一种BRCA2基因突变体及其应用制造技术

本发明专利技术公开了BRCA2基因突变体及其应用，具体涉及分离的编码BRCA2突变体的核酸，分离的多肽，和一种检测BRCA2基因突变位点的方法，以及用于检测BRCA基因突变位点的系统和试剂盒。其中，该分离的编码BRCA2突变体的核酸，与SEQ ID NO：1相比，具有c.3467delC突变。通过检测该新突变体在生物样品中是否存在，可以有效地检测生物样品是否易患遗传性乳腺癌。

A mutant of BRCA2 gene and its application

The invention discloses a BRCA2 gene mutant and its application, in particular to a nucleic acid isolated from coding BRCA2 mutants, a separated polypeptide, and a method for detecting the BRCA2 gene mutation site, as well as a system and kit for detecting the BRCA gene mutation site. Among them, the separation of nucleic acid encoding BRCA2 mutants, compared with SEQ ID NO:1, with the c.3467delC mutation. The detection of the existence of the new mutant in the biological samples can effectively detect the susceptibility of biological samples to genetic breast cancer.

【技术实现步骤摘要】
一种BRCA2基因突变体及其应用
本专利技术涉及BRCA2基因突变体及其应用。具体地，本专利技术涉及分离编码BRCA2突变体的核酸，分离的多肽，以及检测BRCA2基因突变体的方法、系统和试剂盒。
技术介绍
近年来我国癌症的发病率和死亡率不断攀升，恶性肿瘤已成为我国重大的公共卫生问题。据我国肿瘤登记中心2016年发布的结果显示，2012年我国肿瘤新发病例数358.6万例，死亡例数218.7万例，粗发病率265/10万，死亡率161.5/10万。在恶性肿瘤发病现状中，乳腺癌在女性恶性肿瘤中处于第一位，每年新发约27.3万，且发病年龄不断呈现年轻化趋势，是严重威胁女性生命的第一杀手。乳腺癌是具有很强遗传背景的恶性肿瘤，现有研究显示，5-10％的乳腺癌是由遗传因素导致。目前BRCA1，BRCA2,TP53,PALB2,PTEN，CHEK2,ATM以及RAD50等基因被认定为乳腺癌易感基因，其中BRCA1和BRCA2基因为遗传性乳腺癌的主要易感基因。研究表明，携带有BRCA1和BRCA2基因致病突变的人群在70岁之前发生乳腺癌的概率分别可达40–80％和20–85％。同时，已被诊断为遗传性乳腺癌或卵巢癌的患者，发生复发转移的可能性也高于普通人群。BRCA1和BRCA2属于抑癌基因，均呈常染色体显性遗传，且突变容易引发早年发病。BRCA2基因位于人类染色体13ql2,包含27个外显子，编码BRCA2蛋白含3418个氨基酸，对细胞生长的调节有重要作用。BRCA2基因发生突变后表达的蛋白质失去了修复DNA损伤的功能，导致染色体不稳定，促进肿瘤发生。男性BRCA2突变携带者终生患前列腺癌，乳腺癌，胰腺癌的概率分别为20％,6％和3％。而女性BRCA2突变携带者终生患乳腺癌为26％–84％，卵巢癌的概率为20％。BRCA2基因突变相关的肿瘤往往会表达ER(雌激素受体)与PR(孕激素受体)，与散发性乳腺癌表现出相似的特征。现已经报道的BRCA2突变种类数量多于1800，变异范围达整个基因的编码区。主要发生的突变为移码突变，也会发生大量的错义突变，但错义突变大多属于意义未明变异。因此发现BRCA2新的致病突变，对开展遗传性乳腺癌的分子诊断具有重要意义。区域捕获测序是利用特制的DNA序列探针将全基因组中的特定区域捕获下来，然后针对每个区域进行深度测序的技术，与传统的连锁分析、候选基因关联分析技术相比，区域捕获测序技术针对基因组内特定目标区域，目标集中，测序深度和精度更高。随着区域捕获测序等二代测序技术的广泛应用，一批新的致病突变基因和新的致病位点被相继发现，极大地推动了相关疾病及其防治措施的研究进程。
技术实现思路
本专利技术旨在提供一种与遗传性乳腺癌相关的BRCA2基因突变体及其在制备检测生物样品是否含有BRCA2基因突变体的试剂盒方面的应用,同时还提供了一种检测BRCA2基因突变的方法与系统。本专利技术采用区域捕获测序技术，针对一个常染色体显性遗传的遗传性乳腺癌家系进行了特定区域的高通量测序，结合生物信息分析发现BRCA2基因上的c.3467delC(p.S1156fs)突变与遗传性乳腺癌有关，并通过共分离实验等方法验证了这一变异，将会为遗传性乳腺癌发病机制的研究奠定重要基础，也有可能为遗传性乳腺癌患者治疗提供全新的理论依据，丰富和完善遗传性乳腺癌疾病的诊断流程，从而对遗传性乳腺癌患者的临床诊断提供更多的支持和参考，为开发有效的致病基因筛查和干预治疗措施提供科学依据。根据本专利技术的第一方面，本专利技术提供了一种分离的BRCA2突变体的核酸。根据本专利技术的实施例，所述核酸具有如SEQIDNO：3所示的序列，与SEQIDNO：1相比，具有c.3467delC突变，即相对于野生型BRCA2基因，本专利技术的BRCA2基因突变体的cDNA第3467位剪切位点缺失了碱基C，发生了移码突变。根据本专利技术的第二方面，本专利技术提供了所述突变体核酸在制备用于检测生物样本是否存在BRCA2基因突变的试剂盒中的应用。所述的试剂盒还含有适于检测BRCA2基因突变的试剂，任选地，所述试剂为该核酸探针或引物。任选地，所述核酸探针或引物具有如SEQIDNO：5-6所示的核苷酸序列。根据本专利技术的第三方面，本专利技术提供了一种分离的多肽。根据本专利技术的实施例，所述分离的多肽具有如SEQIDNO：4所示的氨基酸序列，与SEQIDNO：2相比，具有p.S1156fs突变。本专利技术进一步提供了所述编码BRCA2突变体多肽在制备用于检测生物样品是否存在BRCA2基因突变的试剂盒中的应用。根据本专利技术的第四方面，本专利技术提出了一种检测与遗传性乳腺癌相关的BRCA2基因突变位点的方法，包括以下步骤：从所述生物样品提取核酸样本；确定所述核酸样本的核酸序列；所述核酸样本的核酸序列与SEQIDNO：1相比，具有c.3467delC突变是所述生物样品易患遗传性乳腺癌的标记。通过将所述核酸样本的核酸序列与SEQIDNO：1进行比对，检测是否具有c.3467delC突变，任选地，所述生物样本为选自人体血液、皮肤、皮下组织的至少一种，任选地，所述核酸样本为选自外显子组DNA、全基因组DNA的至少一种。从所述生物样品提取核酸样本进一步包括：从所述生物样品提取RNA样本，优选所述RNA样本为mRNA；以及基于所述RNA样本，通过逆转录反应，获得cDNA样本，所述cDNA样本构成所述核酸样本。确定所述核酸样本的核酸序列进一步包括：针对所述核酸样本，构建核酸测序文库；以及对所述核酸测序文库进行测序，以便获得由多个测序数据构成的测序结果，任选地，采用选自CompleteGenomics、Hiseq2000、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种对所述核酸测序文库进行测序，任选地，针对所述核酸样本，构建核酸测序文库进一步包括：利用BRCA2基因外显子特异性引物对，对所述核酸样本进行PCR扩增；以及针对所得到的扩增产物，构建所述核酸测序文库，任选地，所述特异性引物具有如SEQIDNO：5-6所示的核苷酸序列。根据本专利技术的第五方面，本专利技术提供了一种检测BRCA2基因突变位点的系统，其特征在于，包括：核酸提取装置，所述核酸提取装置用于从所述生物样品提取核酸样本；核酸序列确定装置，所述核酸序列确定装置与所述核酸提取装置相连，用于对所述核酸样本进行分析，以便确定所述核酸样本的核酸序列；判断装置，所述判断装置与所述核酸序列确定装置相连，判断所述核酸样本的核酸序列与SEQIDNO：1相比，是否具有c.3467delC突变，任选地，所述核酸提取装置进一步包括：RNA提取单元，所述RNA提取单元用于从所述生物样品提取RNA样本；以及逆转录单元，所述逆转录单元与所述RNA提取单元相连，用于对所述RNA样本进行逆转录反映，以便获得cDNA样本，所述cDNA样本构成所述核酸样本。所述核酸序列确定装置进一步包括：文库构建单元，所述文库构建单元用于针对所述核酸样本，构建核酸测序文库；以及测序单元，所述测序单元与所述文库构建单元相连，用于对所述核酸测序文库进行测序，以便获得由多个测序数据构成的测序结果，任选地，所述文库构建单元进一步包括：PCR扩增模块，所述PCR扩增模块中设置有BRCA2基因外显子特异性引物，以便利用所述特异性引物，对所述核酸样本进本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种分离的编码BRCA2突变体核酸，其特征在于，所述核酸序列如SEQ ID NO：3所示，与SEQ ID NO：1相比，具有c.3467delC突变，任选地，所述核酸为DNA。

【技术特征摘要】
1.一种分离的编码BRCA2突变体核酸，其特征在于，所述核酸序列如SEQIDNO：3所示，与SEQIDNO：1相比，具有c.3467delC突变，任选地，所述核酸为DNA。2.根据如权利要求1所述编码BRCA2突变体核酸在制备用于检测生物样品是否存在BRCA2基因突变的试剂盒的应用。3.根据如权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，含有：适于检测BRCA2基因突变的试剂，任选地，所述试剂为该核酸探针或引物，任选地，所述核酸探针或引物具有如SEQIDNO：5-6所示的核苷酸序列。4.一种由权利要求1所述的核酸编码的多肽，其特征在于，所述多肽序列如SEQIDNO：4所示，与SEQIDNO：2相比，具有p.S1156fs的突变。5.如权利要求4所述编码BRCA2突变体多肽在制备用于检测生物样品是否存在BRCA2基因突变体的试剂盒的应用。6.一种检测权利要求1所述的BRCA2基因突变位点的方法，其特征在于，包括以下步骤：从所述生物样品提取核酸样本；确定所述核酸样本的核酸序列；所述核酸样本的核酸序列与SEQIDNO：1相比，具有c.3467delC突变是所述生物样品易患遗传性乳腺癌的标记，任选地，所述生物样本为选自人体血液、皮肤、皮下组织的至少一种，任选地，所述核酸样本为选自外显子组DNA、全基因组DNA的至少一种。7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，从所述生物样品提取核酸样本进一步包括：从所述生物样品提取RNA样本，优选所述RNA样本为mRNA；以及基于所述RNA样本，通过逆转录反应，获得cDNA样本，所述cDNA样本构成所述核酸样本。8.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，确定所述核酸样本的核酸序列进一步包括：针对所述核酸样本，构建核酸测序文库；以及对所述核酸测序文库进行测序，以便获得由多个测序数据构成的测序结果，任选地，采用选自CompleteGenomics、Hise...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘梦，王晓宏，邵康，曹博洋，李贵波，侯勇，朱师达，
申请(专利权)人：深圳华大基因研究院，
类型：发明
国别省市：广东,44