基于SNP位点的川金丝猴遗传监测和繁育管理方法技术

本发明专利技术公开了一种川金丝猴个体遗传多样性监测方法，该方法包括以下步骤:（1）采集川金丝猴血液样品，提取血液样品的基因组DNA；（2）利用RAD‑seq进行基因组DNA测序：（3）分析获取SNP位点；（4）进行种群遗传多样性监测；（5）选择SNP位点，基于亲缘关系建立繁殖群体的动态家庭关系。本发明专利技术利用获得的SNP位点，能够简便、准确、全面的获取川金丝猴个体的遗传信息和亲缘关系，有利于长期监测川金丝猴繁殖群体的遗传多样性和建立动态的繁殖家庭谱系。相对于已有的遗传标记方法，SNP位点的突变率高、位点数量多、分布广，能够获得更全面的遗传信息，结果更可靠，相对于全基因组测序，SNP位点简单、数据易于分析。

Genetic monitoring and breeding management method of golden monkey based on SNP loci

The invention discloses a monkey individual genetic diversity monitoring method, the method includes the following steps: (1) acquisition of Sichuan snub nosed monkey blood samples, extract the genomic DNA of blood samples; (2) genomic DNA sequencing using RAD SEQ: (3) analysis to obtain SNP loci (4) of the population; genetic diversity monitoring; (5) SNP loci, genetic relationship established breeding populations based on dynamic family relations. The SNP locus can be used for obtaining the genetic information and genetic relationship of Sichuan snub nosed monkey in a simple, accurate and comprehensive way, which is conducive to long-term monitoring of the genetic diversity of the breeding population of the Sichuan snub nosed monkey and the establishment of a dynamic breeding family pedigree. Compared with the existing genetic markers, the SNP locus has high mutation rate, large number of loci and wide distribution. It can get more comprehensive genetic information, and the results are more reliable. Compared with genome sequencing, SNP locus is simple and data are easy to analyze.

【技术实现步骤摘要】
基于SNP位点的川金丝猴遗传监测和繁育管理方法
本专利技术涉及川金丝猴的遗传多样性监测和家庭繁育管理，具体涉及基于SNP位点的遗传多样性监测和家庭繁育管理方法。
技术介绍
川金丝猴(Rhinopithecusroxellana)，隶属于灵长目、猴科、疣猴亚科、仰鼻猴属，是我国特有物种，国家I级重点保护保护野生动物，被国际自然保护联盟(InternationalUnionforConservationofNature，IUCN)名录列为易危(IUCN，2011)。目前川金丝猴仅分布于几个相互隔离的地区(四川北部及甘肃南部、陕西秦岭和湖北神农架3个地区)，其中神农架金丝猴种群是分布在最东端的孤立金丝猴群，在川金丝猴的保护和研究中具有重要的价值。川金丝猴在我国已有60年的饲养和展出历史，深受国内外游客的喜爱。1956年北京动物园首次饲养展示金丝猴，并于1964年首次圈养繁殖成功。自20世纪70年代后，全国动物园饲养展示金丝猴的单位逐渐增多，饲养繁殖水平逐渐提高。目前国内饲养展示金丝猴的单位有40家，圈养金丝猴种群数量达400余只。川金丝猴的圈养种群在2000年之前，野外捕获个体数大于圈养出本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种川金丝猴个体遗传多样性监测方法，其特征在于该方法包括以下步骤:（1）采集川金丝猴血液样品，提取血液样品的基因组DNA；（2）利用RAD‑seq进行基因组DNA测序：1）将基因组DNA加入含有限制性内切酶EcoRI和10xBuffer的反应液中进行反应，随机打断为平均500bp的DNA片段；2)反应后，加入含有barcode 的P1接头，以及10xNEB buffer, T4 DNA ligase, H2O，进行室温培养；3) 对DNA片段进行纯化，琼脂糖电泳，回收350‑550bp的DNA片段；4）处理DNA末端；5）纯化样品；6) 再次纯化样品，加入P2连接头，室温处理；7）通过PCR筛...

【技术特征摘要】
1.一种川金丝猴个体遗传多样性监测方法，其特征在于该方法包括以下步骤:（1）采集川金丝猴血液样品，提取血液样品的基因组DNA；（2）利用RAD-seq进行基因组DNA测序：1）将基因组DNA加入含有限制性内切酶EcoRI和10xBuffer的反应液中进行反应，随机打断为平均500bp的DNA片段；2)反应后，加入含有barcode的P1接头，以及10xNEBbuffer,T4DNAligase,H2O，进行室温培养；3)对DNA片段进行纯化，琼脂糖电泳，回收350-550bp的DNA片段；4）处理DNA末端；5）纯化样品；6)再次纯化样品，加入P2连接头，室温处理；7）通过PCR筛选同时带有P1和P2接头的序列，并进行质量和定量检测；8）选择350-550bp的DNA片段，进行测序；（3）分析获取SNP位点：1）将数据质量过滤，包括去除含有连接头的reads，去除低质量的reads；2）通过barcode对数据进行拆分，获得每个样品的数据；3）利用SOAP2软件将测序得到的reads与参考基因组序列进行比对，如果一个原始的read无法比对上参考序列，其第一个和最后两个碱基将会被去除，之后再和参考序列进行比对，如果仍然无法匹配，则去掉最后两个碱基再比对，迭代进行，直到能够匹配或者reads短于40bp为止，然后计算相对于参考基因组的测序深度和覆盖度；4）利用贝叶斯模型，在实际观察到的数据基础上计算出每个可能的基因型概率，挑选出概率最大的基因型作为该测序个体的特定位点的基因型，并在此基础上给出一个反映该基因型准确的质量值，得到一致序列；5）对基因型进行筛选：在个体内具有双等位基因型和SNPs；S...

【专利技术属性】
技术研发人员：张于光，张宇，李迪强，
申请(专利权)人：中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所，
类型：发明
国别省市：北京,11