一种基于荧光探针的新型基因SNP分型方法技术

本发明专利技术是一种基于荧光探针的新型基因SNP分型方法，(1)模板DNA提取：采用DNA提取试剂盒进行模板DNA的提取；(2)FH‑PCR第一阶段：目的片段扩增；(3)FH‑PCR第二阶段：溶解曲线信号收集；(4)结果判读。本发明专利技术提供了一种新型探针，实现一条探针即可检测一个SNP位点；优化了PCR反应体系和配方，提高检测的准确度；改进了荧光定量PCR的流程，提高了荧光定量仪利用度；优化了反应流程，提高了基于探针法和荧光定量PCR仪的SNP检测产量。

A new SNP typing method based on fluorescence probe

The present invention is a novel gene SNP typing method based on fluorescent probe (1) template DNA extraction: extracting the template DNA using DNA extraction kit; (2) FH PCR first stage: target fragment amplification; (3) FH PCR second stage: dissolution curve signal collection; (4) result interpretation. The invention provides a new type of probe, which can detect a SNP site by a probe, optimize the PCR reaction system and formula, improve the accuracy of the detection, improve the flow of fluorescence quantitative PCR, improve the utilization of the fluorescence quantitative instrument, optimize the reaction process, and improve the SNP based on the probe method and the fluorescence quantitative PCR instrument. Test the output.

【技术实现步骤摘要】
一种基于荧光探针的新型基因SNP分型方法
本专利技术涉及分子生物学基因检测领域，尤其涉及一种基于荧光探针的新型基因SNP分型方法。
技术介绍
SNP(SingleNucleotidePolymorphism)，即单核苷酸多态性，是由单个核苷酸碱基的改变而导致的核酸序列多态性。一般而言，普通的SNP位点有两种等位基因。在人类基因组中平均每1000个碱基左右就有一个SNP多态性位点。SNP位点会影响基因的功能，从而导致生物的性状改变，有些甚至会导致遗传疾病致病。单核苷酸多态性是研究人类家族遗传变异的重要依据，广泛用于群体遗传学研究和疾病相关基因的研究，在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。目前基因SNP分型检测方法主要是桑格测序、二代高通量测序、飞行时间质谱、荧光定量Taqman探针法。桑格测序、二代高通量测序和飞行时间质谱这三种基因SNP分型检测方法采用的检测设备昂贵，检测试剂不具有开放性，只能采用仪器购买公司的试剂和耗材，受限较大。检测周期长，桑格测序、飞行时间质谱检测法需要3天以上，而二代高通量测序则需要15天以上，过程较为复杂，操作过程步骤繁多，对操作人员要求较高，污本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种基于荧光探针的新型基因SNP分型方法，其特征在于，具体步骤为(1)模板DNA提取：采用DNA提取试剂盒进行模板DNA的提取；(2)FH‑PCR第一阶段：目的片段扩增①PCR扩增体系成分包括：Taq HS DNA聚合酶；Taq HS DNA聚合酶10X缓冲液；荧光探针；上游引物；下游引物；模板DNA；由dATP、dCTP、dGTP和dTTP组成的4种dNTP混合物；高纯水；②PCR扩增体系的配制：将1Unit的Taq HS DNA聚合酶、Taq HS DNA聚合酶10倍浓度的缓冲液、0.05‑0.5uMol/L的上游引物和下游引物、0.2uMol/L的荧光探针、0.2mMol/L的4种dNT...

【技术特征摘要】
1.一种基于荧光探针的新型基因SNP分型方法，其特征在于，具体步骤为(1)模板DNA提取：采用DNA提取试剂盒进行模板DNA的提取；(2)FH-PCR第一阶段：目的片段扩增①PCR扩增体系成分包括：TaqHSDNA聚合酶；TaqHSDNA聚合酶10X缓冲液；荧光探针；上游引物；下游引物；模板DNA；由dATP、dCTP、dGTP和dTTP组成的4种dNTP混合物；高纯水；②PCR扩增体系的配制：将1Unit的TaqHSDNA聚合酶、TaqHSDNA聚合酶10倍浓度的缓冲液、0.05-0.5uMol/L的上游引物和下游引物、0.2uMol/L的荧光探针、0.2mMol/L的4种dNTP混合物在体系配制专区进行配制；在另外一个专区进行模板DNA的添加，模板DNA的添加量为10-100ng，最后用高纯水补足至20uL；③扩增在普通PCR仪上进行目的片段的扩增；PCR引物与基因组DNA结合，经过PCR循环，以半保留复制的形式，实现指数级扩增；各个步骤及控制参数如下：第一步，温度为95℃、循环数为1，时间为3分钟；第二步，温度为95℃、循环数为50，时间为15秒；第三步，温度为60℃、循环数为50，时间为20秒；第四步，温度为72℃、循环数为50，时间为20秒；第五步，温度为95℃、循环数为1...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄理，孙诚，王伟，吴小彦，赵玉琳，杨宁，刘芊，
申请(专利权)人：北京凡知医学科技有限公司，
类型：发明
国别省市：北京,11