The invention relates to genotyping by means of new generation sequencing. This article provides techniques related to genotyping and, in particular, methods for genotyping one or more organisms not only by genome sequencing. In some implementations of the technique, two restriction endonucleases are used to produce two sites with different protrusions at each end of the digested fragment. A site is linked to a barcode oligonucleotide to allow sample multiplication during analysis, such as sequencing. Another locus is linked to oligonucleotides without barcodes. The number of sites targeted for analysis was further reduced by designing and selecting complementary primers to non-barcode sites.
【技术实现步骤摘要】
通过新一代测序进行基因分型本申请是国际申请日为2013年1月11日的国际申请PCT/US2013/021275进入中国、申请号为201380013610.9的题为“通过新一代测序进行基因分型”的专利技术专利申请的分案申请。本申请要求2012年1月13日提交的美国临时专利申请61/586,596的优先权，其以全文引用的方式并入本文中。关于联邦资助的研究或开发的声明本专利技术是在国家科学基金会授予的资助号IOS-1027527、IOS-0820610、IOS-0910642和DEB0919348的政府支持下完成的。政府对本专利技术享有某些权利。
本文提供与基因分型有关的技术并且特别但不仅仅是通过基因组测序对一种或多种受试者进行基因分型的方法。
技术介绍
新一代测序使得研究人员能够以较低成本获得大量的数据并因此对于深入地对任何物种的个体进行基因分型提供巨大的机会(Lai等，″Genome-widepatternsofgeneticvariationamongelitemaizeinbredlines″2010，NatGenet42：1027-1030)。近来，开发了若干...
【技术保护点】
1.一种通过测序进行基因分型的方法，所述方法包括：1)用限制性内切酶消化核酸以产生片段；2)将单链条形码寡核苷酸连接至所述片段以产生模板；3)将所述模板扩增以产生扩增子；以及4)对所述扩增子测序以产生序列读段。
【技术特征摘要】
2012.01.13 US 61/5865961.一种通过测序进行基因分型的方法，所述方法包括：1)用限制性内切酶消化核酸以产生片段；2)将单链条形码寡核苷酸连接至所述片段以产生模板；3)将所述模板扩增以产生扩增子；以及4)对所述扩增子测序以产生序列读段。2.如权利要求1所述的方法，其中通过混合多个模板来产生模板池。3.如权利要求1所述的方法，其中通过混合来自多名个体的多个模板来产生模板池。4.如权利要求1所述的方法，其进一步包括解析所述序列读段，定位所述序列读段，以及指定基因型。5.如权利要求1所述的方法，其中用两种不同的限制性内切酶消化所述核酸。6.如权利要求1所述的方法，其中用NspI和BfuCI消化所述核酸。7.如权利要求1所述的方法，其中所述单链条形码寡核苷酸鉴定作为所述核酸的来源的受试者。8.如权利要求1所述的方法，其中所述扩增包括使用靶标特异性引物。9.如权利要求1所述的方法，其中所述扩增选择扩增子用于测序。10.一种通过测序进行基因分型的方法，所述方法包括：1)提供来自第一受试者的第一组多个核酸；2)提供来自第二受试者的第二组多个核酸；3)用限制性内切酶消化所述第一组多个核酸以产生第一组多个片段；4)用所述...
【专利技术属性】
技术研发人员：帕特里克·S·施纳布尔，刘三震，吴薇，
申请(专利权)人：DATA生物有限公司，
类型：发明
国别省市：美国,US
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。