转移性疾病中循环肿瘤细胞的单细胞基因组图谱分析以表征疾病异质性制造技术

本披露提供了一种检测癌症患者中疾病的异质性的方法，该方法包括(a)进行直接分析，其包括针对获自该患者的血液样本中的有核细胞的免疫荧光染色和形态表征以确认和计数循环肿瘤细胞(CTC)；(b)从该样本中分离该CTC；(c)单独表征基因组参数以生成该CTC中每一种的基因组图谱，以及(d)基于该图谱确定该癌症患者中疾病的异质性。在一些实施方式中，该癌症是前列腺癌。在一些实施方式中，该前列腺癌是激素难治性的。

Single-cell genome mapping of circulating tumor cells in metastatic diseases to characterize disease heterogeneity

This disclosure provides a method for detecting the heterogeneity of diseases in cancer patients. The method includes: (a) direct analysis, including immunofluorescence staining and morphological characterization of nucleated cells obtained from the patient's blood samples to identify and count circulating tumor cells (CTC); (b) isolation of the CTC from the sample; (c) isolation of the CTC alone. Characterize genomic parameters to generate a genome map of each species in the CTC and (d) determine the heterogeneity of disease in cancer patients based on the map. In some embodiments, the cancer is prostate cancer. In some embodiments, the prostate cancer is hormone refractory.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】转移性疾病中循环肿瘤细胞的单细胞基因组图谱分析以表征疾病异质性本申请要求2016年6月2日提交的美国临时申请号62/344,703以及2016年1月6日提交的美国临时申请号62/275,659的权益，所述申请其各自的全部内容通过引用并入本文。
本专利技术一般涉及癌症诊断领域，并且更具体地涉及用于循环肿瘤细胞(CTC)的单细胞基因组图谱分析以表征疾病异质性的方法。
技术介绍
在连续的癌症疗法之后，出现多个癌细胞亚群，每个亚群具有可能赋予耐药性或易感性的不同遗传畸变。组织活检可能无法检测到这些亚群，但血液的液体活检可以帮助识别这些重要的肿瘤细胞，并表征患者的肿瘤如何随着时间的推移已演变。单细胞基因组图谱分析是一项用于研究癌症的进化和多样性以及了解罕见细胞在肿瘤进展中的作用的强大新工具。克隆多样性注定将在侵袭、转移和抵抗疗法的进化中发挥重要作用。在美国(US)，前列腺癌是最常诊断的实体器官恶性肿瘤，并且仍然是美国男性中癌症死亡的第二主因。仅在2014年，预计的前列腺癌发病率为233,000例，其中29,480位男性死亡，这使得转移性前列腺癌疗法确实成为未满足的医疗需求。Siegel等人,2本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测癌症患者中疾病的异质性的方法，该方法包括：(a)进行直接分析，其包括针对获自该患者的血液样本中的有核细胞的免疫荧光染色和形态表征以确认和计数循环肿瘤细胞(CTC)；(b)从所述样本中分离该CTC；(c)单独表征基因组参数以生成该CTC中每一种的基因组图谱，以及(d)基于所述图谱确定该癌症患者中疾病的异质性。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.01.06 US 62/275,659;2016.06.02 US 62/344,7031.一种检测癌症患者中疾病的异质性的方法，该方法包括：(a)进行直接分析，其包括针对获自该患者的血液样本中的有核细胞的免疫荧光染色和形态表征以确认和计数循环肿瘤细胞(CTC)；(b)从所述样本中分离该CTC；(c)单独表征基因组参数以生成该CTC中每一种的基因组图谱，以及(d)基于所述图谱确定该癌症患者中疾病的异质性。2.如权利要求1所述的方法，其中所述癌症是前列腺癌。3.如权利要求2所述的方法，其中所述前列腺癌是激素难治性的。4.如权利要求1所述的方法，其中有核细胞的该免疫荧光染色包括广谱细胞角蛋白、分化簇(CD)45和二脒基-2-苯基吲哚(DAPI)。5.如权利要求1所述的方法，其中所述基因组参数包括拷贝数变异(CNV)标签。6.如权利要求5所述的方法，其中所述拷贝数变异(CNV)标签包括基因扩增或删除。7.如权利要求6所述的方法，其中所述CNV标签包括与雄激素非依赖性细胞生长相关的基因。8.如权利要求6所述的方法，其中所述删除包括磷酸酶和张力蛋白同源物基因(PTEN)的缺失。9.如权利要求6所述的方法，其中所述基因扩增包括AR基因的扩增。10.如权利要求1所述的方法，其中所述基因组参数包括基因组不稳定性。11.如权利要求10所述的方法，其中所述基因组不稳定性通过测量大规模转换(LST)来表征。12.如权利要求10所述的方法，其中所述基因组不稳定性通过测量基因组改变百分比(PGA)来表征。13.如权利要求1所述的方法，其中高异质性确认对雄激素受体靶向疗法有抗性的患者。14.如权利要求1所述的方法，其中CTC之间的高度多样性与对基于紫杉烷的化学疗法的抗性无关。15.一种检测癌症患者中疾病的表型异质性的方法，该方法包括(a)进行直接...

【专利技术属性】
技术研发人员：瑞安·迪塔莫尔，D·马里努茨，
申请(专利权)人：艾匹克科学公司，
类型：发明
国别省市：美国,US