使用锚定至邻近纳米孔的聚合酶的系链对多核苷酸测序的组合物、系统和方法技术方案

组合物包含含有第一和第二侧以及孔径的纳米孔、各自含有伸长标签的核苷酸，和与第二多核苷酸互补的第一多核苷酸。可以将聚合酶布置在邻近纳米孔的第一侧处并且配置为基于第二多核苷酸的序列将核苷酸添加到第一多核苷酸。永久性系链可以包含锚定至聚合酶的头部区、尾部区，和布置在它们之间的伸长体，所述伸长体出现在所述纳米孔的所述孔径中。可以将第一部分布置在伸长体上，该伸长体结合聚合酶所作用的第一核苷酸的伸长标签。可以将报告物区布置在伸长体上，所述伸长体指示何时第一核苷酸与第二多核苷酸序列中的下一个核苷酸互补或不互补。

Compositions, systems and methods using anchored to the adjacent nanopore sequencing of polymerase chain polynucleotide

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用锚定至邻近纳米孔的聚合酶的系链对多核苷酸测序的组合物、系统和方法对相关申请的交叉引用本申请要求以下申请的权益，每个申请的全部内容通过引用并入本文：于2005年6月3日提交的题名为“Compositions,Systems,andMethodsforSequencingPolynucleotidesUsingTethersAnchoredtoPolymerasesAdjacenttoNanopores”的美国临时专利申请号62/170,563。该申请涉及以下申请，其每一个的全部内容通过引用并入本文：于2014年6月3日提交的题名为“Compositions,Systems,andMethodsforDetectingEventsUsingTethersAnchoredtoorAdjacenttoNanopores”的美国临时专利申请号62/007,248；于2015年5月5日提交的题名为“Compositions,Systems,andMethodsforDetectingEventsUsingTethersAnchoredtoorAdjacenttoNanopores”的美国临时专本文档来自技高网...

【技术保护点】
组合物，其包含：纳米孔，所述纳米孔包含第一侧、第二侧和延伸穿过所述第一侧和第二侧的孔径；多个核苷酸，其中所述核苷酸各自包含伸长的标签；第一和第二多核苷酸，所述第一多核苷酸与所述第二多核苷酸互补；布置为邻近所述纳米孔的第一侧的聚合酶，所述聚合酶配置为基于所述第二多核苷酸的序列将所述多个核苷酸的核苷酸添加至所述第一多核苷酸；永久性系链，其包含头部区、尾部区和布置在它们之间的伸长体，所述头部区锚定至所述聚合酶，其中所述伸长体出现在所述纳米孔的所述孔径中；布置在所述伸长体上的第一部分，其中所述第一部分配置为结合至所述聚合酶作用的第一核苷酸的所述伸长标签；和布置在所述伸长体上的报告物区，其中所述报告物区...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.06.03 US 62/170,5631.组合物，其包含：纳米孔，所述纳米孔包含第一侧、第二侧和延伸穿过所述第一侧和第二侧的孔径；多个核苷酸，其中所述核苷酸各自包含伸长的标签；第一和第二多核苷酸，所述第一多核苷酸与所述第二多核苷酸互补；布置为邻近所述纳米孔的第一侧的聚合酶，所述聚合酶配置为基于所述第二多核苷酸的序列将所述多个核苷酸的核苷酸添加至所述第一多核苷酸；永久性系链，其包含头部区、尾部区和布置在它们之间的伸长体，所述头部区锚定至所述聚合酶，其中所述伸长体出现在所述纳米孔的所述孔径中；布置在所述伸长体上的第一部分，其中所述第一部分配置为结合至所述聚合酶作用的第一核苷酸的所述伸长标签；和布置在所述伸长体上的报告物区，其中所述报告物区配置为指示何时所述第一核苷酸与所述第二多核苷酸的序列中的下一个核苷酸互补或不互补。2.权利要求1的组合物，所述第一部分配置为产生响应所述聚合酶作用于所述第一核苷酸的第一信号状态，所述第一核苷酸能基于所述第一信号状态鉴定。3.权利要求2的组合物，其中所述聚合酶作用于所述第一核苷酸包括所述聚合酶结合所述第一核苷酸。4.权利要求2的组合物，所述第一信号状态包含电信号或光信号。5.权利要求2的组合物，所述报告物区配置为产生第二信号状态，基于所述第二信号状态能检测所述第一核苷酸是否与所述第二多核苷酸的下一个核苷酸互补或不互补。6.权利要求5的组合物，所述报告物区配置为产生所述第二信号状态，所述第二信号状态响应所述聚合酶成功地将所述第一核苷酸掺入所述第一多核苷酸中。7.权利要求6的组合物，所述报告物区配置为产生响应焦磷酸释放的所述第二信号状态，所述焦磷酸释放响应所述聚合酶成功地将所述第一核苷酸掺入所述第一多核苷酸中。8.权利要求7的组合物，所述聚合酶经修饰而延迟焦磷酸释放，所述焦磷酸释放响应所述第一核苷酸对所述第一多核苷酸的掺入。9.权利要求8的组合物，其中所述聚合酶包含经修饰的重组Ф29、B103、GA-1、PZA、Φ15、BS32、M2Y、Nf、G1、Cp-1、PRD1、PZE、SF5、Cp-5、Cp-7、PR4、PR5、PR722，或L17聚合酶。10.权利要求8的组合物，其中所述聚合酶包含具有选自下组的至少一个氨基酸取代或取代组合的经修饰的重组Ф29DNA聚合酶：在位置484处的氨基酸取代、在位置198处的氨基酸取代，和在位置381处的氨基酸取代。11.权利要求8的组合物，其中所述聚合酶包含具有选自下组的至少一个氨基酸取代或取代组合的经修饰的重组Ф29DNA聚合酶：E375Y、K512Y、T368F、A484E、A484Y、N387L、T372Q、T372L、K478Y、1370W、F198W，和L381A。12.权利要求5的组合物，所述报告物区配置为产生所述第二信号状态，所述第二信号状态响应所述聚合酶的构象改变。13.权利要求12的组合物，所述聚合酶构象改变的幅度和持续时间响应所述第一核苷酸与所述第二多核苷酸的下一个核苷酸互补或不互补，所述第二信号状态的幅度或持续时间或这两者基于所述聚合酶的构象改变。14.权利要求5的组合物，其中所述第二信号状态包含电信号。15.权利要求5的组合物，其中所述第二信号状态包含光信号。16.权利要求1的组合物，其中所述伸长标签包含第一核苷酸序列并且所述第一部分包含与所述第一核苷酸序列互补的第二核苷酸序列。17.系统，其包含权利要求16的组合物，且还包含配置为测量穿过所述孔径的第一电流或通量状态的测量电路。18.权利要求17的组合物，其中所述第一电流或通量状态基于所述伸长标签，所述第一核苷酸能基于所述第一电流或通量状态鉴定。19.权利要求12的组合物，所述测量电路进一步配置为测量穿过所述孔径的第二电流或通量状态。20.权利要求19的组合物，其中所述第二电流或通量状态基于所述孔径内所述报告物区的位置，基于所述第二电流或通量状态能确定所述第一核苷酸是否与所述第二多核苷酸中的下一个核苷酸互补或不互补。21.权利要求15的组合物，其中所述系链的第一部分和第二部分配置为彼此杂交以形成发夹结构。22.权利要求21的组合物，其还包含配置为在所述第一和第二侧间施加电压的电压源。23.权利要求22的组合物，其中所述系链的所述第一部分和所述第二部分配置为在两步过程中响应所述电压而彼此脱杂交(dehybridize)。24.方法，其包括：(a)提供纳米孔，其包含第一侧、第二侧，和延伸穿过所述第一侧和第二侧的孔径；(b)提供多个核苷酸，其中所述核苷酸各自包含伸长标签；(c...

【专利技术属性】
技术研发人员：KL冈德森，JG曼德尔，
申请(专利权)人：亿明达股份有限公司，
类型：发明
国别省市：美国,US