稻研究所，
类型：发明
国别省市：浙江;33
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