【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】基于转移性疾病中循环肿瘤细胞(CTC)的单细胞表征的确定疗法的方法本申请要求2017年6月2日提交的美国临时申请号62/514,642和2017年7月12日提交的美国临时申请号62/531,725的权益，其各自的全部内容通过引用并入本文。
本专利技术总体上涉及癌症诊断领域，并且更具体地涉及用于循环肿瘤细胞(CTC)的单细胞表型和形态学分析以表征疾病异质性的方法。
技术介绍
在连续的癌症疗法之后，癌细胞的多个亚群出现，每个亚群具有可能赋予药物抗性或敏感性的不同遗传畸变。组织活检可能无法检测到这些亚群，但是对血液进行液体活检可以帮助鉴定这些重要的肿瘤细胞并表征患者肿瘤随时间的演变。单细胞基因组图谱是研究癌症的进化和多样性以及了解稀有细胞在肿瘤进展中的作用的强大新型工具。克隆多样性注定在侵袭，转移和抗药性的演变中起重要作用。前列腺癌是美国(US)中最常被诊断的实体器官恶性肿瘤，并且仍然是美国男性中癌症死亡的第二大主要原因。仅在2014年，前列腺癌的预计发病率就达233,000例，其中有29,480名男性死亡，这使转移性前列腺癌治疗真正成为了未满足的医疗需求。Siegel等,2014.CACancerJClin.2014；64(1):9–29。欧洲的流行病学研究显示可比的数据，2012年估计有416700例新病例，占男性癌症诊断的22.8％。预计总共会有92200例前列腺癌(PC)特异性死亡，使其成为男性最有可能死于的三种癌症之一，死亡率为9.5％。尽管已证明使用化学或手术去势的激素疗法可成功...
【技术保护点】
1.一种在癌症患者中鉴定与对阿比特龙的反应相关的细胞类型的方法，包括：/n(a)进行直接分析，所述分析包括对从所述患者获得的血液样品中的有核细胞进行免疫荧光染色和形态表征，以鉴定和计数循环肿瘤细胞(CTC)；/n(b)分别表征数字病理参数以生成每个CTC的图谱，其中所述参数包括：/n(i)细胞核的大小；/n(ii)核熵；/n(iii)核仁数；和/n(iv)任选的表1中列出的其他特征；/n(c)将单个细胞分类为CTC亚型；和/n(d)鉴定CTC亚型中的生物标志物CTC，其中所述生物标志物CTC的鉴定指示与患者对阿比特龙的反应相关的细胞类型。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170602 US 62/514,642;20170712 US 62/531,7251.一种在癌症患者中鉴定与对阿比特龙的反应相关的细胞类型的方法，包括：
(a)进行直接分析，所述分析包括对从所述患者获得的血液样品中的有核细胞进行免疫荧光染色和形态表征，以鉴定和计数循环肿瘤细胞(CTC)；
(b)分别表征数字病理参数以生成每个CTC的图谱，其中所述参数包括：
(i)细胞核的大小；
(ii)核熵；
(iii)核仁数；和
(iv)任选的表1中列出的其他特征；
(c)将单个细胞分类为CTC亚型；和
(d)鉴定CTC亚型中的生物标志物CTC，其中所述生物标志物CTC的鉴定指示与患者对阿比特龙的反应相关的细胞类型。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述细胞用从无监督分类开发的CTC亚型分类器分类。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述生物标志物CTC具有大细胞核、高核熵和频繁核仁的特征。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，还包括从所述样品中分离所述CTC的步骤。
5.权利要求1-4中任一项的方法，其中所述癌症是前列腺癌。
6.权利要求5的方法，其中所述前列腺癌是激素难治性的。
7.一种确定细胞类型的存在或不存在的方法，其中所述细胞类型的不存在与癌症患者对恩杂鲁胺的反应相关，包括：
(a)进行直接分析，所述分析包括对从所述患者获得的血液样品中的有核细胞的免疫荧光染色和形态表征，以鉴定和计数循环肿瘤细胞(CTC)；
(b)分别表征数字病理参数以生成每个CTC的图谱，其中所述参数包括：
(i)细胞核的大小；
(ii)核熵；
(iii)核仁数；和
(iv)任选的表1中列出的其他特征；
(c)将单个细胞分类为CTC亚型；和
(d)确定所述在CTC亚型中生物标志物CTC的存在或不存在，其中所述生物标志物CTC的不存在表明与患者对恩杂鲁胺的反应相关的细胞类型的不存在。
8.如权利要求7所述的方法，其中所述细胞用从无监督分类开发的CTC亚型分类器分类。
9.根据权利要求7或8所述的方法，其中，所述生物标志物CTC具有大细胞核、高核熵和频繁核仁的特征。
10.根据权利要求7-9中任一项所述的方法，还包括从所述样品中分离所述CTC的步骤。
11.权利要求7-10中任一项所述的方法，其中所述癌症是前列腺癌。
12.权利要求11所述的方法，其中所述前列腺癌是激素难治性的。
13.一种鉴定用药物治疗的癌症患者的方法，包括：
(a)进行直接分析，所述分析包括对从所述患者获得的血液样品中的有核细胞的免疫荧光染色和形态表征，以鉴定和计数循环肿瘤细胞(CTC)；
(b)分别表征数字病理参数以生成每个CTC的图谱，其中所述参数包括：
(i)细胞核的大小；
(ii)核熵；
(iii)核仁数；和
(iv)任选的表1中列出的其他特征；
(c)将单个细胞分类为CTC亚型；和
(d)确定在所述CTC亚型中生物标志物CTC的存在或不存在，
其中所述生物标志物CTC的存在指示向所述癌症患者施用阿比特龙，或
其中所述生物标志物CTC的不存在指示向所述癌症患者施用恩杂鲁胺。
14.如权利要求13所述的方法，其中所述细胞用从无监督分类开发的CTC亚型分类器分类。
15.根据权利要求13或14所述的方法，其中，所述生物标志物CTC具有大细胞核、高核熵和频繁核仁的特征。
16.根据权利要求13至15中任一项所述的方法，还包括从所述样品中分离所述CTC的步骤。
17.根据权利要求13-16中任一项所述的方法，其中，所述癌症是前列腺癌。
18.权利要求17所述的方法，其中所述前列腺癌是激素难治性的。
19.根据权利要求13至18中任一项所述的方法，还包括向所述癌症患者施用阿比特龙的步骤。
20.根据权利要求13至18中任一项所述的方法，还包括向所述癌症患者施用恩杂鲁胺的步骤。
21.一种在癌症患者中预测对阿比特龙治疗的反应性的方法，包括：
(a)进行直接分析，所述分析包括对从所述患者获得的血液样品中的有核细胞的免疫荧光染色和形态表征，以鉴定和计数循环肿瘤细胞(CTC)；
(b)分别表征数字病理参数以生成每个CTC的图谱，其中所述参数包括：
(i)细胞核的大小；
(ii)核熵；
(iii)核仁数；和
(iv)任选的表1中列出的其他特征；
(c)将单个细胞分类为CTC亚型；和
(d)鉴定CTC亚型中的生物标志物CTC，其中所述生物标志物CTC的鉴定预测癌症患者对阿比特龙治疗的反应性。
22.如权利要求21所述的方法，其中所述细胞用从无监督分类开发的CTC亚型分类器分类。
23.根据权利要求21或22所述的方法，其中所述生物标志物CTC具有大细胞核、高核熵和频繁核仁的特征。
24.根据权利要求21至23中任一项所述的方法，还包括从所述样品中分离所述CTC的步骤。
25.根据权利要求21至24中任一项所述的方法，其中，所述癌症是前列腺癌。
26.根据权利要求25所述的方法，其中所述前列腺癌是激素难治性的。
27.一种在癌症患者中预测对恩杂鲁胺治疗的反应性的方法，包括：
(a)进行直接分析，所述分析包括对从所述患者获得的血液样品中的有核细胞的免疫荧光染色和形态表征，以鉴定和计数循环肿瘤细胞(CTC)；
(b)分别表征数字病理参数以生成每个CTC的图谱，其中所述参数包括：
(i)细胞核的大小；
(ii)核熵；
(iii)核仁数；和
(iv)任选的表1中列出的其他特征；
(c)将单个细胞分类为CTC亚型；和
(d)确定在所述CTC亚型中生物标志物CTC的存在或不存在，其中所述生物标志物CTC的不存在预测所述癌症患者对恩杂鲁胺治疗的反应性。
28.如权利要求27所述的方法，其中所述细胞用从无监督分类开发的CTC亚型分类器分类。
29.根据权利要求27或28所述的方法，其中所述生物标志物CTC具有大细胞核、高核熵和频繁核仁的特征。
30.根据权利要求27-29中任一项所述的方法，还包括从所述样品中分离所述CTC的步骤。
31.根据权利要求27至30中任一项所述的方法，其中，所述癌症是前列腺癌。
32.根据权利要求31所述的方法，其中所述前列...
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